Der Nationalrat beschäftigte sich in der Wintersession 2021 als Erstrat mit der Übernahme der EU-Verordnung 2020/493 über das System FADO (False and Authentic Documents Online), die eine Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands darstellt. Während der Nutzen des Systems FADO für die Schweiz unbestritten war, taten Vertreterinnen und Vertreter der SP- und der Grünen Fraktion in ihren Voten vor allem ihren Unmut über den Entscheid der EU-Kommission kund, die Verantwortung für das System FADO an Frontex zu übertragen. Die Grenzschutz-Agentur Frontex sei eine «total dysfunktionale Institution» (Christian Dandrès, sp, GE), gegen die «verschiedene Verfahren und Vorwürfe» wegen Grundrechtsverletzungen im Raum stünden, führte Florence Brenzikofer (gp, BL) aus. Eine Minderheit Brenzikofer beantragte denn auch die Sistierung der Vorlage bis zur allfälligen Referendumsabstimmung über den Bundesbeschluss zur finanziellen Beteiligung der Schweiz an Frontex. Über eine intensivere Zusammenarbeit mit Frontex wie die Weiterbeteiligung der Schweiz am System FADO solle erst entschieden werden, nachdem sich die Stimmbevölkerung zu Frontex habe äussern können, argumentierte die Antragstellerin. Ausserhalb des links-grünen Lagers fand der Sistierungsantrag jedoch keine Zustimmung und wurde mit 106 zu 57 Stimmen bei 6 Enthaltungen deutlich abgelehnt. Der Ratsmehrheit erschien es in den Worten von Beat Flach (glp, AG) «völlig verfehlt», die Umsetzung der Schengen-Weiterentwicklung zu verzögern und «die Schengen-Assoziierung nur wegen dieser kleinen Anpassung zu riskieren». Nachdem er auf das Geschäft eingetreten war, nahm der Nationalrat eine einzige Änderung am Entwurf vor. Auf Antrag seiner vorberatenden Rechtskommission strich er einen Absatz, wonach der Bundesrat ermächtigt würde, selbstständig neue Staatsverträge mit Änderungen der Zugriffsrechte auf FADO abzuschliessen. Der Nationalrat sprach sich stillschweigend dafür aus, dass das Parlament in solchen Fällen vorgängig konsultiert werden muss. In der Gesamtabstimmung nahm die grosse Kammer die Vorlage mit 123 zu 62 Stimmen bei 5 Enthaltungen an, wobei die Grüne Fraktion geschlossen, die SP-Fraktion grossmehrheitlich und einzelne Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen votierten.

Le 17 mai 2017, le Conseil fédéral soumettait au Parlement le projet d'arrêté fédéral concernant la reprise du règlement (UE) 2016/1624, relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes. Le règlement en question s'inscrit dans la lignée de l'acquis de Schengen, dont la Suisse s'est engagée, lors de son association en 2004, à reprendre les développements successifs. Adopté en septembre 2016 par le Parlement européen et le Conseil de l'Union européenne dans le contexte d'une pression accrue aux frontières extérieures de l'Europe et de l'augmentation du flux migratoire, le règlement en question dote l'Agence européenne de garde-frontières et de garde-côtes ("Frontex") de nouvelles compétences. Tel que spécifié dans le message du Conseil fédéral du 17 mai 2017, l'objectif consiste alors, à faire coïncider au mieux sécurité et libre circulation des personnes sur le territoire de l'UE.
A l'échelon helvétique, le Conseil fédéral se prononce, dès le mois d'octobre 2016, en faveur de la reprise du règlement européen 2016/1624, dont découle une nécessaire adaptation de la Loi fédérale sur les étrangers, de la Loi fédérale sur les offices centraux de police criminelle de la Confédération et les centres communs de coopération policière et douanière avec d'autres États, ainsi que de la Loi sur les douanes.

Le Conseil national était le premier à se prononcer sur cet objet, lors de la session d'automne 2017, le mot d'ordre d'une majorité de la CPS-CN plaidant en faveur de l'entrée en matière. Opposée à l'entrée en matière, la minorité Glättli (verts, ZH) rassemblait les voix contestataires des élus UDC et Verts. Dénonçant les faiblesses démocratiques de Schengen, les élus du parti nationaliste conservateur ont tenu à rappeler que la Suisse, en tant qu’État associé, participe certes aux discussions entourant le développement de l'acquis de Schengen, mais ne dispose pas de véritable droit de co-décision. Rapportant la parole du groupe des Verts, Lisa Mazzone (verts, GE) s'est pour sa part exprimée en faveur d'une politique d'asile plus humaine: "Frontex Plus, c'est plus de compétences, plus de moyens, plus de personnel pour bafouer un droit humain, le droit qui prévoit que chacun a la possibilité de quitter le pays dans lequel il se trouve."
La minorité Arnold (udc, UR), composée d'une majorité de conseillers nationaux UDC et du libéral-radical Walter Müller (plr, SG), était quant à elle favorable à un renvoi du projet au Conseil fédéral, afin que soit inscrite noir sur blanc la priorité de "prévenir le franchissement illégal de la frontière déjà aux frontières extérieures de l'espace Schengen".
Précisons également que le groupe socialiste, invoquant une nécessaire coopération à l'échelle européenne, s'est prononcé pour l'entrée en matière et contre le renvoi de l'objet au Conseil fédéral, une position finalement acceptée par une majeure partie du Conseil national lors du vote sur l'entrée en matière.

Lors de la discussion par article, la chambre basse a une nouvelle fois suivi la majorité de sa Commission et procédé à une double modification du projet du Conseil fédéral: d’abord par la proposition d'un plafonnement de 12 millions à la participation annuelle de la Suisse au projet Frontex, ensuite par l'ajout d'un article 1a, spécifiant que: "l’association de la Suisse [au nouveau règlement] ne doit pas entraîner une dégradation de la surveillance des frontières suisses".
Lors du vote sur l'ensemble, la majorité du Conseil national s'est prononcé, en définitive, en faveur de l'adoption du projet modifiant la version du Conseil fédéral (102 voix pour, 75 contre et 10 abstentions).