Die Ende 2005 publizierten Vorschläge der SPK des Nationalrats für eine Neuorganisation der parlamentarischen Behandlung der Legislaturplanung des Bundesrates kamen im Nationalrat gut an und wurden ohne erwähnenswerte Änderungen verabschiedet. Der Ständerat stimmte ihnen mit einer Ausnahme ebenfalls zu. Diese betraf allerdings ein Kernelement der Vorlage, nämlich die Neuerung, dass bei einer Nichteinigung der beiden Räte über eine Einzelbestimmung nicht das ganze Paket, sondern nur diese umstrittene Bestimmung wegfällt. Ein Verzicht auf die disziplinierende Wirkung der Drohung, dass bei Uneinigkeit in einem Punkt die ganze Vorlage scheitert, sabotiere nach Ansicht der kleinen Kammer die Kompromissbereitschaft in beiden Räten. Die Differenzen konnten im Berichtsjahr noch nicht beigelegt werden.

Eine deutlich Mehrheit des Nationalrats sprach sich gegen eine Reform des Wahlverfahrens aus, welche erklärtermassen die Grundlage für die Einführung eines parlamentarischen Regierungssystems gebildet hätte. Mit 141 zu 28 Stimmen lehnte der Rat eine parlamentarische Initiative Zisyadis (pda, VD) ab, welche die Wahl des Bundesrats auf einer gemeinsamen, nicht veränderbaren Liste forderte. Der Vorstoss verlangte im weiteren die Zustimmung des Parlaments zu einem Regierungsprogramm der auf diese Weise gewählten Exekutive sowie die Einführung der parlamentarischen Misstrauensabstimmung während der Legislaturperiode.

Der unbefriedigende Verlauf der parlamentarischen Diskussion der Legislaturplanung des Bundesrates im Sommer 2004 veranlasste die SPK des Nationalrats, konkrete Änderungen für das zukünftige Vorgehen vorzuschlagen. Es sei nicht zu erwarteten, dass sich die in ihren Programmen doch sehr stark unterscheidenden, aber zusammen eine Regierung bildenden Parteien im Parlament auf ein gemeinsames Programm einigen könnten. Für die Lösung von politischen Problemen seien in der schweizerischen Konkordanzdemokratie von Thema zu Thema wechselnde Koalitionen und Mehrheiten erforderlich. Deshalb solle bei der Beschlussfassung über die Legislaturplanung und -ziele auf eine Gesamtabstimmung verzichtet werden. Da die Beteiligung des Parlaments an der Politikplanung aber nicht nur von der Verfassung verlangt, sondern auch von ihm selbst gewünscht werde, soll es weiterhin mit einem einfachen Bundesbeschluss dazu Stellung nehmen. Diese Stellungnahme dürfe sich jedoch nicht auf die allgemeine Zielsetzung zu beschränken, sondern müsse auch die Liste der Richtliniengeschäfte (konkret geplante Gesetzgebungsmassnahmen) umfassen. Durch eine bessere Strukturierung der Debatte und gewissen restriktiven Vorgaben (z.B. Einreichung von Fraktionsanträgen vor Beginn der Kommissionsberatungen) sei zudem die Diskussionszeit im Plenum zu verkürzen.

