In der Herbstsession gelangte das vom Nationalrat leicht abgeänderte Bundesgesetz über den zivilen Ersatzdienst in die Kleine Kammer. Kommissionssprecher Eder (fdp, ZG) eröffnete die Debatte mit den Anträgen der SiK-SR. Dort war Eintreten unbestritten und die Beratungen führten zu einer Differenz zum Nationalratsbeschluss: Die dort aus der Vorlage herausgestrichene Einsatzmöglichkeit im Schulwesen wurde wieder eingefügt, was der ursprünglichen Absicht des Bundesrates entsprach. Mit 6 zu 4 Stimmen ohne Enthaltung war dieser Antrag in der Kommission gefasst worden. Die Begründung lag in der positiven Vernehmlassung der Vorlage, bei der sich eine Mehrheit der Kantone und Parteien für diesen Einsatzbereich ausgesprochen hatten. Die Befürchtung, dass "Zivis" in den Schulen Unterrichtsverantwortung übernehmen und dadurch Lehrpersonen ersetzen würden, sei unbegründet und zudem vom Bundesrat in der Zivildienstverordnung unterbunden worden. Die Schulen würden damit auch nicht gezwungen, "Zivis" einzusetzen. Ebenso bliebe die kantonale Schulhoheit gewährleistet, was für die Kantonsvertreter ein wichtiges Kriterium darstellte. Noch offener Punkt war allerdings die Regelung, wie während der Schulferienzeit mit den "Zivis" umgegangen werden kann, respektive wie deren Einsatztage während den unterrichtsfreien Perioden angerechnet würden. Die Ausarbeitung für eine hierzu notwendige Regelung wurde von Bundesrat Schneider-Ammann in Aussicht gestellt. Nach einigen Ergänzungen wurde diese Passage wieder in die Gesetzesvorlage aufgenommen.
Der Gesetzesentwurf war grossmehrheitlich unbestritten und nur vereinzelte Bestimmungen wurden im Ständerat eingehender besprochen. Neben dem Einsatz an Schulen wurden auch die Finanzhilfen zugunsten der Einsatzbetriebe diskutiert. Eine Minderheit Bieri (cvp, ZG) beantragte dem Plenum, die Institutionen der Kulturgütererhaltung (Denkmalpflege) als weitere subventionsberechtigte Einsatzbetriebe zu berücksichtigen, nebst dem Umwelt- und Naturschutz, der Landschaftspflege und dem Wald. Als Einsatzbereich ist die Kulturgütererhaltung bereits vorgesehen, deren Leistungserbringer sind jedoch noch von Finanzhilfen ausgenommen. Neben der vom Bundesrat neu eingeführten Berücksichtigung von Waldwirtschaftsbetrieben wollte die Minderheit eben auch die Denkmalpflege berücksichtigt wissen. Kommissionssprecher Eder (fdp, ZG) entgegnete, dass mit lediglich 4 Prozent der Zivildiensteinsätze im Bereich der Kulturgütererhaltung das Bedürfnis dafür nicht gegeben sei. Entsprechend hatte die Kommission das Anliegen mit 6 zu 3 Stimmen verworfen. Darüber entfachte sich eine längere Debatte, die sich etwas vom eigentlichen Gegenstand, den Finanzierungshilfen für Einsatzbetriebe, entfernte: Auf einmal war die Zweckmässigkeit von Zivildiensteinsätzen im Bereich der Kulturgütererhaltung selbst Inhalt der Voten. Abschliessend wurde diese Passage jedoch gemäss Minderheitsantrag mit 36 zu 8 Stimmen in die Gesetzesvorlage aufgenommen. Diese Änderung und die Wiederaufnahme der Schulen als Einsatzort waren somit die zwei verbleibenden Differenzen, über die der Nationalrat erneut befinden muss. Mit 38 Stimmen und 5 Enthaltungen wurde das Geschäft der grossen Kammer überwiesen.

Im März 2015 nahm sich der Ständerat ein zweites Mal dem Thema des Finanzausgleichs für die Beitragsperiode 2016-2019 an. Im Unterschied zum Lastenausgleich, bei dem National- und Ständerat dem bundesrätlichen Vorschlag, im Vergleich zur Vorperiode weder an der Gesamtdotierung noch an der Verteilungslogik etwas zu ändern, gefolgt waren, bestand beim Ressourcenausgleich eine gewichtige Differenz. Während die grosse Kammer wie der Bundesrat in den kommenden vier Jahren CHF 330 Mio. weniger umverteilen wollte, hatten sich in der ersten ständerätlichen Lesung die Nehmerkantone durchgesetzt. Daran änderte sich auch in der zweiten Lesung nichts. Eine Minderheit Bieri (cvp, ZG), die auf die Linie von National- und Bundesrat umschwenken und CHF 330 Mio. weniger ausgeben wollte, unterlag dem Mehrheitsvorschlag der Finanzkommission (FK-SR) bei 1 Enthaltung mit 16 zu 27 Stimmen. Zuvor hatte bereits eine Minderheit Theiler (fdp, LU), die im Sinne eines Kompromissvorschlages über eine Erstreckung der Berechnungsfrist von vier auf acht Jahre annähernd eine Halbierung der Beitragsanpassungen erreichen wollte, mit 15 zu 28 Stimmen den Kürzeren gegen den Mehrheitsantrag gezogen. Damit ging die Vorlage zurück in den Nationalrat, der sich in der Sommersession 2015 ein zweites Mal damit beschäftigte. Die Finanzkommission des Nationalrats (FK-NR) sprach sich dabei erneut für den Vorschlag des Bundesrates aus und setzte sich damit mit 103 zu 87 Stimmen bei 1 Enthaltung gegen eine Minderheit Siegenthaler (bdp, BE) durch, die die Kürzungen der Grundbeiträge von Bund und Geberkantonen – ohne eine Anpassung der Berechnungsfrist – exakt halbieren wollte. Kurz vor der drohenden Einigungskonferenz kam dann Bewegung in die Fronten. Die FK-SR schlug analog zum Antrag von Nationalrat Siegenthaler eine Senkung der Gesamtdotierung um CHF 165 Mio. vor und setzte sich damit gegen eine neuerliche Minderheit Bieri mit 30 zu 14 Stimmen durch. Mit Ausnahme von Basel-Stadt und der Waadt stimmten nur Nehmerkantone dem Kompromiss zu. Die FK-NR wollte indes nichts von einem Kompromiss wissen und empfahl der grossen Kammer auch vor deren dritten Lesung, dem bundesrätlichen Vorschlag zu folgen. Doch diesmal folgte eine Mehrheit der grossen Kammer der Minderheit Siegenthaler: Mit 107 zu 87 Stimmen bei 3 Enthaltungen bereinigte der Nationalrat damit die Differenz. Die Fronten verliefen wie bereits in den vorangegangen Abstimmungen quer durch die Parteien. Durch den Kompromiss wird die Gesamtdotierung des Ressourcenausgleichs um CHF 165 Mio. pro Jahr gesenkt. Die Geberkantone werden dabei jährlich um CHF 67 Mio., der Bund um CHF 98 Mio. entlastet.

Lors de l’élimination des divergences, le Conseil des Etats a maintenu sa position par 20 voix contre 12 malgré une minorité Bieri (pdc, ZG) qui a proposé de suivre la décision du Conseil national sauf concernant l’enveloppe réservée aux hélicoptères qu’il souhaite maintenir. Au Conseil national, une minorité Allemann (ps, BE) a recommandé d’adhérer à la décision du Conseil des Etats. La chambre basse a toutefois suivi sa commission par 115 voix contre 60 en maintenant l’enveloppe pour les hélicoptères et en ne compensant pas l’achat prévu dans le projet 2. L’UDC, le PLR, le PDC et le PBD ont soutenu la proposition de la majorité tandis que la gauche a souhaité limiter le déséquilibre budgétaire. Finalement, les sénateurs se sont ralliés aux députés sur l’ultime divergence par 22 voix contre 4 estimant que les crédits engagés ont un impact peu important sur les crédits annuels du DDPS et que l’absence de compensation est finalement une entorse acceptable aux règles de discipline budgétaire.

