Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2023 ein zweites Mal mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Biodiversitätsinitiative, nachdem sich der Ständerat noch in der Frühjahrssession 2023 gegen Eintreten auf die Vorlage ausgesprochen hatte.
Dem Rat lagen zu Beginn der Debatte zwei Minderheitsanträge von Markus Ritter (mitte, SG) und Alois Huber (svp, AG) auf Nichteintreten sowie ein Mehrheitsantrag der UREK-NR auf Eintreten vor. Obwohl die grosse Kammer in dieser Session lediglich über Eintreten oder Nichteintreten entscheiden konnte, diskutierte sie bereits eine mögliche Anpassung des indirekten Gegenvorschlags. Wie Kommissionssprecher Matthias Jauslin (fdp, AG) erläuterte, hatte das BAFU nämlich im Auftrag der nationalrätlichen UREK einen Entwurf erstellt, wie der Gegenvorschlag abgeändert werden könnte, um den Bedenken des Ständerates Rechnung zu tragen. Der Entwurf umfasste im Wesentlichen die folgenden Punkte: den Verzicht auf die Verankerung von neuen Begrifflichkeiten im Gesetz (beispielsweise ökologische Infrastruktur); keine Einführung von Biodiversitätsgebieten nationaler Bedeutung; keine Anpassung der Rechtsgrundlagen im Bereich der Landwirtschaft, bessere Vernetzung und Qualitätssteigerung in den bereits bestehenden Biodiversitätsgebieten sowie Fokus auf das Siedlungsgebiet in Agglomerationen und Städten als Hort der Biodiversität. Die SP, die Grünen, die GLP und die Mehrheit der FDP sprachen sich in ihren Voten für Eintreten und auch für den von der Verwaltung vorgeschlagenen Entwurf aus. Bastien Girod (gp, ZH) bezeichnete den Entwurf gar als «Kunststück», da er sowohl das Initiativkomitee zum Rückzug der Volksinitiative bewegen könnte als auch die Anliegen der Landwirtschaft und des Ständerates berücksichtige. Die grosse Kammer folgte dem Antrag ihrer Kommissionsmehrheit in der Folge mit 99 zu 77 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) und beschloss somit, an einem indirekten Gegenvorschlag festzuhalten. Nicht auf die Vorlage eintreten wollten die SVP-Fraktion sowie einige Mitglieder der Mitte- und der FDP-Fraktionen.

Nach dem Ständerat befasste sich auch der Nationalrat in der Herbstsession 2022 noch einmal ausführlich mit dem Gegenvorschlag zur Gletscherinitiative. Zuerst behandelte die grosse Kammer einen Ordnungsantrag von Michael Graber (svp, VS) auf Abtraktandierung des indirekten Gegenvorschlags zur Gletscher-Initiative. Graber führte aus, dass sein Antrag nur die Entwürfe 1 bis 3 betreffe, den Entwurf 4 zum Ausbau der Photovoltaik zur sicheren Stromversorgung im Winter tangiere er nicht. Der SVP-Nationalrat kritisierte, dass ein falsches Signal an die Bevölkerung ausgesendet werde, wenn diese zum Stromsparen aufgerufen werde und gleichzeitig ein Gesetz beschlossen werde, durch welches aufgrund der angestrebten Dekarbonisierung wiederum mehr Strom benötigt werde. Der Antrag wurde jedoch mit 131 zu 51 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) abgelehnt; einzig die SVP-Fraktion stimmte ihm geschlossen zu.
Einen Tag nach der Ablehnung des Ordnungsantrags Graber machte sich der Nationalrat an die Differenzbereinigung der Entwürfe 1 und 3, während Entwurf 2 betreffend die Förderung von neuartigen Technologien und Prozessen schon für die Schlussabstimmung bereit war und Entwurf 4, der den Ausbau der Photovoltaik betraf und neu dazu gekommen war, erst noch durch die Kommission vorberaten werden musste. Mike Egger (svp, SG) vertrat in der Detailberatung die Minderheit Rösti (svp, BE), welche die Streichung des Sonderprogramms zum Ersatz von Heizungsanlagen sowie von dessen Finanzierung forderte. Egger war der Ansicht, dass das Parlament durch den geplanten Ersatz der fossilen Heizungen als «Brandbeschleuniger in Bezug auf die drohende Strommangellage in der Schweiz» agiere. Umweltministerin Sommaruga entgegnete, dass mit diesem Programm nicht nur der Ersatz von fossilen Heizungen angestrebt, sondern auch die Energieeffizienz gefördert werde. Mit dem Ersatz aller alten Elektrowiderstandsheizungen könnten rund 2 Terawattstunden Strom eingespart werden. Somit trage diese Vorlage stark zur Versorgungssicherheit in der Schweiz bei, betonte die Umweltministerin.
