En juin 1999, Moritz Leuenberger avait créé le groupe d'experts EKRA afin de comparer les différents modèles de gestion des déchets radioactifs (stockage final géologique, entreposage à long terme contrôlé et récupérable et stockage intermédiaire) et de proposer des démarches à adopter. Le rapport et le modèle proposés par le groupe EKRA étaient prévus pour s’inscrire dans la loi sur l’énergie nucléaire (LENu). Les travaux de l’EKRA, rendus publics en février, recommandaient un modèle de stockage géologique durable associant le stockage final à la possibilité de récupérer les déchets: les objectifs sous-jacents étaient, d’une part, de garantir la sécurité de l’être humain et de l’environnement et, d'autre part, de laisser la liberté aux générations futures de décider de fermer le dépôt ou d'en maintenir l'accès grâce à la réversibilité. L'EKRA a toutefois souligné la précarité de faire des prévisions sur 100 000 ans. Le modèle proposé par l'EKRA prévoyait en plus du dépôt principal l'aménagement d'un dépôt test et d'un dépôt pilote, soumis à une phase d'observation prolongée. Au niveau du site type, l'EKRA concluait que Wellenberg (NW) satisfaisait aux exigences du stockage final géologique aussi bien qu'à celles du stockage géologique durable contrôlé. Pour l'EKRA, les options de stockage à l'étranger ne constituaient pas une alternative à la solution du problème en Suisse. Ainsi d'après eux, il convenait de poursuivre le programme lié aux déchets nucléaires avec le modèle du Wellenberg actualisé comme point de départ.

Moritz Leuenberger a présenté les réformes à mettre en oeuvre au cours et au-delà de la législature 1999-2003. Elles répondent au rapport du Conseil fédéral du 9 avril 1997, intitulé "Stratégie pour un développement durable en Suisse". Le DETEC a milité pour une utilisation optimale des transports publics terrestres et pour une desserte de tous les groupes de population et de toutes les régions. Une nouveauté a été incorporée; le DETEC préconisait la création d'une Agence nationale pour les problèmes de sécurité liés à la gestion des centrales nucléaires, de l'aviation civile, des chemins de fer et de la route.

Am 15. Dezember bestätigte die Vereinigte Bundesversammlung alle amtierenden Bundesräte. Zuerst wurde Adolf Ogi (svp) als Amtsältester mit dem sehr guten Resultat von 191 Stimmen gewählt. Damit waren die Spekulationen erledigt, welche in den Medien über eine eventuelle Wahl des freisinnigen Parteipräsidenten Steinegger (UR) anstelle des von seiner Partei kaum mehr unterstützten Ogi angestellt worden waren. Der an zweiter Stelle zu wählende Kaspar Villiger (fdp) wurde mit 187 Stimmen ebenfalls klar bestätigt. Der als Kandidat gegen die Sozialdemokraten antretende Christoph Blocher unterlag gegen Ruth Dreifuss mit 148:58 Stimmen und gegen Moritz Leuenberger mit 154:58. Blocher hatte also kaum über die Grenzen seiner Partei hinaus Stimmen sammeln können. Nachdem die Sozialdemokraten ihre Schäfchen im Trockenen hatten, waren Vergeltungsaktionen angesagt. Leidtragender war der bei der Linken wegen gewisser wirtschaftsliberaler Aussagen ohnehin wenig beliebte Freisinnige Couchepin, der bei einem absoluten Mehr von 113 Stimmen lediglich deren 124 erzielte. Problemlos verlief dann die Wiederwahl der beiden im Frühjahr gewählten CVP-Regierungsmitglieder. Die von der Linken ebenfalls nicht sonderlich geschätzte Ruth Metzler kam auf 144, Joseph Deiss auf 173 Stimmen. Zum Bundespräsidenten für das Jahr 2000 wurde mit 176 Stimmen Adolf Ogi, zu seinem Vize mit 145 Stimmen Moritz Leuenberger gewählt.

Suite à la décision du gouvernement de reprendre le transport d’éléments radioactifs usés vers l’étranger, l’OFEN a délivré une autorisation pour le transport de quatre convois d’éléments irradiés de la centrale nucléaire de Gösgen (SO) à destination de la Hague (F). Ce fut la première autorisation depuis l’interdiction des convois en mai 1998, suite à l’affaire des wagons contaminés. Les mesures de protection du personnel ont été renforcées pour les opérations de chargement et de déchargement des combustibles irradiés. Les wagons seront désormais surveillés et contrôlés en permanence par des spécialistes, et tout incident devra être déclaré. A Gösgen, les transports ont effectivement repris à la fin août. Des activistes de Greenpeace ont tenté d’empêcher, sans succès, l’entrée en Suisse du wagon passant par la gare de Bâle. Le 1er septembre, une partie des éléments irradiés de Gösgen a quitté la centrale par le rail à destination de La Hague, suite à la libération par la police soleuroise de la voie ferrée à laquelle s’étaient enchaînés des militants de Greenpeace. Par la suite, d’autres transports d’assemblages combustibles épuisés sont partis de centrales suisses. L’organisation environnementale Greenpeace a déposé un recours administratif contre le conseiller fédéral Leuenberger, jugeant illégale la procédure d’autorisation de concession suisse délivrée pour ces transports vers l’étranger.

