Deutlich umstrittener als im Ständerat waren die Nachträge I und Ia zum Voranschlag 2017 im Nationalrat. So hiess der Nationalrat den Nachtrag Ia über die Bürgschaft für die Hochseeflotte lediglich mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Grossteil der Gegenstimmen stammte von der SVP-Fraktion, während die SP-Fraktion ihren Unmut vor allem durch Enthaltungen kund tat. Vom Ständerat abweichende Voten gab es bei verschiedenen weiteren Nachtragskrediten. So entschied sich der Nationalrat in Übereinstimmung mit der FK-NR gegen zusätzliche Gelder für die Bundesanwaltschaft. Einerseits kritisierte die FK-NR, dass der Nachtragskredit für die Bundesanwaltschaft den Entscheid des Parlaments beim Voranschlag 2017 rückgängig machen würde, andererseits wollte Nationalrat Pezzatti (fdp, ZG) ein Präjudiz verhindern. Trotz dem eindringlichen Aufruf von Hanspeter Uster als Vertreter der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft (AB-BA), auf die Kürzungen zu verzichten, um geplante IT-Investitionen nicht zu verhindern und der grossen Reduktion der Personalkosten bei der Bundesanwaltschaft um 4.5 Prozent pro Stelle Rechnung zu tragen, sprach sich der Nationalrat mit 111 zu 73 Stimmen (1 Enthaltung) gegen den entsprechenden Nachtragskredit aus. Beim FISCAL-IT-Projekt kritisierte die Mehrheit der FK-NR, dass noch unklar sei, welcher Teil des Nachtragskredits dem Technologiefortschritt und welcher den zu optimistischen Einschätzungen der Kosten geschuldet sei und welche Auswirkungen die Ablehnung des Nachtragskredits auf das Projekt haben würde. Franz Grüter (svp, LU) betonte mit Verweis auf einen KPMG-Untersuchungsbericht vor allem die Sorge vor ausufernden Kosten: Der Bericht skizzierte drei Szenarien, die für das Projekt zwischen CHF 43.7 Mio. und 75 Mio. Restkosten vorsehen. Aufgrund zahlreicher offener Fragen bevorzuge seine Fraktion daher eine Behandlung des Kreditantrags im Rahmen des Voranschlags 2018, wenn mehr Informationen vorhanden sein werden. Alois Gmür (cvp, SZ) hingegen betonte, dass selbst die kritische Mehrheit der FK-NR den zusätzlichen Finanzbedarf des Projektes nicht bestreite. Eine Annahme des Nachtragskredits würde entsprechend Sicherheit schaffen und zu einer speditiven Fortführung des Projekts beitragen. Die Mehrheit des Nationalrats – bestehend aus der SVP-, FDP- und Teilen der BDP-Fraktion – folgte jedoch der Finanzkommission und lehnte den Nachtragskredit des FISCAL-IT-Projekts mit 96 zu 89 Stimmen (0 Enthaltungen) ab.

BRG Nachtrag I zum Voranschlag 2017
Bundeshaushalt 2017: Voranschlag und Staatsrechnung