Im Nationalrat bedauerten Grüne und EVP in der Eintretensdebatte, dass im Rahmen der neuen Finanzordnung keine Ökosteuern auf nicht erneuerbaren Energien vorgesehen waren. In der Detailberatung lehnte die grosse Kammer sowohl den Antrag Baader (svp, BL), den Höchstsatz der Gewinnsteuer für Unternehmen auf 8% zu senken, als auch den Antrag Strahm (sp, BE) für einen unveränderten Höchstsatz von 9,8% ab; sie folgte dem Vorschlag des Bundesrates, den Höchstsatz bei 8,5% festzusetzen. Ebenfalls chancenlos blieben zwei Anträge der SVP, die für jede neue zusätzliche Steuerbelastung eine Kompensation bei einer anderen Steuer verlangt hatte resp. eine Erhöhung der MWSt mit einer Senkung der direkten Steuern hatte kompensieren wollen, um die Steuerquotenneutralität zu gewährleisten und so die Staats- und Fiskalquote in den Griff zu bekommen. Gegen die Stimmen der Linken befürwortete der Nationalrat wie zuvor der Ständerat die Möglichkeit der unbefristeten Fortführung des Hotellerie-Sondersatzes. Mit 80:75 Stimmen folgte er ferner einem Minderheitsantrag Pelli (fdp, TI), die Verwendung des nicht zweckgebundenen Ertrags der MWSt für die Entlastung der unteren Einkommensschichten und nicht speziell für die Verbilligung der Krankenkassenprämien allein festzulegen. Bei der Befristung der Finanzordnung bis 2020 schloss sich die grosse Kammer mit 80:67 Stimmen dem Ständerat an. Das Gesetz passierte die Gesamtabstimmung mit 114:19 Stimmen.

Am 16. September gab Bundesrat Villiger (fdp) seinen Rücktritt nach fast fünfzehn Jahren Amtszeit, davon die letzten neun als Vorsteher des Finanzdepartements, auf Ende Jahr bekannt. In den Medien wurde er als nüchterner, effizienter, liberaler und auf Ausgleich bedachter Magistrat gewürdigt. Da Villiger seine Rücktrittsabsichten vorher angekündigt hatte, war in der Öffentlichkeit intensiv über allfällige Nachfolger spekuliert worden, wobei als Favoriten die Berner Ständerätin Christine Beerli und der Urner Nationalrat Franz Steinegger gehandelt wurden. Gewisse Wahlchancen wurden auch Christine Egerszegi (AG), Felix Gutzwiller (ZH), Hans-Rudolf Merz (AR) und Christian Wanner (SO) zugesprochen. Von ihren Kantonalsektionen nominiert wurden schliesslich Beerli, Egerszegi, der Tessiner Fulvio Pelli, Steinegger und Merz. Die Fraktion beschloss, ein Zweierticket mit Beerli und Merz zu präsentieren.

Im Frühling behandelte die grosse Kammer als Zweitrat die Vorlage zur Förderung von preisgünstigem Wohnraum. Erfolglos beantragte eine Mehrheit der SVP-Fraktion Nichteintreten, um die Bundesfinanzen zu entlasten; zudem zweifelte sie an der Wirksamkeit des Wohnraumförderungsgesetzes (WFG) als Mittel zur breiteren Streuung des Eigentums. Ein Eventualantrag Laubacher (svp, LU), der die Vorlage an die Kommission zurückweisen wollte mit der Begründung, es handle sich um eine Sozialgesetzgebung, die mit dem Verfassungsauftrag zur Wohneigentumsförderung nichts zu tun habe, scheiterte ebenfalls. In der Detailberatung des WFG verlangte Valérie Garbani (sp, NE), dass der Bund nach Ablauf der Bundeshilfe nötigenfalls Massnahmen zur Milderung des Übergangs von der subventionierten zur freien Miete treffen könne. Obschon Kommissionssprecher und Bundesrat den Antrag unterstützten, wurde er mit 83:54 Stimmen abgelehnt. Das Gesetz passierte die Gesamtabstimmung mit 106:40 Stimmen. Beim Bundesbeschluss über die Rahmenkredite forderte Rennwald (sp, JU) für die Finanzierung von Darlehen eine Erhöhung von CHF 496 auf 650 Mio., Pelli (fdp, TI) hingegen eine Kürzung auf CHF 300 Mio.; beide Anträge wurden verworfen. In der Gesamtabstimmung verpasste der Kredit mit lediglich einer Stimme das für die Ausgabenbremse erforderliche qualifizierte Mehr. Beim Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz (WEG) schloss sich der Nationalrat diskussionslos der Version des Ständerates an.