Le DETEC a déposé un recours auprès du Tribunal fédéral (TF) contre une décision du Tribunal administratif de Nidwald. Le DETEC avait fait recours auprès du Tribunal administratif du canton contre la décision du gouvernement de Nidwald d’autoriser la décharge de Cholwald à entreposer des ordures ménagères jusqu’à la fin 2002. Le recours a été rejeté par le Tribunal administratif en juin de l’année sous revue. En faisant recours auprès du TF, le DETEC s’est conformé à la décision de l’exécutif (de 1996) d’interdire la mise en décharge des déchets combustibles à partir de l’an 2000. Le gouvernement du canton du Tessin a également souhaité exploiter ses décharges à ciel ouvert jusqu’à la moitié de 2001, malgré l’interdiction fédérale. Il a demandé au conseiller fédéral Leuenberger un statut d’exception afin d’être autorisé à maintenir ses décharges en attendant la construction de l’usine d’incinération prévue. Le Tessin espère que la nouvelle construction sera terminée à la mi-2001, ce qui n’est pas garanti en raison d’éventuelles oppositions. Le gouvernement tessinois a refusé, d’ici là, à exporter ses déchets vers la Suisse alémanique en raison des coûts supplémentaires estimés à 10 millions de francs (selon l’Office pour la protection des eaux du Tessin). En novembre, l’OFEFP a rappelé, dans un communiqué, que toutes les décharges devaient être fermées à la fin 1999, sans exception aucune. Il a également recommandé de stopper les importations de déchets de l’étranger.

Suite à l’adoption par le parlement des différentes mesures d’accompagnement rendant l’entrée en vigueur des accords bilatéraux plus acceptables pour certaines régions ou groupes sociaux, les partis de gauche et les syndicats, tout comme l’UDC, les défenseurs des Alpes et les écologistes, ont finalement renoncé à lancer un référendum. Malgré ce large consensus, les Démocrates suisses ont tenu parole et ont confirmé qu’ils commenceraient la récolte des signatures à la fin du mois d’octobre, comme le leur a autorisé le gouvernement en raccourcissant le délai légal. Parmi les partis politiques d’une certaine envergure, seule la Lega a décidé de soutenir cette action. Les deux formations de droite ont choisi d’attaquer uniquement les accords par voie de référendum et non pas les mesures d’accompagnement. A la fin de l’année, les deux partis avaient obtenu environ 30 000 signatures sur les cinquante mille nécessaires. Bien que Pascal Couchepin ait exprimé ses inquiétudes vis-à-vis d’un scrutin populaire, un nouveau sondage publié mi-septembre faisait toutefois état d’un large soutien des citoyens suisses, 65% des personnes interrogées s’étant déclaré « franchement pour » ou « plutôt pour » la ratification des bilatérales. Préoccupé par la proximité avec la Lombardie, le gouvernement du canton du Tessin a fait part de ses revendications aux Conseillers fédéraux Couchepin et Leuenberger lors d’une entrevue à Berne. L’exécutif du canton italophone espérait notamment obtenir la construction anticipée du tunnel de base du Monte Ceneri, mais cette demande aurait été reçue avec peu d’enthousiasme à Berne, tout comme celles ayant trait à l’augmentation du nombre de fonctionnaires fédéraux dans ce canton ou à la création d’un observatoire sur l’application des accords avec l’UE. Par contre, des garanties ont été données aux Tessinois concernant des contrôles supplémentaires sur l’autoroute A2 afin de parer au déferlement des 40 tonnes.

En novembre, le conseiller fédéral Leuenberger et le ministre italien des transports et de la navigation ont signé une convention sur le raccordement des NLFA au réseau italien des lignes à grande vitesse (raccordements sud). Cet accord coordonne la planification à long terme de l’infrastructure ferroviaire entre les deux Etats. Les principaux éléments sont l’aménagement et la construction des lignes d’accès aux NLFA des deux côtés de la frontière italo-suisse. La convention porte encore sur l’amélioration du raccordement à l’aéroport de Malpensa, les aménagements des terminaux pour le fret combiné transalpin ainsi que sur une nouvelle ligne reliant Lugano à Milan. Le conseiller fédéral a également signé avec son homologue français une convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire français et plus particulièrement aux lignes à grande vitesse (TGV). Le texte doit encore être ratifié par les Chambres fédérales et le parlement français. Les mesures visent à améliorer l’accès de l’ouest de la Suisse aux lignes françaises à grande vitesse. L’accord porte sur trois liaisons. Premièrement, Genève–Nantua–Bourg-en-Bresse–Mâcon (raccordement à l’actuelle ligne TGV Paris–Sud-Est). Ensuite, Lausanne/Berne-Neuchâtel–Dole–Dijon–Aisy (raccordement à l’actuelle ligne Paris–Sud-Est et à la future ligne du TGV Rhin-Rhône). Troisièmement, Bâle–Mulhouse (raccordement aux futures lignes TGV Est-européen et TGV Rhin-Rhône).

