Nachdem der Nationalrat entgegen der Mehrheit seiner APK-NR der parlamentarischen Initiative von Jacques Nicolet (svp, VD) Folge gegeben hatte, musste sich auch der Ständerat zur Idee einer Stärkung der demokratischen Rolle des Parlamentes bei Handelsabkommen äussern. Auch die APK-SR empfahl mit 5 zu 3 Stimmen (2 Enthaltungen), dem Anliegen keine Folge zu geben. Es gebe für das Parlament genügend Mitwirkungsmöglichkeiten in der internationalen Handelspolitik der Schweiz und ein stärkeres Einmischen würde den nötigen Verhandlungsspielraum für den Bundesrat zu stark beschränken, argumentierte die Kommissionsmehrheit im Rat, vertreten durch Andrea Gmür-Schönenberger (mitte, LU). Die Minderheit hingegen befürwortete die Schaffung gesetzlicher Grundlagen, um der Aushandlung von Handelsabkommen Leitplanken zu geben. Die kleine Kammer folgte der Kommissionsmehrheit und versenkte den Vorstoss ohne Diskussion.

Die Beratung des Ständerats über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags in der Herbstsession 2021 dauerte rund zwei Stunden. Einen Nichteintretensantrag Minder (parteilos, SH) lehnte die kleine Kammer mit 34 zu 9 Stimmen klar ab. Ständerat Minder zweifelte daran, dass die EU nach der Auszahlung der Kohäsionsmilliarde in Höhe von CHF 1.3 Mrd. ihre «Repressionen gegen die Schweiz» beenden würde. Man habe von der EU bisher keine Signale erhalten, dass dadurch die Aufnahme ins Forschungsprogramm Horizon Europe oder die Wiederinstandsetzung der Börsenäquivalenz gewährleistet würde. Eine bedingungslose Freigabe wäre daher «falsch» und «grob fahrlässig». Sein Mitunterstützer Marco Chiesa (svp, TI) äusserte seinen Unmut darüber, dass sich die Schweiz der «kolonialistischen Politik Brüssels» unterwerfen wolle und ohne Garantien Geld auszahle. Auch einige Ratsmitglieder der Mitte wie Heidi Z'graggen (mitte, UR) und Daniel Fässler (mitte, AI) störten sich daran, dass der Kohäsionsbeitrag ausbezahlt werden solle, obwohl die 2019 vom Parlament geforderte Bedingung der «Nicht-Diskriminierung» seitens der EU nicht erfüllt worden war.
Eine überwiegende Mehrheit des Ständerats wollte mit dem Entscheid jedoch einen ersten Schritt auf die EU zugehen. Matthias Michel (fdp, ZG), Sprecher der APK-SR, hielt fest, dass die Zurückbehaltung der Kohäsionsmilliarde offensichtlich keinen Druck auf die EU aufgebaut habe. Die gegenseitige «Blockadepolitik» habe auf beiden Seiten die gewünschte Wirkung verfehlt, nach dem Scheitern des Rahmenabkommens müssten nun auch diese Blockaden beendet werden. Pirmin Bischof (mitte, SO) betonte, dass die Kohäsionszahlungen nichts mit dem InstA zu tun hätten und der EU für die Teilnahme der Schweiz am Binnenmarkt geschuldet sei. Bischof meinte, die Deblockierung der bilateralen Verträge müsse der nächste Schritt sein. Obwohl die EU keine Garantie dafür abgegeben habe, so herrsche doch die Gewissheit, dass die Nichtfreigabe des Beitrags sicher nicht zur Deblockierung führe. Auch Daniel Jositsch (sp, ZH) kam zum Schluss, dass die Schweiz ohne eine Freigabe nichts erreichen könne und bemühte die Analogie eines Mietverhältnisses, bei dem der Mieter einen neuen Mietvertrag abschliessen will, obwohl er seine Miete nicht bezahlt habe. Die Zahlung des Kohäsionsbeitrags bestärke die Verlässlichkeit der Schweiz und lege die Basis für die Fortführung des bilateralen Wegs, argumentierte Andrea Gmür-Schönenberger (mitte, LU).
Bundesrat Ignazio Cassis wiederholte, dass die Zahlung keineswegs eine Garantie für die Assoziierung an Horizon Europe bedeute, obwohl die EU diese politisch sachfremden Themen miteinander verknüpft habe. Der Bundesrat sei aber bestrebt, die «Negativspirale der Konditionalitäten» zu durchbrechen und mit dem Beitrag einen ersten Schritt zu machen. Daher lehnte Cassis auch die Verknüpfung der Freigabe mit der Finanzierungsbotschaft zu Erasmus plus ab. Eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) hatte vorgeschlagen, den Rahmenkredit nicht umzusetzen, bis der Bundesrat dem Parlament die Finanzierungsbotschaft der Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt habe. Diesen Minderheitenantrag zog Sommaruga kurz darauf zurück, da der Nationalrat gleichentags eine Motion der APK-NR (Mo. 21.3975) angenommen hatte, welche seinem Anliegen entsprach. Aussenminister Cassis erinnerte die kleine Kammer auch daran, dass das Bundesgesetz über die Zusammenarbeit mit den Staaten Osteuropas 2024 auslaufe und Verpflichtungen nur bis dann eingegangen werden könnten. Er plädierte daher für einen möglichst baldigen Entscheid, denn anhand der Erfahrungen mit dem ersten Kohäsionsbeitrag liesse sich festhalten, dass zwischen dem Parlamentsentscheid und der Projektumsetzung rund drei Jahre vergingen. Schliesslich stimmte der Ständerat der Freigabe mit 30 zu 9 Stimmen, gegen den Willen der SVP und einiger Mitglieder der Mitte, deutlich zu.

In der Sommersession 2021 wurden das Abkommen über die grenzüberschreitende Zusammenarbeit, das Eurodac-Protokoll, das Abkommen mit den USA über die Verhinderung und Bekämpfung schwerer Straftaten und ein Verpflichtungskredit für die Umsetzung des Programms Prüm Plus im Ständerat beraten. In der Beratung der SiK-SR im Vorfeld der Session hatten sämtliche Anträge breite Unterstützung gefunden und waren der kleinen Kammer einstimmig zur Annahme beantragt worden. Kommissionssprecherin Andrea Gmür-Schönenberger (mitte, LU) hob besonders die Vorteile hervor, welche der Schweiz aus dem Prümer Abkommen und dem Eurodac-Protokoll erwachsen würden. Dadurch könnten Schweizer Strafverfolgungsbehörden zukünftige Anfragen zu DNA-Profilen und Fingerabdrücken automatisiert bei allen beteiligten EU-Staaten vornehmen. Der bisherige Prozess via Interpol sei komplex, langwierig und biete keine Garantie für Erfolg, erläuterte Gmür-Schönenberger. Das PCSC-Abkommen mit den USA verfolge die gleichen Ziele wie das Prümer Abkommen, umfasse aber keinen Zugriff auf Fahrzeug- und Fahrzeughalterdaten. Da der Austausch über die gleiche Infrastruktur stattfinden solle, decke der Verpflichtungskredit über CHF 11 Mio. sämtliche Investitionskosten ab. Der Ständerat folgte dem Beispiel seiner Kommission und nahm alle drei Abkommen sowie den Verpflichtungskredit einstimmig an.