La campagne a été marquée dès son démarrage par la division du PRD. Déjà lors des débats aux chambres, plusieurs élus radicaux s’étaient distanciés du parti, estimant l’initiative excessive et contraire à l’Etat de droit. Fer de lance du comité d’initiative, la conseillère nationale Doris Fiala (prd, ZH) a d’ailleurs vertement critiqué les quatre radicaux qui s’étaient abstenus lors du premier vote à la chambre basse, les jugeant responsables de l’échec au parlement. Signe des vives tensions internes au parti, la direction a décidé que l’assemblée des délégués voterait à bulletin secret pour déterminer le mot d’ordre du parti, de sorte à protéger les minoritaires. À l’issue du vote, les délégués ont décidé de soutenir l’initiative par 142 voix contre 57 et 17 abstentions. Loin de se résigner, les minoritaires, soit dix parlementaires fédéraux, des anciens conseillers aux Etats et la section genevoise du PRD ont mené une campagne très active. Les parlementaires, anciens et actuels, qui se sont engagés contre l’initiative étaient Christine Egerszegi (AG), Erika Forster (SG), Kurt Fluri (SO), Rolf Büttiker (SO), Dick Marti (TI), Olivier Français (VD), Hugues Hiltpold (GE), Corina Eichenberger (AG), Christa Markwalder (BE), Peter Malama (BS), Thomas Pfisterer (AG), Thierry Béguin (NE), Gilles Petitpierre (GE) et René Rhinow (BS).

Die Diskussion zur 2005 eingereichten Volksinitiative „Ja zur Komplementärmedizin“, welche 2006 vom Bundesrat zur Ablehnung empfohlen worden war, wurde in diesem Jahr im Parlament zu Ende geführt. Der Ständerat hatte im vorhergehenden Jahr einen direkten Gegenvorschlag zur Initiative ausgearbeitet, der vorschlug, das Wort „umfassend“ im Initiativtext zu streichen und die Formulierung „Bund und Kantone sorgen im Rahmen ihrer Zuständigkeiten für die Berücksichtigung der Komplementärmedizin“ dem Volk zu unterbreiten. Der Gegenvorschlag war als Antrag Büttiker (fdp, SO) im Ständerat angenommen worden und auch Sommaruga (sp, BE), welche Mitglied des Initiativkomitees war, unterstützte den Antrag und versprach, sich nach einer Annahme des Gegenvorschlages im Parlament für den Rückzug der Initiative einzusetzen.

Die Kommission des Nationalrates sprach sich mit 11 zu 9 Stimmen knapp dafür aus, dem Ständerat zu folgen und den direkten Gegenvorschlag zur Initiative anzunehmen. Eine starke Minderheit der Kommission stellte sich gegen dieses Vorhaben. Bundesrat Couchepin hielt an seinem Antrag fest und empfahl, sowohl die Initiative als auch den direkten Gegenvorschlag abzulehnen. Der Nationalrat aber folgte der Mehrheit seiner Kommission und stimmte dem direkten Gegenvorschlag mit 95 zu 60 Stimmen zu. In der Schlussabstimmung nahm der Ständerat den Gegenvorschlag einstimmig und der Nationalrat mit 152 zu 16 Stimmen an. Daraufhin zog das Initiativkomitee, wie bereits von Sommaruga (sp, BE) angekündigt, die Eidgenössische Volksinitiative „Ja zur Komplementärmedizin“ zurück.

Im Vorjahr hatte der Bundesrat dem Parlament beantragt, die 2005 eingereichte Volksinitiative „Ja zur Komplementärmedizin“ dem Volk ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen. Im Nationalrat anerkannten sowohl die Sprecher der Kommissionsmehrheit als auch die Rednerinnen und Redner aus dem bürgerlichen Lager die Bedeutung der Komplementärmedizin für die Gesundheitsversorgung. Sie übernahmen aber vollumfänglich die Auffassung des Bundesrates, wonach die Alternativmedizin bereits mit der heutigen Gesetzgebung berücksichtigt werden könne. Sofern die Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit einzelner Methoden nachgewiesen werde, sei eine Aufnahme in den Leistungskatalog der Grundversicherung möglich. Die vom Initiativtext verlangte „umfassende Berücksichtigung“ eröffne aber einen zu grossen Spielraum für Interpretationen, was zu nicht absehbaren Kosten führen könnte. Die Kommissionsminderheit aus SP und GP führte dagegen ins Feld, es gehe in erster Linie um eine angemessene Berücksichtigung der Komplementärmedizin in Lehre und Forschung sowie um das Bewahren der Heilmittelvielfalt, konnte sich aber nicht durchsetzen. Mit 93 zu 78 Stimmen lehnte der Nationalrat die Initiative ab.

Auch im Ständerat sprach sich niemand grundsätzlich gegen die Komplementärmedizin aus. Das Anliegen sei zwar sympathisch, die vorberatende Kommission lehne die Volksinitiative aber mehrheitlich ab, weil sie erheblich zu weit gehe, führte deren Sprecher aus. Büttiker (fdp, SO) schlug vor, das Wort „umfassend“ im Initiativtext zu streichen und die Formulierung „Bund und Kantone sorgen im Rahmen ihrer Zuständigkeiten für die Berücksichtigung der Komplementärmedizin“ als direkten Gegenvorschlag dem Volk zu unterbreiten. Er sei der Ansicht, dass Schul- und Komplementärmedizin vermehrt zusammenarbeiten sollten. Ein Verfassungsartikel sei nötig, weil die Komplementärmedizin sonst weiterhin an den Rand gedrängt würde. Der Vorteil seiner Formulierung liege darin, dass die Interpretation, wonach alle ärztlichen und nichtärztlichen Methoden in die Grundversicherung aufgenommen werden müssten, nicht mehr möglich sei. Ein zuvor von der Kommissionsminderheit eingebrachter Gegenvorschlag, der einen direkten Bezug zur Krankenversicherung herstellte, wurde zugunsten von Büttikers Variante zurückgezogen. Sommaruga (sp, BE), selber Mitglied des Initiativkomitees, unterstützte den Antrag Büttiker „im Sinne einer guten und auch mehrheitsfähigen Lösung“. Sie versprach, sich nach einer Annahme des Gegenvorschlags für einen Rückzug der Initiative einzusetzen. Bundesrat Couchepin blieb auch gegenüber dem neuen Vorschlag skeptisch und bezeichnete diesen als unnötig. Er befürchtete, dass Büttikers Formulierung in der Praxis ähnliche Schwierigkeiten bereite wie die Initiative selbst. Der Rat lehnte schliesslich die Initiative einstimmig ab, unterstützte aber den Gegenvorschlag Büttiker mit 36 zu 4 Stimmen. Gleichzeitig wurde die Behandlungsfrist um ein Jahr bis März 2009 verlängert, ein Vorgehen, welchem auch der Nationalrat zustimmte.