Le président moldave, Petru Lucinski, accompagné de son ministre de l’agriculture, a effectué une visite de deux jours en Suisse. Le Conseiller fédéral Moritz Leuenberger a accueilli le ministre des transports tchèque, Antonin Peltram, pour une visite de travail et de courtoisie. Le PrinceAlbert de Monaco s’est entretenu avec Ruth Dreifuss lors d’une visite de courtoisie où ont été abordés de nombreux thèmes comme les relations économiques entre la Suisse et l’UE, le sport ou l’aide humanitaireLe ministre allemand des affaires étrangères Joseph (Joschka) Fischer s’est rendu à Berne où il a notamment rencontré son homologue Flavio Cotti, la présidente de la Confédération Ruth Dreifuss et une délégation du parti écologiste suisse. Lors de cette visite, il a pris position pour une adhésion rapide de la Suisse à l’UE et a rappelé que plus la Confédération attendrait, plus l’adhésion lui coûterait cher. C’est le ministre des affaires étrangères autrichien, Wolfgang Schüssel, qui a été le dernier hôte officiel de Flavio Cotti. Lors de cette visite de travail, les deux hommes ont signé un accord sur l’information en matière nucléaire qui règle les échanges en la matière. En marge du forum de Crans-Montana, le président algérien Bouteflika a rencontré les conseillers fédéraux Couchepin et Deiss. Le ministre allemand des finances, Hans Eichel, a rencontré Kaspar Villiger pour une autre visite de travail, suivi au mois d’août par celui des Pays-Bas, Gerrit Zalm. Joseph Deiss a reçu son homologue du Bénin, Antoine Kolawolé Idji. Celui-ci a loué l’aide suisse dans la République africaine. La présidente de la Confédération a reçu en septembre le président portugais, Jorge Sampaio, pour une deuxième visite d’Etat après celle du chinois Jiang Zemin. Ne restant qu’un seul jour sur sol helvétique en raison du conflit au Timor Oriental, le président portugais a demandé à la Suisse de soutenir son pays dans la lutte contre la terreur dans cette région. La question des relations entre la Suisse et l’UE a également été abordée. Le ministre des affaires étrangères du Népal, Ram Sharan Mahat a été reçu par Joseph Deiss lors d’un entretien où les relations réciproques ont été qualifiées d’excellentes. Le ministre des affaires étrangères du Kazakhstan, Erlan Idrissov, a rencontré Pascal Couchepin et Joseph Deiss à Berne. Une convention visant à éviter les doubles impositions a été signée.

Trois experts en sismologie ont réclamé à Berne la mise sur pied d’un programme d’action national pour la réduction du risque sismique. Ils estiment que la Suisse n’est pas à l’abri d’un séisme de grande ampleur et qu’elle y est particulièrement mal préparée. Pour ces spécialistes, le risque sismique est le plus grand parmi les dangers naturels, devant les crues, les tempêtes et les avalanches. Sur la base d’une étude effectuée dans le canton d’Argovie, les experts ont estimé que le cinquième des ouvrages existants en Suisse ne présentait pas une sécurité suffisante, et que 95% des bâtiments avaient une sécurité sismique inconnue. Les spécialistes en sismologie ont réclamé l’obligation d’appliquer les normes de construction de la Société des ingénieurs et architectes (SIA) de 1989. Parmi les précautions à prendre, figurent également la vérification des centrales nucléaires, des barrages et des chemins de fer, ainsi que l’identification des bâtiments dont la fiabilité doit être optimale en cas de fort tremblement de terre (abris PC ou hôpitaux). En outre, le conseiller fédéral Leuenberger a décidé qu’un poste sera créé dès l’an 2000, à l’Office de l’économie des eaux, afin d’assurer la coordination des tâches dans le domaine sismologique.

En août, le gouvernement tessinois ainsi que des représentants d’Alp Transit Gothard SA ont également réclamé d’avancer la construction du tunnel NLFA du Ceneri (TI) qui fait partie de la seconde phase des NLFA. La construction, planifiée pour 2006, a été sollicitée pour 2002. Le conseiller fédéral Leuenberger a affirmé qu’une anticipation des travaux n’était pas envisageable, sauf en cas de financement privé.

La compagnie aérienne EasyJet, implantée à Genève, projetait d’ouvrir trois nouvelles lignes dès la fin du mois de juillet à destination de Nice, Amsterdam et Barcelone. Swissair est intervenue auprès de l’OFAC pour s’opposer au projet de liaison Genève-Barcelone, faisant valoir son monopole de fait qu’elle détient jusqu’à fin 2008 sur les lignes qu’elle desservait déjà au moment de l’adoption de la nouvelle loi sur l’aviation civile. Le conseiller fédéral Leuenberger a donné raison à Swissair en refusant à EasyJet le droit de rallier Genève à Barcelone. Les deux autres liaisons ont été autorisées.

