Dans le cadre de la votation sur le changement d'appartenance cantonale de la ville bernoise de Moutier, l'hôpital prévôtois est source de conflits. En effet, en tant qu'employeur de première importance dans cette région-ci du Jura bernois – 330 personnes y sont employées – toute décision quant à son avenir pourrait avoir une influence significative sur le vote du 18 juin 2017. En cas de changement cantonal, le gouvernement bernois exclut toute possibilité de planification hospitalière commune, ainsi que toute ouverture de l'actionnariat de l'Hôpital du Jura bernois (HJB) – le canton de Berne étant actionnaire à 100%.
De plus, le canton du Jura s'est plaint, auprès de la conseillère fédérale en charge du bon déroulement du scrutin, Simonetta Sommaruga, ainsi qu'auprès du canton de Berne, des agissements des responsables de l'hôpital. Le conseiller d'Etat jurassien Charles Juillard (JU, cvp/pdc) remet en question l'engagement de ces derniers, qui ont fait part – par l'envoi de lettres et de publication d'annonces – de leurs inquiétudes quant aux incertitudes qu'un changement de canton pouvaient impliquer. Ces propos ont poussé le conseiller d'Etat jurassien à dire qu'il s'agissait d'une prise de position claire en faveur du maintien de la cité prévôtoise au sein du canton de Berne. Anthony Picard, le Président du Conseil d'administration de l'hôpital en question, justifie ses craintes par la proximité de l'hôpital de Delémont – 15 kilomètres séparent les deux sites – qui est également actif dans les soins aigus. Il redoute qu'en cas de changement cantonal, l'hôpital de Moutier ne soit amputé d'une partie de ses services. En réponse à ces propos et actions, le ministre jurassien de l'économie et de la santé, Jacques Gerber (JU, fdp/plr), a tenu à préciser que la feuille de route pour cette votation n'incluait pas la négociation des futures prestations de cet hôpital en cas de changement cantonal et qu'aucune modification des services n'était à prévoir avant 2021.
En février déjà, l'hôpital prévôtois était au centre de tensions quant à d'éventuelles pressions et menaces d'intimidation dénoncées par des membres du personnel ainsi que par des patients, poussant le maire de la ville de Moutier, Marcel Winistoerfer (BE, pdc/cvp) à remettre une lettre à Pierre-Alain Schnegg (BE, svp/udc) – le conseiller d'Etat bernois garant officiel de la régularité du scrutin – pour que cela ne se reproduise pas.

Im Streit um die Spitzenmedizin konnte eine Einigung erzielt werden. So verabschiedete der Vorstand der Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren (GDK) den Entwurf zu einer interkantonalen Vereinbarung zur Koordination und Konzentration in der Spitzenmedizin einstimmig. Eine solche Konzentration soll die Kosten senken und die Qualität erhöhen. Eine erste Vereinbarung zur Koordination war 2005 an der Haltung des Kantons Zürich gescheitert, da dieser verlangte, dass alle Aktivitäten in der Deutschschweiz in Zürich konzentriert sein müssen. Die Kantone haben mit ihrer Zustimmung zum Entwurf über die interkantonale Vereinbarung auch der Abtretung ihrer Kompetenz an ein gemeinsames Gremium zugestimmt.

Im Streit um die Spitzenmedizin zeichnet sich im Grundsatz eine Einigung ab. Das von der Gesundheitsdirektorenkonferenz (GDK) vorgeschlagene Konkordat stiess bei den Kantonen auf Zustimmung. Die Details blieben aber umstritten. Heute ist die Spitzenmedizin über das ganze Land verteilt. Eine Konzentration soll die Kosten senken und die Qualität erhöhen. Wollen die Kantone verhindern, dass der Bund entscheidet, müssen sie sich auf eine gemeinsame Planung einigen. Ein erster Versuch war 2005 am Widerstand des Kantons Zürich gescheitert, der eine noch stärkere Konzentration der Spitzenmedizin verlangt hatte; nach den Zürcher Vorstellungen sollte es nur ein Zentrum in der Westschweiz (Genf oder Lausanne) und eines in der Deutschschweiz (Zürich) geben. Gemäss dem neuen GDK-Vorschlag würden Eingriffe wie Herzoperationen, Lebertransplantationen und Protonentherapien künftig in wenigen universitären oder multidisziplinären Zentren durchgeführt. Beim Entscheid, welche Leistungen wo angeboten werden, sollen fachliche Aspekte mehr Gewicht erhalten: Das politische Entscheidorgan soll sich auf die Arbeit eines Expertenorgans stützen müssen.

Gemäss den Beschlüssen des Parlaments zur Spitalfinanzierung im Rahmen der 2. KVG-Revision übernimmt der Bund die Planung der Spitzenmedizin, falls sich die Kantone nicht innerhalb nützlicher Frist einigen können (siehe hier).

Gemäss neuem KVG hatten die Kantone bis Ende des Berichtsjahres die Planung für eine bedarfsgerechte Spitalversorgung aufzustellen und Listen jener Spitäler und Pflegeheime zu erlassen, die berechtigt sind, Patientinnen und Patienten zu Lasten der obligatorischen Krankenversicherung zu versorgen. Im Frühjahr gab die Schweizerische Sanitätsdirektorenkonferenz (SDK) die von den Kantonen lange erwarteten diesbezüglichen Empfehlungen heraus. Sie unterschied dabei zwischen der Spitalplanung, die als längerfristig angesetzter Prozess definiert wird, und den kurzfristig zu erstellenden Spitallisten. In letzterem Bereich empfahl sie den Kantonen, auch private Spitäler und Pflegeheime angemessen zu berücksichtigen, diese Anerkennung aber nicht an eine Subventionspflicht zu koppeln. Als erste Tendenz der Spitalplanung liess sich erkennen, dass die Kantone unter den einzelnen Spitälern eine Art Opfersymmetrie betreiben und nur in den seltensten Fällen - so etwa im Kanton Zürich - zur Schliessung ganzer Spitäler bereit sind.

Einem der Kritikpunkte des OECD-Berichtes, nämlich der mangelhaften überkantonalen Zusammenarbeit, rückten die Welschschweizer Kantone konkret zu Leibe. Sie schlossen eine Konvention ab, mit welcher kantonale und ausserkantonale Patienten bei den Tarifen der allgemeinen Abteilung der Spitäler gleichstellt werden. Damit kann unter anderem eine rationellere Nutzung kostenintensiver Einrichtungen erreicht werden. Mit ihrem Entschluss, inskünftig enger zusammenarbeiten zu wollen, leisteten auch die Universitätsspitäler von Lausanne und Genf einen Beitrag zur Vermeidung von teuren Doppelspurigkeiten.