Auf der Delegiertenversammlung im März in Bern erteilte Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) einer eventuellen Beteiligung der GP an einer Regierung mit Christoph Blocher eine deutliche Absage. Genner sah einen grünen Sitz im Bundesrat nicht als primäres Ziel für die Wahlen 2007 an; vorrangig sei vielmehr, die Parlamentsvertretung der Grünen weiter zu stärken. Im Zentrum der Versammlung standen umweltpolitische Themen. Die Delegierten forderten von der Parteileitung die Vorbereitung einer Klimainitiative, da das Projekt einer CO2-Steuer wenig Realisierungschancen besitze. Des Weiteren bekräftigten sie ihre Forderung nach einem schnellen Ausstieg aus der Atomkraft. Schliesslich gaben die Delegierten mit 79:5 Stimmen bei 7 Enthaltungen die Ja-Parole für den Bildungsartikel heraus.

Auf der Versammlung in Lausanne im Juni lehnten die Delegierten einstimmig die Asyl- und Ausländergesetze ab. Vizepräsident Ueli Leuenberger bezeichnete die Gesetze als eine Form der Abschaffung des Asylrechts. Sie brächten nicht die angeblichen Lösungen, sondern neue Probleme wie die Abdrängung von Asylsuchenden in die Illegalität.
Kontroverser wurde die linke Kosa-Initiative diskutiert. Der Waadtländer Grossrat Philippe Martinet bemängelte, dass die Zuführung von Nationalbankgewinnen kein Gesamtkonzept sei, um der AHV auf lange Sicht zu helfen, und regte stattdessen die Investition dieser Gewinne in zukunftsträchtige Projekte im Umweltschutzbereich an. Präsidentin Ruth Genner hingegen betonte den sozialen Aspekt der AHV und die Notwendigkeit ihrer guten finanziellen Ausstattung, um weitere Abbaupläne der bürgerlichen Parteien zu verhindern. Schliesslich unterstützte die Mehrheit der Abgeordneten die Initiative.