Im Nationalrat beantragte die SVP zwar Eintreten, da sie den grundsätzlichen Zielen zustimme, aber Rückweisung an den Bundesrat, da die in der Legislaturplanung und dem Finanzplan vorgeschlagene Politik nicht mit der neuen Verfassungsbestimmung über die Schuldenbremse vereinbar sei. Formal gelte diese zwar nur für die Budgetbeschlüsse, sie sei nach Meinung der SVP aber auch bei der Formulierung der Projekte zu respektieren. Nicht mit den Zielen und deren Gewichtung einverstanden waren hingegen die Grünen; sie plädierten für Nichteintreten. Beide Anträge wurden abgelehnt. In der Detaildebatte gab es zu den Zielen Dutzende von Abänderungsanträgen der Linken und der SVP, die sich jedoch nicht durchzusetzen vermochten. Erfolg hatten aber einzelne Anträge der Kommissionsmehrheit, welche gewisse Präzisierungen und Ergänzungen anbrachten (etwa die Beschleunigung der Bildungsreform). Gegen den Widerstand der Linken und der CVP fügte der Rat eine neue Bestimmung ein, welche die Realisierung der Legislaturziele unter den expliziten Vorbehalt ihrer Finanzierbarkeit stellte. Vor der Gesamtabstimmung beklagten sich die Fraktionen der SP, der GP sowie der SVP, dass ihre Anträge allesamt abgelehnt worden seien. Die Linke erklärte, die Legislaturziele seien damit zu einem rechtsbürgerlichen Programm geworden, das sie ablehne; für die SVP war es wegen der Anreicherung durch einige SP/CVP-Anliegen (etwa die Schaffung von Naturparks resp. die Ausarbeitung eines Sprachengesetzes) zu einem linken und finanziell nicht verantwortbaren Programm geworden, das für sie nicht akzeptabel sei. Nach der insgesamt 16-stündigen Debatte lehnte der Nationalrat die Legislaturplanung mit 87 zu 64 Stimmen ab. Der Ständerat trat auf die Legislaturplanung ein, stimmte den Ergänzungen des Nationalrats zu und nahm darüber hinaus noch einige zusätzliche Elemente auf. Insbesondere schrieb er fest, dass die vom Bundesrat angestrebte Beseitigung der strukturellen Haushaltsdefizite bis 2007 primär durch eine Senkung der Ausgaben zu geschehen habe. In einem zweiten Anlauf im Nationalrat setzte sich erneut die ablehnende Koalition aus der Linken und der SVP durch. Der Rat beschloss mit 112:64 Stimmen, nicht noch einmal auf das Geschäft einzutreten, womit es auch für den Ständerat aus den Traktanden fiel. Der Bundesrat bedauerte, dass sich das Parlament nicht explizit hinter sein Programm stellte, erklärte aber, dass er damit leben könne. Die Debatte verdeutlichte den seit der Neubestellung des Parlaments geringer gewordenen Kompromisswillen der beiden Pole (SP/GP und SVP) und deren gewachsene Bereitschaft, auch in sogenannt unheiligen Allianzen Regierungsprojekte zu blockieren. Gemeinsam verfügen die Linke und die SVP über 125 der 200 Sitze im Nationalrat (im 1999 gewählten Parlament waren es noch 108 gewesen). Die Spezialkommission „Legislaturplanung“ des Nationalrats war trotz dieser verunglückten Premiere des neuen Verfahrens der parlamentarischen Behandlung der Legislaturziele der Meinung, dass dieses beibehalten werden solle. Sie möchte allerdings eine Straffung der Redezeiten und die Beschränkung des Rechts auf Abänderungsanträge auf die Fraktionen einführen.

Ende Februar legte der Bundesrat seine Legislaturplanung 2003-2007 vor. Er stellte sie unter die drei Leitlinien „Den Wohlstand vermehren und die Nachhaltigkeit sichern“, „Die demografische Herausforderung bewältigen“ und „Die Stellung der Schweiz in der Welt festigen“. Die darin aufgezählten Projekte waren abgestimmt auf den Legislaturfinanzplan. Die wichtigsten Elemente, d.h. die erwähnten Leitlinien und die dazugehörenden Ziele (Stärkung der Bildung und Forschung, Förderung des wirtschaftlichen Wettbewerbs etc.) fasste er in einen vom Parlament zu genehmigenden Bundesbeschluss zusammen. Ein solcher Zustimmungsbeschluss ist gemäss Verfassung nicht erforderlich, da diese nur von einer Mitwirkung und nicht von einer Mitbestimmung des Parlaments bei der politischen Planung spricht. Das Parlament hatte aber in das 2002 verabschiedete neue Parlamentsgesetz die Bestimmung aufgenommen, dass es die Legislaturziele des Bundesrats in Zukunft nicht nur zur Kenntnis nehmen, sondern sie auch abändern und formell beschliessen wolle.

Der Bundesrat legte dem Parlament die Legislaturplanung 1999-2003 vor. Wie seit 1962 üblich nahm er darin eine Standortbestimmung der Regierungspolitik vor und stellte die wichtigsten Ziele der nächsten vier Jahre vor. Noch stärker als bei der letzten Ausgabe versuchte der Bericht, anstelle einer Aufzählung aller anzugehenden Aufgaben eine kohärente und zielorientierte Politikformulierung vorzunehmen. Ausgehend von den drei Leitgedanken Öffnung nach Aussen, wirtschaftliche Konsolidierung und Förderung des inneren Zusammenhalts wurden zwölf Ziele mit den dazugehörenden Projekten definiert. Darüber hinaus gab die Regierung einen Bericht „Die Ziele des Bundesrats im Jahr 2001“ heraus.
Der Nationalrat liess die Legislaturplanung von einer Spezialkommission vorberaten, welche eine ganze Reihe von ergänzenden Richtlinienmotionen einreichte. Das Parlament nahm vom Bericht Kenntnis und überwies die meisten Richtlinienmotionen in Postulatsform.

C’est le nouveau Conseiller fédéral Joseph Deiss (pdc, FR) qui a pris la tête du Département fédéral des affaires étrangères (DFAE) au mois de mai après le départ du gouvernement de Flavio Cotti (pdc, TI). A l’occasion de cette passation de pouvoirs, la presse a fait état d’un certain malaise de la diplomatie helvétique, la Suisse ayant perdu de son influence sur le plan international. En octobre, Joseph Deiss a présenté le cadre de sa démarche politique. Relevant les problèmes rencontrés par la Confédération en raison de son absence des principaux centres de codécision, il a plaidé pour une adhésion de la Suisse à l’ONU, pour une pousuite de l’intégration européenne en direction de l’UE et pour une participation accrue à des entités comme le Conseil de partenariat euro-atlantique (CPEA) ou le Partenariat pour la paix (PPP), qui permettent de rester en contact avec l’OTAN, principal pilier de la sécurité en Europe.

Bei der Beratung der Legislaturplanung 1995-1999 verlangte eine vom Nationalrat überwiesene Kommissionsmotion, dass der Bundesrat beauftragt wird, noch vor Mitte der Legislatur einen Gesetzesentwurf zur Einführung des in der Verfassungsabstimmung bereits grundsätzlich bewilligten zusätzlichen Mehrwertsteuerprozentes vorzulegen, um die Finanzierung der demographiebedingten Mehrkosten der AHV rechtzeitig sicherzustellen. Nach längerer Diskussion beschloss der Ständerat, die Motion nur als Postulat beider Räte zu verabschieden. Er folgte damit den Ausführungen von Bundesrat Villiger, der zusagte, die Vorlage noch in der laufenden Legislatur den Räten zuzuleiten, sich aber nicht auf einen genauen Zeitpunkt verpflichten lassen wollte.

Am 18. März stellte der Bundesrat seine Legislaturplanung 1995-1999 vor. Zum obersten Ziel für seine Regierungstätigkeit erklärte er darin die Stärkung des nationalen Zusammenhalts, die Verbesserung der Funktionsfähigkeit der Behörden und die Förderung der allgemeinen Wohlfahrt. Dabei soll die Politik einer politischen Öffnung nach aussen weiter verfolgt werden. Der Bericht fiel im Vergleich zu seinen Vorgängern schlanker aus. Enthielt der letzte Bericht noch 66 nach Prioritätsstufen geordnete Ziele, so waren es nun bloss noch deren 21, welche mit 42 Massnahmen konkretisiert wurden. Im Nationalrat opponierte nur die FP-Fraktion grundsätzlich gegen die Ziele der Regierungspolitik; sie hätte die absolute Priorität auf die Verbesserung des Wirtschaftsstandorts, namentlich durch finanzpolitische Reformen gelegt. Die vorberatende Kommission und einzelne Fraktionen reichten allerdings eine Reihe von ergänzenden und korrigierenden Richtlinienmotionen zu den einzelnen Politikbereichen ein (siehe dazu die jeweiligen Sachkapitel). Bei der Abstimmung über die Kenntnisnahme des Berichtes beantragte die SVP eine negative Qualifizierung ("Kenntnisnahme im ablehnenden Sinn"), nachdem sich eine von Blocher(svp, ZH) vertretene Motion für höher gesteckte Sparziele bei der Legislaturfinanzplanung nicht durchgesetzt hatte. Ihr Antrag blieb aber mit 133 zu 36 Stimmen in der Minderheit. Der Ständerat nahm vom Bericht ebenfalls Kenntnis; zu reden gab wie bereits in der grossen Kammer vor allem die Legislaturfinanzplanung.

