Die in den Medien immer wieder thematisierten schwierigen Rückkehrbedingungen der Bosnier in ihre Heimat führten auch während der Asyldebatte zu einem heftigen Schlagabtausch zwischen Nationalrätin Bäumlin (sp, BE) und Bundespräsident Koller. Bäumlin kritisierte, der Bundesrat wolle den Eindruck erwecken, bei seiner Rückführungspraxis in Einklang mit der Meinung des UNO-Hochkommissariats für Flüchtlinge zu handeln, was aber aufgrund der Äusserungen des UNHCR so nicht zutreffe. Im Gegenteil, das UNHCR habe festgestellt, dass die zwangsweise Rückführung von Flüchtlingen in andere Gebiete als ihre Heimatregion unweigerlich die Zahl der Binnenvertriebenen in Bosnien-Herzegowina weiter ansteigen lassen würde. Es gebe bereits Beispiele von aus der Schweiz ausgereisten Personen, die nach ihrer Rückkehr keine Möglichkeit der Unterkunft gefunden hätten. Koller hielt demgegenüber daran fest, dass eine Rückkehr für Menschen aus Bosnien-Herzegowina zumutbar sei, selbst wenn sie nicht an ihren ursprünglichen Wohnort zurückkehren könnten. Aber auch eine bosnische Regierungsdelegation, welche in der Schweiz vornehmlich Aspekte des Föderalismus studierte, befand, der Zeitpunkt für eine massive Rückkehr für die im Ausland lebenden Bosnier sei noch nicht gekommen, da die Infrastruktur des kriegsgeschädigten Landes nach wie vor darniederliege. Schliesslich appellierte sogar der bosnische Flüchtlingsminister an den Bundesrat, wenigstens jene Bosnier, die nicht mehr in serbisch besetztes Gebiet zurückkehren können, länger in der Schweiz verweilen zu lassen, doch fand auch er kein Gehör. Beim Auslaufen der bis Ende August verlängerten Frist für die kinderlosen bosnischen Flüchtlinge waren von den vorgesehenen 8000 Personen erst 4330 in ihr Land zurückgekehrt. 1300 weitere hatten sich für eine "freiwillige Rückkehr" angemeldet und 700 aus verschiedenen Gründen eine Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung erhalten. Für die restlichen rund 1000 Kriegsflüchtlinge, die sich weigerten, die Schweiz zu verlassen, sah das BFF eine mögliche Zwangsausschaffung vor.
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