Im August 2021 gründeten bürgerliche Exponentinnen und Exponenten unter der Bezeichnung «Allianz Sicherheit Schweiz» eine neue sicherheitspolitische Organisation. Die Allianz erhielt professionelle Strukturen und eine permanente Geschäftsstelle, was sie von ihrer Vorgänger-Organisation, dem «Verein für eine sichere Schweiz», unterscheidet. Die Gründerinnen und Gründer wollten die Allianz damit ausdrücklich auch als Gegengewicht zur GSoA positionieren. Der Bedarf nach einer solchen Organisation auf bürgerlicher Seite sei unter anderem dadurch deutlich geworden, dass in der Volksabstimmung vom September 2020 die vor allem von armeekritischer Seite bekämpfte Beschaffung neuer Kampfjets um ein Haar gescheitert wäre. Als eines ihrer Ziele formulierte die Allianz Sicherheit Schweiz denn auch, «eine jederzeit einsatzbereite und schlagkräftige Fach- und Kampagnenorganisation [bereitzustellen], die permanent und proaktiv die sicherheitspolitische Meinungsbildung im parlamentarischen Prozess und in der Öffentlichkeit prägt sowie Abstimmungskampagnen führt». Die Allianz wollte sich dabei nicht bloss auf Armeefragen beschränken, sondern die Verbindung von innerer und äusserer Sicherheit gesamtheitlich bearbeiten – also etwa auch Felder wie Wirtschaftsspionage, Cybersicherheit oder Versorgungssicherheit abdecken.
Gründungspräsident der Allianz wurde der Ständerat und designierte FDP-Präsident Thierry Burkart (fdp, AG), der bereits dem Vorgängerverein «für eine sichere Schweiz» vorgestanden hatte. Auch die Liste der weiteren Vorstandsmitglieder liest sich wie ein Who is Who aus bürgerlichen Parteien und wirtschaftlichen sowie sicherheitspolitischen Interessenvereinigungen. So gehören dem Vorstand aus der Politik auch die Mitte-Ständerätin Brigitte Häberli (mitte, TG), der Tessiner Lega-Staatsrat Norman Gobbi (TI, lega), die FDP-Nationalrätin Jacqueline de Quattro (fdp, VD) sowie der SVP-Nationalrat Franz Grüter svp, LU) an. Aus der Wirtschaft und armeenahen Verbänden sassen im Gründungsvorstand der Arbeitgeberverbands-Präsident Valentin Vogt, Swissmem-Direktor Stefan Brupbacher, der Swissmem-Ressortleiter der Rüstungssparten Matthias Zoller, Markus Niederhauser vom Westschweizer Rüstungsindustrie-Verband Groupe romand pour le matériel de Défense et de Sécurité (GRPM), die Präsidentin der Waadtländer Industrie- und Handelskammer (CVCI) Aude Pugin, der Präsident der Schweizerischen Offiziersgesellschaft Stefan Holenstein, Paul Röthlisberger vom Schweizer Schiesssportverband und Max Rechsteiner von der Landeskonferenz der militärischen Dachverbände (LKMD). Offen war zunächst, inwieweit sich auch der Schweizerische Gewerbeverband beteiligen würde. Geschäftsführer wurde Marcel Schuler, der vorher als Kampagnenleiter für die FDP Schweiz gearbeitet hatte.

