Nur drei Tage nach der Beratung der Legislaturplanung 2019–2023 im Nationalrat, debattierte der Ständerat die Differenzen. Anders als bei regulären Debatten schaltet sich bei der Legislaturplanung die Einigungskonferenz bereits im Falle von Differenzen nach der ersten Beratung ein. Sie hatte sich der 26 Abweichungen angenommen, die durch die Ergänzungen durch den Nationalrat entstanden waren.
Die Mehrheit der Vorschläge des Nationalrats wurden von der Einigungskonferenz zur Übernahme empfohlen oder sprachlich leicht angepasst. Fünf Änderungen der grossen Kammer stiessen hingegen auf Widerstand. Zur Streichung beantragt wurde der Vorschlag des Nationalrats, ausgeglichene und stabile Bundesfinanzen im Legislaturprogramm festzuschreiben. Auch die Stabilisierung der Personalausgaben wollte die Einigungskonferenz nicht als Ziel festhalten. Die Wirtschaftsbeziehungen mit der EU, mit Grossbritannien und den USA sollten zwar gewährleistet, aber nicht vertieft werden. Bei der Bildung- und Forschungspolitik soll laut der Einigungskonferenz die Chancengleichheit nicht als Ziel festgehalten werden. Und auch der flächendeckende Ausbau der 5G-Technologie soll nicht als Legislaturziel formuliert werden.
Der Ständerat folgte mit Ausnahme zweier Anträge allen Empfehlungen der Einigungskonferenz. Insbesondere aus redaktionellen Gründen wollte eine knappe 20 zu 16 Stimmen-Mehrheit zum einen die Ausführungen zu einer Aussenwirtschaftsstrategie streichen. Zum anderen wurde das Ziel einer Botschaft für eine weitere AHV-Reform noch in der laufenden Legislatur als zu ambitiös erachtet. Auch Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga plädierte dafür, hier dem Antrag der Einigungskonferenz nicht zu folgen, da ein mehrheitsfähiger Kompromiss im AHV-Dossier, das grossen Reformbedarf aufweise, Zeit brauche. Die abgelehnten Punkte wurden definitiv aus dem Legislaturprogramm gestrichen und die Behandlung des Geschäfts war für den Ständerat damit abgeschlossen. Es ging freilich noch einmal zurück an den Nationalrat. Man habe die Legislaturplanung also noch verabschieden können, bevor die Legislatur zu Ende sei, schloss Ständeratspräsident Hans Stöckli (sp, BE) die Debatte.

Aufgrund der Covid-19-Pandemie beugte sich der Nationalrat als Zweitrat erst in der Herbstsession 2020 über die Legislaturplanung 2019–2023. Covid-19 war denn auch Gegenstand der Ausführungen der beiden Kommissionssprecherinnen, Céline Widmer (sp, ZH) und Simone De Montmollin (fdp, GE). Das Virus habe die Bundespolitik «durcheinandergeschüttelt». Die vor der Pandemie Ende Januar 2020 verfasste Legislaturplanung basiere auf «rosigen Zukunftsaussichten», die mitunter wie aus der Zeit gefallen wirkten, betonte etwa Widmer. Der Ständerat habe den Text bereits Corona-tauglicher gemacht, indem er in einer Präambel klargestellt habe, dass die Lehren aus der Pandemie in die Umsetzung der übergeordneten Leitlinien (Wohlstand, Zusammenhalt und Sicherheit; ergänzt mit Klimaschutz und Digitalisierung) einfliessen müssten – eine Aufforderung, die Simonetta Sommaruga in der Eröffnungsdebatte als selbstverständlich entgegennahm. In einer zweitägigen Sitzung habe die nationalrätliche Legislaturplanungskommission (LPK) aus über hundert Anträgen 25 Änderungen vorgenommen, die jene des Ständerats ergänzten und die Legislaturplanung «Corona-tauglich» machten, schloss Céline Widmer ihre Zusammenfassung. In der Detailberatung müsse allerdings auch über 60 Minderheitsanträge debattiert werden, worunter sich auch ein Rückweisungsantrag befand.