Le président de l’Union des centrales suisses d’électricité (UCS) a réagi vivement au message de l’exécutif, jugeant trop rapide le projet de libéralisation en six ans. Toutefois, le conseiller fédéral Leuenberger a relativisé la situation, estimant que le parlement aura besoin au minimum de deux ans pour traiter le projet, si bien que la loi n’entrerait en vigueur qu’en 2002. L’ouverture totale du marché ne devrait donc pas être effective avant 2008. Par la suite, le président de l’UCS a rencontré, avec d’autres acteurs du marché de l’électricité, la Ceate du Conseil national en vue de l’examen du projet de l’exécutif. Le président de l’UCS a réclamé une adaptation au marché européen qui aura en 2007 des degrés d’ouverture divers: 33 % en France, 40 % en Italie, 50 % en Autriche et 100 % en Allemagne. Il souhaiterait que la Suisse ait la possibilité de réorienter sa politique en 2007, en fonction de la situation européenne. Il a également réclamé de régler au niveau de la LME la question des INA des centrales hydrauliques, pour éviter un vide juridique si les taxes énergétiques étaient rejetées en référendum.

Lors de la session d’été, le Conseil national s’est penché sur le paquet énergétique conçu par le Conseil des Etats. Un débat fleuve a précédé l’entrée en matière sur les deux contre-projets directs aux initiatives populaires. Le National s’est finalement rallié à la stratégie en deux étapes mise au point par le Conseil des Etats (taxe d’incitation d’abord, impôt écologique ensuite).
Dans l’examen de détail concernant la norme fondamentale constitutionnelle, les députés ont accepté que le produit de la taxe soit utilisé pour alléger les primes d’assurances sociales obligatoires, par 83 voix contre 64. L’objectif était de réduire les primes de l’assurance-maladie et ainsi de procéder à une redistribution à chaque citoyen, ce que ne permettait pas la version des Etats. Le taux de la taxe sera fixé en fonction de l’efficience énergétique et des autres taxes qui grèvent déjà ces agents énergétiques (les Etats souhaitaient que le taux dépende des effets des agents énergétiques sur l’environnement et le climat). Les représentants du peuple ont fixé, par 95 voix contre 75, un taux maximal de perception de la taxe à 2.0 ct/kWh, malgré une levée de boucliers des socialistes et des Verts qui estimaient qu’une telle limitation allait à l’encontre d’une réelle réforme fiscale écologique. Le PRD et le PDC ont soutenu ce nouvel amendement. Moritz Leuenberger jugea que la limitation contredisait l’effet incitatif de la taxe. Une minorité (UDC et radicale) souhaitait le rejet de l’initiative sans proposer de contre-projet; une autre minorité (PS et Verts) demanda l’approbation de l’initiative populaire. Au vote sur l’ensemble, le contre-projet a finalement été approuvé par 108 voix contre 61.
Concernant les dispositions constitutionnelles transitoires, le cœur du débat fut à nouveau constitué par la hauteur de la taxe. Les conseillers nationaux ont suivi la majorité de la commission en fixant la taxe à 0.6 ct/kWh contre l’avis de minorités préconisant un niveau moins élevé. Les députés ont préféré 0.6 ct/kWh à 0.4 ct/kWh, par 80 voix (majorité socialiste, verte, quelques radicaux et démocrates-chrétiens) contre 44 (majorité démocrate-chrétienne, puis UDC) et 43 abstentions (majorité radicale, puis UDC). Avec 0.6 ct/kWh, la taxe rapportera en moyenne annuelle CHF 900 millions. Des aides financières pour encourager l’utilisation des agents renouvelables et l’utilisation rationnelle de l’énergie pourront être versées à l’étranger. En outre, la durée de validité de la taxe sera limitée à 20 ans. Les députés ont également biffé un article stipulant que l’exécutif pouvait abroger la taxe de soutien avant terme ou la réduire si la situation sur le marché de l’énergie rendait les mesures prévues superflues. Le rejet de l’initiative populaire et l’approbation du contre-projet ont été recommandés par 91 voix contre 64.
Les députés se sont ensuite penchés sur le texte d’application des dispositions constitutionnelles transitoires (ATE). Ils ont accepté, par 94 voix contre 61, l’entrée en matière contre l’avis d’une minorité de la commission (UDC-PRD). Concernant l’affectation du produit de la taxe, l’énergie éolienne a été introduite dans les énergies renouvelables à encourager, alors que l’énergie à la chaleur ambiante a été supprimée. La Ceate a souhaité, dans certains cas exceptionnels désignés par l’exécutif, que des prêts puissent être accordés à des centrales hydrauliques suisses ne pouvant pas temporairement amortir leurs INA, en raison de l’ouverture du marché de l’électricité. La Confédération n’accordera une aide financière qu’à partir d’un montant des coûts imputables de 5000 francs (1000 francs pour la version des Etats). Les bénéficiaires de prêts devront fournir des garanties. La Confédération et les cantons adopteront conjointement un programme d’encouragement. En cas de résultat excédentaire, les bénéficiaires d’aides financières ou de prêts pourront être sollicités pour une contribution non remboursable au fonds. Aussi, les prêts et emprunts pour des centrales hydrauliques devront être remboursés au fonds dès que leur situation financière le permettra. La Confédération pourra financer des organisations privées garantes de projets de financement de tiers sous forme de capital initial ou de cautionnements. En outre, elle pourra verser aux cantons des contributions globales annuelles pour soutenir des mesures directes ou indirectes prévues par le programme d’encouragement. Le présent arrêté sera valable au plus tard pendant 20 ans. Le National a ensuite renoncé à son ancien arrêté concernant une taxe écologique sur l’énergie en raison du nouveau projet proposé par la petite Chambre.

Obwohl am Parteitag Ende Mai in Neuenburg das Thema der NATO-Einsätze im Kosovo nicht traktandiert war, äusserten sich die Bundesräte Leuenberger und Dreifuss ausgiebig dazu. Leuenberger liess verlauten, Milosevic und seine Aggression gehörten verurteilt, «nicht nur moralisch», und Dreifuss forderte die Partei auf, «Flagge zu zeigen», indem sie Fremdenfeindlichkeit und Abschottung eine Absage erteile. Parteipräsidentin Koch nahm ihre früheren Aussagen etwas zurück und forderte nun eine schnelle Beendigung des Krieges, so dass die Rückkehr der Flüchtlinge möglich werde. Die Delegierten verabschiedeten eine Resolution, die forderte, den Krieg zu Luft und zu Land unverzüglich zu beenden. Innenpolitisch forderte die Resolution die unbürokratische Aufnahme von Flüchtlingen und ein uneingeschränktes Bleiberecht, bis eine dauerhafte Rückkehr sichergestellt werden könne. Die Schweiz solle sich zudem mit Blau- und Gelbmützen an einer internationalen Friedenstruppe beteiligen.

En réponse à la demande de concession de 1997 de Swissmetro, le Conseil fédéral a accordé au projet un délai pour adapter son modèle de financement du tronçon pilote jugé trop onéreux pour les finances publiques. Le Conseil fédéral a souhaité un engagement plus ferme du secteur privé. Le financement du tronçon prévoyait un investissement des pouvoirs publics d’une hauteur de CHF 2,8 milliards et de fonds privés entre CHF 700 et 800 millions. Le conseiller fédéral Leuenberger a en outre recommandé aux responsables de Swissmetro d’étudier la réalisation du tronçon pilote entre les aéroports de Zurich-Kloten et de Bâle-Mulhouse ou entre Zurich et Lucerne, estimant que les besoins entre Bâle et Zurich étaient plus importants et que le financement serait plus facile qu’entre Genève et Lausanne.

Angesichts des sich fortsetzenden Wandels in Richtung Personalisierung und Kommerzialisierung in der politischen Kommunikation wurden im Berichtsjahr die Auswirkungen der medialen Begleitung der Bundesrats- und Nationalratswahlen Gegenstand wissenschaftlicher Debatten. Die Kritik wendete sich insbesondere gegen eine „Amerikanisierung der Berichterstattung“. Bundesrat Leuenberger forderte überdies die Einsetzung eines Medienrats mit angesehenen Fachleuten – nicht zur Behandlung von Beschwerden oder zur Ausübung von Zensur, sondern als Anstoss für eine Qualitätsdiskussion. Mit der Überweisung eines Postulat Weigelt (fdp, SG) beauftragte der Nationalrat den Bundesrat, die Schaffung eines Medienrats im Vorfeld der anstehenden Revision des Bundesgesetzes über Radio und Fernsehen (RTVG) zu prüfen.

Au printemps, le Conseil national s’est penché sur la loi concernant la coordination et la simplification des procédures d’approbation des plans, comprenant le message général et un complément concernant la modification de la loi sur les routes nationales. Les députés ont souligné la nécessité d’une telle réforme. Les Verts ont toutefois estimé que le projet de l’exécutif était plus axé sur la satisfaction des besoins de l’économie que sur ceux de la protection de l’environnement. De nombreuses modifications de détail ont été apportées au projet. Nous retiendrons notamment que, dans la loi sur la protection de la nature et du paysage, le délai de recours a été fixé en règle générale à 30 jours pour tous les cantons. Cette disposition a été acceptée par 76 voix contre 58, bien que Moritz Leuenberger s’y opposa pour des motifs de souveraineté cantonale. Les députés ont rejeté une proposition de prolonger la durée de mise à l’enquête publique de la demande d’approbation des plans et de sa publication (organes officiels des cantons et des communes et Feuille fédérale) de 30 à 60 jours. Dans l’ensemble, la plupart des modifications concernant la loi sur les routes nationales, proposées par le Conseil fédéral, ont été acceptées. Le National a modifié la durée des zones réservées dans la loi sur les routes nationales et la loi sur les chemins de fer, passant de 8 à 5 ans, avec une prolongation de 3 ans au plus (l’exécutif prévoyait 4 ans). Concernant la modification de la loi sur les forêts, pour des projets cantonaux, les députés ont décidé que lorsque la surface de défrichage dépassera 5'000 m2 ou quand elle sera située sur le territoire de plusieurs cantons, ceux-ci consulteront l’OFEFP. Cet amendement, proposé par la majorité de la Ceate, a été approuvé par 94 voix contre 44; puis le projet a été accepté par 121 voix contre 4.