Dans son rapport sur le programme de législature 1995-1999, le Conseil fédéral a défini les lignes directrices qui guideront sa politique en matière de protection de l'environnement durant les quatre prochaines années. Parmi celles-ci figure la volonté de mieux intégrer les objectifs environnementaux dans les autres politiques sectorielles de la Confédération. A cet égard, le gouvernement a d'ailleurs annoncé qu'un plan d'action destiné à assurer le développement durable du pays serait mis en oeuvre d'ici à 1999. Il a en outre fait savoir qu'il entendait favoriser l'application du principe de responsabilité causale ainsi que celui de la transparence des coûts. Ses objectifs en matière de protection de l'environnement durant les années 1995 à 1999 couvriront des domaines aussi divers que le renforcement de la coopération internationale, l'adoption de mesures en faveur de la biodiversité et l'intensification de la lutte contre la pollution de l'air.

Im Rahmen der Legislaturplanung 1995-1999 hielt der Bundesrat fest, dass seit mehreren Jahren die sozialen Unterschiede in der Schweiz wieder zunehmen. Daraus zog er den Schluss, dass zu den wesentlichen Aufgaben der laufenden Legislatur zwei Prioritäten im Bereich der Sozialpolitik gehören, nämlich die Bewahrung der bereits bestehenden Sozialversicherungen durch die Sicherstellung ihrer finanziellen Grundlagen und die Schliessung von Lücken, wo solche offensichtlich sind. Als wichtige subsidiäre Ziele nannte er die Beseitigung von kostentreibenden Strukturen im Gesundheitswesen, die Existenzsicherung aller Einwohner durch eine bessere Koordination bestehender Instrumente (AHV/IV/EL/BVG) sowie einen besseren Schutz der Mutterschaft.

Im Parlament wurde der Bericht im allgemeinen recht positiv aufgenommen. Massive Kritik kam nur von der Auto-Partei, welche in den Legislaturzielen den Ausdruck eines immer weiter wuchernden Staatsaktivismus sah, sowie von den Schweizer Demokraten, die sich mit den europapolitischen Zielen überhaupt nicht anfreunden konnten. Zwei Motionen der SD/Lega-Fraktion bezüglich des agrarpolitischen Teils der GATT-Verhandlungen bzw. für eine restriktivere Einwanderungspolitik wurden abgelehnt. Gegen den Widerstand der Linken stimmte der Nationalrat einer Motion seiner Kommission zu, welche den Verzicht auf das vom Bundesrat geplante Stabilitätsgesetz verlangt; der Ständerat korrigierte diesen Entscheid mit der Umwandlung dieser Richtlinienmotion in ein Postulat. Zu den Bereichen Umwelt, soziale Sicherheit, Gesundheitsund Finanzpolitik wandelte der Nationalrat eine ganze Serie von Richtlinienmotionen entweder in Postulate um oder lehnte sie – namentlich wenn sie von der SD/Lega-Fraktion stammten – ab. In ihrer verpflichtenden Form sowohl vom National- als auch vom Ständerat gutgeheissen wurde hingegen eine Motion der GPK, welche verlangt, dass eine Steigerung der Wirksamkeit staatlicher Massnahmen explizit unter die Legislaturziele aufgenommen wird, sowie eine Motion der Ständeratskommission über den Schutz der Mutterschaft und der Familie. In der Wintersession überwies der Nationalrat zudem eine Motion seiner Finanzkommission, welche vom Bundesrat verlangt, systematisch zu überprüfen, welche Verwaltungstätigkeiten sich rationalisieren liessen und auf welche ganz verzichtet werden könnte.

In seinem Bericht über die Legislaturplanung 1991–1995 stellte der Bundesrat seine Sichtweise der Ausführungsgesetzgebung zum neuen Verfassungsartikel vor. Für den Teil Fortpflanzungsmedizin/Genomanalyse soll ein eigenständiges Gesetz ausgearbeitet werden, welches die Rahmenbedingungen festlegt sowie den Zugang zu den Daten über die Abstammung regelt. Im ausserhumanen Bereich soll der Verfassungsartikel hingegen nicht zu einem eigentlich Gen-Tech-Gesetz führen, sondern nur zur Revision bestehender Gesetze z.B. aus dem Bereich des Umweltschutzes, der Epidemien und der Lebensmittel.

