Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung den Nachfolger von Samuel Schmid. Die SVP schlug Christoph Blocher und Ueli Maurer vor, die Fraktionen FDP/LP sowie CVP/EVP/GLP (letztere allerdings nur mit einer äusserst knappen Mehrheit) empfahlen Maurer. Die Grünen präsentierten mit Luc Recordon (VD) einen eigenen Kandidaten. Die SP erklärte, dass sie, wie auch die anderen Regierungsparteien für die Reintegration der SVP in den Bundesrat sei, aber nicht für Maurer stimmen würde. Noch vor dem ersten Wahlgang erklärte Nationalrat Hansjörg Walter (svp, TG), der wusste, dass er von der Linken und einem Teil der CVP viele Stimmen erhalten würde, dass er eine allfällige Wahl ablehnen würde. Trotzdem erhielt er im ersten Wahlgang mit 109 die weitaus höchste Stimmenzahl; Maurer kam auf 67, Blocher auf 54 Stimmen und weitere 11 entfielen auf diverse Kandidaten. Für den zweiten Wahlgang erklärte SVP-Fraktionschef Baader (BL) den Rückzug von Blocher zugunsten von Maurer. Mit 121 Stimmen blieb aber Walter an der Spitze vor Maurer mit 119 und verfehlte das absolute Mehr von 122 nur um eine einzige Stimme. Im dritten Wahlgang steigerte sich Maurer auf 122 Stimmen und erreichte damit genau das absolute Mehr; Walter blieb bei 121. Der 57-jährige Ueli Maurer nahm die Wahl an und erklärte sich erleichtert, dass die SVP wieder in der Regierung vertreten sei. Er übernahm – da kein amtierender Bundesrat Veränderungswünsche hatte – auf den 1. Januar 2009 das VBS.
Die SVP war mit der Wahl ihres ehemaligen Parteipräsidenten in die Landesregierung sehr zufrieden. Sie betonte zwar, dass sie so rasch wie möglich auch den ihr – gemessen an ihrer Wählerstärke – zustehenden zweiten Sitz wieder zurückhaben wolle. Die Konkordanz war aber in ihren Augen soweit wieder hergestellt, dass sie ankündigte, an den zukünftigen Treffen zwischen den Spitzen der Bundesratsparteien und der Landesregierung (so genannte Von-Wattenwyl-Gespräche) wieder teilnehmen zu wollen.
Dossier: Bundesratswahlen seit 2008