In Erfüllung einer Motion Leo Müller (cvp, LU) präsentierte der Bundesrat im März 2016 seine Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke, mit dem die Rückkehr zur 2011 aufgelösten Praxis der Gewinnbesteuerung besiegelt werden soll. Wertzuwachsgewinne aus dem Anlagevermögen eines land- oder forstwirtschaftlichen Betriebs sollten somit nicht mehr länger vollumfänglich, sondern privilegiert besteuert werden. In der Vernehmlassung hatte sich die Mehrheit der Kantone, die FDP (mit Ausnahme der Waadtländer Sektion), die SP und nicht zuletzt auch die Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren, der Schweizerische Gewerbeverband und der Gewerkschaftsbund gegen das Gesetzesvorhaben ausgesprochen. Vorgebracht wurden unter anderem Bedenken zur Rechtsgleichheit, da Landwirte erneut gegenüber anderen Selbständigerwerbenden bevorzugt würden. Zudem wurde die Befürchtung geäussert, dass bei den Kantonen mit Mindereinnahmen zu rechnen sei. Explizit begrüsst wurde die Rückkehr zur bisherigen Praxis von der SVP und der CVP, den Kantonen Freiburg, Genf, Nidwalden, Tessin, Waadt und Wallis sowie einer Mehrheit der stellungnehmenden Verbände und Organisationen, darunter auch der Schweizerische Bauernverband.

Nachdem sich die grosse Kammer im vorangegangenen Jahr bereits für das Anliegen ausgesprochen hatte, befürwortete in der Wintersession 2014 auch der Ständerat mit 33 zu 4 Stimmen eine Motion Müller (cvp, LU) zur Gewinnbesteuerung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken. Somit soll auch der Erlös, welcher aus der Veräusserung von Bauland aus landwirtschaftlichem Besitz entsteht, erneut der Grundstückgewinn- und nicht mehr länger der Einkommenssteuer unterliegen. Die Unterstellung unter die Einkommenssteuer, welche auf einen Bundesgerichtsentscheid aus dem Jahr 2011 zurückging, hätte gemäss Markus Ritter, dem Präsidenten des Schweizerischen Bauernverbandes, zur Folge gehabt, dass Bauernfamilien jährlich CHF 500 Mio. mehr an Steuern und Abgaben bezahlen müssten. Wie bereits 2013 im Nationalrat, stellte sich die zuständige Bundesrätin Widmer-Schlumpf auch im Ständerat erfolglos gegen eine so wiederhergestellte Ungleichbehandlung von Landwirten und dem übrigen Gewerbe; eine Einschätzung, die der Schweizerische Gewerbeverband teilte. Der Ständerat folgte bei seinem Entscheid seiner beinahe einstimmigen Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR), welche nach Kenntnisnahme eines Verwaltungsberichts den gesetzgeberischen Handlungsbedarf nicht in Abrede stellte.

Ein im Dezember 2011 gefällter Bundesgerichtsentscheid, nach dem der gesamte Gewinn aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken der Einkommens- und nicht teilweise auch der Grundstückgewinnsteuer unterliegt, bewegte Leo Müller (cvp, LU) zur Einreichung einer Motion. In seinem Anliegen forderte der Motionär die Rückkehr zur alten Praxis der Gewinnbesteuerung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken. In ihrer Antwort zur Motion entgegnete Bundesrätin Widmer-Schlumpf (bdp), das Bundesgerichtsurteil beziehe sich lediglich auf Baulandreserven. Diese würden vollkommen der Einkommenssteuer unterliegen, da sie nicht dem land- und forstwirtschaftlichen Kulturland zugeordnet würden, wie dem Entscheid des Bundesgerichts zu entnehmen sei. Eine privilegierte Besteuerung von Bauland würde zu einer zusätzlichen Ungleichbehandlung von Landwirten gegenüber anderen Selbständigerwerbenden führen. Trotz der ablehnenden Haltung des Bundesrates wurde die Motion in der Herbstsession mit 95 zu 86 Stimmen bei zehn Enthaltungen aus dem bürgerlichen Lager vom Nationalrat angenommen und an den Ständerat übergeben. Gegen das Anliegen hatten sich GLP, Grüne und SP mit einer Mehrheit aus den Reihen der FDP gestemmt.