Bei der Beratung der Legislaturplanung 1991–1995 legte die ständerätliche Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit eine Richtlinienmotion vor, welche den Bundesrat beauftragen wollte, ein umfassendes Leitbild «Gesundheitswesen Schweiz» vorzulegen. Damit sollte eine Intensivierung der Zusammenarbeit zwischen Bund, Kantonen, Verbänden, Krankenkassen und Patientenorganisationen erreicht werden mit dem Ziel einer effizienteren Versorgung und einer höheren Qualität bei niedrigeren Kosten. Unter Hinweis auf die kantonalen Prärogativen im Gesundheitswesen beantragte der Bundesrat Umwandlung in ein Postulat. Die kleine Kammer hielt aber an der verbindlichen Form fest. Der Nationalrat folgte hingegen der bundesrätlichen Argumentation und lehnte die Motion ab.

Bei der Beratung der Legislaturplanung 1991-1995 überwies der Nationalrat eine Kommissionsmotion, welche den Bundesrat beauftragen wollte, einen umfassenden Bericht zur Sicherung des finanziellen Existenzminimums zu erstellen und allenfalls Massnahmen vorzuschlagen, auf Antrag des Bundesrates lediglich als Postulat.

Wie üblich und gesetzlich vorgeschrieben, unterbreitete der Bundesrat im Frühjahr dem neugewählten Parlament die Regierungsrichtlinien, den Finanzplan sowie erstmals den vom Nationalrat 1990 mit einem Postulat geforderten Personalplan für die laufende Legislaturperiode. Unter dem Leitmotiv "Öffnung nach Aussen – Reformen im Innern" stellte er vier wichtige Ziele seiner Politik vor: das qualitative Wachstum, eine erhöhte Innovationsbereitschaft, die Offnung der Schweiz gegenüber dem Ausland sowohl im politischen als auch im wirtschaftlichen Bereich und die Förderung der Solidarität im Inneren. Der Bericht betonte aber auch die Schwierigkeiten einer längerfristigen Planung in einem sich rasch wandelnden Umfeld und unter dem Druck von knappen Finanzmitteln.

Der Bericht des Bundesrates über die Legislaturplanung 1987-1991 steht unter dem Leitmotiv des qualitativen Wachstums und ist damit noch stärker als derjenige von 1984 von der Sorge um die Bedrohung der natürlichen Lebensgrundlagen geprägt. Das qualitative Wachstum war in einem 1986 veröffentlichten Expertenbericht generell als Zunahme der Lebensqualität definiert worden. Gemäss diesem Konzept soll ein weiteres Wirtschaftswachstum nicht mehr eine gleichzeitige Zunahme der Umweltbelastung und einen Raubbau an nicht vermehr- oder regenerierbaren Ressourcen zur Folge haben. Der Bundesrat gab zu bedenken, dass der Staat dieses Ziel nicht allein verwirklichen könne, dass er aber eine entsprechende Neuorientierung der Gesellschaft unterstützen könne. Wichtige Ansatzpunkte sieht die Regierung – neben der Umweltschutzpolitik – vor allem in der Forschungs- und Ausbildungspolitik. Am konkretesten wird der Zusammenhang zwischen der Regierungspolitik und dem qualitativen Wachstum beim Vorschlag, eine Energieabgabe von zehn Prozent einzuführen.

Neben der Leitidee und einer Analyse der inneren und äusseren Lage der Schweiz enthält der Bericht wie üblich eine Auflistung der Vorhaben, welche die Regierung in den nächsten vier Jahren der Legislative zum Entscheid vorzulegen gedenkt. Bei diesen rund 50 Geschäften (1984 waren es noch 67) handelt es sich zum Teil um Reformvorhaben, die bereits seit längerer Zeit im Gange sind (z.B. 10. AHV-Revision, Datenschutzgesetz), zum Teil werden aber auch neue Projekte angekündigt (z.B. Verfassungsartikel über die Kulturförderung bzw. über die Sprachenpolitik). Die Finanzplanung für die Legislaturperiode findet sich erstmals nicht in einem separaten Bericht, sondern ist in die Richtlinien integriert worden. Mit diesem allgemein begrüssten Schritt soll die Bedeutung der Prioritätensetzung sowie der Koordination bei den einzelnen politischen Vorhaben unterstrichen werden.