In der Differenzbereinigung stimmte der Ständerat knapp einem Antrag Spoerry (fdp, ZH) zu und kürzte den Rahmenkredit für die Wohnraumförderung auf CHF 300 Mio. Der Nationalrat billigte ebenfalls nur mit knappem Mehr einen Kompromissantrag seiner Kommission von CHF 400 Mio., der jedoch das Quorum der Ausgabenbremse erneut verfehlte. Da die kleine Kammer weiterhin an ihrer Kürzung festhielt, schloss sich ihr der Nationalrat an. In der Schlussabstimmung hiess der Ständerat das WFG mit 29:5 und das WEG mit 24:8 Stimmen gut; der Nationalrat verabschiedete die beiden Gesetze mit 132:53 resp. 123:58 Stimmen gegen die Mehrheit der SVP. Im Rahmen des Entlastungsprogramms 2003 strich das Parlament auf Antrag des Bundesrates die im WFG vorgesehenen Direktdarlehen von CHF 15 Mio.

An ihrem Programmparteitag im Schiffbau des Zürcher Schauspielhauses beschlossen die Freisinnigen die Nein-Parole zu den sieben von der Linken unterstützten Volksinitiativen. Anschliessend wählten die Delegierten den Unternehmer und Kantonsrat Ruedi Noser (ZH) zum Vizepräsidenten – als Ersatz für die zur Parteipräsidentin aufgerückte Christiane Langenberger – und Maja Lalive d’Epinay (SZ) als neues Mitglied in die FDP-Geschäftsleitung. Kaum zu Diskussionen Anlass gab die Wahlplattform „FDP – im Einsatz für Freiheit und Verantwortung. Mehr Chancen für die Schweiz“ mit den vier Schwerpunkten Wirtschaftswachstum, Bildung und Forschung, soziale Sicherheit und Gesundheit sowie Sicherheit und Migration. Ohne Gegenstimme und mit einigen Enthaltungen sprachen sich die Delegierten im Grundsatz für die Einführung eines Finanzreferendums auf Bundesebene aus. Dass der Freisinn den Bundeshaushalt ausschliesslich ausgabenseitig sanieren wollte, stellten die Delegierten mit einer adhoc-Resolution gegen eine eidgenössische Erbschaftssteuer klar – Bundesrat Villiger hatte eine solche im Hinblick auf die Unzuverlässigkeit des Parlaments in Sachen Ausgabendisziplin am Vortag in Erwägung gezogen und damit einigen Unmut ausgelöst, da die Wahlplattform nur Steuersenkungen, keinesfalls aber neue Steuern vorsah. Ausserdem sprachen sich die Freisinnigen für eine baldige Regierungsreform aus, wollten sich jedoch nicht so konkret auf die Äste hinauswagen wie Fraktionschef Fulvio Pelli (TI), dessen Antrag die Erweiterung des Bundesrates von 7 auf 9 Mitglieder vorsah. Gutgeheissen wurde schliesslich eine Stärkung des Bundespräsidentenamtes durch die Verlängerung der Amtszeit von einem auf zwei Jahre.

