Noch bevor das Bundesverwaltungsgericht seine Arbeit aufgenommen hatte, erklärte der im Vorjahr zum Präsidenten gewählte Hans Urech seinen Rücktritt wegen Arbeitsüberlastung. Zum neuen Präsidenten wählte die Vereinigte Bundesversammlung den ebenfalls der SVP angehörenden Christoph Bandli.

Das befristete Gesetz über den Aufbau des Bundesverwaltungsgerichts stiess auch im Nationalrat auf Zustimmung und wurde vom Parlament in der Frühjahrssession gutgeheissen. In der Herbstsession wählte die Vereinigte Bundesversammlung die neuen 72 Richterinnen und Richter dieser Institution; zum Präsidenten wurde Hans Urech erkoren. Das Gericht, das weitgehend die bestehenden Verwaltungsrekurskommissionen ersetzt, wird seine Arbeit im Jahr 2007 aufnehmen. Standort wird vorerst Bern sein; der Umzug nach St. Gallen, wo zuerst ein neues Gebäude erstellt werden muss, ist für 2011 vorgesehen.

Bei einer Ersatzwahl für das Bundesgericht durch die Vereinigte Bundesversammlung kam es zu einer Premiere. Mit Thomas Merkli wurde erstmals ein Angehöriger der Grünen Partei zum Bundesrichter gewählt. Unterstützt von den Fraktionen der GP, der SP, der LdU/EVP, der SVP und der SD/Lega setzte er sich knapp gegen einen freisinnigen Konkurrenten durch.