Am 14. Oktober 2020 berichtete der Bundesrat, dass er Livia Leu zur neuen Staatssekretärin und Chefunterhändlerin für die Verhandlungen mit der EU und damit zur Nachfolgerin von Roberto Balzaretti ernenne. Der Bundesrat teilte auch mit, dass ab dem 1. Januar 2021 zudem die Direktion für europäische Angelegenheiten gemeinsam mit der Politischen Direktion in einem Staatssekretariat zusammengeführt werden, dessen Leitung Leu übernehmen solle. Durch diese Neustrukturierung solle die Kohärenz der Schweizer Aussenpolitik gestärkt werden, erklärte der Bundesrat in seiner Medienmitteilung. Nur wenige Wochen nachdem ein Brief verschiedener Sozialpartner publik geworden war, in dem diese die Ausnahmen beim Lohnschutz für ungenügend befunden hatten, kam damit erneut Bewegung in die festgefahrenen Verhandlungen mit der EU. Laut Bundesrat schaffe man mit dieser personellen Rochade die nötigen Voraussetzungen, um die aussenpolitische Strategie 2020-2023 sowie die nächste Phase der Verhandlungen mit der EU optimal umsetzen zu können. Nach der erfolgten Abstimmung über die Begrenzungsinitiative wolle man die Gespräche über das Institutionelle Rahmenabkommen wieder aufnehmen. Dafür werde der Bundesrat die Positionen der Schweiz festlegen und mit der EU die Diskussion über die Lösung der noch offenen Punkte suchen. Der bisherige Vorsteher der Direktion für europäische Angelegenheiten, Roberto Balzaretti, werde demnächst den Posten des Botschafters in Paris von Leu übernehmen.

Si, pour le Conseil fédéral, le projet d'accord-cadre avec l'UE est en grande partie favorable à la Suisse et conforme au mandat de négociation, il juge également prématuré de procéder à sa signature, et ce notamment en raison de questions relatives aux mesures d'accompagnement ou à la directive sur le droit des citoyens de l'UE qui demeurent sans réponse. L'exécutif national a donc annoncé, au début du mois de décembre 2018, son intention de soumettre le texte de l’accord institutionnel à consultation auprès d'acteurs politiques et économiques. Dans le contexte de la libre circulation des personnes, le Conseil fédéral estime en effet insuffisants les trois types de mesures d'accompagnement garantis par le texte de l'accord – délai d’annonce préalable fixé à quatre jours ouvrables dans les secteurs à risques, dépôt d’une garantie financière proportionnée pour les prestataires de service n’ayant pas respecté leurs obligations financières et demande de documents aux prestataires de services indépendants également basée sur les risques. Autre point de litige, la Suisse souhaite que l'accord mentionne de façon explicite l'exception à la reprise de la directive relative au droit des citoyens, alors que l'UE penche pour la reprise de ladite directive à l'échelle helvétique. Dans son communiqué de presse, la Direction des affaires européennes (DAE) précise que le champ d'application de l'accord négocié concerne les cinq accords d'accès au marché relatifs à la libre circulation des personnes, aux transports terrestres, au transport aérien, aux obstacles techniques au commerce (ARM) et à l’agriculture, ainsi que les futurs accords d’accès au marché, à l'exemple de l’accord sur l’électricité en discussion. Sous réserve de certaines exceptions, une reprise automatique du droit européen n'est pas envisagée. Tout développement du droit de l'UE fera ainsi «l’objet d’une décision indépendante de la Suisse dans le plein respect de ses procédures législatives». En ce qui concerne le règlement des différends, le texte soumis à consultation ne prévoit aucunement la mise en place d'une institution supranationale, mais envisage plutôt «un mécanisme de règlement des différends basé sur un tribunal arbitral paritaire».
«Berne joue la montre avec l'Union européenne», titre la Tribune de Genève au lendemain de l'annonce du Conseil fédéral, se demandant si la consultation en question ne s'apparente pas à un «exercice alibi», tant et si bien qu'en l'état, l'accord constitutionnel négocié avec l'UE ne recueille les faveurs ni du PS, ni de l'UDC. Selon le quotidien genevois, la décision du Conseil fédéral présente toutefois des points positifs: les nouvelles conseillères fédérales Karin Keller-Sutter et Viola Amherd prendront notamment part au verdict final, et si votation il devait y avoir, celle-ci se tiendrait après les élections fédérales d'automne 2019. La presse helvétique s'interroge également sur la réaction du voisin européen et des éventuelles représailles, à l'exemple de l'équivalence boursière que la Suisse pourrait ne pas obtenir. «Nous ne sommes pas sous pression!», a rétorqué le ministre des Finances Ueli Maurer en conférence de presse. Néanmoins, le Conseil fédéral a une fois de plus fait savoir que la Suisse remplit intégralement les conditions exigées pour la reconnaissance de l’équivalence boursière suisse selon MIFIR 23, tout en appelant à une avancée dans ce sens de la part de l'Union européenne.