Le Conseil des Etats a largement suivi le Conseil national, sauf sur la question de la privatisation du contrôle et de la poursuite pénale. Les sénateurs ont en effet privilégié la version du Conseil fédéral après que Peter Bieri (pdc, ZG), président de la CTT-CE, a rappelé que le projet gouvernemental visait à permettre aux services douaniers de recourir aux compétences d’entreprises spécialisées, tout en conservant leur fonction de surveillance et leur pouvoir réglementaire. La chambre des cantons a approuvé le projet sans opposition. Lors de la session d’hiver, les deux chambres ne sont pas parvenues à éliminer cette unique divergence, confirmant leur décision antérieure respectivement par 89 voix contre 65 et par 28 voix contre 11.

Suite à l’approbation par les Chambres, en 2006, de la création du fonds d’infrastructure pour le trafic d’agglomération et le réseau des routes nationales, le Conseil des Etats a estimé que les objectifs visés par les initiatives Hofmann (udc, ZH) (01.464) et Bieri (pdc, ZG) (04.403) étaient remplis et donc décidé de classer la première et de ne pas donner suite à la seconde. Pour les mêmes motifs, le Conseil national a pour sa part décidé de ne pas donner suite aux motions Pfisterer (prd, AG) (04.3062) et Fluri (prd, SO) (04.3168), déposées suite à l’échec du contre-projet à l’initiative populaire Avanti, en 2004. Le Conseil national a en outre rejeté une motion Freysinger (udc, VS) (05.3632) exigeant une révision de l’article 86 alinéa 3 de la Constitution afin d’affecter l’intégralité du produit de l’impôt sur les huiles minérales à l’entretien, la construction et l’exploitation des routes nationales. L’achèvement des routes nationales étant un objectif prioritaire du fonds d’infrastructure, la majorité a estimé que la demande du motionnaire était satisfaite et la mesure proposée superflue.

Mitten in den parlamentarischen Beratungen über den Voranschlag 2005 erschienen Medienberichte zu einer von der Pro Helvetia unterstützten Ausstellung im Centre Culturel Suisse in Paris, über deren Aussagekraft resp. Geschmacklosigkeit die Meinungen weit auseinander gingen. In der Installation «Swiss-Swiss Democracy» provozierte der Künstler mit kritischen Aussagen zum politischen System der Schweiz. Noch bevor auch nur ein einziger Parlamentarier die Ausstellung in Augenschein genommen hatte, sorgte diese für helle Aufregung im Bundeshaus. Im Ständerat befand Bieri (cvp, ZG), diese Entgleisung verdiene eine Strafaktion, weshalb er beantragte, das Budget 2005 der Pro Helvetia um eine Million Franken (von 34 auf 33 Mio) zu kürzen. Die Vertreter der SP plädierten vergeblich dafür, nicht anhand des Budgets eine kulturpolitische Debatte vom Zaun zu reissen, eine Haltung, die in der Folge auch Finanzminister Merz übernahm. Der Antrag Bieri wurde mit 24 zu 13 Stimmen angenommen. In der Differenzbereinigung hielt die kleine Kammer zweimal gegen die Beschlüsse des Nationalrats an der Budgetkürzung fest, zuletzt sogar mit 23 zu 10 Stimmen.

Im November setzte der Bundesrat eine Massnahme des Entlastungsprogramms 03 um und strich seinen allgemeinen Förderbeitrag an die kantonalen Jugend- und Sportämter in der Höhe von rund 5 Mio Fr.; er kündigte an, im Rahmen des EP 04 noch einmal 2,5 Mio Fr. einsparen zu wollen. Im Voranschlag 2004 beantragte er eine Kürzung der Gelder für Jugend + Sport um weitere 1,5 Mio Fr., da ja neuerdings Gelder aus dem Tabakpräventionsfonds in die Sportförderung fliessen. Gegen diesen Plan formierte sich parlamentarischer Widerstand. Viele Abgeordnete stiessen sich an den Kürzungen, die zeitlich mit dem UNO-Jahr des Sports korrelieren. Dieses war wenige Tage zuvor in New York lanciert worden und basiert im Wesentlichen auf einer Initiative von alt Bundesrat Ogi. Im Nationalrat erreichte Humbel Näf (cvp, AG) mit 103 zu 59 Stimmen den Verzicht auf die Kürzung. Im Ständerat wurde ein ähnlicher Antrag Bieri (cvp, ZG), der allerdings die Subvention nur um 1 Mio Fr. anheben wollte, was den der Pro Helvetia gestrichenen Mitteln entsprochen hätte, abgelehnt. Mit 104 zu 63 Stimmen beharrte der Nationalrat auf seinem ersten Entscheid. Auch der Ständerat war nicht zum Nachgeben bereit: mit 27 zu 11 Stimmen blieb er beim Entwurf des Bundesrates, worauf die grosse Kammer ihre Haltung mit 114 zu 65 Stimmen bekräftigte. Die Einigungskonferenz wollte dem Nationalrat zustimmen. Ihr Antrag scheiterte jedoch in beiden Kammern, womit es bei der vom Bundesrat vorgeschlagenen Kürzung blieb.

