Die nationalrätliche WAK hielt an ihren Anträgen fest und verabschiedete den MWSt-Gesetz-Entwurf mit 13 zu 10 Stimmen. Die SP leistete in der Frühjahrssession im Nationalrat jedoch entschlossenen Widerstand gegen die Steuerausfälle und drohte mit dem Referendum. Ein Rückweisungsantrag Marti (sp, GL) mit der Bedingung, dass die neue Vorlage mit Steuerausfällen von höchstens CHF 200 Mio. verbunden sein dürfe, wurde mit 102 zu 61 Stimmen abgelehnt. Nicht zuletzt aufgrund der SP-Referendumsdrohung kam in der Detailberatung aber im besonders umstrittenen Bereich der Geschäftsspesen mit 93 zu 60 Stimmen ein Kompromissvorschlag David (cvp, SG) durch. Danach soll der Bundesrat in einer Verordnung definieren, welche Auslagen als geschäftlich zu gelten haben und zum Vorsteuerabzug berechtigen, wobei er sich an der Praxis der direkten Bundessteuer zu orientieren hat. Ausserdem sollen Verpflegungsspesen zwar zu 100% abgezogen werden können, der Bundesrat soll aber Maximalbeträge festlegen. Gemäss dem Antragssteller würden die Steuerausfälle in diesem Bereich damit auf CHF 30 Mio. reduziert. Der Antrag der WAK, den Vorsteuerabzug auf geschäftlich begründeten Spesen auch ohne Nachweis mit Originalbelegen zu gewähren, ging einer Ratsmehrheit zu weit.
Ansonsten hielt sich der Nationalrat weitgehend an die Anträge der WAK. So wehrten sich Bundesrat und Linke vergebens gegen eine Erhöhung der Limite für die pauschale Abrechnung (Saldosteuersatz) auf einen Umsatz bis CHF 5 Mio. und einen Steuerbetrag von CHF 75'000 pro Jahr. Der Bundesrat wollte die Limite bei CHF 1.5 Mio. bzw. CHF 40'000 ansetzen. Eine Ratsmehrheit stimmte auch dem erweiterten Optionsrecht insbesondere bei der Krankenpflege, der Sozialfürsorge und im Sport- und Kulturbereich, sowie der MWSt-Befreiung für Brockenstuben und Startgelder inkl. Verpflegung und «Nebenleistungen» zu. Zusätzliche Anträge, die auch Prothesen und Heilmittel sowie extern erbrachte Leistungen im Spital- und Heilbereich (z.B. Reinigung und Verpflegung) sowie die Tiermedizin von der Steuer ausnehmen wollten, wurden abgelehnt. Nur Spott erntete ausserdem ein Antrag des Landwirtschaftsvertreters Wyss (svp, BE), der den Empfängern öffentlicher Subventionen den ungekürzten Vorsteuerabzug gewähren wollte, was Ausfälle von CHF 880 Mio. bedeutet hätte. Bei den echten Steuerbefreiten gab vor allem der internationale Luftverkehr zu reden. Der Rat fand sich aber schliesslich damit ab, dass internationale Flüge von der Steuer befreit bleiben müssen, solange auch die EU so verfährt. Ein Antrag von links-grüner Seite, gleich lange Spiesse für den öffentlichen Bahnverkehr zu schaffen und diesen ebenfalls von der Steuer auszunehmen, wurde ebenso abgelehnt wie ein Antrag Wiederkehr (ldu, ZH), der für den öffentlichen Personenverkehr einen MWSt-Sondersatz von 3% einführen wollte. Ein solcher hätte Ertragsausfälle von jährlich rund CHF 150 Mio. zur Folge. Der Auslandumsatz der Reisebüros soll gemäss Nationalrat auch in Zukunft von der MWSt befreit sein. Dagegen soll Samnaun künftig auch auf Waren MWSt-pflichtig werden. Mit 79 zu 53 Stimmen hiess der Nationalrat das Mehrwertsteuergesetz schliesslich gut. Die SP, welche die beschlossenen Einnahmenausfälle von jährlich rund CHF 240 Mio. - bei Gesamterträgen von rund CHF 12 Mrd. - als «ungerechtfertigtes Steuergeschenk» ablehnte, liess ihre Referendumsdrohung stehen.
Pa.Iv. Dettling Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer