Ende August trat die SVP mit der Anschuldigung an die Öffentlichkeit, die anderen Parteien schmiedeten einen „Geheimplan“, mit dem sie Bundesrat Blocher aus dem Amt entfernen wollten. Anfang September gab die Geschäftsprüfungskommission des Nationalrates bekannt, Bundesrat Blocher habe möglicherweise an einem Komplott gegen den ehemaligen Bundesanwalt Valentin Roschacher teilgenommen. Die SVP behauptete umgekehrt, ein Umsturzplan gegen ihren Bundesrat läge vor, der GPK-Bericht sei politisch motiviert.

Die SP griff im Wahlkampf einen der zwei FDP-Bundesratssitze an. SP-Präsident Fehr äusserte sich im Juli, die Abwahl von Bundesrat Couchepin oder Bundesrat Merz sei für ihn kein Tabu. Die SP könnte eventuell einen CVP-Kandidaten unterstützen.

Anfang Juni hatte der Bundesrat den bisherigen ersten Staatsanwalt des Kantons St. Gallen, Erwin Beyeler, zum Nachfolger Roschachers als Bundesanwalt gewählt.

Anlässlich der parlamentarischen Behandlung des Geschäftsberichts der Bundesgerichte im Parlament beklagte sich der Präsident des Bundesgerichts, Guisep Nay, über den Druck, den einzelne Politiker und Parteien auf die Rechtssprechung ausübten (06.003). Dem in Pension gehenden Bündner Nay folgte der Berner Freisinnige Arthur Aeschlimann auf den Präsidentenstuhl. Dass dieser sowohl von den erstmals das Vorschlagsrecht ausübenden Richterkollegen als auch von der Vereinigten Bundesversammlung den Vorzug gegenüber dem amtierenden Vizepräsidenten Bernard Corboz (fdp) aus Genf erhielt, führte in der Romandie zu einiger Empörung.

Anfang Juni wurde Parteipräsidentin Doris Leuthard (AG) einstimmig zur einzigen Kandidaten der CVP für die Nachfolge von Joseph Deiss im Bundesrat nominiert und am 14. Juni von der Vereinigten Bundesversammlung gewählt. Übergangsweise übernahmen Bruno Frick (SZ) und Dominique de Buman (FR) die Leitung der Partei.

Der Anspruch der CVP auf den Bundesratssitz war unbestritten. Fast ebenso klar war, dass der zweisprachige Deiss, der im Parlament in der Regel Französisch gesprochen hatte, durch eine Person aus der Deutschschweiz ersetzt werden würde, da die Romandie immer noch zwei Sitze innehatte. Bis die Kronfavoritin Leuthard ihren Entscheid getroffen hatte, wagte niemand aus der CVP, öffentlich ein Interesse an einer Kandidatur anzumelden. Einige der in den Medien gehandelten Politikerinnen und Politiker erklärten, nicht zur Verfügung zu stehen, so etwa die Regierungsräte Engler (GR), Chassot (FR) und Cina (VS). Am 9. Mai gab die 43jährige Juristin Doris Leuthard ihre Kandidatur bekannt. Keine Überraschung war, dass die CVP-Aargau sie anschliessend einstimmig als Kandidatin bei der Fraktion anmeldete und dass keine anderen Bewerbungen eingingen. Die Fraktion nominierte sie einstimmig als einzige Kandidatin. Abgesehen von den Grünen, für welche die Kandidatin zu wenig weit links stand, sagten alle anderen Fraktionen Leuthard ihre Unterstützung zu. Die Vereinigte Bundesversammlung wählte sie am 14. Juni mit 133 Stimmen im ersten Wahlgang bei einem absoluten Mehr von 118; 29 resp. 28 Stimmen entfielen auf die CVP-Politikerinnen Simoneschi (TI) und Meier-Schatz (SG), weitere elf auf Ständerat Schmid (cvp, AI). Da kein amtierender Bundesrat Wünsche nach einem Departementswechsel anmeldete, übernahm Leuthard von ihrem Vorgänger das Volkswirtschaftsdepartement.

