Le 28 février 2020, la «situation particulière» au sens de la loi sur les épidémies (LEp) a été promulguée après que les cantons aient été consultés. Si les manifestations de plus de 1'000 personnes ont été interdites par le Conseil fédéral, en deçà la décision revenait aux cantons (art.2 Ordonnance sur les mesures destinées à lutter contre le coronavirus (Covid-19)). Le canton du Tessin a été le premier à ordonner la fermeture des restaurants, cafés, bars et magasins non alimentaire. Pour la restauration, il a été suivi quelques jours plus tard par les cantons de Bâle-Campagne, du Jura et de Neuchâtel. Neuchâtel a même interdit toutes manifestations publiques. Alors que le Tessin et le Valais avaient demandé une fermeture beaucoup plus hermétique de la frontière avec l’Italie, le Conseil fédéral s'est contenté – le 13 mars 2020 dans l'Ordonnance 2 Covid-19 – de renforcer les contrôles Schengen au sud des Alpes. Les cantons romands – qui ont réclamé des mesures plus sévères auprès du Conseil fédéral – ont aussi pris les devants en annonçant la fermeture des écoles et des établissements publics.

Essuyant de nombreuses critiques de la part des scientifiques, du monde médical et particulièrement du Tessin, le Conseil fédéral a alors décrété – le 16 mars 2020 – la «situation extraordinaire». Aux commandes, il a, dès lors, pu ordonner les mesures nécessaires pour tout ou autre partie du pays (art. 7 LEp). Confiant l'exécution des ordonnances fédérales aux pouvoirs cantonaux, la participation des cantons restait essentielle à leur mise en œuvre. Le 21 mars 2020, après que le Tessin a notamment été dans l'illégalité en allant au-delà des exigences du Conseil fédéral s'agissant des chantiers et des industries, le Conseil fédéral a décidé de permettre – sous certaines conditions – aux cantons de restreindre ou d'arrêter les activités dans des branches entières de l'économie. Au fur et à mesure des semaines, l'Ordonnance 2 Covid-19 a été à plusieurs reprises révisées en fonction de la situation sanitaire jusqu'à la fin de la situation extraordinaire fixée au 19 juin 2020. Les cantons ont pu retrouver certaines compétences comme par exemple pour l'instruction publique dès la fin avril, s'agissant de la reprise des cours pour les degrés primaires et secondaires agendée le 11 mai 2020.

De retour en «situation particulière», les cantons ont retrouvé à nouveau une certaine autonomie. Ils ont en priorité la compétence d'agir en cas de nouvelle augmentation d'infections liées au Coronavirus. Ils devront prendre les mesures qui s'imposent, en privilégiant celles qui ont fait leurs preuves. De son côté, le Conseil fédéral a chargé les différents départements fédéraux à se préparer pour pouvoir réagir. Fin juillet, le Comité directeur de la Conférence des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) tirait un bilan plutôt positif de la reprise par les cantons de la responsabilité d'une grande partie des mesures de lutte contre la Covid-19. Bien que la responsabilité partagée entre la Confédération et les cantons puisse engendrer des réglementations cantonales divergentes, les échanges relatifs aux mesures prévues ou adoptées «fonctionnent bien» selon le comité.

Au printemps 2020, la crise du Covid-19 a largement altéré les possibilités de traverser les frontières. En mars, l'entrée sur le territoire suisse de personnes en provenance de l'Italie était refusée. Toutefois, les travailleuses et travailleurs étaient autorisés à franchir la frontière pour exercer leur activité professionnelle. Afin de vérifier que seuls les déplacements autorisés avaient lieu, l'Italie et la Suisse avaient alors introduit un système de monitorage.
Quelques jours plus tard, le Conseil fédéral a décidé de réintroduire «avec effet immédiat et au cas par cas, des contrôles Schengen à toutes ses frontières» – pour protéger la population suisse et préserver le système de santé. Le 29 avril, le Conseil fédéral a présenté une feuille de route pour assouplir les mesures prises concernant l'accès des personnes étrangères au marché du travail suisse. A partir du 11 mai, les demandes déposées avant l'adoption des restrictions par des travailleuses et travailleurs en provenance de l'UE/AELE et des Etats tiers ont été traitées prioritairement. Plus tard, les cantons ont pu confirmer les annonces relatives à une prise d'emploi de personnes engagées de longue date par le même employeur dans le cadre de rapports de travail saisonniers, et traiter les nouvelles annonces pour des activités lucratives de courte durée qui répondaient à un intérêt économique contraignant impossible à différer. A la suite du rétablissement de la libre circulation des personnes, toutes les restrictions ont pu être levées et l'obligation d'annoncer les postes vacants a été réactivée.

Laut Presseberichten kostet die Teilnahme der Schweiz am Schengen/Dublin-Vertragswerk wesentlich mehr als vor der Volksabstimmung 2005 durch den Bund vorhergesagt wurde. Anstatt der prognostizierten CHF 7.4 Mio. belaufen sich die tatsächlichen Kosten auf CHF 43 Mio. jährlich. Im Namen des Bundesrates verteidigte Justizministerin Sommaruga in einer Stellungnahme aber die Gesamtbilanz des Abkommens für die Schweiz und hob positive Aspekte wie die zusätzliche Sicherheit und die Reisefreiheit für Schweizer Bürger hervor.