Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Ein Postulat von Giovanni Merlini (fdp, TI) hatte eine Erleichterung der grenzüberschreitenden Finanzdienstleistungen für italienische und französische Privatkundinnen und Privatkunden zum Ziel. Da Italien und Frankreich die MiFID-II-Richtlinie der EU restriktiv ausgelegt habe, dürften Finanzintermediäre aus Nicht-EU-Staaten in den beiden Staaten nur noch Finanzdienstleistungen anbieten, wenn sie darin über eine Zweigniederlassung verfügen. Entsprechend solle der Bundesrat einen Bericht zur Situation des Tessiner und Genfer Finanzsektors, die von diesen Regelungen besonders stark betroffen seien, sowie zu deren Zugang zum italienischen respektive französischen Markt ausarbeiten. Darin solle er auch Massnahmen darlegen, die solche Dienstleistungen für schweizerische Finanzintermediäre erleichtern sollen.

Da das Postulat vom Bundesrat zur Annahme empfohlen und von Prisca Birrer-Heimo (sp, LU) in der Wintersession 2017 bekämpft worden war, beschäftigte sich der Nationalrat in der Frühjahrssession 2018 damit. Dabei wies der Postulant auf die in seinen Augen ungerechte Behandlung der Schweiz durch die EU hin, etwa bezüglich der zeitlich beschränkten Anerkennung der schweizerischen Vorschriften bezüglich der Börse oder bezüglich der Aufnahme der Schweiz auf die graue Liste der Staaten mit privilegierter Besteuerung. Deshalb wolle er nun den Bundesrat mit der Verfassung dieses Berichts beauftragen. So sei den Privatbanken die Eröffnung einer Zweigniederlassung „aus wirtschaftlichen, steuerlichen und unternehmerischen Gründen nicht zumutbar“. Ohne Zweigniederlassung(en) verlören sie jedoch Kundschaft und würden weniger Umsatz machen, wodurch Arbeitsplätze verloren gingen. Man müsse daher mit diesen Staaten „auf Augenhöhe sprechen und verhandeln“; insbesondere da sich Italien gemäss dem Postulanten mit der Roadmap vom Februar 2015 verpflichtet habe, den Zugang zu grenzüberschreitenden Finanzdienstleistungen zu erleichtern. Prisca Birrer-Heimo erklärte ihren Widerstand gegen den Vorstoss damit, dass sie nicht noch ein „Sonderzügli“ sehen möchte: Wenn das Fidleg und das Finig äquivalent der Mifid-II-Bestimmungen umgesetzt würden, gäbe es keine Probleme mit dem EU-Marktzugang. Stattdessen versuche man, möglichst viel herauszuholen, obwohl man gesehen habe, dass die EU da nicht mitspiele. Finanzminister Maurer hingegen stellte sich im Namen des Bundesrates hinter das Postulat und erklärte, man werde die Situation analysieren und anschliessend versuchen, entsprechende Verträge, wie sie mit Deutschland bereits existierten, abzuschliessen. Den Erfolg des Vorhabens könne er jedoch nicht garantieren.
Der Nationalrat stimmte dem Postulat mit 138 zu 47 Stimmen zu, dagegen sprachen sich geschlossen die Fraktionen der SP und der Grünen aus.

Depuis 2016, l'affaire des Panama Papers secoue la sphère financière internationale. Ces secousses n'épargnent pas la Suisse. L'Autorité de surveillance financière de l'Etat de New York (DFS) a notamment ouvert une enquête à l'encontre du Credit Suisse. Philipp Hadorn (ps, SO) a déposé une motion qui charge le Conseil fédéral de déterminer si, dans l'affaire des Panama Papers, les prestataires financiers helvétiques ont respecté la législation suisse en matière d'évasion fiscale. Il propose que la FINMA et le Ministère public de la Confédération entament une procédure d'entraide administrative ou judiciaire avec le DFS américain. Face à cette requête, le Conseil fédéral s'est montré sceptique. Ueli Maurer a notamment souligné, dans son intervention devant la chambre du peuple, que la FINMA et le Ministère public de la Confédération étaient deux autorités indépendantes du gouvernement et du Parlement, et que l'Office fédéral de la justice (OFJ) n'avait pas reçu de demande d'entraide de la part des autorités américains. Lors du vote, seul le PS et les Verts ont voté en faveur de la motion qui a donc été rejetée par 133 voix contre 55 et 2 abstentions.