Noch bevor das Bundesverwaltungsgericht seine Arbeit aufgenommen hatte, erklärte der im Vorjahr zum Präsidenten gewählte Hans Urech seinen Rücktritt wegen Arbeitsüberlastung. Zum neuen Präsidenten wählte die Vereinigte Bundesversammlung den ebenfalls der SVP angehörenden Christoph Bandli.

Das befristete Gesetz über den Aufbau des Bundesverwaltungsgerichts stiess auch im Nationalrat auf Zustimmung und wurde vom Parlament in der Frühjahrssession gutgeheissen. In der Herbstsession wählte die Vereinigte Bundesversammlung die neuen 72 Richterinnen und Richter dieser Institution; zum Präsidenten wurde Hans Urech erkoren. Das Gericht, das weitgehend die bestehenden Verwaltungsrekurskommissionen ersetzt, wird seine Arbeit im Jahr 2007 aufnehmen. Standort wird vorerst Bern sein; der Umzug nach St. Gallen, wo zuerst ein neues Gebäude erstellt werden muss, ist für 2011 vorgesehen.

In der von der Öffentlichkeit mit grosser Spannung erwarteten Wahl vom 10. Dezember setzte sich die SVP gegen die von der SP und der GP unterstützte CVP durch. Nachdem die amtsältesten Leuenberger und Couchepin mit guten Resultaten wiedergewählt worden waren, musste Ruth Metzler gegen Christoph Blocher antreten. Da 1999 die Wahl von Metzler vor derjenigen von Deiss stattgefunden hatte, galt sie als Amtsältere und musste demnach zuerst antreten. Nach einem Patt (116:116) im ersten Wahlgang und einem leichten Vorsprung für Blocher im zweiten (119:117), setzte sich dieser im dritten Wahlgang mit 121:116 bei einem absoluten Mehr von 119 Stimmen (vier waren ungültig, fünf leer) durch. Bei der anschliessenden Wahl von Deiss, welcher von CVP-Fraktionschef Cina (VS) noch einmal ausdrücklich als einziger CVP-Kandidat für diesen Wahlgang empfohlen wurde, stimmten die SVP und eine Mehrheit der FDP für Metzler, welche 96 Stimmen erhielt. Deiss schaffte aber mit 138 Stimmen das absolute Mehr von 121 Stimmen im ersten Wahlgang problemlos. Nachdem anschliessend Schmid und Calmy-Rey im ersten Wahlgang wiedergewählt worden waren, schritt der Rat zur Neubesetzung des Sitzes von Villiger. Bereits im ersten Wahlgang lag Merz mit 115 Stimmen klar vor Beerli (83). Im zweiten Wahlgang wurde er mit 127 bei einem absoluten Mehr von 120 gewählt; Beerli war auf 96 Stimmen gekommen. Der 61jährige Hans-Rudolf Merz vertrat seit 1997 den Kanton Appenzell Ausserrhoden im Ständerat. Politisch gilt der Volkswirtschafter als Rechtsfreisinniger mit starkem Engagement für Fragen der Finanzpolitik und der Finanzmärkte.

Mitte September reichte Bundesrat Kaspar Villiger sein Rücktrittsschreiben ein – dass er nicht mehr für eine weitere Legislatur kandidieren würde, war seit einem Jahr bekannt. Als Favoriten für seine Nachfolge galten die Berner Ständerätin Christine Beerli, der Urner Nationalrat Franz Steinegger und die Aargauer Nationalrätin Christine Egerszegi. Aussenseiterchancen eingeräumt wurden Ständerat Hans-Rudolf Merz (AR).