Der Swissmem-Direktor Stefan Brupbacher sah sich im Juni 2019 mit dem Vorwurf konfrontiert, bereits vor seinem Amtsantritt bei Swissmem, als er also noch Generalsekretär beim WBF war, dem Industrieverband vertrauliche Angaben über einen Antrag Aebi (svp, BE) betreffend die Handhabung von Palmölimporten zugespielt zu haben, der für eine damals noch bevorstehende Sitzung der APK-NR im Jahr 2018 zum Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien traktandiert war.
Gemäss Medienberichten wollte sich Andreas Aebi (svp, BE) im November 2018 per Antrag in der APK-Sitzung um erneut strengere Bestimmungen bezüglich der Palmöl-Importe im Freihandelsabkommen mit Indonesien bemühen, nachdem die Auflagen im September bereits im Ständerat nach Annahme einer Motion verschärft worden waren. Laut Basler Zeitung hätte eine Annahme des Antrags von Aebi den Abschluss des Freihandelsabkommens erschwert und «gravierende Folgen für die Swissmem-Unternehmen und die übrige Exportwirtschaft» gehabt. Zwar zog Aebi letztlich seinen Antrag an der besagten Sitzung im November wieder zurück, dass Brupbacher aber Swissmem bereits vor der Behandlung des Antrags in der Sitzung vor dessen Inhalt warnte, sorgte schliesslich für den Eklat: Die Presse berichtete über einen Mailwechsel zwischen Brupbacher und dem damaligen Interimsdirektor von Swissmem, Jean-Philipp Kohl, der nur wenige Tage vor der Sitzung stattgefunden hatte. Dem Tages-Anzeiger zufolge, welcher Auszüge aus der Korrespondenz veröffentlichte, bezeichnete Brupbacher darin den Antrag Aebis als «desaströs» und betonte, es gelte, den «einen oder anderen Parlamentarier aus CVP und SVP» von den negativen Auswirkungen des Antrags zu überzeugen. Kohl dankte daraufhin Brupbacher und fragte nach, ob denn «alle anderen in der Kommission» entweder «clean» oder bereits «hoffnungslos verloren» seien. Angeblich erhielten mehrere CVP-Politiker sodann Mails von Kohl, worin sie darum gebeten wurden, mögliche Verschärfungen betreffend das Freihandelsabkommens zu bekämpfen.

Mit seinem Verhalten, so der im Sommer 2019 laut gewordene Vorwurf, habe sich Brupbacher bereits vorsorglich für seinen zukünftigen Arbeitgeber eingesetzt und dadurch «zahlreiche Punkte des Verhaltenskodexes des Bundespersonals» wie etwa die Ausstandspflicht bei Befangenheit oder die Geheimhaltungspflicht verletzt. Gegenüber den Medien bezeichnete auch APK-Präsidentin Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) nach Bekanntwerden des Vorfalls das Vorgehen Brupbachers als «nicht akzeptabel» und im November 2019 eröffnete die Bundesanwaltschaft gar ein Strafverfahren gegen den heutigen Verbandsdirektor. Brupbacher selbst sei sich laut NZZ keiner Schuld bewusst – auch gelte die Unschuldsvermutung –, denn die Traktandenliste für die diskutierte Sitzung von 2018 sei «breit bekannt» und der «Widerstand gegen das Freihandelsabkommen» kein Geheimnis gewesen.

Stefan Brupbacher wurde im Oktober 2018 zum neuen Direktor von Swissmem gewählt. Zuvor war der Verband interimistisch von Vizedirektor Jean-Philippe Kohl geleitet worden, nachdem Peter Dietrich 2017 nach zwei Jahrzehnten als Direktor zurückgetreten war. Der neue Direktor Brupbacher konnte seine Wähler nicht zuletzt mit seiner bisherigen Laufbahn überzeugen: Vor seiner Ernennung war er seit Mitte 2014 unter Bundesrat Schneider-Ammann, welcher Swissmem selbst bis 2010 präsidiert hatte, als Generalsekretär des WBF sowie vor seiner Anstellung beim WBF als Generalsekretär der FDP tätig – der Tages-Anzeiger bezeichnete ihn daher als «Schattenminister» und «Mastermind hinter Schneider-Ammanns Freihandels- und Bauernpolitik». Auch übte Brupacher laut Aargauer Zeitung bereits vor seiner Ernennung zum Direktor von Swissmem Einfluss im Sinne des Verbandes aus: Da bei Swissmem auch die Waffenproduzenten organisiert seien und Brupbacher als einstiger FDP-Generalsekretär und Vertrauter von Schneider-Ammann in Bundesbern über ein entsprechendes Netzwerk verfüge, sei er im Juni auch an der Entscheidung des Bundesrates, die Bestimmungen bezüglich des Exports von Rüstungsgütern zu lockern, beteiligt gewesen.