Au mois de juin 2017, le Conseil fédéral a renouvelé son soutien à la voie bilatérale, jugée essentielle à la prospérité économique et sociale de la Suisse. En ce qui concerne plus particulièrement l'accord institutionnel, l'exécutif national est également revenu sur les négociations en cours, pour constater que certains points essentiels – étendue exacte du droit soumis à la procédure de règlement des différends, question des aides d’État, aspects relatifs à la libre circulation des personnes – restaient encore à négocier.
La question d'une nouvelle contribution de cohésion pour la réduction des inégalités économiques et sociales dans les pays de l'UE, qui concernerait en priorité les domaines de la formation professionnelle et de la migration, a également été abordée et sera réévaluée ultérieurement.

Les négociations en vue de la conclusion d'un accord constitutionnel entre la Suisse et l'UE ont officiellement débuté au mois de mai 2014, à Berne. Par le biais de nouvel accord, le Conseil fédéral espère «rénover et consolider la voie bilatérale afin de continuer à garantir la prospérité et l’indépendance de la Suisse.» Dans une optique d'homogénéité juridique au sein de l'espace commun créé entre la Suisse et l'UE par les accords bilatéraux, les questions institutionnelles concernent quatre domaines en particulier: le développement du droit des accords, leur interprétation, la surveillance de leur application ainsi que le règlement des différends.

Aufgrund der Demokratisierungsbewegungen im nordafrikanischen Raum und in Ländern des Nahen Ostens wurde eine Flüchtlingswelle erwartet. Um sich auf diese vorzubereiten, führte das Bundesamt für Migration bereits im Februar einen Krisengipfel mit Vertretern der Kantone und der involvierten Departemente sowie der Grenzwacht durch. Zudem nahm Justizministerin Sommaruga im Februar an einer EU-Konferenz der zuständigen Innenminister teil, welche auf Drängen der südeuropäischen Länder Italien, Malta und Spanien einberufen worden war und die innereuropäische Koordination der Staaten verbessern sollte. Bereits vor dem ersten grossen Anstieg an Asylgesuchen kritisierten die Kantone und verschiedene Parteien die ihrer Ansicht nach mangelhafte Funktionsweise des Dublin-Abkommens. Auch das Bundesamt für Migration räumte ein, dass Italien trotz der Dublin-Verpflichtungen nur eine geringe Anzahl von Rücknahmen erlaube. Das Vertragswerk gesteht es den Staaten zu, sowohl das Verkehrsmittel als auch den Ort für den Empfang rückzunehmender Asylsuchender festzulegen. Italien wählte einen sehr restriktiven Ansatz und akzeptierte nur eine kleine Anzahl Personen pro Tag, welche in Rom auf dem Luftweg anzukommen hatten. Aufgrund dieser engen Auslegung des Dublin-Abkommens durch Italien konnte auch die Schweiz im Frühjahr nur eine begrenzte Anzahl Rückführungen nach Rom durchführen. Um die bilaterale Kooperation zu vertiefen, besuchte Bundesrätin Sommaruga im September den italienischen Innenminister Maroni. Man einigte sich darauf, dass eine Schweizer Verbindungsperson zukünftig in Rom vor Ort für eine bessere Rückführung von abgewiesenen Asylsuchenden nach Italien sorgen solle.

