Im Jura mussten die letzten Minister der ersten Stunde, François Lachat (cvp), Pierre Boillat (cvp) und Jean-Pierre Beuret (unabh. csp) wegen der Amtszeitbeschränkung ausscheiden. Zudem galt es für die FDP und die SP, ihre im Vorjahr bei Ergänzungswahlen verlorenen Sitze zurückzuerobern. Im ersten Durchgang schaffte keiner der 19 Kandidierenden das absolute Mehr für einen der fünf Regierungssitze, wobei mit drei CVP- und einem FDP-Vertreter die Bürgerlichen die Rangliste anführten. Bereits wurde über eine rein bürgerliche Regierung nach dem Vorbild Genfs spekuliert, was der zweite Wahlgang aber nicht bestätigte: Mit dem zweitbesten Resultat konnte sich der Sozialdemokrat Claude Hêche durchsetzen. Mit drei gewählten Kandidaten, dem Bisherigen Pierre Kohler sowie den Neuen Jean-François Roth und Gérald Schaller, eroberte die CVP das absolute Mehr in der Regierung. Die Freisinnigen konnten ihren 1993 verlorenen Sitz mit einer Frau, Anita Rion, zurückgewinnen, verpassten aber ihr Ziel einer Zweiervertretung knapp. Nicht wiedergewählt wurde Odile Montavon von der linksgrünen Gruppierung Combat socialiste, die 1993 bei den Ergänzungswahlen als erste Frau in die jurassische Regierung gewählt worden war.

Die jurassischen Regierungsratswahlen brachten mit der Kandidatur von Odile Montavon des "Combat socialiste" sehr viel Spannung auf die politische Bühne. Montavon kam im ersten Wahlgang für den fünfköpfigen Regierungsrat an vierter Stelle zu stehen. Damit konnte sie sich mit einem Vorsprung von über 1200 Stimmen vor den bisherigen Ministern François Mertenat (sp) und Pierre Beuret (csp) plazieren. Im Kantonshauptort Delémont figurierte sie gar an der Spitze aller Kandidatinnen und Kandidaten. Als einziger erreichte François Lachat (cvp) das absolute Mehr und war somit im ersten Wahlgang gewählt. Vor dem zweiten Wahlgang entzog dann allerdings die SP Montavon die Unterstützung, um allein auf den eigenen Kandidaten Mertenat zu setzen. Auf der anderen Seite unterstützten sich die beiden christlichen Parteien gegenseitig und riefen zu Wahldisziplin zugunsten der eigenen Kandidaten auf. Die Aussenseiterin Montavon blieb ohne sozialdemokratische Unterstützung hinter den vier Bisherigen zurück. Die Regierungszusammensetzung blieb damit personell und parteipolitisch unverändert; ausser Gaston Brahier (fdp, seit 1986) sind alle Minister seit Bestehen des Kantons im Amt.