Die Untersuchung der GPK und einer ihrer Subkommissionen über die Hintergründe der Entlassung von Bundesanwalt Roschacher beschäftigte das Parlament weiterhin. Konkret ging es um die Aufhebung der strafrechtlichen Immunität von Parlamentsmitgliedern. Auf Antrag seiner Rechtskommission hielt der Nationalrat mit 96 zu 75 Stimmen daran fest, die Immunität des SVP-Nationalrats Brunner (SG) aufzuheben. Gemäss der Kommissionsmehrheit handelte es sich bei der Tat Brunners um einen derart schweren Fall der Verletzung der Kommissionsvertraulichkeit, dass sie nicht nur disziplinarisch, sondern auch strafrechtlich geahndet werden soll. Die kleine Kammer bestätigte aber ihren Entscheid aus dem Vorjahr, Brunners Immunität nicht aufzuheben und legte damit das Geschäft ad acta. Alt-Bundesrat Blocher (svp, ZH) und Nationalrat Mörgeli (svp, ZH) ihrerseits hatten Strafanzeige gegen die damaligen Sprecher der Subkommission der GPK, die Nationalräte Lucrezia Meier-Schatz (cvp, SG) und Glasson (fdp, FR) und Angestellte der Bundesanwaltschaft eingereicht (09.010). Die Mehrheit der Rechtskommission des Nationalrats gelangte zum Schluss, dass kein Fall von Amtsgeheimnisverletzung vorliege und die Immunität nicht aufzuheben sei. Nach einer sehr animierten Diskussion, in welcher die SVP ihre Vorwürfe wiederholte, GPK-Mitglieder hätten zusammen mit Angestellten der Bundesanwaltschaft gegen Blocher komplottiert, trat das Plenum auf das Gesuch um Immunitätsaufhebung nicht ein; nach der Abstimmung verliess die SVP-Fraktion unter Protest den Saal. Im Ständerat hatte die Mehrheit der Rechtskommission beantragt, auf das Gesuch einzutreten und die Immunität nicht aufzuheben. Der Rat selbst folgte aber einem Minderheitsantrag Marty (fdp, TI), auf das Gesuch gar nicht einzutreten, weil auch eine an einer Medienorientierung im Auftrag einer Parlamentskommission gemachte Äusserung unter die absolute Immunität fallen müsse. Die im Parlamentsgesetz in diesem Zusammenhang enthaltene Bezeichnung „in den Räten und deren Organen“ gemachte Aussagen, sei deshalb sinngemäss und nicht wortwörtlich auszulegen. Die Klagen gegen die Mitarbeiter der Bundesanwaltschaft wurden vom zuständigen Staatsanwalt nicht weiter verfolgt und eine Beschwerde Blochers gegen diesen Einstellungsentscheid vom Bundesstrafgericht abgelehnt.

Zu einem grossen Schlagabtausch regionaler Interessen kam es im Ständerat bei der Frage des Standorts der beiden neuen Gerichte. Die Kommissionsmehrheit unterstützte den Vorschlag des Bundesrates (Aarau und Freiburg); eine aus Marty (fdp, TI), Dettling (fdp, SZ), Schweiger (fdp, ZG) und Slongo (cvp, NW) gebildete Minderheit war für Bellinzona und St. Gallen. (Zu dieser Minderheit gehörten bezüglich Bellinzona auch noch Stadler (cvp, UR) und bezüglich St. Gallen Bürgi (svp, TG)). Die Befürworter dieser Standorte versuchten einerseits darzulegen, dass bezüglich der vom Bundesrat angeführten sachlichen Kriterien für die Standortwahl (vor allem Distanz zu den Bevölkerungszentren und Personalrekrutierung) auch Bellinzona und St. Gallen geeignet seien. Viel stärker berücksichtigt werden müsse aber das staatspolitische Element einer Dezentralisierung der eidgenössischen Institutionen, und dieses spreche eindeutig für Gerichtssitze in der italienischsprachigen Schweiz und der Ostschweiz. Mit jeweils 26:15 Stimmen beschloss der Ständerat, das Bundesstrafgericht in Bellinzona und das Bundesverwaltungsgericht in St. Gallen anzusiedeln. Im Nationalrat empfahl die Kommission ebenfalls, allerdings mit nur knapper Mehrheit, die Standorte Aarau und Freiburg. Nachdem sich nahezu alle Abgeordnete aus den betroffenen vier Kantonen für ihre Region eingesetzt hatten, beschloss der Rat mit 123:61 Stimmen, Bellinzona den Vorzug vor Aarau zu geben. Knapper war der Entscheid beim wesentlich personalreicheren Bundesverwaltungsgericht. Nachdem Freiburg und St. Gallen je 92 Stimmen auf sich vereinigt hatten, gab die Ratspräsidentin Maury-Pasquier (sp, GE) den Ausschlag für Freiburg. Da aber der Ständerat auf seinem Entscheid für St. Gallen beharrte, gab die grosse Kammer mit 95:84 Stimmen nach. Der Ständerat verabschiedete anschliessend eine Empfehlung Lombardi (cvp, TI) (02.3377), welche den Bundesrat auffordert, die Bundesverwaltung zu dezentralisieren und dabei vor allem Freiburg und Aarau zu berücksichtigen.