Ein Jahr, nachdem die SBB beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen die Vergabe der Fernverkehrskonzession eingereicht hatte, konnte im August 2019 eine Einigung zwischen SBB und BLS erzielt werden. Nachdem die BLS im Mai 2019 bekannt gegeben hatte, dass sie die beiden vom BAV zugesprochenen RegioExpress-Linien nicht per Dezember 2019 übernehmen könne, weil die hängige Beschwerde der SBB die Planungssicherheit verhindere, zeigten die beiden Bahngesellschaften im Sommer Verhandlungsbereitschaft.
Mit der Vermittlung von Verkehrsministerin Sommaruga und dem Berner Regierungsrat Neuhaus (BE, svp) einigten sich SBB und BLS auf den folgenden Kompromiss: Die SBB erhält die ungeteilte Fernverkehrskonzession für weitere 10 Jahre, die BLS darf im Gegenzug ab Dezember 2019 die Linie Bern-Biel und ab Dezember 2020 die Linien Bern-Burgdorf-Olten, Bern-Neuenburg und Neuenburg-La Chaux-de-Fonds führen. Die letztgenannte Linie soll jedoch mittelfristig wieder an die SBB zurückgehen, um die geplante bessere Anbindung von La Chaux-de-Fonds an die Westschweizer Städte zu gewährleisten. Die SBB zog ihre Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht in der Folge zurück.