Nach zahlreichen Rückfragen seitens der SVP-Fraktion an die Adresse von Sommaruga wiesen die Kommissionssprechenden Roger Nordmann (sp, VD) und Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) auf die in der Vorlage noch verbleibenden Differenzen zum Ständerat hin. Die UREK-NR hatte im Vorfeld beantragt, dem Ständerat in allen Punkten zu folgen. In der Folge bereinigte der Nationalrat alle Differenzen in den Entwürfen 1 und 3 im Sinne der Kommission und lehnte somit auch den Antrag Rösti mit 117 zu 67 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab. Für den Minderheitsantrag sprachen sich die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, die Hälfte der FDP.Liberalen-Fraktion sowie einige Mitglieder der Mitte-Fraktion aus.

Einige Tage später befasste sich der Nationalrat sodann mit dem Entwurf 4, wobei ein Antrag von Thomas Aeschi (svp, ZG) auf Nichteintreten und Rückweisung der Vorlage an die Kommission zur Durchführung einer Vernehmlassung vorlag. Susanne Vincenz-Stauffacher legte dem Plenum die Ausgangslage aus Sicht der Kommissionsmehrheit dar: Die kleine Kammer habe mit diesem Erlass ein «klares und unmissverständliches Zeichen für eine sehr rasche Umsetzung von Projekten im Solarbereich gesetzt». Die Mehrheit der Kommission unterstütze dieses Vorgehen, sehe aber beim Natur- und Umweltschutz sowie bei der Solarpflicht für Neubauten noch Anpassungsbedarf. Zudem habe die UREK-NR den Erlass um das Wasserkraftprojekt Grimsel ergänzt. In der Folge beriet der Nationalrat verschiedene Aspekte der Vorlage im Detail.
Bei den Neubauten schlug die Kommissionsmehrheit vor, die Pflicht zum Bau einer Solaranlage auf grössere Bauten ab 300 Quadratmeter Gebäudegrundfläche einzuschränken. Minderheiten wollten diese Untergrenze von 300 Quadratmetern reduzieren (Bastien Girod (gp, ZH) und Kurt Egger (gp, TG)), streichen (Mike Egger) oder vorschreiben, dass 45 Prozent des Stroms im Winterhalbjahr produziert werden müsse (Michael Graber) oder dass steuerliche Anreize die Solaranlagenpflicht ersetzen sollten (Thomas Aeschi).
Die Solaranlagen auf den Infrastrukturflächen des Bundes wollte die Kommissionsmehrheit bis 2030 ausgerüstet haben, während eine Minderheit Graber – wie der Ständerat – dem Bund hier keine zeitlichen Vorgaben machen wollte.
Den grössten Brocken stellten sodann die Solargrossanlagen in den alpinen Gebieten dar. Hierbei hatte die Kommission gewichtige Änderungen am Beschluss des Ständerates vorgeschlagen: So wollte die UREK-NR beispielsweise die Pflicht zu einer UVP im Gesetz belassen und den Bau solcher Anlagen in Mooren, Moorlandschaften und in Biotopen von nationaler Bedeutung sowie in Wasser- und Zugvogelreservaten verbieten. Kommissionssprecherin Vincenz-Stauffacher erörterte zudem weitere Anpassungen, welche die UREK-NR bei Entwurf 4 vorgenommen hatte; diese betrafen unter anderem die Mindestproduktionsmenge der Anlagen sowie die Pflicht zur Einreichung einer Wirtschaftlichkeitsrechnung durch die Anlagebetreiber. Auch zu diesen Punkten lagen einige Minderheitsanträge von linker und rechter Ratsseite vor. Schliesslich hatte die Kommission den Entwurf des Ständerates noch um einen Artikel ergänzt, welcher analog zu den Photovoltaikanlagen eine vereinfachte Vorgehensweise bei der Erweiterung von Speicherwasserkraftwerken vorschlug, wobei das Projekt Grimsel explizit Aufnahme in den Gesetzesentwurf gefunden hatte.
Nachdem die einzelnen Minderheitsanträge begründet worden waren und Thomas Aeschi seinen Nichteintretensantrag aufgrund der Dringlichkeit, für den Winter genügend Strom zu produzieren, zurückgezogen hatte, folgten die Voten der einzelnen Fraktionen. Dabei zeigte sich, dass die meisten Fraktionen den Entwurf grossmehrheitlich unterstützten, doch auch alle Fraktionen mit dem einen oder anderen Punkt nicht einverstanden waren. Dennoch setzte sich die Mehrheit der Kommission in allen Punkten durch und der Nationalrat nahm den Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 149 zu 17 Stimmen (bei 26 Enthaltungen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten dabei überwiegend von der SVP-Fraktion, die Enthaltungen von den Grünen.

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2022 als Erstrat mit der Biodiversitätsinitiative sowie mit dem indirekten Gegenvorschlag. Die umfassende Vorlage wurde während drei Sitzungen und in über 160 Wortmeldungen diskutiert. Als erstes wurden das Volksbegehren und der Gegenvorschlag von den Kommissionssprechern Matthias Jauslin (fdp, AG) und Christophe Clivaz (gp, VS) vorgestellt. Matthias Jauslin betonte die Wichtigkeit einer intakten Biodiversität für das Wohlergehen der Bevölkerung, aber auch der Wirtschaft. Leider sei rund ein Drittel der bekannten Tier-, Pflanzen- und Pilzarten in der Schweiz vom Aussterben bedroht – und dies, obwohl die Schweiz seit 2012 über die Biodiversitätsstrategie und den dazugehörigen Aktionsplan verfüge. Da die bislang unternommenen Anstrengungen nicht genügten, um dem Schwinden der Biodiversität Einhalt zu gebieten, brauche es nun griffige Massnahmen. Der Kommissionsmehrheit ginge die Volksinitiative dabei jedoch zu weit, sie schränke insbesondere den Handlungsspielraum von Bund und Kantonen zu stark ein. Die UREK-NR setze daher mehrheitlich auf den Gegenvorschlag in Form einer Änderung des NHG. Daran anschliessend bat Ursula Schneider Schüttel (sp, FR), Präsidentin von Pro Natura und Mitglied des Initiativkomitees, um Unterstützung für ihren Minderheitsantrag, der die Annahme der Volksinitiative empfehlen wollte. Schneider Schüttel liess es dabei jedoch bei einem allgemeinen Votum bleiben und ging nicht auf die Unterschiede zwischen Volksinitiative und Gegenvorschlag ein. Michael Graber (svp, VS) hingegen votierte mit seinem Minderheitsantrag dafür, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen und nicht auf den Gegenvorschlag einzutreten. Graber vertrat die Ansicht, dass die Biodiversität in der Schweiz nicht schlecht dastehe. Initiative und Gegenvorschlag seien daher gar nicht notwendig. Falls die Initiative oder der Gegenvorschlag angenommen werde, würden insbesondere die Landwirtschaft und die Energieproduktion darunter leiden, so Graber.

Danach folgten die Voten der Fraktionen:
Die Grünen sprachen sich sowohl für die Initiative als auch für den Gegenvorschlag aus. Während Delphine Klopfenstein (gp, GE) darauf hinwies, dass die Klimakrise und der Biodiversitätsverlust zusammen angegangen werden müssten, betonte Bastien Girod (gp, ZH), dass für die Grünen insbesondere die Steigerung der Qualität in ohnehin bereits geschützten Gebieten sowie die Vernetzung der Lebensräume im Zentrum stehe.
Auch die SP-Fraktion unterstützte beide Projekte. Martina Munz (sp, SH) unterstrich, dass die Landwirtschaft auf die Biodiversität angewiesen sei, da diese die Bodenfruchtbarkeit und die Bestäubung sichere und damit erst die Ernährungssicherheit garantiert werden könne.
Die GLP-Fraktion unterstützte die Initiative teilweise, sprach sich aber geschlossen für Eintreten auf den Gegenvorschlag aus. Roland Fischer (glp, LU) bemängelte, dass die Schweiz bislang quasi tatenlos zugesehen habe, wie die Biodiversität immer weiter abgenommen habe. Die Schweiz stehe im internationalen Vergleich sehr schlecht da. Folglich müssten die entsprechenden finanziellen Mittel für den Erhalt der Biodiversität bereitgestellt werden, da ein weiterer Verlust an Biodiversität die Schweiz viel teurer zu stehen kommen werde.
Die FDP.Liberale-Fraktion hingegen unterstützte den indirekten Gegenvorschlag mehrheitlich, wie Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) ausführte. Allerdings sei bei der Ausgestaltung des NHG darauf zu achten, dass die Zielkonflikte, insbesondere zwischen der Produktion erneuerbarer Energien und dem Schutz der Biodiversität, immer durch eine umfassende Güterabwägung, die auch die Interessen der Wirtschaft miteinbeziehe, gelöst würden. Die Initiative lehnte die Fraktion mit dem Verweis ab, dass dadurch praktisch die ganze Schweiz unter Schutz gestellt würde.
Die Mitte-Fraktion zeigte sich ähnlich wie die FDP-Fraktion gespalten bei der Haltung zum Gegenvorschlag; die Initiative lehnte sie ab. Wie Priska Wismer-Felder (mitte, LU) ausführte, würde die Initiative dazu führen, dass die Produktion von Nahrungsmitteln eingeschränkt würde, was die Versorgungssicherheit in Frage stellen würde. Beim Gegenvorschlag stosse insbesondere das Flächenziel von 17 Prozent an Flächen, die dem Schutz von Lebensräumen und Arten dienen (so genannte Kerngebiete), auf Widerstand in ihrer Fraktion. Sie bemängelte zudem, dass «die Flächen, auf denen heute schon aktive Biodiversitätsförderung betrieben wird, [...] den 17 Prozent Kerngebiet nicht angerechnet werden» könnten. Eine Minderheit der Mitte-Fraktion gehe jedoch davon aus, dass der Gegenvorschlag die Biodiversität fördere, ohne die Versorgungssicherheit in den Bereichen Ernährung und Energie zu schwächen.
Die SVP-Fraktion lehnte schliesslich sowohl die Initiative als auch den Gegenvorschlag ab. Pierre-André Page (svp, FR) bezeichnete die Initiative als extrem und sprach von einer Diktatur der Biodiversität auf Kosten der Landwirtschaft und der Energie. Aber auch der Gegenvorschlag sei abzulehnen, zumal er teilweise sogar weiterginge als die Initiative.
Auch Umweltministerin Sommaruga äusserte sich in ihrem Eintretensvotum zu diesem – für sie – vermeintlichen Widerspruch. Sommaruga zeigte sich erstaunt, dass versucht werde, den Schutz der Biodiversität gegen die Landwirtschaft auszuspielen, da diese sich doch gegenseitig bedingten.
Bevor der Rat zur Detailberatung überging, wurde der Nichteintretensantrag Graber mit 106 zu 78 Stimmen bei 4 Enthaltungen abgelehnt. Die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion stimmten gegen Eintreten.

Anschliessend befasste sich der der Rat in einem ersten Block der Detailberatung mit den Themen hohe Baukultur und ökologische Infrastruktur.
Zuerst stimmte der Nationalrat einer Minderheit Müller-Altermatt (mitte, SO) zu, welcher den Begriff «Schönheit» aus dem Zweckartikel streichen wollte. Andere Minderheiten, wie etwa diejenige von Michael Graber zur Entfernung der Vernetzung der für Tiere und Pflanzen wichtigen Lebensräume aus dem Zweckartikel, fanden keine Mehrheit. Graber hatte vergeblich argumentiert, dass ein «Netz von grünen Korridoren, von grünen Autobahnen» keinen Platz mehr für die Menschen übrigliesse. Sodann beschloss der Nationalrat stillschweigend, der Kommission zu folgen und die Bestimmungen zur hohen Baukultur aus dieser Vorlage zu streichen und in einer Motion (22.3892) anzugehen. Diese Motion forderte den Bundesrat dazu auf, gesetzliche Bestimmungen zur Förderung der Baukultur im Rahmen der nächsten Kulturbotschaft 2025-2028 vorzuschlagen. Der Bundesrat hatte dieses Vorgehen der Auslagerung und die Motion zuvor unterstützt.
