Deutlich weniger präsent im Wahlkampf als vor vier Jahren waren die Bundesrätinnen und Bundesräte. Bei den Wahlen 2007 liessen sich Bundesrätin Leuthard (cvp) und Bundesrat Blocher (svp) von ihren Parteien noch als eigentliche Lokomotiven einsetzen. Bundesrat Maurer (svp) gab bereits im Januar des Berichtjahres bekannt, dass er diese Rolle nicht übernehmen werde. Das Exekutivgremium entschied sich in der Folge zwar gegen neue Regeln im geltenden Aide-Mémoire, das die Rolle der Regierung im Wahlkampf spezifiziert, mahnte aber für die einzelnen Mitglieder Zurückhaltung an. Zudem machte der Bundesrat seinen Entscheid von vor vier Jahren rückgängig, der es Regierungsmitgliedern erlaubt hatte, mit ihrem Konterfei auf Wahlplakaten für die eigene Partei Werbung zu machen. Auch die Bundesratswahlen waren im Vorfeld der Parlamentswahlen weit weniger prominentes Thema als noch vor vier Jahren.

Die CVP begann, die Rückeroberung ihres zweiten Bundesratssitzes in Betracht zu ziehen, als Wahlprognosen sie nur noch knapp hinter der FDP sahen. Sie argumentierte, ihre Bundesrätin könne sich bei der jetzigen Zusammensetzung der Regierung zu selten durchsetzen. Die CVP müsse deshalb in der Regierung wieder stärker vertreten sein. Parteipräsident Darbellay hielt fest, er werde zwar Bundesrat Blocher nicht wählen. Den zweiten Sitz für die CVP wolle er aber nicht auf Kosten der SVP, sondern auf Kosten der FDP holen, falls diese bei den Parlamentswahlen schwächer abschneiden sollte als die CVP. Bei den Nationalratswahlen vermochte die CVP die FDP fast einzuholen (+3 Sitze im Nationalrat, 14,5% Wähleranteil) und sie konnte zusammen mit den Grünliberalen und der EVP eine grössere Fraktion als diejenige von FDP und Liberalen bilden. Darbellay brachte sich mit der Aussage, er habe noch nie eine Wahl abgelehnt, selbst als Kandidat für den Bundesrat ins Gespräch. Ein weiterer diskutierter Kandidat war Fraktionspräsident Urs Schwaller. Der rechte Flügel der Partei wehrte sich jedoch gegen eine Kampfkandidatur. Schliesslich beschloss die CVP, nicht anzutreten. Die CVP-Fraktion unterstützte aber mehrheitlich die Ersetzung von Christoph Blocher durch die Bündner SVP-Regierungsrätin Eveline Widmer-Schlumpf. Als Folge davon kam es zu verärgerten Reaktionen im rechten Flügel der Partei und es wurde spekuliert, ob der CVP ihr Verhalten bei den nächsten Wahlen in den konservativen Kantonen schaden würde.

Nach ihrem Sieg bei den Nationalratswahlen (+2,2 Prozentpunkte Wähleranteil, 7 Sitze mehr im Nationalrat) zeigte sich die SVP eher zurückhaltend. Parteipräsident Maurer sagte, die Partei stehe hinter der Konkordanz. Die SVP signalisierte Interesse am frei werdenden Bundeskanzlerposten und forderte, ihre Bundesräte müssten wichtigere Departemente erhalten.

Im Vergleich zu früheren Jahren wurde der Wahlkampf vermehrt auf der nationalen Bühne geführt. Die Personalisierung des Wahlkampfes war wie bereits 2003 ausgeprägt. Die Bundesräte standen stärker im Mittelpunkt als in früheren Jahren. Insbesondere Christoph Blocher (svp) und Doris Leuthard (cvp) spielten für ihre Parteien eine wichtige Rolle im Wahlkampf. Aber auch Micheline Calmy-Rey (sp) war sehr aktiv. Nur die FDP beteiligte sich an diesem Trend nicht.