In der Parlamentsdebatte zum Entlastungsprogramm 2003 am umstrittensten waren der Fürsorgestopp im Asylwesen (die einzige grundlegende Systemänderung), das Ausgabenwachstum im Bildungsbereich, die Finanzierung der Eisenbahngrossprojekte, die Kürzungen bei EnergieSchweiz und das Impulsprogramm für Kinderkrippen. In der Herbstsession nahm der Ständerat die Beratungen in Angriff. Er lehnte einen Rückweisungsantrag Gentil (sp, JU) ab, der die Einsparungen auf 2 Mia Fr. begrenzen und auf Massnahmen verzichten wollte, welche eine blosse Lastenverschiebung auf die Kantone und Gemeinden darstellten. In der Detailberatung folgte der Rat in den meisten Fällen den Vorgaben des Bundesrates und den Anträgen der vorberatenden Spezialkommission; diese hatte zwar einige Akzentverschiebungen vorgenommen, das Entlastungsziel von 3,3 Mia Fr. insgesamt aber eingehalten. Auf Antrag des Bundesrates entschied die kleine Kammer, dass Asylsuchende, auf deren Gesuch nicht eingetreten wird, kein Recht mehr auf Sozialleistungen haben, sondern nur noch auf die verfassungsmässig verankerte Nothilfe, falls sie darum ersuchen. Stärker als der Bundesrat kürzte der Ständerat die Ausgaben im Umweltbereich (zusätzliche Einsparungen von 18 Mio Fr., dazu 11 Mio Fr. beim BUWAL) und im Personalbereich (zusätzlich 48 Mio Fr.). Im Bereich Bildung, Forschung und Technologie (BFT) beschloss der Rat hingegen Mindereinsparungen von 50 Mio Fr., was ein jährliches Wachstum von 4,75% statt der vom Bundesrat beantragten 4,5% zur Folge hat. Geschont wurde auch die Forstwirtschaft (-21 Mio) sowie das Programm EnergieSchweiz (-20 Mio). Mit 20:19 Stimmen lehnte der Ständerat einen Antrag Hess (fdp, OW) ab, welcher eine Energielenkungsabgabe einführen wollte. Kommission und Bundesrat argumentierten erfolgreich, es entspreche nicht der Idee des EP 03, neue Steuern und Abgaben einzuführen, das Volk habe eine solche Förderabgabe deutlich verworfen; schliesslich solle dieses komplexe Problem nicht im Rahmen der Entlastungsvorlage behandelt werden. Beim Strassenbau beschloss der Rat, die Beiträge an die Kantone um 60 Mio Fr. weniger zu kürzen. Ganz knapp scheiterte in diesem Kontext ein Antrag Marty (fdp, TI), der die Investitionen in den Strassenbau und Strassenunterhalt von jeder Kürzung ausnehmen und zum Ausgleich die Mineralölsteuer um drei Rappen pro Liter erhöhen wollte. Weitere Zugeständnisse machte die kleine Kammer auch bei der Landwirtschaft, indem sie mit 21:19 Stimmen einen Antrag Bieri (cvp, ZG) unterstützte, das Ausgabenwachstum bei den Direktzahlungen nicht nur im Sinne der Kommissionsmehrheit zu halbieren, sondern ganz von der Sparübung auszunehmen. Beim Parlamentsressourcengesetz folgte der Rat der Kommissionsminderheit und beschloss, die jährlichen Entschädigungen pro Parlamentarier um 3000 Fr. zu kürzen. In der Gesamtabstimmung wurde das Entlastungsprogramm lediglich von der SP abgelehnt und mit 26:6 Stimmen angenommen.