Im Anschluss stimmte der Rat über einen viel diskutierten Minderheitsantrag II Jauslin ab, welcher im Artikel über die ökologische Infrastruktur den festen Prozentsatz an Kerngebieten an der Landesfläche streichen wollte und stattdessen dafür plädierte, die Definition von Kerngebieten dem Bundesrat zu überlassen. Dieser solle dabei neben den Biotopen von nationaler Bedeutung auch so genannte Biodiversitätsgebiete von nationaler Bedeutung bezeichnen und die Ziele für diese Gebiete festlegen können. Die Kantone sollen gemäss Jauslin die zur Erreichung der Ziele notwendigen Massnahmen ergreifen und die Umsetzung sicherstellen. Ursula Schneider Schüttel legte als Sprecherin dieser Minderheit dar, dass eine Nutzung dieser Biodiversitätsgebiete und Vernetzungsgebiete durch die Landwirtschaft nicht ausgeschlossen sei. Auch könnten in diesen Gebieten alternative Energieerzeugungsanlagen betrieben werden. Die Kommissionsmehrheit wollte hingegen eine abschliessende Liste an Gebieten festlegen, welche als Kerngebiete kategorisiert werden können. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich offen gegenüber dem Minderheitsantrag Jauslin, zumal damit womöglich gewisse Abwehrreflexe gegenüber dem fixen Flächenziel von 17 Prozent gestoppt werden könnten. In den Abstimmungen obsiegte der Antrag II Jauslin gegenüber der Kommissionsmehrheit und auch gegenüber zwei weiteren Minderheiten und einem Einzelantrag Müller-Altermatt. Diese Minderheitsanträge hatten einen Anteil der Kerngebiete an der Landesfläche von 30 Prozent (Klopfenstein Broggini), die Bekämpfung der Vergandung und Verwaldung der Landwirtschaftsflächen (Graber) sowie eine bessere Honorierung der Leistungen der Landwirtschaft (Müller-Altermatt) gefordert.

In einem zweiten Block der Detailberatung wurden weitere Änderungen des NHG sowie anderer Erlasse diskutiert. Dabei blieben alle Minderheitsanträge bis auf einen erfolglos. So lehnte der Rat etwa die erneut geforderte Streichung der Vernetzung von Schutzgebieten – dieses Mal der Biotope von nationaler Bedeutung – ab (Minderheit Rüegger; svp, OW) und konnte sich auch nicht für das Verbot der Übertragung von Vollzugsaufgaben an Private erwärmen (Minderheit Rösti; svp, BE). Abgelehnt wurde aber auch ein Antrag von links-grüner Seite, welcher die Vernetzung für bedrohte und prioritäre Tier- und Pflanzenarten stärker fördern wollte (Minderheit Clivaz). Hingegen vermochte sich die Minderheit Schneider Schüttel mit ihrem Anliegen, auch die Biotope von regionaler Bedeutung in den ökologischen Leistungsnachweis aufzunehmen, mit Stichentscheid von Ratspräsidentin Kälin (gp, AG) knapp durchzusetzen. Der Mehrheit folgend angenommen wurde sodann eine Ergänzung des JSG, wonach der Bundesrat im Einvernehmen mit den Kantonen Wildtierkorridore von überregionaler Bedeutung bezeichnen kann; diese dienen der grossräumigen Vernetzung der Lebensräume der Wildtiere.

In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer mit 104 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen für den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags aus. Dagegen votierten die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion. Bei der Abstimmung zur Volksinitiative sprach sich der Rat mehrheitlich dafür aus, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen (101 zu 72 Stimmen bei 19 Enthaltungen), wobei ähnliche Koalitionen zu beobachten waren wie bei der Abstimmung zum indirekten Gegenvorschlag; die Enthaltungen stammten zu einem grossen Teil von der GLP-Fraktion. Zudem verlängerte der Nationalrat die Behandlungsfrist für die Volksinitiative bis zum 8. März 2024.