Eine wesentliche Rolle spielte die SP im Dezember bei der Abwahl von Bundesrat Christoph Blocher und der Wahl von Eveline Widmer-Schlumpf an seiner Stelle. Durch eine Kooperation mit Teilen der CVP und den Grünen gelang es der SP, im Parlament genügend Stimmen für die Ersetzung von Blocher zu gewinnen.

An ihrer Delegiertenversammlung Anfang Dezember sprachen sich die Grünen mit 132 zu 14 Stimmen bei 4 Enthaltungen dafür aus, einen Sitz im Bundesrat anzustreben. Zu reden gab, ob die Grünen bei den anstehenden Bundesratswahlen gegen Bundesrat Blocher kandidieren sollten. Dies wurde mit 115 zu 34 Stimmen bei 4 Enthaltungen bejaht. Eine Minderheit argumentierte, die Grünen sollten sich an die arithmetische Konkordanz halten und auf das Freiwerden eines freisinnigen Sitzes warten. Als Kandidat der Grünen für den Bundesrat wurde der Waadtländer Ständerat Luc Recordon aufgestellt. Dieser erklärte, er wolle mit seiner Kandidatur eine Alternative zu Blochers Politik anbieten. Er sei bereit, sich zurückzuziehen, wenn ein gemässigter bürgerlicher Kandidat zur Wahl antrete. Weitere Themen der Delegiertenversammlung waren die Unternehmenssteuerreform II, zu der die Nein-Parole beschlossen wurde und die Initiative gegen Kampfjetlärm in Tourismusgebieten, welche die Delegierten befürworteten.

Mitte März hielt die SVP eine Delegiertenversammlung in Lugano ab, die ganz im Zeichen des Ausländerthemas stand. Parteipräsident Maurer sagte in einer Rede, die SVP stehe für all die Eigenschaften, welche den Erfolg der Schweiz ausmachten. Sie kämpfe für die Neutralität, das Bankgeheimnis und den föderalistischen Wettbewerb. Das freundliche Gesicht der Schweiz sei aber vermehrt durch „multikulturelle Brutalität“ abgelöst worden. Bundesrat Blocher sprach zum Thema Jugendgewalt. Diese sei eine grosse Sorge der Bevölkerung, die erst langsam von der Politik wahrgenommen werde. Ein weiteres Thema der Delegiertenversammlung waren Bildungsprobleme im Zusammenhang mit der Migration. Die SVP forderte zur Lösung dieser Probleme eine Rückkehr zum Leistungs- und Wettbewerbsprinzip in den Schulen. Auch die Diskussion der 5. IV-Revision, zu der die Delegierten mit 310 zu 1 Stimme die Ja-Parole fassten, drehte sich um das Thema Ausländer. Nationalrat Bortoluzzi (ZH) äusserte sich, die IV sei „balkanisiert“ worden. Ohne Gegenstimme beschlossen die Delegierten, eine Volksinitiative mit dem Titel „Unsere Regeln gelten für alle“ auszuarbeiten. Die Delegiertenversammlung in Lugano wurde in der Presse kritisiert, weil der Tessiner Parteisekretär von „ausländischen Parasiten, welche sich auf unsere Kosten wie Kaninchen vermehren“ gesprochen hatte, ohne dass die Parteileitung eingegriffen hatte.

An ihrer Delegiertenversammlung in Payerne (VD) beschloss die SVP, bei einer Abwahl eines ihrer Bundesräte in die Opposition zu gehen. Zudem solle aus der SVP-Fraktion ausgeschlossen werden, wer anstelle von Schmid oder Blocher eine Wahl in den Bundesrat annehme. Die Delegierten sprachen sich ohne Gegenstimme gegen die Initiative für eine Einheitskrankenkasse aus. Bundesrat Schmid äusserte sich in der Presse, er werde bei einer Nichtwiederwahl von Bundesrat Blocher frei entscheiden, ob er in der Regierung verbleibe.

Auf der Delegiertenversammlung im März in Bern erteilte Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) einer eventuellen Beteiligung der GP an einer Regierung mit Christoph Blocher eine deutliche Absage. Genner sah einen grünen Sitz im Bundesrat nicht als primäres Ziel für die Wahlen 2007 an; vorrangig sei vielmehr, die Parlamentsvertretung der Grünen weiter zu stärken. Im Zentrum der Versammlung standen umweltpolitische Themen. Die Delegierten forderten von der Parteileitung die Vorbereitung einer Klimainitiative, da das Projekt einer CO2-Steuer wenig Realisierungschancen besitze. Des Weiteren bekräftigten sie ihre Forderung nach einem schnellen Ausstieg aus der Atomkraft. Schliesslich gaben die Delegierten mit 79:5 Stimmen bei 7 Enthaltungen die Ja-Parole für den Bildungsartikel heraus.

