Der Nationalrat hiess als Zweitrat eine Gesetzesänderung gut, die Steuerabzüge für Parteispenden auf Bundes- und Kantonsebene vorsieht. Bei der direkten Bundessteuer können künftig Spenden bis zu 10'000 Fr. abgezogen werden. Die Kantone werden ebenfalls verpflichtet, einen Abzug einzuführen, wobei sie die Höhe desselben selber festlegen können. Die Vorlage, der nun zugestimmt wurde, geht auf eine parlamentarische Initiative von Maximilian Reimann (svp, AG) zurück. Die Notwendigkeit eines Steuerabzuges wurde mit der wichtigen staatspolitischen Rolle der Parteien begründet. Anders als vom Ständerat ursprünglich vorgeschlagen, gilt der Steuerabzug nur für natürliche und nicht für juristische Personen. Der Nationalrat war in diesem Punkt dem Bundesrat gefolgt, der in der Einführung eines Abzugs für juristische Personen eine Doppelspurigkeit mit einem bereits existierenden Abzug für Politsponsoring sah. Der Ständerat schwenkte daraufhin auf die Version des Nationalrates ein. Abgelehnt wurden Anträge der Linken, die eine Offenlegungspflicht für die Parteispenden gefordert hatte.

Mit der Ablehnung der SVP-Volksinitiative am 1. Juni konnte der auf eine parlamentarische Initiative Pfisterer (fdp, AG) zurückgehende indirekte Gegenvorschlag in Kraft treten. Beide Ratskammern lehnten Standesinitiativen der Kantone Luzern und Aargau aus dem Jahr 2004 ab, da die darin enthaltenen Forderungen in der Debatte über die Initiative Pfisterer bereits behandelt worden waren.

Gegen den Antrag seiner vorberatenden Kommission, in welcher es zu einer unheiligen Allianz der SVP mit der Linken gekommen war, hiess der Nationalrat die parlamentarische Initiative Pfisterer (fdp, AG) gut. Diese sieht im Sinne eines indirekten Gegenvorschlags zur SVP-Volksinitiative vor, dass in den Gemeinden Volksabstimmungen über Einbürgerungen möglich sein sollen, wenn dies das kantonale Recht so vorsieht. Allfällige Ablehnungsanträge müssten aber begründet werden und bei einem negativen Volksentscheid wäre eine Beschwerde an ein letztinstanzlich entscheidendes kantonales Gericht möglich. In der Detailberatung hatte der Nationalrat diese Bestimmungen zuerst verschärft und beschlossen, dass an einer Gemeindeversammlung der Antrag auf Ablehnung eines Einbürgerungsgesuchs schriftlich formuliert sein muss. In der Differenzbereinigung liess er diese Bestimmung zwar fallen, beharrte aber darauf, dass Volksentscheide nur in Gemeindeversammlungen erlaubt sein sollen, nicht aber an der Urne, da dort keine Begründung möglich ist. Der Ständerat wollte, nicht zuletzt aus abstimmungsstrategischen Gründen, den Kantonen das Recht geben, Urnenabstimmungen dann zuzulassen, wenn vorgeschrieben wird, dass eine Ablehnungsempfehlung begründet werden muss. Er konnte sich aber nicht durchsetzen. Wenn die Gesamtheit der Stimmberechtigten und nicht eine dem Amtsgeheimnis unterstehende politische Behörde über eine Einbürgerung entscheidet, stellen sich besondere Probleme des Datenschutzes. Der Nationalrat stellte sich zuerst hinter einen Antrag Hutter (svp, SG), der verlangte, dass zusätzlich zu den vom Ständerat festgelegten Informationen, welche den Stimmbürgern bekannt zu geben sind (Staatszugehörigkeit, Wohnsitzdauer und Angaben, die erforderlich sind, um über die Integration zu urteilen), auch die Religionszugehörigkeit aufzuführen ist. Er musste in der Differenzbereinigung aber darauf verzichten, da dies der Ständerat als für das Verfahren unnötige Beeinträchtigung der Privatsphäre kritisierte und deshalb ablehnte. In der Schlussabstimmung hiessen der Nationalrat und der Ständerat die Gesetzesrevision mit 109 zu 73 resp. 36 zu 5 Stimmen gut. Die SVP stimmte nahezu geschlossen dagegen. Diese Bestimmungen werden nur dann in Kraft treten, wenn die Initiative der SVP bei Volk und Ständen keine Mehrheit findet oder zurückgezogen wird.