Am 4. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung die Nachfolgerin für Ruth Dreifuss. Die Fraktionen der CVP und der FDP hatten beide offiziellen Bewerberinnen der SP als wählbar taxiert, ohne aber einer von ihnen der Vorzug zu geben. Im ersten Wahlgang erzielte Calmy-Rey mit 80 Stimmen das beste Resultat, gefolgt vom SVP-Kandidaten Bortoluzzi (69 Stimmen) und der zweiten sozialdemokratischen Bewerberin Lüthi (61). Die beiden im Vorverfahren von der SP nicht berücksichtigten Pesenti und Studer erhielten 15 resp. 11 Stimmen und schieden in den folgenden zwei Wahlgängen aus. Im vierten Wahlgang wurde Bortoluzzi als Letztplatzierter eliminiert. Seine Stimmenzahl in den Wahlgängen zwei bis vier (zwischen 56 und 59 Stimmen) lag nur wenig über der Fraktionsstärke der SVP (51). Nachdem SVP-Präsident Maurer nochmals gegen die Nichtberücksichtigung des Proporzanspruchs seiner Partei und vor allem gegen die Unterstützung einer linken Kandidatin durch die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien protestiert hatte, wählte die Bundesversammlung im fünften Wahlgang die Genferin Micheline Calmy-Rey zur neuen Bundesrätin. Bei einem absoluten Mehr von 100 Stimmen hatte sie deren 131 erhalten; Ruth Lüthi kam auf 68. Die SVP-Fraktion hatte praktisch geschlossen leer eingelegt. In den Medien vom folgenden Tag wurde die SVP dafür, und dass sie die vom Fernsehen direkt übertragene Bundesratswahl zu einem Propagandaanlass für die Nationalratswahlen vom Herbst 2003 gemacht habe, heftig kritisiert.

Am Parteitag von Lupfig (AG) nominierten die SVP-Delegierten den von der Parteileitung vorgeschlagenen Zürcher Nationalrat Toni Bortoluzzi als Kandidaten für die Nachfolge von Bundesrätin Ruth Dreifuss. An der Bundesratswahl schied Bortoluzzi im vierten Wahlgang aus; nur vereinzelte Parlamentarier hatten neben seinen Fraktionskollegen für ihn gestimmt.

Am 30. September gab Bundesrätin Ruth Dreifuss ihre Demission auf Ende Jahr bekannt. Die Bundesversammlung wählte die Genfer Staatsrätin Micheline Calmy-Rey zu ihrer Nachfolgerin.

Am 6. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Ogis Nachfolger. Im ersten Wahlgang erhielten von den offiziellen Kandidaten Fuhrer 54, die von den Grünen nominierte Bühlmann 53 und Eberle 16 Stimmen. Klar vor Eberle lagen die im Auswahlprozedere der nationalen SVP auf der Strecke gebliebenen Samuel Schmid und Christoffel Brändli sowie der von der SP trotz seines Verzichts ins Spiel gebrachte Ulrich Siegrist mit 50, 25 resp. 33 Stimmen. Bereits im zweiten Wahlgang schwenkte ein Teil der SP-Fraktion von Bühlmann zu Siegrist, welcher sich mit 55 Stimmen hinter Schmid (76) auf den zweiten Platz vorschob und dabei Rita Fuhrer (50) überholte. Diese Reihenfolge blieb in den folgenden Wahlgängen unverändert, wobei die Stimmen für die ausscheidenden Kandidierenden Brändli und Eberle zum grössten Teil Schmid zufielen. Samuel Schmid wurde im sechsten Wahlgang bei einem absoluten Mehr von 117 mit 121 Stimmen gewählt; auf Siegrist entfielen 83 und auf Fuhrer 28 Stimmen. Um Siegrist zu verhindern, hatte am Ende ein Teil der SVP-Fraktion von Fuhrer zu Schmid gewechselt. Die SVP war zwar etwas verärgert über das Scheitern ihrer beiden offiziellen Kandidaturen, Fraktionschef Frey (ZH) erklärte aber, auch mit Schmid als SVP-Vertreter im Bundesrat leben zu können. Im Anschluss an diese Entscheidung wurde Moritz Leuenberger (sp) mit 187 Stimmen zum Bundespräsidenten für das Jahr 2001 und Kaspar Villiger zu seinem Vize gewählt. Zu Rochaden bei der Departementsverteilung kam es nicht: Schmid trat auf den 1. Januar 2001 die Nachfolge von Ogi als Vorsteher des VBS an.

