Zu Beginn der Sommersession hatte der Nationalrat über die parlamentarische Initiative Heer (svp, ZH) zu befinden, mit welcher die Bundesanwaltschaft wieder in die Bundesverwaltung integriert werden sollte. Die Mehrheit der RK-NR hatte empfohlen, der Initiative keine Folge zu geben.
Die Bundesanwaltschaft geniesse seit 2011 die gleiche organisatorische Unabhängigkeit wie die Gerichte, führte Karl Vogler (csp, OW) für die Kommission während der Debatte aus. Dies müsse so bleiben, damit sichergestellt sei, dass kein politischer Akteur Einfluss nehmen könne. Genau dieser Gefahr wäre die Bundesanwaltschaft allerdings ausgesetzt, wenn sie wieder – wie bereits vor 2011 – im EJPD angesiedelt würde. Alleine der Vermutung, dass sich das Departement etwa bei heiklen Untersuchungen gegen die Verwaltung oder die Regierung einmischen könnte, müsse entgegengetreten werden. Die Unabhängigkeit sei ein Gebot der Rechtsstaatlichkeit.
Dies sahen eine Minderheit der Kommission und der Initiant selber anders. Alfred Heer sprach von einer «Scheinverselbstständigung» und einer «Scheinunabhängigkeit». Die Bundesanwaltschaft – als ein Akteur, der irgendwo zwischen den drei Gewalten angesiedelt werden könne, so die Ausführung des Minderheitensprechers Pirmin Schwander (svp, SZ) – sei in vielen Fällen abhängig von anderen Akteuren oder habe keine Verfügungsmacht, wie er am Beispiel der Bundespolizei aufzeigte. Das Argument von Vogler, dass eine hundertprozentige Unabhängigkeit auch nicht möglich sei, es aber hier eigentlich nicht um die kritisierten Mittel für eine Untersuchung gehe, sondern vor allem primär gewährleistet bleiben müsse, dass die Bundesanwaltschaft unabhängig entscheiden könne, wann ein Verfahren eröffnet werde, schien im Rat zu verfangen. Der Initiative wurde nämlich mit 66 zu 122 Stimmen keine Folge gegeben. Die 66 Stimmen stammten ausnahmslos von den Fraktionskolleginnen und -kollegen des Initianten.

Auch im Nationalrat gab der Entwurf der RK-SR über die Einführung einer Möglichkeit für Abgangsentschädigungen für von der Bundesversammlung gewählte Personen in der Sondersession im Mai zwar zu reden, letztlich wurde aber sowohl die Verordnung über Entschädigungen bei Auflösung des Arbeitsverhältnisses (mit 134 zu 49 Stimmen) als auch das revidierte Bundesgesetz über das Bundesverwaltungsgericht (mit 131 zu 48 Stimmen) deutlich angenommen. Zu reden gegeben hatte ein Nichteintretensantrag einer vor allem aus SVP-Mitgliedern bestehenden Kommissionsminderheit: Das Parlament sei Wahlbehörde und man könne – einmal gewählt – nicht immer neue Forderungen stellen, so das zentrale Argument. Auf eine Abgangsentschädigung habe man 2005 bei der Diskussion um das Bundesgerichtsgesetz bewusst verzichtet. Pirmin Schwander (svp, SZ) machte als Fraktionssprecher den Alternativvorschlag, die Gesamterneuerungswahlen vom Herbst in den Sommer zu verlegen, damit bei einer allfälligen Nichtwiederwahl sogar sechs und nicht nur vier Monate Zeit blieben, um eine neue Beschäftigung zu suchen. Die restlichen Fraktionen gaben zu bedenken, dass es für eine Person in den Ämtern, um die es bei der Revision gehe, generell nicht einfach sei, eine neue Stelle zu finden, auch nach einem halben Jahr nicht, weswegen eine Abgangsentschädigung entrichtet werden soll. Bundesrätin Simonetta Sommaruga wies zudem darauf hin, dass die neue Entschädigungsregelung auch einen Beitrag zur Unabhängigkeit der Gerichte und der Bundesanwaltschaft leiste: wer finanziell abgesichert sei, müsse seine Entscheidfindung nicht oder zumindest weniger stark im Hinblick auf eine allfällige Wiederwahl ausrichten.
In den Schlussabstimmungen, die in der Sommersession stattfanden, passierten die beiden Vorlagen den Nationalrat unter Opposition der SVP mit 140 zu 54 Stimmen bei einer Enthaltung (Verordnung) bzw. mit 139 zu 54 Stimmen bei einer Enthaltung (Gesetz). Im Ständerat waren die entsprechenden Stimmenverhältnisse 42 zu 3 und 41 zu 3 (bei einer Enthaltung).