Der Swissmem-Direktor Stefan Brupbacher sah sich im Juni 2019 mit dem Vorwurf konfrontiert, bereits vor seinem Amtsantritt bei Swissmem, als er also noch Generalsekretär beim WBF war, dem Industrieverband vertrauliche Angaben über einen Antrag Aebi (svp, BE) betreffend die Handhabung von Palmölimporten zugespielt zu haben, der für eine damals noch bevorstehende Sitzung der APK-NR im Jahr 2018 zum Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien traktandiert war.
Gemäss Medienberichten wollte sich Andreas Aebi (svp, BE) im November 2018 per Antrag in der APK-Sitzung um erneut strengere Bestimmungen bezüglich der Palmöl-Importe im Freihandelsabkommen mit Indonesien bemühen, nachdem die Auflagen im September bereits im Ständerat nach Annahme einer Motion verschärft worden waren. Laut Basler Zeitung hätte eine Annahme des Antrags von Aebi den Abschluss des Freihandelsabkommens erschwert und «gravierende Folgen für die Swissmem-Unternehmen und die übrige Exportwirtschaft» gehabt. Zwar zog Aebi letztlich seinen Antrag an der besagten Sitzung im November wieder zurück, dass Brupbacher aber Swissmem bereits vor der Behandlung des Antrags in der Sitzung vor dessen Inhalt warnte, sorgte schliesslich für den Eklat: Die Presse berichtete über einen Mailwechsel zwischen Brupbacher und dem damaligen Interimsdirektor von Swissmem, Jean-Philipp Kohl, der nur wenige Tage vor der Sitzung stattgefunden hatte. Dem Tages-Anzeiger zufolge, welcher Auszüge aus der Korrespondenz veröffentlichte, bezeichnete Brupbacher darin den Antrag Aebis als «desaströs» und betonte, es gelte, den «einen oder anderen Parlamentarier aus CVP und SVP» von den negativen Auswirkungen des Antrags zu überzeugen. Kohl dankte daraufhin Brupbacher und fragte nach, ob denn «alle anderen in der Kommission» entweder «clean» oder bereits «hoffnungslos verloren» seien. Angeblich erhielten mehrere CVP-Politiker sodann Mails von Kohl, worin sie darum gebeten wurden, mögliche Verschärfungen betreffend das Freihandelsabkommens zu bekämpfen.

Mit seinem Verhalten, so der im Sommer 2019 laut gewordene Vorwurf, habe sich Brupbacher bereits vorsorglich für seinen zukünftigen Arbeitgeber eingesetzt und dadurch «zahlreiche Punkte des Verhaltenskodexes des Bundespersonals» wie etwa die Ausstandspflicht bei Befangenheit oder die Geheimhaltungspflicht verletzt. Gegenüber den Medien bezeichnete auch APK-Präsidentin Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) nach Bekanntwerden des Vorfalls das Vorgehen Brupbachers als «nicht akzeptabel» und im November 2019 eröffnete die Bundesanwaltschaft gar ein Strafverfahren gegen den heutigen Verbandsdirektor. Brupbacher selbst sei sich laut NZZ keiner Schuld bewusst – auch gelte die Unschuldsvermutung –, denn die Traktandenliste für die diskutierte Sitzung von 2018 sei «breit bekannt» und der «Widerstand gegen das Freihandelsabkommen» kein Geheimnis gewesen.