Die Rechtskommission des Ständerates reichte im Februar eine parlamentarische Initiative für die genaue Festlegung der Zahl der Bundesrichter in Lausanne und Luzern (Bundesversicherungsgericht) ein. Das Gesetz spricht von 35-45 Richtern; die Kommission schlug nach eigenen Bedarfsabschätzungen 38 ordentliche und 19 nebenamtliche Richter vor, also eine Reduktion gegenüber den heute je 41 ordentlichen resp. nebenamtlichen Richtern. Da sich die von der Reform der Bundesrechtspflege erwarteten Entlastungen noch nicht genau abschätzen lassen, soll diese Regelung bis zum Jahr 2011 gelten. Die Reduktion soll bei der Neubesetzung der Gerichte im Jahr 2008 erfolgen, wobei bis zu diesem Zeitpunkt frei werdende Stellen nicht mehr ersetzt würden. Der Bundesrat war damit grundsätzlich einverstanden, ging aber von noch stärkeren Entlastungswirkungen der Reformen aus (Schaffung eines Bundesstrafgerichts, organisatorische Zusammenlegung der Gerichte von Lausanne und Luzern, Erschwerung des Zugangs für Kläger) und schlug deshalb nur 36 ordentliche Richterstellen vor. Beim Abbau über die Nichtersetzung von Vakanzen beantragte er eine gewisse Flexibilität. So soll darauf verzichtet werden, wenn die sprachliche oder fachliche Zusammensetzung des Gerichts dadurch so stark verändert würde, dass seine Funktionsfähigkeit nicht mehr garantiert wäre. Das Bundesgericht hingegen sprach sich strikte gegen eine Reduktion der heute 41 ordentlichen Richterstellen aus. Seiner Meinung nach wäre eine qualitativ hochstehende Gerichtstätigkeit bei einem Abbau nicht mehr gewährleistet.

Der Ständerat beriet die Vorschläge bereits in der Märzsession. Er folgte seiner Kommission und entschied sich für 38 Richter; einen Antrag Pfisterer (fdp, AG), die Zahl bis 2014 bei 41 zu belassen, scheiterte deutlich. Auf Antrag seiner Kommission beschloss der Rat zudem, dass das Bundesgericht umfassend und detailliert Rechenschaft über die Art, den Umfang und den zeitlichen Aufwand der Arbeitsaktivitäten jedes seiner Mitglieder abzulegen habe, um eine Grundlage für Optimierungsmöglichkeiten zu erhalten.

Die Rechtskommission des Nationalrats zweifelte an den Annahmen der kleinen Kammer über die zukünftige Geschäftslast, welche die Basis für den Abbauentscheid gebildet hatten. Sie schlug vor, es bis Ende 2011 bei den gegenwärtigen 41 Richtern zu belassen und dann, in Kenntnis der Auswirkungen der Gerichtsreform, allfällige Reduktionen vorzunehmen. In der Abstimmung im Nationalrat unterlag dieser von der Linken und der Hälfte der CVP unterstützte Vorschlag knapp mit 91 zu 87 Stimmen gegenüber der von der SVP und der nahezu geschlossenen FDP befürworteten Lösung des Ständerats (38 Richter). Die Pflicht zur detaillierten Rechenschaftsablage über den Arbeitsaufwand ging dem Nationalrat zu weit. In einer Kompromisslösung einigten sich die beiden Kammern darauf, dass das Gericht dem Parlament zwar Rechenschaft über seinen Aufwand abzulegen hat. Verlangt werde aber nicht eine vollständige und detaillierte Aufwanderfassung, sondern nur Informationen, welche das Parlament für seine Entscheide benötigt.

Die SPK des Ständerat legte im Herbst ihre Vorschläge für die Umsetzung der 2003 gutgeheissenen parlamentarischen Initiative Pfisterer (fdp, AG) vor. Diese Initiative versucht, die bisherigen Verfahrenskompetenzen der Gemeinden mit den vom Bundesgericht formulierten Anforderungen an einen fairen Entscheid bei Einbürgerungsbeschlüssen in Einklang zu bringen. Die SPK hielt sich an ihren Vorentwurf aus dem Vorjahr, der in der Vernehmlassung breite Zustimmung gefunden hatte. Kommunale Volksabstimmungen (an der Urne oder in einer Gemeindeversammlung) über Einbürgerungsgesuche sollen zwar weiterhin möglich sein, aber nur dann, wenn vor dem Entscheid ein begründeter Ablehnungsantrag vorliegt. Die bis zum Bundesgerichtsurteil in einigen Orten der Zentralschweiz gängige Praxis, über alle Einbürgerungen grundsätzlich an der Urne abzustimmen, wäre damit nicht mehr möglich. Die Ablehnung eines Einbürgerungsgesuchs soll zudem vor einem letztinstanzlich entscheidenden kantonalen Gericht anfechtbar sein. Der Ständerat beriet die Vorschläge in der Dezembersession und stimmte ihnen zu. Zuvor hatte er mit 33 zu 6 Stimmen einen Nichteintretensantrag Brändli (svp, GR) abgelehnt.