Im Sommer 2001 kam es zur Beratung der Gen-Lex im Ständerat. Die von der WBK des Ständerates verabschiedete Vorlage für ein Bundesgesetz über die Gentechnik im Ausserhumanbereich (Gentechnikgesetz, GTG) sah anstelle der vom Bundesrat vorgeschlagenen Teilrevision des Umweltschutzgesetzes die Schaffung eines separaten Gesetzes vor, das die Anwendung der Gentechnologie bei Mikroorganismen, Pflanzen und Tieren regelt. Statt eines Moratoriums für die kommerzielle Anwendung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in der Landwirtschaft wünschte die Kommissionsmehrheit in Übereinstimmung mit dem Bundesrat ein strenges Bewilligungsverfahren; lediglich für Nutztiere sollte ein zehnjähriges Moratorium eingeführt werden. Die Kommissionsminderheit forderte hingegen auch für die kommerzielle Nutzung gentechnisch veränderter Pflanzen und Mikroorganismen ein bis in das Jahr 2009 geltendes Moratorium. Zulässig bleiben sollten Freisetzungsversuche zu Forschungszwecken. Vor dem Hintergrund der Ablehnung der Genschutz-Initiative im Jahre 1998, aber auch im Wissen um die in der Bevölkerung verbreitete Skepsis gegenüber GVO insbesondere im Lebensmittelbereich verzichtete die kleine Kammer auf eine emotionale Grundsatzdebatte und sprach sich grundsätzlich für die Gen-Lex aus. Sie stimmte einer Haftpflichtregelung mit einer Verjährungsfrist von 30 Jahren zu, fügte jedoch eine Ausnahmebestimmung für Medikamente mit GVO ein. Diese hebt die strengere Regelung auf, wenn Patientinnen und Patienten über die Risiken solcher Medikamente informiert wurden und dennoch in eine Behandlung einwilligten. Im weiteren überwies der Ständerat eine Empfehlung seiner WBK, welche den Bundesrat auffordert, den im Gentechnikgesetz eingeführten Begriff „bestimmungsgemässe Verwendung in der Umwelt“ auf Verordnungsstufe zu präzisieren. In der umstrittenen Moratoriumsfrage, ob mit der Freisetzung von GVO allenfalls einige Jahre zugewartet werden sollte, bis die Risiken besser abschätzbar sind, lehnte der Ständerat ein Moratorium grundsätzlich ab, sei das Gesetz doch streng genug, um Risiken zu limitieren. Ein Antrag Bieri (cvp, ZG) auf ein Teilmoratorium, das nur für den kommerziellen Anbau von gentechnisch veränderten Pflanzen, nicht aber für wissenschaftliche Feldversuche gelten soll, fand keine Zustimmung. Im Herbst nahm der Ständerat die Vorlage einstimmig an. Landwirtschaft-, Konsumenten- und Umweltschutzorganisationen kündigten an, sich weiterhin für ein Moratorium einzusetzen; die Grünen drohten mit dem Referendum. Zum Auftakt der Session hatten Umweltorganisationen dem Ständerat eine Petition mit 30 000 Protestkarten übergeben, womit ihre Forderung nach einem Moratorium für GVO, nach einem Schutz gentechfreier sowie einer vollständigen Deklaration von gentechnisch veränderten Produkten unterstrichen werden sollte.

Noch bevor die Vorlage von der zuständigen Nationalratskommission behandelt wurde, einigten sich BAK und Procinéma auf Vermittlung der beiden Ständeräte Bieri (cvp, ZG) und Schiesser (fdp, GL) auf eine weitere Stärkung der Verleih- und Betreiberbranche. Die Erhaltung der Vielfalt soll ganz dem Gewerbe und seinen Branchenvereinbarungen überlassen bleiben, das BAK nur noch die Einhaltung der Ziele regelmässig evaluieren. Die subsidiäre Erhebung einer Förderabgabe durch den Bund – falls die Selbstregulierung dennoch versagen und das Filmangebot einer Region verkümmern sollte – wurde zwar aufrecht erhalten, aber redimensioniert; insbesondere sollen bei wiederholtem Zuwiderhandeln lediglich geringfügige Bussen verhängt werden. Dieser informelle Weg führte in der Sommersession zu einem ersten Etappensieg für das neue Gesetz. Zwar etwas erstaunt über das Vorprellen der beiden Ständeräte und ohne die Vorlage inhaltlich diskutieren zu können, sprachen sich die meisten Fraktionssprecher im Nationalrat gegen die Rückweisung an den Bundesrat aus, um den Gesetzgebungsprozess wieder in Gang zu bringen. Einzig der Zürcher SVP-Abgeordnete Mörgeli benutzte die Gelegenheit zu einem Rundumschlag gegen die Kulturbehörden und das schweizerische Filmschaffen; da er es aber verpasst hatte, seinerseits einen Rückweisungsantrag zu stellen, wurde das Geschäft stillschweigend an den Ständerat zurückgeschickt.

