Bereits Anfang Jahr war klar, dass alle fünf aktiven Schaffhauser Regierungsratsmitglieder wieder zur Wahl antreten würden. Einzig Ursula Hafner-Wipf (sp) bedingte sich längere Bedenkzeit aus, da sie während der nächsten, also ihrer dritten Legislatur das Pensionsalter erreichen werde. Letztlich entschied sich die Sozialdemokraten aber genau wie ihre langjährige Amtskollegin Rosmarie Widmer Gysel (svp, gewählt 2004) und ihre Amtskollegen Christian Amsler (fdp, gewählt 2009), Reto Dubach (fdp, gewählt 2007) und Ernst Landolt (svp, gewählt 2010) für eine erneute Kandidatur. Trotzdem war die Konstellation eine andere als vor vier Jahren, als ebenfalls alle amtierenden Regierungsrätinnen und -räte erneut kandidierten und ohne Gegenkandidaturen bestätigt wurden. Für den Unterschied sorgte erstens die SP, die neben Hafner-Wipf eine Kampfkandidatur ins Rennen schickte. Die SP habe mit einem Wähleranteil von fast 40 Prozent einen berechtigten Anspruch auf einen zweiten Sitz in der bürgerlich dominierten Regierung, wurde argumentiert. Die Sozialdemokraten hatten bei den Wahlen 2000 ihren zweiten Sitz in der Exekutive verloren und schickten mit Kantonsrat Werner Bächtold just jenen Kandidaten ins Rennen, der bei Ersatzwahlen 2009 Christian Amsler (fdp) unterlegen war. Der zweite Grund für Spannungen im Vorfeld der Gesamterneuerungswahl von 2013 war die letzte Ersatzwahl 2010. Damals hatte zwar die Alternative Liste keine Chance gegen Ernst Landolt (svp), die zahlreichen Leerstimmen, die für das absolute Mehr im Kanton Schaffhausen nicht berücksichtigt werden, wurden aber als grosses Misstrauensvotum gegen die politische Elite interpretiert. Drittens sorgte das Entlastungspaket, das aufgrund von roten Zahlen hatte geschnürt werden müssen sowie die trotzdem geplanten Investitionen in den Nahverkehr, ein Polizei- und Sicherheitszentrum und ein neues Spital für Unmut und Diskussionen. Zudem stand Bildungsdirektor Amsler in der Kritik, die sich in einem Streik durch die Lehrerschaft und durch eine Niederlage bei der Abstimmung um Schulleiterinnen manifestierte. Die Frage war also, ob die Wahlbürgerschaft die bürgerliche Dominanz (2 FDP, 2 SVP, 1 SP) aufweichen würden. Die SP machte keinen Hehl daraus, dass sie einen der beiden FDP-Sitze angreifen wollte und begründete dies auch mit den Resultaten der Nationalratswahlen 2011: während sie – wie die SVP auch – an Wähleranteilen zulegen konnte (34,6%), habe die FDP, die mehr als die Hälfte ihrer Wählerinnen verloren hatte (12,3%), auch rechnerisch keinen Anspruch mehr auf zwei Regierungsratssitze. Die SVP und die FDP verzichteten auf gemeinsame Aktionen.

Bei den Wahlen übersprangen alle sechs Kandidierenden die Hürde des absoluten Mehrs (8'026 Stimmen). Als überzählig ausscheiden musste aber der Herausforderer: Bächtold hatte mit 8'989 Stimmen deutlich weniger Unterstützung erhalten, als die amtierenden Rätinnen und Räte Christian Amsler (14'870 Stimmen), Ernst Landolt (14'525 Stimmen), Reto Dubach (13'745 Stimmen), Ursula Hafner-Wipf (12'149 Stimmen) und Rosmarie Widmer-Gysel (12'001 Stimmen). Das Wahlresultat wurde als Auftrag an die bestehende Regierung in einer schwierigen Phase gedeutet. Allerdings wurde aufgrund des Altersschnitts in der Regierung – vier der fünf Räte werden per Ende der Legislatur älter als 60 sein – Veränderungen bereits vor der nächsten Gesamterneuerungswahl vermutet. Die SP wertete die Niederlage nicht als negatives Vorzeichen für die vier Wochen später anstehenden Kantonsratswahlen. Die Abwahl von Bisherigen sei immer ein sehr schwieriges Unterfangen. Die Stimmbeteiligung lag bei 55,8%.

Nach dem Rücktritt von Heinz Albicker (fdp) war im Kanton Schaffhausen ein Sitz in der Regierung neu zu besetzen. Die FDP trat mit Christian Amsler an, um den vakanten Sitz zu verteidigen. Konkurrenz erhielt sie von der SP, die Werner Bächtold nominierte. Die Sozialdemokraten hatten 2000 ihren zweiten Sitz in der Regierung verloren und wollten diesen zurückerobern. Die SVP hätte einen anderen FDP-Kandidaten – Florian Hotz – dem offiziell nominierten Amsler vorgezogen und kündigte an, Hotz zu unterstützen. Dieser lehnte allerdings eine wilde Kandidatur ausdrücklich ab. Dennoch schaltete die SVP Wahlplakate mit Hotz‘ Namen. Ziel der SVP war, einen zweiten Wahlgang zu bewirken. Dies gelang jedoch nicht. Christian Amsler (fdp) erreichte bereits im ersten Wahlgang knapp das absolute Mehr. Er erhielt 12'005 Stimmen. SP-Kandidat Bächtold lag mit 8811 Stimmen deutlich zurück, Hotz (fdp) erhielt 2149 Stimmen. Zudem gab es eine ungewöhnlich hohe Zahl an Leerstimmen (7852). Da letztere nicht in die Berechnung des absoluten Mehrs eingehen, trugen sie aber nicht dazu bei, einen zweiten Wahlgang zu bewirken.