Se basant sur des prévisions économiques favorables, le Conseil fédéral a chargé, au début de l’année sous revue, le DFE et le DFAE de sonder les milieux intéressés en Suisse, de même que la Commission européenne, au sujet d’un possible accord de libre-échange entre la Suisse et l’UE dans le secteur agroalimentaire (ALEA). En Suisse, les associations faîtières économiques, l’industrie agroalimentaire et le commerce de détail s’y sont clairement déclarés favorables. Les organisations paysannes ne se sont pas opposées non plus à des entretiens exploratoires, mais ont toutefois fait dépendre leur position définitive sur un ALEA des examens supplémentaires concernant les conséquences d’un tel accord, l’aménagement d’éventuelles mesures d’accompagnement, et de l’issue du cycle actuel de l’OMC. Certains intervenants, représentant notamment les secteurs en amont et le premier échelon de transformation, ont rejeté le principe d’un accord. Avant d’entamer toute négociation, et sur la base des consultations, le Conseil fédéral a décidé qu’il convenait d’engager tout d’abord des entretiens exploratoires avec l’UE sur les paramètres concernant le fond et la forme d’un accord de libre-échange. En même temps, il s’agira d’examiner en profondeur les conséquences sur l’économie en général et sur les différentes branches en particulier, ainsi que d’étudier d’éventuelles mesures d’accompagnement adéquates et l’intégration d’un tel accord dans les politiques en place.

Suite à la signature, en octobre 2004, de l’Accord sur les produits agricoles transformés entre la Suisse et la Communauté européenne (ratification dans le cadre des Accords bilatéraux II, approuvés par le parlement lors de la session d’hiver 2004), le Conseil fédéral a décidé de mettre en vigueur au 1er février les dispositions d’exécution nécessaires pour l’application provisoire de celui-ci. Cet accord sur les produits agricoles est le premier des neuf conclus à prendre effet. Il concerne notamment le chocolat ou les soupes, mais aussi les pâtes, le café soluble et les eaux minérales. Il n’englobe en revanche pas le fromage, la viande ou le sucre cristallisé. L’UE doit supprimer les droits de douane grevant les importations suisses de denrées alimentaires et n’accordera plus de contributions pour les exportations de ces produits destinés à la Suisse. Cette dernière, quant à elle, diminuera, voire supprimera les droits de douane dans certains cas. L’accord n’aura toutefois pas de répercussions sur les caisses fédérales: la Suisse perdra quelque 70 millions de francs de taxes douanières, mais dépensera par contre 30 millions de moins pour les subventions aux exportations.

En mars de l’année sous revue, l’USP a déclaré souhaiter une rapide ouverture des frontières suisses aux travailleurs issus des pays de l’Est dans le cadre de l’élargissement de l’Union européenne. L’USP espérait ainsi, par ce biais, simplifier l’engagement d’une main d’œuvre avantageuse. Cet appel a été entendu, puisque le Conseil fédéral a décidé, lorsqu’il a fixé les contingents pour l’immigration de travailleurs étrangers au mois d’octobre, d’attribuer des autorisations de courte durée pour des travailleurs non qualifiés (en provenance des dix nouveaux Etats membres de l’UE) pour certains secteurs de l’agriculture.

Les autorités fédérales ont annoncé une augmentation des contingents de fromage provenant de l’UE de 2500 tonnes dès le premier juin de l’année sous revue (pour un total de 14 500 tonnes). En vertu de l’accord agricole conclu entre la Suisse et l’UE, les contingents augmenteront de 2500 tonnes chaque année durant cinq ans (pour un total de 4250 tonnes). Inversement, le contingent de produits suisses exportés sera augmenté de 1250 tonnes par année durant cinq ans. Malgré les différences de quantités, il a été souligné que cet accord était équilibré dans la mesure où de nombreux fromages suisses pouvaient déjà être exportés sans frais de douane, ni limitation quantitative.

Le Comité mixte vétérinaire a décidé, en vertu de l’équivalence des dispositions sur le lait et les produits laitiers, d’abolir les contrôles vétérinaires à la frontière et les certificats d’exportations pour ces produits. La Suisse a, pour sa part, accepté d’introduire un contrôle systématique de ce type d’importations d’origine non communautaire. Les exportations de fromage devraient bénéficier de ces changements introduits à la fin du mois d’avril.