Die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur finanziellen Hilfe im Bereich Grenzverwaltung und Visumpolitik stand in der Wintersession 2023 auf dem Programm des Nationalrates, der die Vorlage als Erstrat beriet. Min Li Marti (sp, ZH) und Jacqueline de Quattro (fdp, VD) stellten die Vorlage seitens der SPK-NR vor. Sie berichteten, dass in der Kommissionssitzung einige kritische Fragen zur Vorlage gestellt wurden, zum einen zur Höhe und zur weiteren Entwicklung der Kosten für die Schweiz, zum anderen zu Menschenrechtsverletzungen an den Schengen-Aussengrenzen. Diese beiden Thematiken wurden dann auch in den Fraktionsvoten der SVP respektive der Grünen aufgegriffen. Während die SVP-Fraktion aufgrund der ihres Erachtens unfairen Kostenschlüssels zulasten der Schweiz und des nicht funktionierenden Grenzschutzes gar nicht erst auf die Vorlage eintreten wollte (Minderheit Hess; svp BE), berichtete Marionna Schlatter (gp, ZH) seitens der Grünen-Fraktion, dass diese einen Solidaritätsbeitrag an die besonders belasteten Staaten an den EU-Aussengrenzen im Grundsatz befürworte, solange garantiert werde, dass die Gelder nicht zur Anwendung von menschenrechtswidrigen Praktiken verwendet werden. Aufgrund dieses Vorbehalts werde sich ein Grossteil der Fraktion der Stimme enthalten. Für die SP-Fraktion wies Priska Seiler Graf (sp, ZH) darauf hin, dass ihre Partei hinter der Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes stehe. Auch die SP-Fraktion bitte jedoch den Bundesrat darauf hinzuarbeiten, dass «keine Schweizer Gelder an Staaten fliessen, welche systematisch Pushbacks durchführen.» Die FDP- und die Mitte-Fraktion sprachen sich vorbehaltlos für die Vorlage aus. Anschliessend verteidigte Justizministerin Elisabeth Baume-Schneider den Verteilschlüssel: Dieser richte sich nach dem BIP der teilnehmenden Staaten, entsprechend sei es legitim, dass die Schweiz einen höheren Beitrag als andere Länder leiste. Zudem profitiere die Schweiz stark von effizienteren Kontrollen an den Schengen-Aussengrenzen, da diese zur Sicherheit der Schweiz beitrügen. Hinsichtlich der Bedenken der Grünen und der SP hielt Baume-Schneider fest, dass der Bundesrat die Einhaltung der Menschenrechte als äusserst wichtig erachte. Er habe daher unter anderem zwei Experten in das Grundrechtsbüro von Frontex entsandt.
Nach diesen Voten stimmte die grosse Kammer über Eintreten ab. Mit 103 zu 65 Stimmen bei 21 Enthaltungen trat der Nationalrat auf das Geschäft ein. Die ablehnenden Stimmen stammten wie angekündigt von der SVP-Fraktion, die Enthaltungen von den Grünen. Mit einem sehr ähnlichen Stimmenverhältnis (105:65; 21 Enthaltungen) wurde die Vorlage in der anschliessenden Gesamtabstimmung gutgeheissen.

Der Nationalrat beschäftigte sich in der Wintersession 2021 als Erstrat mit der Übernahme der EU-Verordnung 2020/493 über das System FADO (False and Authentic Documents Online), die eine Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands darstellt. Während der Nutzen des Systems FADO für die Schweiz unbestritten war, taten Vertreterinnen und Vertreter der SP- und der Grünen Fraktion in ihren Voten vor allem ihren Unmut über den Entscheid der EU-Kommission kund, die Verantwortung für das System FADO an Frontex zu übertragen. Die Grenzschutz-Agentur Frontex sei eine «total dysfunktionale Institution» (Christian Dandrès, sp, GE), gegen die «verschiedene Verfahren und Vorwürfe» wegen Grundrechtsverletzungen im Raum stünden, führte Florence Brenzikofer (gp, BL) aus. Eine Minderheit Brenzikofer beantragte denn auch die Sistierung der Vorlage bis zur allfälligen Referendumsabstimmung über den Bundesbeschluss zur finanziellen Beteiligung der Schweiz an Frontex. Über eine intensivere Zusammenarbeit mit Frontex wie die Weiterbeteiligung der Schweiz am System FADO solle erst entschieden werden, nachdem sich die Stimmbevölkerung zu Frontex habe äussern können, argumentierte die Antragstellerin. Ausserhalb des links-grünen Lagers fand der Sistierungsantrag jedoch keine Zustimmung und wurde mit 106 zu 57 Stimmen bei 6 Enthaltungen deutlich abgelehnt. Der Ratsmehrheit erschien es in den Worten von Beat Flach (glp, AG) «völlig verfehlt», die Umsetzung der Schengen-Weiterentwicklung zu verzögern und «die Schengen-Assoziierung nur wegen dieser kleinen Anpassung zu riskieren». Nachdem er auf das Geschäft eingetreten war, nahm der Nationalrat eine einzige Änderung am Entwurf vor. Auf Antrag seiner vorberatenden Rechtskommission strich er einen Absatz, wonach der Bundesrat ermächtigt würde, selbstständig neue Staatsverträge mit Änderungen der Zugriffsrechte auf FADO abzuschliessen. Der Nationalrat sprach sich stillschweigend dafür aus, dass das Parlament in solchen Fällen vorgängig konsultiert werden muss. In der Gesamtabstimmung nahm die grosse Kammer die Vorlage mit 123 zu 62 Stimmen bei 5 Enthaltungen an, wobei die Grüne Fraktion geschlossen, die SP-Fraktion grossmehrheitlich und einzelne Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen votierten.