In seiner Antwort auf eine Interpellation Pelli (fdp, TI) betreffend geplante Steueramnestien in der EU erklärte der Bundesrat, Informationen über Amnestien in anderen Ländern seien schwer zu erhalten, da die Regierungen solche Massnahmen in der Regel kurzfristig bekannt gäben, um weitere Steuerhinterziehungen zu vermeiden. Polen habe einen entsprechenden Gesetzesentwurf gutgeheissen, und in Italien erwäge die Regierung, die Amnestie auf juristische Personen auszudehnen. 

Im September erklärte die Berner Ständerätin Christine Beerli ihren Rücktritt als Fraktionschefin auf Beginn der Wintersession und als eidgenössische Parlamentarierin auf Ende Legislatur. Beerli, die von der Presse als potentielle Nachfolgerin von Bundesrat Kaspar Villiger gehandelt wird, begründete den Zeitpunkt ihrer Amtsaufgabe damit, dass sie der nachfolgenden Person genügend Raum lassen wolle, um die Wahlen 2003 vorzubereiten. Zum Nachfolger bestimmte die Fraktion mit dem Tessiner Nationalrat Fulvio Pelli und bisherigen Fraktions-Vizepräsidenten turnusgemäss einen Vertreter der lateinischen Schweiz. Pelli wurde 1995 in den Nationalrat gewählt und ist Mitglied des Büros sowie Vizepräsident der WAK.

Im Einverständnis mit dem Bundesrat überwies der Nationalrat eine Motion Pelli (fdp, TI), die den Bundesrat beauftragt, die Bundespersonalstatistik so zu gestalten, dass für alle vier Landessprachen ersichtlich wird, welche Angestellten Verwaltungsarbeiten verrichten und welche Übersetzungen anfertigen. Damit soll dargelegt werden, wie viele Personen deutscher, französischer, italienischer und rätoromanischer Muttersprache tatsächlich am Entscheidungsprozess teilnehmen und wie viele für die landesweite Verständigung arbeiten.

Im Rahmen der Budgetdebatte erhöhte der Ständerat im Einverständnis mit dem Bundesrat den Kredit an die kantonalen Hochschulen um zusätzliche 32 Mio Fr. Ein Antrag Plattner (sp, BS) auf eine verstärkte Hochschulförderung und eine Beibehaltung des Wachstums von 8% gegenüber dem laufenden Jahr auch in den Jahren 2003 und 2004, löste eine bildungspolitische Debatte über die Sicherstellung des Universitätsniveaus aus, wurde aber schliesslich abgewiesen. Der Nationalrat folgte hierbei dem Ständerat. Ein Postulat Pelli (fdp, TI), welches die Prüfung einer Erhöhung der Investitionsbeiträge an die Hochschulen verlangt und anregt, der Bund solle rechtzeitig seinen Verpflichtungen nachkommen und insbesondere Anzahlungen leisten, wurde vom Nationalrat in seiner Herbstsession überwiesen.

Die Aussenpolitische Kommission des Nationalrats legte ihre Vorschläge für die Umsetzung der im Vorjahr angenommenen parlamentarischen Initiative Gysin (sp, BS) vor. Sie beantragte, das Gesetz über die Mitwirkung der Schweiz bei den Institutionen von Bretton Woods in dem Sinn zu ändern, dass das Parlament in Zukunft über die Teilnahme an Kapitalaufstockungen des IWF entscheidet. Der Nationalrat hiess die Gesetzesrevision bei einer Gegenstimme gut. Mit der Überweisung eines Postulats Strahm (sp, BE) (Po. 00.3102) beauftragte der Nationalrat die Regierung, sich in den Gremien des IWF dafür einzusetzen, dass sich der private Finanzsektor an den Kosten für die Verhinderung von Finanzkrisen und deren Behebung mitbeteiligt. Ebenfalls Zustimmung fanden Teile der Postulate Langenberger (fdp, VD) (Po. 00.3175) und Pelli (fdp, TI) (Po. 00.3121), die vom Bundesrat forderten, sich für mehr Transparenz bei den IWF-Entscheidungen zu engagieren. Ein Postulat Gysin (Po. 00.3101), welches verlangt hatte, dass sich der Bundesrat für eine Aufwertung der Stimmenkraft der armen Länder im IWF zulasten der reichen Industriestaaten einsetzt, wurde hingegen mit 84:74 Stimmen abgelehnt.