Dieser kam aus der Fraktion der Grünen, die den Bundesrat beauftragen wollten, die Legislaturplanung stärker «in den Kontext der Klimanotlage» zu stellen, wie Franziska Ryser (gp, SG) den Rückweisungsantrag begründete. Da allerdings keine der anderen Fraktionen den Antrag unterstützten und dieser entsprechend mit 166 zu 30 Stimmen abgelehnt wurde, konnte die Detailberatung mit über 80 Wortmeldungen und mehr als 50 Abstimmungen beginnen. Die von den Kommissionssprecherinnen angetönten Ergänzungen betrafen zuerst die übergeordneten Leitlinien: Die Leitlinie der Wohlstandsicherung wurde mit den Chancen nachhaltiger Entwicklung sowie dem Ziel ausgeglichener und stabiler Bundesfinanzen angereichert. In der Folge wurden die diversen Ziele der drei Leitlinien in drei Blöcken diskutiert.
Beim Thema Wohlstand (Block 1) soll laut der Mehrheit neu auch festgehalten werden, dass der Bundesrat dem Parlament eine Botschaft über die ausserordentlichen Covid-Ausgaben unterbreitet. Im Rahmen der Personalstrategie wurde der Bundesrat zu einer Stabilisierung der Personalausgaben angehalten. Ebenfalls im Rahmen der Leitlinie der Sicherung des Wohlstands war eine Mehrheit der grossen Kammer dafür, dass der Bundesrat noch in der laufenden Legislatur eine Botschaft für eine Individualbesteuerung vorlegt und eine nationale Strategie zur Vereinbarkeit von Beruf und Familie verabschiedet. Zudem sollen geeignete aussenwirtschaftliche Massnahmen in ein Aussenwirtschaftsgesetz gegossen und die Vertiefung der bilateralen Wirtschaftsbeziehungen mit der EU, Grossbritannien und den USA explizit im Bericht verankert werden. Das Ziel der Schweiz, in Bildung und Forschung führend zu bleiben, soll mit der Forderung nach Chancengleichheit ergänzt werden. Zudem sollen Anreizstrategien für die Schaffung von Lehrstellen ausgearbeitet, die Schweizer Beteiligung bei Erasmus+ gesichert und eine Strategie zur Initiierung von Forschungsprogrammen verabschiedet werden. Auch der flächendeckende Ausbau von 5G-Technologien wurde von der Mehrheit gemäss Vorschlag der LPK in die Legislaturplanung aufgenommen. Die insgesamt 20 Minderheitsanträge für die Leitlinie «Wohlstandförderung» von linker und rechter Ratsseite fanden hingegen keine Mehrheiten.
Dies war auch bei der zweiten Leitlinie (Förderung des nationalen Zusammenhalts und Stärkung der internationalen Zusammenarbeit; Block 2) mehrheitlich der Fall. Keiner der 17 Minderheitenanträge fand eine Mehrheit – mit einer Ausnahme: Eine Minderheit Humbel (cvp, AG) beantragte erfolgreich, dass der Bundesrat einen Bericht über die langfristigen Folgen der demografischen Entwicklung auf die Generationenbeziehungen ins Legislaturprogramm aufzunehmen hat. Der Begriff «Demografie» komme im Legislaturprogramm bisher überhaupt nicht vor, obwohl der demografische Wandel ein zentraler «Megatrend» sei, begründete Ruth Humbel den erfolgreichen Antrag der Mitte-Links-Minderheit. Auch bei der zweiten Leitlinie wurden alle Anträge der LPK gutgeheissen: Der Bund hat ein Verhandlungsmandat am EU-Kulturprogramm 2021-2027 (CreativeEurope) anzustreben; es sollen ein nationaler Aktionsplan zur Verminderung von Gewalt an Frauen und häuslicher Gewalt sowie die Botschaft zur Erleichterung der Vereinbarkeit von Familie und Beruf unter Einbezug der Kantone verabschiedet werden; eine Vorlage zur Weiterentwicklung und langfristigen Sicherung der AHV soll vernehmlassungsreif gemacht werden; ein Massnahmenplan zur Umsetzung der digitalen Transformation im Gesundheitswesen, Massnahmen zur Sicherstellung einer nachhaltigen Heilmittelversorgung sowie eine Botschaft zur Einführung der digitalen Patientenkarte sollen in der Gesundheitspolitik verabschiedet werden.
Im Block 3, der das Leitziel «Sicherheit und Klimaschutz» umfasste, kamen die Volksvertreterinnen und -vertreter der Bitte der Kommissionssprecherin vollumfänglich nach, nämlich «den Anträgen der Mehrheit zu folgen und die Anträge der Minderheiten abzulehnen»: In der Tat wurden die 16 Minderheitsanträge allesamt abgelehnt und die drei Ergänzungen der LPK-Mehrheit gutgeheissen: Die Förderung der Agrarforschung mit dem Ziel, Klimaveränderungen und der Verknappung natürlicher Ressourcen vorzubeugen, wurde entsprechend neu ebenso als Ziel in die Legislaturplanung 2019-2023 aufgenommen wie der Beitrag der Schweiz zur Erreichung der international vereinbarten Klimaziele, die Erhaltung der Biodiversität und ein zu verabschiedender Bericht für eine «Umfassende Risikoanalyse und -bewertung der Schweiz».
Die vom Ständerat bereits in der Sommersession vorgenommenen Vorschläge wurden von der grossen Kammer alle gutgeheissen.

Die Beratungen der politischen Agenda des Bundesrats sind immer wieder ein umstrittener Diskussionspunkt in den Räten. Dies zeigte sich auch bei der Beratung der Legislaturplanung 2019–2023 während der Sommersession im Ständerat. Die neuerliche Diskussion, ob die Legislaturplanung vom Parlament lediglich zur Kenntnis genommen oder detailliert beraten und als einfacher, nicht bindender Bundesbeschluss verabschiedet werden soll wie dies seit 2004 vorgesehen ist, wurde zusätzlich durch die Corona-Krise angeheizt. Die ausserordentliche Situation zeige – so etwa Damian Müller (fdp, LU) –, dass es richtig sei, wenn die Legislaturplanung zu einem nicht bindenden Beschluss führe, weil der Bundesrat nur so auf unvorhergesehene Ereignisse reagieren könne. Das bedeute aber eben auch, dass es keine langen Beratungen und keine Legislaturplanungskommission brauche, weil dies letztlich viel zu viel unnötige Zeit und Kosten in Anspruch nehme. Man habe bessere Instrumente, um ganz spezifisch einzelne Massnahmen mitzusteuern, die man dann aber im konkreten Moment anwenden solle. Eine einfache Kenntnisnahme der Legislaturplanungsbotschaft reiche vollends. Dies habe er auch in einer parlamentarischen Initiative so angeregt, für dessen Unterstützung der Luzerner Freisinnige denn in seinem Votum auch schon vorsorglich warb. Heidi Z'graggen (cvp, UR) erwiderte, dass der Weg des Bundesrats, auf den das Land gesteuert werden solle, ein genaues Hinschauen verdiene und nicht einfach durchgewinkt werden sollte. Auch Carlo Sommaruga (sp, GE) führte die Pandemie an, wies aber darauf hin, dass es wegen unvorhergesehener Ereignisse wichtig sei, die Legislaturplanung auch als Legislative anpassen zu können. Thomas Minder (parteilos, SH) wiederum reihte sich zu den Kritikern des aktuellen Vorgehens ein und wies darauf hin, dass zahlreiche Massnahmen im Bericht nach der Corona-Krise Makulatur geworden seien. Er warf dem Bundesrat und der Legislaturplanungskommission deswegen «Unflexibilität» vor. Man müsse neu planen und eine angepasste Vision präsentieren. «Die Sitzung heute Nachmittag ist für mich ein verlorener Tag», schloss der Schaffhauser Ständerat. Auch Olivier Français (fdp, VD) monierte, man habe für die Beratung des Papiers viel zu viel Zeit einberaumt. In der Folge äusserte sich Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga zu Wort und gab zu bedenken, dass ein ans Parlament überwiesener Bundesbeschluss nicht einfach so zurückgenommen werden könne. Man habe aber durchaus Flexibilität bewiesen, indem eben der Bericht auch zusammen mit der Legislaturplanungskommission noch einmal überarbeitet worden sei, was sich ja auch in verschiedenen, nachträglich zu debattierenden Änderungsanträgen niedergeschlagen habe. Das Parlament müsse die Möglichkeit haben, die Planung der Regierung zu überprüfen, so die Magistratin.