Mitte Oktober gab Bundesrat Ogi seinen Rücktritt per Ende Jahr bekannt. Die Bundesversammlung wählte im Dezember den SVP-Berner Ständerat Samuel Schmid zu dessen Nachfolger und verwies die offiziellen SVP-Kandidierenden Eberle (TG) und Fuhrer (ZH) auf die Ränge.

Im Rennen um die Nachfolge von Bundesrat Ogi nominierte die GP ihre Fraktionspräsidentin Cécile Bühlmann (LU). Sie erhielt zumindest im ersten Wahlgang die Unterstützung der SP.

Die Italienischbündnerin Mariangela Wallimann-Bornatico trat die Nachfolge der neuen Bundeskanzlerin Annemarie Huber-Hotz als Chefin der Parlamentsdienste an.

Am 15. Dezember bestätigte die Vereinigte Bundesversammlung alle amtierenden Bundesräte. Zuerst wurde Adolf Ogi (svp) als Amtsältester mit dem sehr guten Resultat von 191 Stimmen gewählt. Damit waren die Spekulationen erledigt, welche in den Medien über eine eventuelle Wahl des freisinnigen Parteipräsidenten Steinegger (UR) anstelle des von seiner Partei kaum mehr unterstützten Ogi angestellt worden waren. Der an zweiter Stelle zu wählende Kaspar Villiger (fdp) wurde mit 187 Stimmen ebenfalls klar bestätigt. Der als Kandidat gegen die Sozialdemokraten antretende Christoph Blocher unterlag gegen Ruth Dreifuss mit 148:58 Stimmen und gegen Moritz Leuenberger mit 154:58. Blocher hatte also kaum über die Grenzen seiner Partei hinaus Stimmen sammeln können. Nachdem die Sozialdemokraten ihre Schäfchen im Trockenen hatten, waren Vergeltungsaktionen angesagt. Leidtragender war der bei der Linken wegen gewisser wirtschaftsliberaler Aussagen ohnehin wenig beliebte Freisinnige Couchepin, der bei einem absoluten Mehr von 113 Stimmen lediglich deren 124 erzielte. Problemlos verlief dann die Wiederwahl der beiden im Frühjahr gewählten CVP-Regierungsmitglieder. Die von der Linken ebenfalls nicht sonderlich geschätzte Ruth Metzler kam auf 144, Joseph Deiss auf 173 Stimmen. Zum Bundespräsidenten für das Jahr 2000 wurde mit 176 Stimmen Adolf Ogi, zu seinem Vize mit 145 Stimmen Moritz Leuenberger gewählt.

Unmittelbar nach der Wahl des Bundesrates erkor das Parlament eine Nachfolgerin für den altershalber zurücktretenden Bundeskanzler François Couchepin (fdp). Die FDP-Fraktion hatte dafür die Chefin der Parlamentsdienste, Annemarie Huber-Hotz, vorgeschlagen, die Fraktionen der SP und der CVP portierten Vizekanzlerin Hanna Muralt Müller (sp) resp. Vizekanzler Achille Casanova (cvp). Gewählt wurde im vierten Wahlgang Annemarie Huber-Hotz mit 152 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 120. Auf Casanova entfielen deren 86; Hanna Muralt war nach dem dritten Wahlgang mit 50 Stimmen ausgeschieden.