Als Reaktion auf die Bundesgerichtsurteile vom Vorjahr, welche kommunale Urnenabstimmungen über Einbürgerungen als verfassungswidrig untersagt hatten, lancierte die SVP im Mai, wie damals angekündigt, eine Volksinitiative. Das Begehren verlangt, dass die Gemeinden absolut frei sind, die Entscheidungsinstanz und -prozedur festzulegen. Diese kommunalen Einbürgerungsentscheide sollen zudem nicht rekursfähig sein. Der Ständerat gab einer Standesinitiative des Kantons Schwyz Folge (parl. Iv. 03.317), welche das Gleiche wie die 2003 vom Ständerat angenommene parlamentarische Initiative Pfisterer (fdp, AG) verlangt: ein faires Verfahren in einem politischen Entscheid bei Wahrung der kantonalen Autonomie in der Organisation des Entscheids. Die mit der Umsetzung der Initiative Pfisterer befasste SPK des Ständerats verschickte gegen Jahresende einen von ihr ausgearbeiteten Entwurf an die Kantone zur Vernehmlassung. Sie hielt darin am Grundsatz fest, dass die Einbürgerung ein politischer Entscheid bleiben soll. Konkret beantragte sie, dass die Kantone Urnenabstimmungen zulassen können, unter der Bedingung, dass ein Nein begründet werden muss und der Einbürgerungsentscheid angefochten werden kann. Als technische Möglichkeit für die Feststellung der geforderten Begründung schlug sie die Verbindung des Abstimmungszettels mit einem Fragebogen zum Ankreuzen oder Aufschreiben der Ablehnungsgründe vor. Das Bundesgericht hatte sich bei seinem Verdikt von 2003 nur auf Urnenabstimmungen bezogen und nicht auf Gemeindeversammlungen mit offenem Handmehr. Die Beschwerde der SVP des Kantons Schwyz gegen die dort nach dem Verbot von Urnenabstimmungen erlassene neue Regelung gab den Richtern nun Gelegenheit, sich auch zu Entscheiden an Gemeindeversammlungen zu äussern. Diese sind gemäss Bundesgericht zulässig, wenn die Abstimmung nicht geheim ist und Ablehnungsanträge begründet werden müssen. Zumindest in der öffentlichen Urteilsberatung kam aber auch eine deutliche Skepsis der Richter gegen diese Art der Einbürgerung zum Vorschein. Dem Kanton Schwyz wurde empfohlen, zumindest in grösseren Gemeinden andere Gremien wie Parlamente, Exekutiven oder Kommissionen entscheiden zu lassen.

Trotz der Reduktion des minimalen Nennwerts einer Aktie auf 10 Fr. mit der Aktiengesetzrevision von 1991 sind schweizerische Unternehmen im internationalen Kapitalmarkt gegenüber ausländischen Gesellschaften mit tieferen Werten immer noch benachteiligt. Die WAK des Ständerats befasste sich mit einer im Vorjahr von Reimann (svp, AG) eingereichten parlamentarischen Initiative für eine weitere Reduktion, nachdem das Parlament bereits im Vorjahr im Rahmen der Diskussion um die Erleichterung von Unternehmensgründungen eine Motion für einen niedrigeren Nennwert gutgeheissen hatte. Der Bundesrat selbst hatte in seinem Entwurf für ein Fusionsgesetz ebenfalls eine Reduktion – auf 1 Rappen – vorgeschlagen. Um nicht zu warten, bis dieses Gesetz verabschiedet ist, beantragte die WAK-StR nun mit einer eigenen parlamentarischen Initiative eine Reduktion auf ebenfalls minimal einen Rappen. Beide Parlamentskammern hiessen diese Neuerung bereits in der Dezembersession gut.