Nach diesem Vorgeplänkel – eine Eintretensdebatte gab es nicht, weil Eintreten für die Legislaturplanung obligatorisch ist – wurden in der kleinen Kammer also besagte Änderungen diskutiert. Covid-19 spielte dabei freilich nur noch eine marginale Rolle, indem Artikel 1 mit einem Passus ergänzt wurde, dass sich die Politik des Bundes nach den drei Leitlinien zu richten und dabei auch die Lehren aus der Covid-19-Pandemie zu ziehen habe. Zusätzlich wurde als Massnahme eine Vernehmlassung zu einer Revision des Epidemiengesetzes angenommen. Der erste Änderungsantrag betraf zudem die dritte Leitlinie, die nicht nur den Schutz des Klimas, sondern zusätzlich auch den Schutz der natürlichen Lebensgrundlagen anstreben soll. Der Rat folgte mit 28 zu 13 Stimmen diesem Vorschlag und lehnte damit einen Minderheitsantrag Sommaruga ab, der auch die Nachhaltigkeitsziele der Agenda 2030 in der dritten Leitlinie verankern wollte. Die von Carlo Sommaruga angeführten Minderheitsvorschläge für einen verstärkten Einbezug von Nachhaltigkeitszielen blitzten auch in der Folge samt und sonders ab. Eine Mehrheit fand aber eine von der Legislaturplanungskommission vorgeschlagene sprachliche Änderung einer Massnahme zur Erreichung des 2. Ziels von Leitlinie 1 (effiziente und digitale Erbringung staatlicher Leistungen). Statt die Bundesaufgaben «kontinuierlich» zu überprüfen, sollen sie «regelmässig» überprüft werden. Neu eingeführt wurden zudem verschiedene zusätzliche Massnahmen in verschiedenen Zielen: die Stärkung des Wirtschaftsstandorts, eine Strategie zur Umsetzung einer digitalen Gouvernanz, die Gewährleistung der bilateralen Wirtschaftsbeziehungen mit der EU und dem UK, die Erarbeitung einer Strategie für Barrierefreiheit, die Gewährleistung einer optimalen IKT-Infrastruktur in allen Regionen der Schweiz, einen Bericht über die Rahmenbedingungen für eine Landesausstellung, die Erneuerung der Mittel zum Schutz der Bevölkerung «gegen Bedrohungen aus der dritten Dimension» (gemeint ist die Luftabwehr), einen Aktionsplan «Biodiversität» sowie eine Strategie zur Anpassung an den Klimawandel in der Schweiz. Lange diskutiert wurde im Rat über Bildungsthemen. Auf taube Ohren stiess dabei die Minderheit Chiesa (svp, TI) für eine Strategie zur Initiierung globaler Bildungsprogramme. Heidi Z'graggen forderte vergeblich die Streichung einer von der Kommission eingeführten Botschaft zur politischen Bildung der jungen Generation und gab zu bedenken, dass die Bildung Sache der Kantone bleiben müsse. Angenommen wurde hingegen eine Minderheit Juillard (cvp, JU), die als Massnahme einen Aktionsplan für die Förderung der Mehrsprachigkeit und den Unterricht in Heimatlicher Sprache unter Einbezug der Kantone forderte. Keine Chance hatten die Anträge von rechts, mit welchen die Massnahmen für die geregelten Beziehungen der Schweiz zur EU gestrichen oder wenigstens abgeschwächt hätten werden sollen. Eine Gesamtabstimmung war für diese Art Geschäft nicht vorgesehen. Die derart ergänzte Legislaturplanung ging nun an den Nationalrat.