Die Bundesratswahlen waren eines der Hauptthemen im Wahlkampf für das Parlament. Die SVP versuchte, mit der gefährdeten Wiederwahl von Christoph Blocher ihre Wähler zu mobilisieren. An einer Delegiertenversammlung Ende Januar bekräftigte sie ihre Strategie, bei einer Abwahl von Bundesrat Blocher oder Bundesrat Schmid in die Opposition zu gehen. Wer anstelle der beiden offiziellen Kandidaten eine Wahl in den Bundesrat annehme, werde aus der SVP-Fraktion ausgeschlossen, so die Ankündigung der SVP. Im August lancierte die SVP eine Inseratekampagne unter dem Motto „Blocher stärken! SVP wählen!“. Die SP machte derweil ihren Anspruch geltend, im Bundesrat eine stärkere Vertretung von Mitte-Links zu erreichen, wobei sie auch die CVP zu diesem Lager zählte. Die SP betonte zudem, dass sie Bundesrat Christoph Blocher nie wählen werde. Dieser müsse durch ein anderes SVP-Mitglied ersetzt werden. Die SP visierte also in erster Linie einen der zwei FDP-Sitze an, den sie mit einem CVP- oder Grünen-Vertreter besetzen wollte. Die CVP, die darauf zunächst zurückhaltend reagierte, begann mit einem zweiten Bundesratssitz zu liebäugeln, als Umfragen zeigten, dass sie die FDP an Stimmenanteilen fast einholen könnte. Auch die Grünen spielten bei den Diskussionen um die Bundesratswahlen mit, indem sie sich die Regierungsbeteiligung grundsätzlich zum Ziel setzten. Sie wollten allerdings ausdrücklich nicht gemeinsam mit Blocher im Bundesrat vertreten sein.

Mit der „Affäre Roschacher“ und der Diskussion um einen angeblichen Geheimplan gegen Bundesrat Blocher wurde der Wahlkampf dann allerdings noch härter geführt. Auslöser der Affäre war ein Bericht der Geschäftsprüfungskommission des Nationalrates, wonach Bundesrat Blocher die Unabhängigkeit des ehemaligen Bundesanwalts Valentin Roschacher wiederholt missachtet und damit seine Kompetenzen überschritten habe. Eine Subkommission der GPK äusserte ausserdem den Verdacht, Blocher könnte an einem Komplott gegen Roschacher beteiligt gewesen sein. Die SVP dagegen ging von einer Verschwörung der anderen Parteien gegen ihren Bundesrat aus, die Geschäftsprüfungskommission sei zu diesem Zweck instrumentalisiert worden. Eine dringliche Debatte im Nationalrat zur „Affäre Roschacher“ Anfang Oktober geriet zu einem Schlagabtausch zwischen den Parteien.

Im Juli geriet die FDP bezüglich ihrer Vertretung im Bundesrat unter Druck. Umfragen zeigten, dass die CVP die FDP fast an Stimmenanteilen einholen könnte und die CVP stellte dementsprechend die Forderung nach einer Zweiervertretung in der Regierung. Die FDP äusserte sich deshalb früher als geplant, sie werde bei den Bundesratswahlen mit ihren beiden bisherigen Bundesräten Couchepin und Merz wieder antreten. Gleichzeitig kündigte sie an, sie werde die personellen Entscheide der anderen Parteien respektieren. Dies wurde in der Presse als Zusage einer Wiederwahl von Christoph Blocher durch die Freisinnigen gewertet.

Der Parteitag im Oktober in Freiburg bekräftigte und verschärfte die Wahlplattform der SVP von 2003 für die eidgenössischen Wahlen 2007. Unter dem Slogan „Mein Zuhause – unsere Schweiz“ wurden neben dem Eintreten für die „Freiheit“ und „Unabhängigkeit“ eines möglichst schlanken Staates – niedrigere Steuern und Abgaben, Senkung der Staatsquote auf das Niveau von 1990 – die Kriminalitätsbekämpfung und der Ausbau des Strassennetzes als wichtige Ziele formuliert. Wie Präsident Ueli Maurer und der Zürcher Nationalrat Mörgeli bezeichnete Bundesrat Blocher den Asylmissbrauch und die illegale Einwanderung als wesentliche Probleme der Schweiz. Gemäss der SVP sollen neue Einwanderer einen dreijährigen Verzicht auf Sozialhilfe geloben bzw. ihre Unabhängigkeit von staatlichen Mitteln nachweisen müssen. SVP-Präsident Maurer formulierte die Zahl von 100'000 neuen SVP-Wählern als das ehrgeizige Ziel der Partei für die Nationalratswahlen vom Herbst 2007.