Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.

Mit dem Rücktritt der SP-Bundesrätin Calmy-Rey veränderte sich die Ausgangslage für die Bundesratserneuerungswahlen im Dezember nur unwesentlich, da sich die Diskussionen insbesondere um die Nichtbestätigung von Eveline Widmer-Schlumpf oder allenfalls einer der beiden FDP-Bundesräte drehte. Die SVP pochte zwar auf einen zweiten Sitz und drohte auch der SP mit einem Angriff, falls diese die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf unterstütze. Eine Sanktionierung der SP wurde aber insgesamt als wenig wahrscheinlich betrachtet. Als realistischere Szenarien wurden – neben dem Status Quo – in den Medien die Ersetzung von Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf oder von einem der beiden FDP-Bundesräte durch einen zweiten SVP-Sitz erwogen. Johann Schneider-Ammann musste in der Presse viel Kritik an seiner Amtsführung einstecken und der Sitz von Didier Burkhalter wurde als wacklig betrachtet, weil mit Jean-François Rime ein SVP-Sprengkandidat aus der Romandie antrat, der schon früh seine Ambitionen angemeldet hatte. Der geplante und lange vorher angekündigte Angriff der SVP, aber auch die zunehmende Personalisierung der medialen Politikberichterstattung brachten es mit sich, dass die Erneuerungswahlen in den Medien zum Grossereignis stilisiert wurden.

Zur Debatte stand insbesondere die Konkordanz. Der Begriff wird in der Politikwissenschaft zur Bezeichnung eines Demokratiesystems verwendet, in dem die wichtigsten Kräfte in die Regierungsverantwortung eingebunden werden und Entscheide eher konsensorientiert als mittels Mehrheit gefällt werden. Die Parteien zeigten sich jedoch hinsichtlich der Deutung des Begriffs wenig konsensual. Je nachdem wurde mit arithmetischer oder inhaltlicher Logik argumentiert, wobei die Wählerstärke, die Fraktionsstärke oder programmatische Ähnlichkeit als Grundlage gewählt wurden.

Die Vereinigte Bundesversammlung bestimmte die Nachfolge der beiden Magistraten am 22. September. Zuerst wurde die Ersatzwahl von Moritz Leuenberger vorgenommen. Die Zweiernomination der SP wurde von der CVP, der FDP, der EVP, der GLP und den Grünen unterstützt. Die BDP unterstützte die Nomination Sommaruga und die SVP trat mit dem Sprengkandidaten Jean-François Rime an. Im ersten Wahlgang lag Sommaruga mit 86 Stimmen vor Rime mit 80 und Fehr mit 61 Stimmen. Zehn Stimmen entfielen auf Hildegard Fässler, die allerdings bereits in der internen SP-Ausmarchung gescheitert war. Im zweiten Wahlgang fielen diese zehn Stimmen Sommaruga zu. Auch im dritten Wahlgang veränderte sich nichts an der Reihenfolge der Kandidaten (Sommaruga mit 98 Stimmen vor Rime mit 77 Stimmen), so dass Fehr mit 70 Stimmen ausschied. Im vierten Wahlgang wurde schliesslich Simonetta Sommaruga mit 159 von 240 gültigen Stimmen zur neuen Bundesrätin erkoren.

Die Nominationen der FDP wurden von der CVP, der EVP und der GLP unterstützt. Die SVP trat noch einmal mit ihrem Sprengkandidaten Jean-François Rime an und auch die Grünen traten mit ihrer Sprengkandidatin an. Die SP gab bekannt, zu Beginn des Wahlvorganges die grüne Kandidatin zu unterstützen. Da sie aber kaum realistische Chancen für einen grünen Bundesratssitz sehe, werde sie anschliessend einen der beiden FDP-Kandidaten wählen. Im ersten Wahlgang lag Rime mit 72 Stimmen an der Spitze, gefolgt von Wyss mit 57 Stimmen. Auf die FDP-Kandidaten Schneider-Ammann und Keller-Sutter entfielen 52 bzw. 44 Stimmen. Zwölf Stimmen erhielt Ignazio Cassis, der sich mit dem Hinweis von der Wahl zurückzog, dass die italienischsprachige Schweiz seit 1999 nicht mehr in der Regierung vertreten sei. Im zweiten Wahlgang machte Schneider-Ammann Boden gut und erhielt 75 Stimmen, gefolgt von Rime mit 72, Keller-Sutter mit 55 und Wyss mit 40 Stimmen. An dieser Reihenfolge änderte sich auch im dritten Wahlgang nichts, so dass Wyss aus dem Rennen fiel. Ihre Stimmen verteilten sich anschliessend auf Schneider-Ammann (84 Stimmen) und Keller-Sutter (74 Stimmen), die aber knapp weniger Stimmen erhielt als Rime (76). Im fünften Wahlgang obsiegte schliesslich Johann Schneider-Ammann mit 144 von 237 gültigen Stimmen. Die Neuwahlen bescherten der Schweiz zum ersten Mal eine Frauenmehrheit in der Landesregierung. Darüber hinaus wurden zum ersten Mal gleichzeitig zwei Regierungsmitglieder aus dem gleichen Kanton (Bern) gewählt. Das Parlament machte damit deutlich, dass die regionale Herkunft derzeit kein Wahlkriterium ist.

Der Rücktritt von Bundesrat Moritz Leuenberger kam für die meisten Beobachter überraschend, war doch erwartet worden, dass der SP-Magistrat 2011 noch ein weiteres Jahr als Bundespräsident amtieren würde. Die SVP kündigte sofort an, den SP-Sitz attackieren zu wollen. In der SP positionierten sich vier Frauen als potentielle Nachfolgerinnen. Der Baselstädter Regierungsrätin Eva Herzog und der St. Galler Nationalrätin Hildegard Fässler wurden lediglich Aussenseiterchancen eingeräumt. Schliesslich nominierte die SP-Fraktion Anfang September ein Zweierticket bestehend aus Nationalrätin Jacqueline Fehr (ZH) und Ständerätin Simonetta Sommaruga (BE). Bei den Bundesratsersatzwahlen setzte sich Simonetta Sommaruga im dritten Wahlgang gegen Jacqueline Fehr und im vierten Wahlgang gegen den SVP-Herausforderer Jean-François Rime durch. Einziger Wermutstropfen der Wahl der Berner Ständerätin war der drohende Verlust des Ständeratssitzes ihrer Partei.

Die SVP trat an den Bundesratsersatzwahlen im Herbst des Berichtjahres für beide durch die Rücktritte von Moritz Leuenberger (sp) und Hans-Rudolf Merz (fdp) frei gewordenen Bundesratssitze mit einer Kampfkandidatur an. Allerdings gestaltete sich die Kandidatensuche schwierig. Weder Caspar Baader (BL), noch Peter Spuhler (TG) oder Ulrich Giezendanner (AG) stellten sich zur Verfügung. Schliesslich trat Jean-François Rime (FR) an, der bereits für den frei gewordenen Sitz von Pascal Couchepin 2009 als Kampfkandidat zur Verfügung gestanden hatte. Dank der geschlossenen Unterstützung seiner Fraktion wurde Rime in beiden Ersatzwahlen jeweils erst im letzten Wahlgang geschlagen.