An der Versammlung in Maienfeld (GR) im April votierten die Delegierten einstimmig für die Asyl- und Ausländergesetze; die SVP war in der Kampagne zu dieser Volksabstimmung äusserst präsent und bemühte sich, die auch von den anderen bürgerlichen Parteien mitgetragenen Beschlüsse als alleiniges Verdienst der SVP und ihres Bundesrats Blocher darzustellen. Mit einer knappen Mehrheit von 32:26 Stimmen fasste der Parteivorstand in Maienfeld auch die Ja-Parole zum Bildungsartikel.

Auf der Delegiertenversammlung vom Februar in Stans (NW) sprach sich die SVP mit 326:2 Stimmen für die Privatisierung der Swisscom aus. Bundesrat Blocher argumentierte, das Haftungsrisiko sei für den Bund zu hoch. Nach dem Verkauf sei aber auf die Gewährleistung der Grundversorgung für alle Kunden zu achten, wobei diese Leistung auch von privater Hand erbracht werden könne.

Mit 297:94 Stimmen gaben die SVP-Delegierten in La Chaux-de-Fonds (NE) die Nein-Parole zur Ausdehnung des Freizügigkeitsabkommens auf die neuen EU-Länder heraus und stellten sich damit gegen Bundesrat Blocher und die Nationalräte und Unternehmer Peter Spuhler (TG) und Hansruedi Wandfluh (BE), welche sich für die Vorlage ausgesprochen hatten. Blocher hatte vor übertriebenen Hoffnungen gewarnt, mit der Personenfreizügigkeit die Schweizer Wirtschaft retten zu wollen, aber festgehalten, dass die Schweiz den Schritt wagen sollte. Zu einer kleinen Debatte führte ein Thesenpapier über die Liberalisierung der Agrarpolitik. Dieses bekräftigte die Multifunktionalität der Landwirtschaft und die Forderung nach einer staatlichen Abgeltung für bäuerliche Leistungen, verlangte jedoch von den Bauern, von „Staatsbeamten“ zu Unternehmern zu werden.

Nach eingehender Diskussion sprach sich die Delegiertenversammlung in Winterthur (ZH) Ende August mit 82:26 Ja bei 6 Enthaltungen deutlich für die Abkommen von Schengen und Dublin aus. Das Schengener Abkommen sei zwar Instrument einer repressiven Migrations- und Asylpolitik, jedoch angesichts von Bundesrat Blochers Asylpolitik das geringere Übel. Die anderen Abkommen im Rahmen der Bilateralen II hiessen die Grünen einstimmig gut (108 Ja, 4 Enthaltungen). Zu allen vier Vorlagen vom 26. September gaben sie die Ja-Parole heraus, zum Mutterschaftsurlaub und zu den beiden Einbürgerungsvorlagen einstimmig, zur Post-Initiative mit einer Gegenstimme.

An ihrer Delegiertenversammlung im Schützenhaus Albisgüetli, wo die Zürcher SVP seinerzeit die Nein-Parole zum EWR herausgegeben hatte, verabschiedeten die SVP-Vertreter mit 344:11 Stimmen eine Resolution, die den Bundesrat auffordert, auf seinen Entscheid zurückzukommen und den Beitritt zum Schengen-Abkommen nicht dem fakultativen, sondern dem obligatorischen Referendum und damit dem Ständemehr zu unterstellen. Sollte der Bundesrat dies ablehnen, wurde die Parteileitung beauftragt, das fakultative Referendum zu ergreifen. Mit 315:12 Stimmen lehnten die Delegierten den Mutterschaftsurlaub und mit 300:0 Stimmen die beiden Einbürgerungsvorlagen ab; auch die Poststellen-Initiative hatte mit 237:27 Nein keine Chancen. Zwei Monate später beschlossen die SVP-Delegierten in Basel mit 321:4 Stimmen die „Nein-Parole“ zu Schengen und Dublin – noch bevor das Parlament darüber beraten hatte. Ziel der Veranstaltung war es nach der Ansicht von Kommentatoren offensichtlich, die Basis zu beruhigen und zu zeigen, dass sich die SVP auch mit Christoph Blocher im Bundesrat treu bleibt.

An ihrer ersten Versammlung mit zwei eigenen Bundesräten beschlossen die SVP-Delegierten in Wil (SG) dreimal die Ja-Parole für die Abstimmung vom 8. Februar. Bundesrat Blocher, der das Nein der Regierung zur Verwahrungsinitiative vertrat, wies darauf hin, dass er über die politischen Schwerpunkte des Bundesrats spreche, bevor die erste Bundesratssitzung in der neuen Zusammensetzung stattgefunden habe. Er sei beauftragt zu sagen, was Bundesrat und Parlament dazu bewogen habe, die Initiative abzulehnen, seine persönliche Meinung spiele hier keine Rolle. Die Delegierten befürworteten die Initiative mit 398:16 Stimmen, den Gegenentwurf zur Avanti-Initiative mit 282:25 und die Mietrechtsrevision mit 311:52 Stimmen.