Die Vorlage zur Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen gelangte in der Herbstsession 2020 in den Nationalrat. Die Vorlage beinhaltete zwei EU-Verordnungen zur Vernetzung der europäischen Informationssysteme. Einerseits ging es um das Europäische Suchportal, welches die parallele Abfrage unterschiedlicher Informationssysteme ermöglicht. Andererseits ging es um einen gemeinsamen Dienst für den Abgleich biometrischer Daten, einen Speicher für Identitätsdaten und einen Detektor für Mehrfachidentitäten. Die vorberatende SiK-NR hatte vorgeschlagen, auch das ETIAS-System in die Vorlage aufzunehmen, da die ETIAS-Vorlage bei der Verabschiedung des vorliegenden Geschäfts durch den Bundesrat noch nicht vom Parlament beschlossen worden war und deshalb nicht hatte aufgeführt werden können. Kommissionssprecherin Doris Fiala (fdp, ZH) betonte in der Ratsdebatte die Wichtigkeit der Interoperabilität zwischen den EU-Informationssystemen für die innere Sicherheit der Schweiz. Durch die dadurch möglichen vernetzten Abfragen würden die Informationssysteme der Polizei, der Grenzkontrolle und der Migrationsbehörden verbessert. Bundesrätin Keller-Sutter habe gegenüber der Kommission überzeugend dargelegt, dass Schwerstkriminalität und Terrorismus global sind und die Schweiz daher ein Teil der europäischen Sicherheitsarchitektur sein müsse. Mauro Tuena (svp, ZH) äusserte sich zur Ambivalenz der SVP-Fraktion in ihrer Entscheidungsfindung. Einerseits befürworte die SVP Sicherheit, andererseits lehne sie die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes – also die automatische Rechtsübernahme – ab. Eine Minderheit Marti (sp, ZH) wollte den Diskriminierungsschutz in der Vorlage stärken. Zwar gebe es einen Verweis darauf, dass in der nationalen Gesetzgebung Massnahmen zur Vorbeugung von Diskriminierung beschlossen werden müssten, doch ein blosser Verweis habe nicht den gleichen Stellenwert wie eine explizite Verankerung, bemängelte Marti. Sie merkte darüber hinaus an, dass für die SP Grund- und Menschenrechte im Zentrum stünden und dass die Bekämpfung illegaler Migration gleichzeitig auch reguläre Migration ermöglichen und das Recht auf Asyl gewährleisten müsse. Zudem kritisierte sie «die Entwicklung Europas zu einer Festung», wo doch die EU «nicht als eine Festung, sondern als Friedensprojekt entstanden» sei. Die Fraktion der Grünen beschloss, den Minderheitsantrag von Nationalrätin Marti zu unterstützen, sich in der Gesamtabstimmung aber zu enthalten, insbesondere wegen Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes und des Grundrechtschutzes. Die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter versuchte die Befürchtungen bezüglich Datenschutz zu zerstreuen und erklärte, dass durch die Vernetzung der Informationssysteme nicht mehr Daten erhoben oder gespeichert würden als bisher. Auch die Zugriffsrechte der nationalen Behörden blieben unverändert, nur die Datenverfügbarkeit werde verbessert, stellte die Bundesrätin klar. Das Anliegen der Minderheit Marti begrüsste die Bundesrätin zwar inhaltlich, doch sie argumentierte, dass es durch die EU-Verordnungen bereits erfüllt werde. Der Minderheitsantrag wurde in der Folge mit 124 zu 64 Stimmen abgelehnt. Den Entwurf nahm der Nationalrat in der Gesamtabstimmung mit 156 zu 5 Stimmen (bei 27 Enthaltungen der Grünen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Da die grosse Kammer, wie von der SiK-NR vorgeschlagen, auch das ETIAS in die Vorlage aufnahm, wich der Beschluss geringfügig vom Entwurf des Bundesrats ab.