Nationalrätin Graf-Litscher (sp, TG) wies in ihrem Postulat für eine Meldepflicht bei kritischen Infrastrukturen darauf hin, dass Infrastrukturen wie Strom und Telekommunikation sehr essentiell für die Schweiz sind und Risiken wie Cyberangriffe, Naturkatastrophen sowie militärische und terroristische Angriffe auf die Infrastruktur grosse Auswirkungen auf das ganze Land haben würden. Sie forderte den Bundesrat dazu auf, darzustellen, wie eine mögliche Meldepflicht bei potenzieller Bedrohung aussehen könnte. Mithilfe einer systematischen Auswertung dieser Meldungen könnte so ein Frühwarn-, Beratungs- und Abwehrsystem aufgebaut werden, welches potenzielle Risiken verringert.
Bundesrat Maurer begrüsste diese Forderung und betonte die geforderte Systematik, die zur Prävention von Risiken führen könne. Durch den Austausch von Erfahrungen unter den Betreibern und den staatlichen Behörden könne das Sicherheitsdefizit der Schweiz in diesem Bereich verringert werden. In der Schweiz seien derzeit wichtige Infrastrukturen anfällig bezüglich diverser Gefahren. Der Nationalrat nahm das Postulat am 13. Dezember 2017 stillschweigend an.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat den Nachtrag I zum Voranschlag 2017, der neun Nachtragskredite im Wert von insgesamt CHF 37 Mio. umfasste, sowie den Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017, der einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio. beinhaltete. Der Nachtrag I enthielt einen zusätzlichen Kredit für die Bundesanwaltschaft, die gemäss Philipp Müller (fdp, AG) bereits grosse Anstrengungen zur Stabilisierung ihrer Lohnentwicklung unternommen hatte, durch die im Voranschlag 2017 beschlossenen Querschnittskürzungen nun aber Probleme bekam, die Löhne zu zahlen (CHF 700'000). Weitere Kredite wurden durch die Beitragspflicht und den Anstieg der Betragssätze an die Organisation des Vertrages über das umfassende Verbot von Nuklearversuchen (CHF 40'000), an die Internationale Organisation für Migration (CHF 97'673) sowie an das Europäische Unterstützungsbüro für Asylfragen (CHF 2.5 Mio.) nötig. Zudem beantragte das VBS einen Nachtragskredit für 30 befristete Vollzeitäquivalentstellen beim Generalsekretariat, deren Finanzierung zur Zeit des Voranschlags 2017 noch nicht geklärt war (CHF 4.9 Mio.). Als eher ungewöhnlich bezeichnete Bundesrat Maurer schliesslich die beantragten CHF 18 Mio. für das Projekt FISCAL-IT. Für das Nachfolgeprojekt von INSIEME waren zunächst CHF 85.2 Mio. bewilligt worden, um 29 Teilprojekte zu den verschiedenen Steuerarten (Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer usw.) umzusetzen. Gemäss Finanzminister Maurer sind bereits ein Grossteil dieser Teilprojekte in Betrieb, es seien jedoch einige Teilprojekte hinzugekommen und es habe teilweise Verzögerungen gegeben, weswegen nun dieser Nachtragskredit nötig wurde. Die FK-SR beantragte die Annahme aller Nachtragskredite und der Ständerat stimmte ihr einstimmig mit 40 Stimmen (bei einer Enthaltung) zu.
Deutlich mehr Beachtung fand sowohl in den Medien als auch im Ständerat der Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017. Der Bundesrat beantragte CHF 215 Mio. für einen fälligen Bürgschaftskredit des Bundes für die Schweizer Hochseeflotte. Die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann erklärten den Ständerätinnen und Ständeräten ausführlich, dass zwei Reedereien, denen der Bund durch Bürgschaften bei der Finanzierung ihrer Flotte half, kurz vor dem Bankrott gestanden hätten. Die Bürgschaften war der Bund eingegangen, damit die Schiffe im Gegenzug die Schweiz im Krisenfall mit wichtigen Gütern und Ressourcen versorgen würden. Um den Bankrott der Reedereien zu verhindern, mussten dreizehn Schiffe zu relativ tiefen Preisen verkauft werden, wodurch dem Bund als Bürge nun Kosten entstünden. Entsprechend hätten weder Bundesrat noch Parlament wirklich eine Wahl, die Bürgschaft sei zu zahlen; das Parlament könne entsprechend entweder dem Nachtragskredit zustimmen oder Ende Jahr eine Kreditüberschreitung zur Kenntnis nehmen. Der Nachtragskredit erlaube es aber, Zinsen gegenüber den Banken in der Höhe von monatlich CHF 1 bis 2 Mio. zu sparen. Dieses Argument überzeugte den Ständerat, stillschweigend nahm er den Nachtragskredit Ia an.