Après l’accord sur les transports terrestres conclu au niveau ministériel avec l’UE à la fin de l’année précédente, les milieux écologistes et syndicalistes ont fait pression sur le gouvernement afin d’obtenir des mesures d’accompagnement efficaces aux accords. En février, ils ont remis au conseiller fédéral Leuenberger un projet de loi concernant des mesures d’accompagnement strictes pour tempérer les effets de l’accord sur les transports avec l’UE et réaliser les buts de l’initiative des Alpes. Une augmentation des contrôles policiers sur les camions, un doublement de la redevance poids lourds forfaitaire et une limitation du nombre des 40 tonnes (t) suisses ont été demandés. Le DETEC a indiqué que ces revendications seraient examinées dans le cadre des mesures d’accompagnement à l’accord. En février, le Conseil fédéral a doublé les taux de la redevance forfaitaire sur le trafic des poids lourds avec effet au 1er janvier 2000.

Au début de l’année, Pascal Couchepin a entrepris un voyage de cinq jours en Corée du Sud accompagné par une importante délégation d’industriels et de financiers. Lors de cette visite, le ministre de l’économie a signé un mémorandum d’entente sur la coopération économique. De retour en Suisse, il a déclaré avoir été surpris par la formidable puissance industrielle de ce pays mais s’interroger sur la concrétisation de la libéralisation économique accomplie au plan législatif. Flavio Cotti s’est rendu en Roumanie pour une visite officielle d’un jour et a assuré les autorités de Bucarest du soutien de la Suisse à la candidature roumaine pour la présidence de l’OSCE en 2001. Le ministre des transports Moritz Leuenberger a rencontré ses homonymes européens à Varsovie. Au cours d’une visite de travail de deux jours, Arnold Koller et le ministre hongrois de l’intérieur Sandor Pinter ont signé à Budapest un accord de lutte contre la criminalité. Pour sa part, Ruth Metzler s’est rendu pour des visites de politesse successivement au Liechtenstein, en Autriche, en France, en Italie, puis en Allemagne. A l’occasion de ce dernier voyage, elle a signé avec le ministre de l’Intérieur Otto Schily, une déclaration visant à renforcer la coopération entre les deux pays dans le domaine de la lutte contre la criminalité organisée. Pascal Couchepin a effectué une visite de six jours au Brésil accompagné d’une délégation mixte. Il y a rencontré le président Fernando Henrique Cardoso et s’est exprimé en faveur de davantage d’échanges avec le Mercosur, notamment à travers l’AELE. Directement après, le ministre de l’économie helvétique a entamé une visite de trois jours aux USA où il s’est entretenu de coopération économique avec plusieurs personnes de l’administration Clinton. La présidente de la Confédération, Ruth Dreifuss, s’est déplacée en automne à Helsinki où elle a rencontré le président finlandais Martti Ahtisaari.

Au Conseil national, la majorité de la Ceate a proposé de se rallier à la version de la Chambre des cantons. Elle souhaitait biffer le nouvel article de loi et adopter la mesure sous la forme d'un postulat. Une minorité de la commission souhaitait maintenir la divergence. Moritz Leuenberger a réaffirmé au plénum la volonté de l'exécutif de soumettre au parlement les protocoles en même temps. A l'exception peut-être du protocole «Transports», car un accord sur la question semblait encore très difficile à obtenir. Finalement, les députés ont suivi la majorité de la Ceate par 83 voix contre 51.

Au cours de la session d'hiver, le Conseil des Etats s'est également penché sur l'examen du projet d'arrêté relatif à la Convention alpine. Bien que les débats furent animés, l'entrée en matière a été décidée sans opposition. La petite Chambre s’est ralliée au National en acceptant de signer la convention sans les protocoles. Mais la Ceate a refusé que l'exécutif, dans la nouvelle disposition de loi introduite par le National, soit obligé de soumettre les huit protocoles simultanément à l'Assemblée fédérale. La Ceate a estimé que l'adoption des protocoles entrait dans la compétence du parlement qui seul devait décider la manière dont il souhaitait les examiner. De plus, comme le nouvel article mentionnait une liste exhaustive des huit protocoles, la Ceate redoutait qu'il ne soit rapidement plus applicable, si des protocoles supplémentaires étaient introduits. Deux propositions Delalay (pdc, VS) et Rochat (pl, VD), d'une teneur identique, ont demandé d'approuver l'article du National. Moritz Leuenberger a déclaré que l'intention de l'exécutif était bien de soumettre en même temps les divers protocoles. Par conséquent, il a estimé que le nouvel article de loi était inutile. En définitive, les sénateurs ont suivi le Conseil fédéral et la Ceate par 18 voix contre 9, créant ainsi une divergence avec la grande Chambre.

