Der Nationalrat zog der ständerätlichen Fassung des indirekten Gegenvorschlags zur Grünen Wirtschaft während einer intensiven und mehrstündigen Detailberatung mit unzähligen Änderungsanträgen etliche seiner verbliebenen Zähne. So fügte der Nationalrat etwa ein generelles Subsidiaritätsprinzip ein, was den Bund in der gesamten Umweltpolitik nur noch zur Planung von Massnahmen ermächtigen würde – und auch dies nur im Einverständnis mit der Wirtschaft –, falls keine freiwilligen Branchenlösungen existieren. Die "Plattform Grüne Wirtschaft", die Bundesrat und Ständerat als ein Forum zum Austausch von Wissenschaft, Wirtschaft, Politik und Verwaltung angedacht hatten, soll der Bund nun gemäss Nationalrat nicht mehr zwingend betreiben. Restriktiv hatte sich der Nationalrat auch bei der Verarbeitung von Abfällen gezeigt; so sollen Abfallanlagen gar keinen neuen Bestimmungen unterworfen werden. Abfälle sollen gemäss nationalrätlicher Fassung ferner auch nur dann stofflich verwertet werden müssen, wenn diese Verwertung für den Betrieb wirtschaftlich tragbar ist, was eine Einzelfallprüfung bedingen würde. Entschärft wurden auch die Auflagen zum Inverkehrbringen von Rohstoffen und Produkten: Nur wenn es sich um „ökologisch kritische" Rohstoffe oder Produkte handelt, soll der Bundesrat Anforderungen an die Handelspartner der Schweiz stellen können.
Die auf diese Weise mühsam angepasste Vorlage wurde dann jedoch in der Gesamtabstimmung mit 92 zu 95 Stimmen bei 6 Enthaltungen abgelehnt. Zu Stande kam dieser leichte Meinungsumschwung in der Gesamtabstimmung – bereits Eintreten war in der Sommersession nur durch Stichentscheid des Präsidenten beschlossen worden – zum einen durch geänderte An- und Abwesenheiten innerhalb der Fraktionen. So erhielt die Vorlage zusätzliche Nein-Stimmen aus der FDP, die im Vergleich zur Eintretensdebatte vollzählig anwesend war und ohne Enthaltungen gänzlich geschlossen stimmte. Auch die SVP, die an der Seite der FDP gegen die Vorlage kämpfte, war zahlreicher vertreten. Dies im Unterschied zur GLP, welche die Vorlage unterstützte, die aber wegen Abwesenheiten zweier Fraktionsmitglieder weniger stark auftrat als noch während der Eintretensdebatte. Zum anderen zeigten sich (leicht) geänderte Stimmverhältnisse in den Mitte-Fraktionen der CVP/EVP und BDP, wobei Letztere bereits während der Eintretensdebatte klar gemacht hatte, dass Eintreten auf und Zustimmung zur Vorlage für sie grundsätzlich zwei verschiedene Paar Schuhe seien. In der Gesamtabstimmung unterstützten schliesslich vier BDP-Vertreterinnen und -Vertreter die Vorlage, während sich die restlichen fünf Fraktionsmitglieder der Stimme enthielten. Den aus oben genannten Gründen verursachten Stimmenrückstand auf Seiten der Befürworter konnte auch die CVP/EVP-Fraktion nicht mehr wettmachen, obwohl sie sich mit 19 zu 10 Stimmen bei 1 Enthaltung deutlicher für den erneut entschlackten Gegenvorschlag aussprach als sie dies noch in der Eintretensabstimmung mit 15 zu 12 Stimmen bei 4 Enthaltungen getan hatte. Das Geschäft gelangt nun zurück in den Ständerat. Sofern dieser an der Vorlage festhält, müsste der Nationalrat das Geschäft ein weiteres Mal traktandieren.