La facture pour la livraison de matériel par l'armée durant la crise du Covid-19 fait grincer des dents plusieurs cantons. Pour faire face à la crise, l'armée a commandé des quantités importantes de masques, gants, blouses et appareils respiratoires. Début juin, la pharmacie de l'armée a présenté aux cantons, une seconde fois, une liste de prix pour ce matériel. Le DDPS avait précisé que les coûts d'acquisition avaient été préfinancés par la Confédération et que les cantons devaient alors rembourser les frais d'achat à la Confédération. Pour les cantons comme Fribourg, le Valais et Neuchâtel, la facture est jugée trop élevée et incohérente. D'autres cantons estiment que le procédé de financement est peu transparent et que l'armée a commandé trop de matériel. Ils avancent que l'armée ne facture pas son intervention lorsqu'elle intervient à titre subsidiaire lors de catastrophe naturelle. Si pour le conseiller national François Pointet (pvl, VD) – membre de la CPS-CN – la responsabilité d'équiper les hôpitaux incombe aux cantons selon le plan pandémie; pour son homologue, Pierre-Alain Fridez (ps, JU), c'est à la Confédération d'assumer l'essentiel des coûts car c'est elle qui a déclaré l'état de nécessité.

Livraison de matériel de l'armée durant la crise du Covid-19