Bereits nach zwei Jahren trat Staatsrat Pierre Chiffelle (sp) aus gesundheitlichen Gründen zurück. Die SP portierte Nationalrat und Gewerkschafter Pierre-Yves Maillard, die SVP das frühere FDP-Mitglied Martin Chevallaz, Sohn des ehemaligen Bundesrates Georges-André Chevallaz. Chevallaz wurde auch von der FDP und den Liberalen unterstützt, nicht jedoch von der CVP. Ende Oktober wählten die Waadtländerinnen und Waadtländer Pierre-Yves Maillard (sp) mit 63% der Stimmen zum Staatsrat, Chevallaz erzielte 30%, auf vier Aussenseiter entfielen die restlichen Stimmen. Damit bleibt die aktuelle Regierungszusammensetzung mit 2 FDP, 2 SP, 1 GP, 1 LP und 1 SVP bestehen.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in sieben Kantonen (AG, BS, SG, SH, SZ, TG, UR) kam es parteipolitisch in allen Kantonen ausser im Aargau und im Thurgau zu Sitzverschiebungen: Basel-Stadt erhielt eine mehrheitlich links-grüne Regierung, in der Eva Herzog (sp) den zurücktretenden Liberalen Ueli Vischer ersetzte und der Grüne Guy Morin den siebten Sitz eroberte, nachdem Hans-Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei nicht mehr zum zweiten Wahlgang angetreten war. In St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp), und in Uri schafften es die Sozialdemokraten mit Markus Züst erneut in die Regierung. In Schwyz gelang der SVP mit Walter Stählin der Einzug in die Exekutive, nachdem die CVP freiwillig auf den Sitz des zurücktretenden Werner Inderbitzin verzichtet hatte. In Schaffhausen eroberte Rosmarie Widmer Gysel einen zweiten Regierungssitz für die SVP.

Bei den Ersatzwahlen in Appenzell Innerrhoden, Freiburg, Glarus und Obwalden konnte die CVP alle ihre Mandate verteidigen, in Graubünden gelang es ihr jedoch nicht, sich gegen Hansjörg Trachsel (svp) durchzusetzen, der den zurücktretenden SVP-Regierungsrat Klaus Huber ersetzte. In der Waadt verteidigte die SP den Sitz des zurückgetretenen Pierre Chiffelle mit Gewerkschafter Pierre-Yves Maillard.

In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen vier zusätzliche Regierungsmandate hinzugewinnen: In Basel-Stadt trat Eva Herzog (sp) die Nachfolge von Ueli Vischer (lp) an, in Schaffhausen schafften es Ursula Hafner (sp) und Rosmarie Widmer Gysel (svp) in die Exekutive, in St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp). Für die zurücktretende Gabi Huber (fdp) kam in Uri Heidi Z’graggen (cvp) in die Regierung. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2004 37 von 158 Regierungssitzen (23,4%; 2003: 21,5%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (6) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (50%), gefolgt von der SP mit 42,4% (14 von 33 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 25,6% (11 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 9,1% (4 von 44 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 21,1% (4 von 19 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden fünf Kantone (AG, AI, SZ, TG, VS).

Im März wählten Waadtländerinnen und Waadtländer eine neue Regierung. Mit dem Rücktritt des freisinnigen Finanzdirektors Charles Favre und des liberalen Staatsrats Claude Ruey wurden zwei Sitze in der 7-köpfigen Exekutive frei. Auf der bürgerlichen Siebnerliste kandidierte die FDP mit Wirtschaftsdirektorin Jacqueline Maurer und zwei dem Zentrum nahe stehenden neuen Bewerbern, Kantonalbank-Vizedirektor Pascal Broulis und Anwalt Eric Golaz. Die Liberalen schickten Gesundheitsdirektor Charles-Louis Rochat und als Nachfolgerin Rueys die Direktorin der kantonalen Immobilienkammer Claudine Amstein ins Rennen. Ebenfalls auf der bürgerlichen Liste figurierten der gemässigte SVP-Staatsrat Jean-Claude Mermoud und Mario-Charles Pertusio (cvp). Bei der Linken spannten SP und Grüne zusammen: Für die Sozialdemokraten, die ihren 1998 verlorenen zweiten Sitz zurückerobern wollten, kandidierte Erziehungsdirektorin Francine Jeanprêtre, Nationalrat Pierre Chiffelle und die aus der Europabewegung stammende Anne-Catherine Lyon; für die Grünen trat der auch von den Bürgerlichen geschätzte Staatsrat Philippe Biéler an. Nationalrat Josef Zisyadis (pda) versuchte im Alleingang, nach seiner Abwahl 1998 wieder in die Exekutive zurückzukehren. Im ersten Wahlgang vom 3. März verfehlten alle Kandidierenden das absolute Mehr – ein Novum in der Waadt, wo es bisher stets zumindest einem Bürgerlichen gelungen war, diese Hürde zu nehmen. Das beste Resultat erzielte der Grüne Philippe Biéler. