In ihrer erneuten Beratung schwenkte die WAK-NR um und beantragte dem Nationalrat analog ihrer Schwesterkommission, nicht auf die Vorlage zum Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke einzutreten. Der Meinungsumschwung rührte in erster Linie von der deutlich zum Ausdruck gebrachten ablehnenden Haltung der WAK-SR und des Ständerats her, womit der WAK-NR eine Einigung unmöglich erschien. Nach wie vor sah die Kommission aber Handlungsbedarf bei der Besteuerung von Grundstücken im Geschäftsvermögen gegeben, weswegen sie die Lancierung eines Kommissionspostulats (17.3359) beschloss, das den Bundesrat bei Annahme verpflichten würde, die Situation der Besteuerung natürlicher und juristischer Personen in einem Bericht zu eruieren. Nach längerer Debatte stimmte der Nationalrat dem Antrag seiner Kommission mit 113 zu 63 Stimmen bei 10 Enthaltungen zu und stellte sich dabei gegen einen Einzelantrag Grin (svp, VD) auf Eintreten. Neben einer mehrheitlich geschlossenen SVP stimmte nur noch eine kleine Minderheit der FDP-Fraktion sowie vereinzelte Stimmen aus weiteren Fraktionen nach wie vor für Eintreten. Über das Postulat befand der Nationalrat noch nicht.

Anders gestaltete sich die Ausgangslage im zweitberatenden Ständerat. Dieser sah sich mit einer grossmehrheitlich ablehnenden Haltung seiner vorberatenden Kommission konfrontiert. In seiner Argumentation verwies Martin Schmid (fdp, GR) als Mehrheitssprecher der WAK-SR auch auf die möglichen finanziellen Folgen in Form gewichtiger Steuerausfälle, welche die Annahme des Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke mit sich bringen könnte, und empfahl der Kantonskammer, nicht auf die Vorlage einzutreten. Der Eintretensantrag der Kommissionsminderheit bestehend aus Peter Föhn (svp, SZ) und Isidor Baumann (cvp, UR) unterlag im Rat mit 12 zu 27 Stimmen bei 3 Enthaltungen, womit der Nationalrat erneut über Eintreten zu befinden hat.

Im erstberatenden Nationalrat erklärte Finanzminister Ueli Maurer im Namen des Bundesrates, weswegen die Regierung dem Parlament das vorgelegte Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke, das in Erfüllung einer Motion Leo Müller erarbeitet worden war, nicht zur Annahme empfehle. Dass Wertzuwachsgewinne aus dem Verkauf von Baulandreserven des Anlagevermögens künftig erneut nicht vollumfänglich besteuert werden sollen, widerspreche dem Rechtsgleichheitsgebot und verhindere eine Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit. Die bundesrätliche Argumentation deckte sich somit mit derjenigen des Bundesgerichts, welches 2011 geurteilt hatte, dass es nicht mehr länger zulässig sei, die Gewinne aus dem Verkauf sämtlicher land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke von der Bundessteuer zu befreien. Nichtsdestotrotz fanden sich im Nationalrat 100 befürwortende Stimmen, denen 84 ablehnenden Stimmen gegenüberstanden. Die stärkste Unterstützung erfuhr die Vorlage durch die SVP, welche sich geschlossen hinter das Anliegen stellte. Ferner unterstützte auch eine Grossmehrheit der CVP sowie eine starke Minderheit der FDP die Vorlage. Die Befürwortung des Geschäfts durch den Nationalrat provozierte beträchtlichen Medienrummel. Zum einen wurde Kritik am Bauernverbandspräsidenten und Nationalrat Markus Ritter (cvp) laut, der im Vorfeld der parlamentarischen Beratung intensiv für die Vorlage lobbyiert hatte. Von einer medialen Kritikwelle wurde gar Bundesrat Guy Parmelin erfasst. Im Rahmen des Mitberichtsverfahrens hätte sich der VBS-Direktor gar noch für eine Verschärfung der Vorlage eingesetzt, welche die Rückwirkung für die Zeit zwischen dem Bundesgerichtsurteil und der neuen Regelung erlauben würde. Aufgrund eigener Interessen hätte er jedoch in den Ausstand treten müssen. Obwohl der Gesamtbundesrat in seiner Botschaft auf die Einführung einer Rückwirkungsklausel verzichtet hatte, brachte die nationalrätliche Kommissionsmehrheit eine solche während der Beratung im Nationalrat erfolgreich in den Entwurf ein.
Kurz nach der nationalrätlichen Beratung drohte die GLP bereits mit dem Referendum, sollte das Steuerprivileg für die Bauern wieder eingeführt werden.

In Erfüllung einer Motion Leo Müller (cvp, LU) präsentierte der Bundesrat im März 2016 seine Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke, mit dem die Rückkehr zur 2011 aufgelösten Praxis der Gewinnbesteuerung besiegelt werden soll. Wertzuwachsgewinne aus dem Anlagevermögen eines land- oder forstwirtschaftlichen Betriebs sollten somit nicht mehr länger vollumfänglich, sondern privilegiert besteuert werden. In der Vernehmlassung hatte sich die Mehrheit der Kantone, die FDP (mit Ausnahme der Waadtländer Sektion), die SP und nicht zuletzt auch die Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren, der Schweizerische Gewerbeverband und der Gewerkschaftsbund gegen das Gesetzesvorhaben ausgesprochen. Vorgebracht wurden unter anderem Bedenken zur Rechtsgleichheit, da Landwirte erneut gegenüber anderen Selbständigerwerbenden bevorzugt würden. Zudem wurde die Befürchtung geäussert, dass bei den Kantonen mit Mindereinnahmen zu rechnen sei. Explizit begrüsst wurde die Rückkehr zur bisherigen Praxis von der SVP und der CVP, den Kantonen Freiburg, Genf, Nidwalden, Tessin, Waadt und Wallis sowie einer Mehrheit der stellungnehmenden Verbände und Organisationen, darunter auch der Schweizerische Bauernverband.