Nach einer bisher in der Schweiz bei Bundesratswahlen noch nie gesehenen medialen Kampagne, während welcher die potentiellen Bewerber und Bewerberinnen nicht nur in zahlreichen Presseartikeln vorgestellt wurden, sondern sich auch in diversen Fernsehkanälen in Diskussionssendungen massen, fand am 11. März die Wahl durch die Vereinigte Bundesversammlung statt. Zuerst wurde die Nachfolgerin von Koller bestimmt. Im ersten Wahlgang erreichte hinter den beiden offiziellen Kandidatinnen die nicht kandidierende Solothurner Ständerätin Simmen (cvp) 33 Stimmen. Im zweiten Wahlgang lagen die beiden CVP-Kandidatinnen mit je 122 Stimmen gleichauf und im dritten wurde Ruth Metzler mit 126 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 123 Stimmen gewählt. Um einiges länger dauerte die Wahl für den Nachfolger von Flavio Cotti. Vom ersten bis zum vierten Wahlgang erhielten nicht die von der CVP-Fraktion empfohlenen Kandidaten Ratti, Durrer und Deiss am meisten Stimmen, sondern Jean-François Roth und Peter Hess. Remigio Ratti schied nach dem dritten, Parteipräsident Durrer nach dem vierten Wahlgang aus. Mit nur einer Stimme Vorsprung (120:119 bei einem absoluten Mehr von 120) setzte sich schliesslich Joseph Deiss gegen Hess durch. Zu Departementsrochaden kam es nicht. Am 1. Mai übernahm Metzler das Justiz- und Deiss das Aussenministerium.

Die Vereinigte Bundesversammlung wählte am 9. Dezember Ruth Dreifuss mit 158 Stimmen (bei einem Mehr von 106) zur Bundespräsidentin für 1999; sie ist die erste Frau, die dieses Amt ausübt. Zum Vizepräsidenten wurde Adolf Ogi bestimmt.

Bei einer Ersatzwahl für das Bundesgericht durch die Vereinigte Bundesversammlung kam es zu einer Premiere. Mit Thomas Merkli wurde erstmals ein Angehöriger der Grünen Partei zum Bundesrichter gewählt. Unterstützt von den Fraktionen der GP, der SP, der LdU/EVP, der SVP und der SD/Lega setzte er sich knapp gegen einen freisinnigen Konkurrenten durch.

Die Bundesversammlung nahm die Ersatzwahl am 11. März vor. Die Fraktionen der SP und der CVP legten sich nicht fest und gaben ihre Unterstützung für beide von der FDP-Fraktion vorgeschlagenen Personen bekannt. Die Fraktion der Grünen teilte mit, dass eine Mehrheit für Christiane Langenberger stimmen werde, eine Minderheit schlug den dank seines Wohnsitzwechsels in letzter Minute wählbar gewordenen Gilles Petitpierre vor. Im ersten Wahlgang lagen Langenberger und Couchepin mit je 66 Stimmen gemeinsam an der Spitze, gefolgt von Claude Frey (61) und Gilles Petitpierre (40). Im zweiten Wahlgang übernahm Couchepin mit 80 Stimmen die Spitze vor Langenberger (67), Frey und Petitpierre. An dieser Reihenfolge änderte sich auch in den Wahlgängen drei und vier nichts, wobei reglementsgemäss jeweils der Letztklassierte ausschied. Deren Stimmen teilten sich in den anschliessenden Wahlgängen etwa im Verhältnis zwei zu eins auf Couchepin und Langenberger auf. Im entscheidenden fünften Wahlgang wurde der Walliser Pascal Couchepin mit 146 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 120 Stimmen gewählt; auf Christiane Langenberger entfielen 92 Stimmen. Bei der Departementsverteilung ergaben sich keine Rochaden: kein Bisheriger meldete Veränderungswünsche an und Couchepin übernahm von seinem Vorgänger das Volkswirtschaftsdepartement.

Die Vereinigte Bundesversammlung wählte Flavio Cotti mit 173 Stimmen (bei einem Mehr von 97) zum Bundespräsidenten für 1998; zur Vizepräsidentin wurde Ruth Dreifuss bestimmt.

Die Vereinigte Bundesversammlung wählte Arnold Koller mit 171 Stimmen (bei einem Mehr von 97) zum Bundespräsidenten für 1997; zum Vizepräsidenten wurde Flavio Cotti bestimmt.