Das neue Bundespersonalgesetz (BPG) wurde 1999 von beiden Räten behandelt; die Differenzbereinigung konnte aber noch nicht abgeschlossen werden. Im Nationalrat beantragten Borel (sp, NE) und Spielmann (pda, GE) Nichteintreten, da die vorgeschlagenen Regelungen ein Ausdruck der grundsätzlich zu bekämpfenden Liberalisierungswelle seien, die letztendlich in einen Abbau der staatlichen Leistungen münden werde. Mit besonderem Nachdruck wandte sich Borel gegen die Einführung eines Leistungslohnsystems. Der Rückweisungsantrag fand nur bei einer Minderheit der SP-Fraktion Unterstützung und wurde mit 119:18 Stimmen abgelehnt. Zuwenig weit ging hingegen das neue Gesetz für Bortoluzzi (svp, ZH). Er verlangte die Rückweisung an die Kommission mit dem Auftrag, einen Entwurf vorzulegen, der dem Bund mehr Freiheit in seiner Personalpolitik gibt. Die Post und die SBB wollte Bortoluzzi ganz aus dem Gesetz herausnehmen und ihnen damit keine über das Obligationenrecht hinausgehende personalpolitischen Verpflichtungen auflasten. Sein Antrag wurde nur von der SVP-Fraktion unterstützt und unterlag mit 111:24 Stimmen.

In der Detailberatung verlangte der Freisinnige Pelli (TI), dass auch bei Betrieben, welche zur Post oder der SBB gehören, das Personal vollumfänglich dem Bundespersonalgesetz unterstellt wird. Der Bundesrat widersetzte sich vergeblich diesem namentlich von der SP unterstützten Antrag, der es seiner Meinung nach den beiden Betrieben praktisch verunmöglichen würde, mit anderen Unternehmen gemeinsame Firmen zu betreiben. Mit 83:80 Stimmen wurde die Forderung angenommen. Zu einer grösseren Debatte führte die Bestimmung, dass für arbeitsrechtliche Fragen, welche nicht durch das Personalgesetz geregelt sind, die Bestimmungen des Obligationenrechts gelten. Die SP bekämpfte diese Version erfolglos. Ihrer Meinung nach würden, angesichts der Konzeption des BPG als Rahmengesetz, viele Bereiche unter diese Klausel fallen, und damit könnten den Besonderheiten der staatlichen Anstellungsbedingungen gegenüber denjenigen der Privatwirtschaft zuwenig Rechnung getragen werden. Eine weitere Niederlage erlitt die Ratslinke bei den Kündigungsbestimmungen. Ihr Streichungsantrag für die Regelung, dass der Bund bei Umstrukturierungen Kündigungen aussprechen kann, wenn dem betroffenen Personal keine zumutbare andere Arbeit angeboten werden kann, unterlag mit 89:68 Stimmen. Bei der Frage der Einführung einer Leistungslohnkomponente unterlag der Streichungsantrag der Linken ebenfalls. Nicht durchsetzen konnte sich aber auch die vor allem von der SVP getragene Forderung, dass die Funktionskomponente maximal 60% betragen dürfe, um ausreichenden Spielraum für die leistungsmässige Differenzierung der Löhne zu erhalten. Konform zur neuen Bundesverfassung, welche eine gesetzliche Begründung für Einschränkungen des Streikrechts verlangt, stimmte der Rat einer Formulierung zu, welche den Bundesrat ermächtigt, in drei Fällen das Streikrecht für bestimmte Personalkategorien aufzuheben oder einzuschränken: bei Gefährdung der Staatssicherheit, bei Beeinträchtigung der Landesversorgung mit lebenswichtigen Gütern und Dienstleistungen sowie zur Wahrung von aussenpolitischen Interessen. Ein von der SVP gefordertes generelles Streikverbot mit Ausnahmeregelungen konnte sich nicht durchsetzen. In der Gesamtabstimmung wurde das neue Gesetz mit 58:21 Stimmen bei 40 Enthaltungen angenommen. Die Gegenstimmen stammten zu zwei Dritteln aus der SVP-Fraktion und zu einem Drittel aus der SP (namentlich von ihren welschen Vertretern) und der PdA. Der Rest der SP wie auch die Grünen enthielten sich der Stimme.