Die Niederlage in der Abstimmung über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) brachte die kampagnenführenden Wirtschaftsverbände, insbesondere Economiesuisse, politisch unter Druck. Im Interview mit dem «Blick» eine Woche nach der Abstimmung distanzierte sich FDP-Parteipräsidentin Petra Gössi, deren Partei sich neben dem SGV und Economiesuisse zuvorderst an der Ja-Kampagne zur USR-III-Abstimmung beteiligt hatte, deutlich von den Wirtschaftsverbänden. Einzelne Wirtschaftsverbände hätten in der Bevölkerung kein gutes Ansehen mehr, schlimmer sei aber, dass die Verbände zwar «reichlich Geld», aber das Gespür verloren hätten, «von wo der politische Wind weht». Das fehlende politische Gespür verortete Gössi im Versagen von Economiesuisse, ein Bindeglied zwischen Politik und Wirtschaft zu sein und auch Missstände in der Wirtschaft aufzeigen zu können. «Warum verdient zum Beispiel ein Manager Abermillionen, wenn das Unternehmen gleichzeitig Verluste einfährt?», fragte Gössi rhetorisch und antwortete gleich selbst, dass dies «kein Mensch» verstehe. Auch zeigte sie sich enttäuscht, dass ihre Partei in der Abstimmungskampagne zu wenig zu Wort gekommen sei. «Eine Kampagne wie bei der Unternehmenssteuerreform III wird es mit der FDP nicht mehr geben», schlussfolgerte Gössi. In Zukunft sehe sie keinen anderen Weg, als dass in Abstimmungskampagnen die Parteien wieder die Führung übernehmen müssten. In der «Schweiz am Sonntag» griff auch Ulrich Giezendanner (svp, AG) die Führung von Economiesuisse an. Er beanstandete, dass der Wirtschaftsverband im Parlament an Bedeutung verliere und dessen Präsident Heinz Karrer und die Direktorin Monika Rühl öffentlich zu wenig präsent seien, um das Vertrauen der Bevölkerung gewinnen zu können. Giezendanner forderte die Absetzung der Economiesuisse-Führung, musste sich aber im Gegenzug den Vorwurf gefallen lassen, dass er sich als SVP-Politiker eine europapolitisch kritischere Verbandsspitze wünsche und ihm ein Wechsel im Führungsstab in dieser Hinsicht gelegen käme. Giezendanner forderte jedoch auch, dass die Kampagnenführung vom Dachverband getrennt werden solle – eine Idee, die der ehemalige Direktor von Avenir Suisse, Gerhard Schwarz, nach der USR-III-Abstimmung in der NZZ aufgeworfen hatte. Bis im Jahr 2000 habe es neben Economiesuisse, dem Arbeitgeberverband und dem SGV noch die «Wirtschaftsförderung» als Kampagnenorganisation der Wirtschaftsverbände gegeben. Würden das Lobbying und die Kampagnenführung eines Wirtschaftsverbandes nicht getrennt, könnten sie sich gegenseitig beschädigen, so Schwarz, weil Lobbying persönliche Kontakte und grosse Detailgenauigkeit in politischen Geschäften erfordere, die Kampagne hingegen Massenkommunikation sei und meist Vereinfachungen verlange. In der «Nordwestschweiz» verwies der Mediensprecher von Economiesuisse darauf, dass man im Verband eine Aufteilung von Lobbying und Kampagnenführung nach der verlorenen Abzocker-Initiative ernsthaft geprüft habe und damals zum Schluss gekommen sei, die beiden Bereiche nur intern zu trennen. Bei der Analyse der USR III werde dies aber erneut Thema sein. Monika Rühl und Heinz Karrer verwiesen nach der Abstimmung darauf, dass man die Kampagne noch sorgfältig analysieren müsse. Sicher wolle man bei zukünftigen Kampagnen vermehrt die persönliche Betroffenheit bei den Stimmbürgern aufzeigen, so wie dies den Gegnern der USR III gelungen sei, so Rühl in der Luzerner Zeitung. Aber auch das Economiesuisse-Projekt «Wirtschaft und Gesellschaft», mit welchem Economiesuisse seit zwei Jahren versucht, den Dialog zur Bevölkerung herzustellen, müsse fortgeführt werden. Heinz Karrer gab in der Basler Zeitung zu bedenken, dass Auftritte von Persönlichkeiten wie alt Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf und der ehemalige Solothurner FDP-Regierungsrat Christian Wanner ebenfalls das Abstimmungsresultat beeinflusst haben dürften und die Niederlage nicht alleine auf Fehler in der Kampagnenführung zurückzuführen sei. Ein Rücktritt seinerseits sei derzeit kein Thema.

Nachdem die Schweizerische Public Affairs Gesellschaft (SPAG) 2014 ihre Standesregeln verschärft hatte und fortan alle Mitglieder verpflichtet waren, ihre Mandate auf der Webseite offenzulegen, erfüllten nach Ansicht des Vorstands einige Mitglieder diese Vorgabe rund zwei Jahre später immer noch nicht. Im April 2016 forderte der Verband sämtliche Mitglieder auf, bis Mitte des Monats ihre Online-Profile zu aktualisieren und so ihre Mandate transparent zu machen. Anfang Juni ermahnte der Verband 18 Mitglieder, dass sie die Liste ihrer Mandate vervollständigen sollen – würden sie ihrer Pflicht bis Ende Juni nicht nachkommen, würden sie vom Verband ausgeschlossen. Für den rund 200 Mitglieder zählenden Dachverband der Lobbyisten wäre dies ein Verlust von fast 10 Prozent seiner Mitglieder gewesen. In einer Medienmitteilung am 1. Juli gab die SPAG bekannt, dass fünf Mitglieder aus dem Verband ausgeschlossen wurden, weil diese ihr Profil innerhalb der gesetzten Frist nicht aktualisiert hätten.