Am 3. September bestimmten die Fraktionen ihre Kandidaturen. Die FDP nominierte die St. Galler Regierungsrätin Karin Keller-Sutter und den Nationalrat Johann Schneider-Ammann (BE). Die drei weiteren Nationalräte Peter Malama (BS), Ruedi Noser (ZH) und Ignazio Cassis (TI), die von den jeweiligen Kantonalsektionen portiert wurden, wurden nicht berücksichtigt. Auch die SP nominierte zwei aus vier Kandidatinnen: Ständerätin Simonetta Sommaruga (BE) und Nationalrätin Jacqueline Fehr (ZH) erzielten mehr Fraktionsstimmen als Nationalrätin Hildegard Fässler (SG) und die baselstädtische Finanzdirektorin Eva Herzog. Die SVP nominierte – nachdem sowohl die Nationalräte Caspar Baader (BL), Peter Spuhler (TG) und Ulrich Giezendanner (AG) abgesagt hatten – Nationalrat Jean-François Rime (FR) und die Grünen traten mit Nationalrätin Brigit Wyss (SO) als Sprengkandidatin an. Auch die CVP meldete ihren Anspruch auf einen zweiten Bundesratssitz an, wollte aber die Wahlen 2011 abwarten.

2010 traten mit Moritz Leuenberger und Hans-Rudolf Merz gleich zwei Bundesräte zurück. War der Rücktritt von Merz erwartet worden, so überraschte die Ankündigung der Demission von Leuenberger am 9. Juli auf Ende des Jahres. Der Rücktritt war deshalb überraschend, weil spekuliert wurde, dass Leuenberger sein drittes Präsidialjahr 2011 noch abwarten würde. Der Magistrat begründete seinen Rücktritt mit der langen Amtsdauer – Leuenberger sass seit 1995 in der Regierung – und nicht etwa mit dem Arbeitsklima im Bundesrat. In der Presse wurden die rhetorischen Fähigkeiten, die Mediengewandtheit und Leuenbergers Einsatz für mehr Transparenz in der Politik hervorgehoben. Darüber hinaus habe er mit der Fusion der Verkehrs- und Umweltpolitik eine ökologische Klammer geschaffen, die nachhaltig bleiben werde.

Die SVP reagierte prompt und kündigte bereits wenige Minuten nach der Medienkonferenz ihren Angriff auf den SP-Sitz an. Caspar Baader (BL) wurde als Sprengkandidat vorgestellt. In der Presse wurde nicht nur über allfällige Nachfolgerinnen von Leuenberger gemutmasst (am häufigsten wurden Simonetta Sommaruga, Jacqueline Fehr, Anita Fetz, Eva Herzog, Hans-Jürg Fehr und Claude Janiak genannt), sondern auch darüber spekuliert, dass Hans-Rudolf Merz ebenfalls seinen baldigen Rücktritt einreichen werde, was dieser schliesslich am 6.August per Anfang Oktober auch tat. Die Bilanz der fünfjährigen Amtszeit von Merz fiel in der Presse zwiespältig aus. Auf der einen Seite wurde anerkannt, dass der Finanzminister einen gesunden und nachhaltig sanierten Haushalt hinterlasse. Auf der anderen Seite hätte sich der Bundesrat aber insbesondere auf internationalem Terrain nicht sehr überzeugend bewegt. Beim Steuerstreit mit der EU, bei der Informationspolitik rund um die UBS-Krise oder bei seinem naiven Vorgehen in der Libyen-Affäre hätte der Magistrat viel Goodwill verspielt.

Auch für die Nachfolge Merz begann sich das Kandidatenkarussell rasch zu drehen. Als Kronfavoriten wurden in der Presse schon früh Karin Keller-Sutter und Johann Schneider-Ammann genannt. Diesmal kündigten nicht nur die SVP sondern auch die Grünen an, den Sitz der FDP anzugreifen. Einiges an Diskussionen löste der Umstand aus, dass die Rücktrittsankündigungen nicht koordiniert worden waren. Es wurde davor gewarnt, dass zwei aufeinanderfolgende Bundesratswahlen (im September und im Dezember) die Sachpolitik für Monate überlagern würden. Nachdem sich die SP und die FDP gegenseitig die Schuld für die schlechte Koordination in die Schuhe schoben, verlegte Bundesrat Leuenberger schliesslich seinen Rücktritt vor. Dies brachte der SP einen taktischen Vorteil, weil die Ersatzwahl von Leuenberger vor jener von Merz stattfand.

Im Frühling bewilligte das EDI sechs weitere Nationale Forschungsschwerpunkte, die der Bund vorerst bis 2009 jährlich mit 10 Mio Fr. finanzieren will. Die langfristigen Programme gingen aus einem für die Sozial- und Geisteswissenschaften reservierten mehrstufigen Auswahlverfahren hervor und werden in interdisziplinären Netzen durchgeführt: 1. Herausforderung für die Demokratie im 21. Jahrhundert (Leitung: Hanspeter Kriesi, ZH; Kredit: 7,1, Mio); 2. Medienwandel, Medienwechsel, Medienwissen – Historische Perspektiven (Christian Kiening, ZH; 5,7 Mio); 3. Schweizerische ätiologische Studie zur psychischen Gesundheit (Jürgen Margraf, BS; 10,2 Mio); 4. Iconic Criticism – Bildkritik. Macht und Bedeutung der Bilder (Gottfried Boehm, BS; 7,1 Mio); 5. Rahmenbedingungen des internationalen Handels: Von einem fragmentierten zu einem kohärenten Regelwerk (Thomas Cottier, BE; 10,4 Mio); 6. Affektive Wissenschaften: Emotionen im individuellen Verhalten und in sozialen Prozessen (Klaus Scherer, GE; 10 Mio). – Das dritte, unter dem Kürzel „Sesam“ laufende Programm, das die Grundlagen seelischer Gesundheit untersucht, umfasst eine Begleitung von 3000 Kindern und ihrer Familien bis ins Erwachsenenalter; vorgesehen sind auch genetische Analysen. An der Anlage der Studie wurde Kritik laut, weil die betroffenen Kinder nicht selber entscheiden können, ob sie sich als Versuchspersonen zur Verfügung stellen wollen oder nicht. Ständerätin Simonetta Sommaruga (sp, BE) hielt es für problematisch, ein Projekt wie Sesam zu starten, ohne dass eine gesetzliche Grundlage für die Forschung am Menschen bestehe.