Der Nationalrat beschloss auf Antrag seiner Rechtskommission, einer parlamentarischen Initiative Epiney (cvp, VS) Folge zu leisten, welche die Erleichterung des Wiederverkaufs von Immobilien zwischen Ausländern fordert. Nach der geltenden Regelung müssen Ausländer, die ihre Immobilie veräussern wollen, bisweilen über ein Jahr zuwarten, bis der nachfolgende Besitzer die Bewilligung zum Kauf des Objektes von der kantonalen Behörde erhalten hat. Die Kontingente werden durch die Wiederverkäufe zwischen Ausländern zudem stark belastet. Im Kanton Wallis warteten 1998 beispielsweise über 200 Dossiers auf eine Bewilligung, wovon nur rund die Hälfte den Neukauf einer Immobilie betrafen. Nationalrat Pelli (fdp, TI) wies mit einer Interpellation darauf hin, dass Schweizer Immobilienkäufer im benachbarten Ausland wegen Gegenmassnahmen zur Lex Friedrich auf Benachteiligungen stossen. Der Bundesrat versicherte hingegen in seiner Antwort, dass in Deutschland, Frankreich und Österreich keinerlei Diskriminierungen für Schweizer bestünden, allein in Italien seien Immobilienkäufe durch Schweizer Bürger an gewisse Auflagen gebunden.

Die Idee einer allgemeinen Steueramnestie hatte im Ständerat vor zwei Jahren keine Mehrheit gefunden. Dessen Rechtskommission schritt anschliessend an die Ausarbeitung einer Vorlage, die eine individuelle Steueramnestie nach dem Prinzip der straflosen Selbstanzeige verfolgt. Die Kommission übergab ihren Entwurf im Berichtsjahr dem Bundesrat zur Vernehmlassung. Der Steuererklärung soll zukünftig eine Spalte zur Deklarierung bisher verschwiegener Einkommen und Vermögen beigefügt werden. Private würden bei Selbstanzeige von einer Strafverfolgung verschont, müssten allerdings die Nachsteuern inkl. Verzugszinsen begleichen. Unternehmen hingegen bliebe ein gerichtliches Verfahren nicht erspart. Trotz den Einwänden kantonaler Finanzdirektoren hielt die Kommissionsmehrheit an ihrer Position fest, Erben nicht für die Steuerhinterziehung des Erblassers zu bestrafen. Dieses Anliegen lag auch der Motion Pelli (fdp, TI) (Mo. 97.3125) zugrunde, die gefordert hatte, bei Vorlage eines vollständigen Inventars der Erbmasse auf Nachsteuer und Busse zu verzichten. Der Nationalrat überwies die Motion als Postulat.

Franz Steinegger, der seit 1989 Parteipräsident ist, wurde für eine weitere Amtsperiode bestätigt. Ins Vizepräsidium wurde neben den wiederkandidierenden Vreni Spoerry (ZH) und Fulvio Pelli (TI) als Vertreter der welschen Schweiz neu Peter Tschopp (GE) gewählt. Nationalrat Tschopp gilt als ausgesprochener Europabefürworter. Tschopp ersetzte den verstorbenen Jurassier Pierre Etique.