Après quatre années, les négociations sectorielles avec l’UE ont trouvé leur conclusion au niveau politique au mois de décembre à Vienne. La volonté de l’Angleterre, puis surtout de l’Autriche, d’aboutir à un compromis avant la fin de leur période de présidence de l’Union a constitué un élément important de cet aboutissement. En début d’année, le domaine des transports a été le principal objet de litige, rapport au coût estimé trop élevé par l’UE de la taxe poids lourds. Les ministres des Affaires étrangères des Quinze ont également exigé plus de souplesse de la part de la Suisse dans les dossiers de la libre circulation des personnes (statut des saisonniers), de l’agriculture (plus grande ouverture aux produits de l’UE) et des allocations chômage. Un coup de frein important a été enregistré au mois de mars avec le veto de l’Allemagne sur le compromis des transports. Le conseiller fédéral Moritz Leuenberger et le commissaire européen Neil Kinnock s’étaient pourtant mis d’accord à Kloten (ZH) à la fin du mois de janvier. Mais l’Allemagne a complètement contesté les bases du calcul du montant de la taxe poids lourds. Suite à ce blocage, les ministres des affaires étrangères de l’UE n’ont pas traité à la fin d’avril le point des bilatérales avec la Suisse, comme il était initialement prévu. Malgré ceci, les négociateurs suisses et européens sont parvenus en juin à un accord sur la libre circulation des personnes et sur l’agriculture. Concernant le premier point, la Suisse a surtout accepté de revoir sa position sur l’attribution des prestations de l’assurance chômage pour les travailleurs étrangers de courte durée. Ce faisant, elle a vaincu les principales réticences de l’Espagne et du Portugal. Sur le second point, elle a accepté la libéralisation du marché du fromage.

Deux semaines plus tard, les principales divergences ont été éliminées et ont ouvert la voie à une première conclusion générale. Celle-ci restait toutefois conditionnée à l’acceptation du compromis de Kloten par les Quinze et à la résolution de problèmes institutionnels ou techniques comme celui de l’appellation «Champagne» (revendiquée par la France et les vignerons d’un petit village vaudois) ou de la viande séchée des Grisons (conflit sur la question des règles d’origine). Dans cette optique, l’acceptation par le peuple de la redevance poids lourds liée aux prestations (RPLP) et du financement des transversales alpines (NLFA) ont fourni des arguments de poids à cette conclusion politique. De plus, l’arrivée au pouvoir de la gauche en Allemagne a fait tomber le veto qui bloquait le dossier des transports, lui apportant même un soutien conséquent. La Suisse a toutefois dû faire encore quelques concessions pour que soit définitivement clos le chapitre des transports.

Après la conclusion de ce point qui était de loin le plus sensible, une véritable course contre la montre s’est engagée afin de conclure les bilatérales avant la fin de l’année. L’Autriche, présidente de l’UE pour le deuxième semestre 1998, s’est montrée particulièrement déterminée à ce sujet. Une opposition tactique de la France sur le transport aérien a toutefois failli renvoyer la conclusion à 1999. Multipliant les réunions ministérielles et diplomatiques, les partenaires ont toutefois réussi à s’entendre à l’occasion du sommet européen de Vienne. La Suisse a encore concédé certains points marginaux dans la libre circulation des personnes. Par exemple, les ressortissants de l’UE déjà occupés en territoire helvétique ne seront pas concernés par les diverses restrictions et le calcul des contingents. La période transitoire de deux ans assurant une priorité aux travailleurs domiciliés dans le pays a toutefois pu être maintenue. Berne a par contre lâché du lest dans l’agriculture. L’ouverture aux produits communautaires (notamment fraises, tomates, vins doux) a été augmentée d’une valeur commerciale de quelques 100 millions de francs. L’interdiction pour les vignerons de Champagne (VD) d’utiliser ce nom a également été entérinée. Concernant la viande séchée des Grisons fabriquée avec de la viande argentine, les concessions ont été liées à la levée de l’embargo de certains pays de l’UE (suite à la maladie de la vache folle) sur l’importation de viande bovine suisse. En contrepartie, la Suisse a entre autres pu obtenir les 5e et 7e libertés dans le transport aérien. Malgré un dernier baroud d’honneur du Portugal, les négociations ont été définitivement conclues au niveau politique au soir du 11 décembre. Il faut rappeler que la clause «guillotine», exigée par l’UE, suppose que les sept dossiers constituent un paquet et ne pourront être traités séparément. Le Conseil fédéral a d’ailleurs communiqué qu’ils seront présentés comme tels dans l’arrêté fédéral y relatif. Des mesures d’accompagnement, concernant notamment le dumping salarial, feront partie d’un paquet distinct. Au lendemain de l’accord, les Démocrates suisses et la Lega ont annoncé le lancement d’un référendum contres les bilatérales.

Au cours de la session d'hiver, le Conseil des Etats est entré facilement en matière sur le projet de l'exécutif. Le parlement ne pouvait que l’accepter ou le rejeter en bloc, sans en modifier les dispositions. Les députés ont insisté sur la nécessité de donner plus d'autonomie aux CFF, dans le cadre de l'ouverture du marché et face à la concurrence de la route. Moritz Leuenberger a accordé que la convention avait un caractère très général et abstrait et qu’elle ne contenait pas d'éléments de la stratégie de la Confédération concernant la politique régionale, sociale ou salariale des CFF. Il précisa que ces éléments prendraient forme dans le cadre d'ordonnances du Conseil fédéral. En définitive, la petite Chambre a adopté à l'unanimité les deux projets d'arrêtés fédéraux du gouvernement.

Le gouvernement français a donné son feu vert pour la poursuite des travaux relatifs aux lignes ferroviaires du TGV est (Paris-Strasbourg) et du TGV Rhin-Rhône. La ligne Rhin-Rhône intéresse particulièrement la Suisse, non seulement pour des liaisons plus rapides avec Paris, mais aussi pour les horizons méditerranéens qu'elle promet. Le raccordement avec la Suisse devra faire l'objet d'une négociation bilatérale ultérieure. Le ministre des transports français a également annoncé que la liaison TGV Genève-Paris sera améliorée en modernisant et électrifiant la ligne dite des Carpates. Cette remise en service permettra de relier Paris et Genève en moins de trois heures. La Confédération et la France devront négocier une convention qui fixera la part financière prise en charge par la Suisse. Moritz Leuenberger s'est aussi mis d'accord avec son homologue français Jean-Claude Gayssot pour réaliser trois portes d'entrée TGV en Suisse pour le raccordement au réseau européen à grande vitesse. Il s'agit de Genève-Bourg-Mâcon avec raccordement au TGV sud-est, de Lausanne/Berne-Neuchâtel-Dôle-Dijon avec raccordement au TGV sud-est et au futur TGV Rhin-Rhône et enfin de Bâle-Mulhouse avec raccordement au futur TGV Rhin-Rhône. Avec l'acceptation de l'arrêté sur le financement des grands projets ferroviaires, ces raccordements ont été assurés financièrement du côté suisse.

En octobre, le Conseil fédéral a présenté, après une réunion à huit clos, les objectifs énergétiques fédéraux futurs. Dans ce contexte, le conseiller fédéral Moritz Leuenberger a soutenu une fermeture des centrales nucléaires suisses dans un délai encore inconnu. La déclaration du conseiller fédéral a eu un retentissement certain auprès des médias qui ont unanimement parlé d'un retrait planifié du nucléaire. Le chef du DETEC a tenu à rectifier la donne, précisant qu'il n'avait jamais parlé de retrait du nucléaire, mais de démantèlement progressif des centrales nucléaires. Au Conseil national cette affaire a fait l'objet de deux interpellations de représentants de l'UDC et du PRD qui n'ont pas hésité à parler de désinformation de la part du gouvernement. Le débat sur le nucléaire fut de la sorte relancé au sein du plénum. D'autre part, lors de cette réunion d'octobre, le gouvernement a décidé que les installations existantes pourraient continuer à fonctionner à pleine puissance. Il a en effet donné son autorisation au réacteur de Leibstadt (AG) d'augmenter sa capacité de production de 15%. Sur une même lancée, il a prolongé la concession de la centrale de Mühleberg (BE) jusqu'en 2012. Le Conseil fédéral a aussi déclaré qu'il souhaitait renoncer à l'indemnisation des INA dans le cas des centrales nucléaires. Moritz Leuenberger et Pascal Couchepin se sont engagés à discuter avec les différents acteurs concernés (centrales, cantons, communes et organisations écologistes) afin de rédiger au plus vite la nouvelle loi sur l'énergie atomique. Cette dernière devrait fixer la date de fermeture des réacteurs et soumettre toute nouvelle construction au référendum facultatif. Le représentant des centraliers suisses, Peter Hälen, ne s'est pas déclaré inquiet de l'annonce du gouvernement, car le Conseil fédéral a laissé ouvert le délai d'abandon du nucléaire. Le camp écologiste s'est déclaré insatisfait, déplorant les concessions accordées aux centrales de Leibstadt et de Mühleberg. Le WWF et Greenpeace ont d'ailleurs déclaré qu'ils poursuivraient leurs efforts de récolte de signatures pour les deux initiatives populaires en cours: «Sortir du nucléaire» et «Moratoire plus». Suite à la décision du Conseil fédéral de donner l'autorisation à la centrale de Leibstadt d'augmenter sa puissance, des activistes de Greenpeace ont bloqué, durant une nuit du mois de mars, 32 transports de déchets nucléaires destinés au retraitement.