Ende April verabschiedete der Bundesrat den Entwurf zu einem Bundesbeschluss über Finanzhilfen an Sportanlagen von nationaler Bedeutung (Nasak). Er beantragte dem Parlament, bis ins Jahr 2005 80 Mio Fr. in die wichtigsten Sportarenen zu investieren. Im Vordergrund steht der Neubau der Stadien Wankdorf in Bern, St. Jakob in Basel und de la Praille in Genf. Zudem sollen die Sportplätze Pontaise in Lausanne und Letzigrund in Zürich ausgebaut werden. Weiter sollen ein neues polysportives Hallenvelodrom, ein neues Trainingszentrum Ostschweiz, ein neues nationales Schwimmzentrum, die Erweiterung des Eissportzentrums Davos, der Neubau einer Skisprung-Schanzenanlage und diverse Schneesportprojekte unterstützt werden. Wie die Botschaft ausführte, wird das zentrale Auswahlkriterium der Bedarfsnachweis der betreffenden nationalen Sportverbände sein sowie dessen Verifizierung durch die Eidgenössische Sportschule Magglingen.

Die kleine Kammer behandelte die Vorlage als Erstrat. Eintreten war unbestritten. Der Sprecher der Kommission betonte, die Erneuerung der grossen Sportstätten sei dringend nötig, da die Schweiz sonst im internationalen Vergleich in die zweite Liga absteigen würde. In der Detailberatung scheiterte ein Antrag Jenny (svp, GL), der mehr Mittel für regionale Anlagen bereitstellen wollte. Angenommen wurde hingegen ein Antrag Merz (fdp, AR) für ein polysportives Zentrum Ostschweiz sowie ein Antrag Bieri (cvp, ZG), wonach auch die Eigentümer und Benutzer der Stadien zur Finanzierung und zum langfristigen Unterhalt der Anlagen beizutragen haben.

Der Nationalrat zeigte sich in dieser Frage ebenso spendierfreudig wie der Ständerat. Ein Nichteintretensantrag von von Felten (sp, BS), die befand, es sei absurd, dem Bund in Zeiten der eingeschränkten Finanzmittel neue Aufgaben aufzubürden, hatte keine Chancen, gleich wie auch ein Rückweisungsantrag Bircher (cvp, AG), der das Geschäft so lange verschieben wollte, bis das Haushaltziel erreicht ist. Die meisten Redner stellten nur rhetorisch die Frage, ob eine neue Subvention opportun sei. Sparen sei zwar angesagt, aber neue Finanzhilfen dürften nicht abgeschmettert werden, erklärte etwa Föhn (svp, SZ). Und Hochreutener (cvp, BE) meinte, ohne Spitzensport gebe es keinen Breitensport, und der Spitzensport brauche neue Impulse. Mit 120 zu 21 Stimmen wurde die Vorlage deutlich angenommen.

Eine Differenz zum Ständerat blieb aber bestehen. Die grosse Kammer befand mit knapper Mehrheit, die Einbindung der Eigentümer und Benutzer der Stadien sei eigentlich selbstverständlich und gehöre deshalb nicht explizit ins Gesetz. Der Ständerat beharrte aber auf seinem ersten Entscheid. Angeführt von Loretan (fdp, AG) meinte er, die Vorlage sei in der Bevölkerung durchaus nicht unbestritten; der Bund schiesse hier 80 Mio Fr. ein, und zwar auch zugunsten von Sportclubs, die grösstenteils aus eigenem Verschulden konkursreif seien. Um das Gesamtvorhaben nicht zu gefährden, schloss sich der Nationalrat in der zweiten Lesung oppositionslos an.