Im März 2019 stimmten sowohl National- als auch Ständerat dem Vorschlag der Regierung zu, die Volksinitiative «Mehr bezahlbare Wohnungen» Volk und Ständen zur Ablehnung zu empfehlen. Die Entscheide fielen deutlich: im Erstrat mit 140 zu 56 Stimmen, im Zweitrat mit 30 zu 13 Stimmen bei 1 Enthaltung. Ebenso folgte das Parlament dem Bundesrat in der Aufstockung des Fonds de Roulement um zusätzliche CHF 250 Mio. für zehn Jahre ab 2020, hierzu allerdings knapper im National- und klarer im Ständerat (mit 124 zu 73 Stimmen ohne Enthaltungen bzw. 36 zu 5 Stimmen bei 2 Enthaltungen). Die Aufstockung findet nur statt, falls die Initiative entweder zurückgezogen oder abgelehnt wird; sie stellt also einen indirekten Gegenvorschlag dar. Damit würde preisgünstiger Wohnraum auch bei einer Ablehnung der Volksinitiative zusätzlich gefördert, basierend auf dem bereits bestehenden Art. 108 BV.
Die vorberatende Kommission des Nationalrates, die WAK-NR, hatte sich im Dezember 2018 noch gegen eine Aufstockung des Fonds de Roulement ausgesprochen. Die Kommissionssprecher, die jeweils dem deutsch- beziehungsweise französischsprachigen Hauseigentümerverband angehören (Hans Egloff (svp, ZH; HEV Schweiz) und Olivier Feller (fdp, VD; FRI)), argumentierten, dass die bestehenden Regelungen der Kommissionsmehrheit genügten. «Die Versorgung mit Wohnraum [sei] primär der Privatwirtschaft zu überlassen», meinte dann auch zum Beispiel Bruno Walliser (svp, ZH). Auf der Gegenseite standen unter anderem Michael Töngi (gp, LU) vom Mieterinnen- und Mieterverband Schweiz (MV) und somit Mitinitiant der Initiative zusammen mit der SP. Ob den zahlreichen Voten von Mitgliedern der SP und der Grünen für die Initiative fühlte sich Ada Marra (sp, VD) stark an einen «lutte des classes» erinnert. Die Mehrheitsmeinung zum schliesslich gefassten Beschluss dürfte Leo Müller (cvp, LU) am besten auf den Punkt gebracht haben: «Die Mängel der Initiative werden [...] durch den indirekten Gegenvorschlag behoben.» Auch in der Vernehmlassung hätten sich 24 Kantone sowie der Gemeinde- und Städteverband zwar gegen die Initiative aber für den Gegenvorschlag ausgesprochen, resümierte er weiter. Die Beiträge aus dem Fonds de Roulement seien zudem keine Subventionen, sondern verzinste Darlehen, die dem Bund unter dem Strich gar eine Rendite einbrächten, betonten sowohl Martin Landolt (bdp, GL) als auch Markus Ritter (cvp, SG) .
Die Initiative gelangt am 9. Februar 2020 zur Volksabstimmung.

Ende Juni 2018 eröffnete der Bundesrat die Vernehmlassung zum Bundesgesetz über das Gesichtsverhüllungsverbot, das er als indirekter Gegenvorschlag der Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» gegenüberzustellen plante. Im neuen Gesetz sah der Bundesrat erstens eine Pflicht zur Enthüllung des eigenen Gesichts im Kontakt mit Behörden vor. Diese Pflicht soll greifen, sofern die Behörde aus Bundesrecht verpflichtet ist, eine Person zu identifizieren oder wenn die Behörde ihre im Bundesrecht begründete Aufgabe sonst nicht ohne unverhältnismässigen Aufwand erfüllen kann. Betroffen wären in erster Linie die Bereiche Sicherheit, Migration, Sozialversicherungen sowie Personenbeförderung. Wiederholte Weigerung soll mit Busse bestraft werden, ausser die visuelle Identifizierung liegt ausschliesslich im Interesse der sich weigernden Person – in diesem Fall soll ihr die Behörde die gewünschte Leistung verweigern können. Zweitens schlug der Bundesrat vor, den Nötigungstatbestand in Art. 181 StGB durch einen Absatz 2 zu ergänzen, sodass es unter Androhung von Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe explizit verboten ist, jemanden zur Verhüllung des Gesichts zu zwingen. Ein solcher Zwang sei inakzeptabel, weshalb er dieses Verbot ausdrücklich festhalten und somit signalisieren wolle, dass ein solches Verhalten nicht hingenommen werde, gab der Bundesrat per Medienmitteilung bekannt. Von den Regelungen zur Enthüllung im Behördenkontakt versprach er sich indes die Vermeidung von Spannungen sowie eine präventive Wirkung und die Etablierung einer einheitlichen Praxis. Der Gegenvorschlag sei somit eine «gezieltere Antwort auf die Probleme, die das Tragen von gesichtsverhüllenden Kleidungsstücken mit sich bringen kann», als die Initiative, wie dem erläuternden Bericht zu entnehmen ist. Insbesondere könnten die Kantone weiterhin selbst entscheiden, ob sie die Gesichtsverhüllung im öffentlichen Raum verbieten wollten oder nicht.
Der punktuelle Ansatz des Bundesrates kam bei den Initianten nicht gut an, die daher auch nach Bekanntwerden des Gegenvorschlags nicht daran dachten, die Initiative zurückzuziehen. Gar als «Ohrfeige» für jene, die die Volksinitiative unterzeichneten, bezeichnete der Co-Präsident des Initiativkomitees Walter Wobmann (svp, SO) den bundesrätlichen Entwurf in der NZZ. Dieser blende das «Problem der Hooligans und randalierenden Chaoten», auf das die Initiative ebenfalls abziele, vollständig aus, so Wobmann weiter. Das föderalistische Argument, das der Bundesrat gegen die Initiative vorbrachte, quittierte Mit-Initiant Jean-Luc Addor (svp, VS) gegenüber der «Tribune de Genève» mit der Bemerkung, es handle sich hierbei um «eine Frage der Zivilisation», bei der die Kantone keine unterschiedliche Betroffenheit geltend machen könnten. Nicht glücklich über den bundesrätlichen Vorschlag waren unterdessen auch die Grünen: Präsidentin Regula Rytz (gp, BE) erachtete den Gegenvorschlag als genauso unnütz wie die Initiative, weil beide nichts zur besseren Integration und zur Gleichstellung der Frauen beitrügen; stattdessen befeuerten sie Vorurteile gegenüber der muslimischen Bevölkerung. Initiativgegner Andrea Caroni (fdp, AR) begrüsste die Enthüllungspflicht vor Behörden, bemängelte aber das seiner Ansicht nach überflüssige Verbot des Verhüllungszwangs, da ein solcher ohnehin unter Nötigung fiele. Die Waadtländer SP-Nationalrätin Ada Marra hielt dem bundesrätlichen Vorschlag indes zugute, den Sicherheitsaspekt ernst zu nehmen und gleichzeitig den Volkswillen – die unterschiedlichen Entscheide in den Kantonen – zu respektieren.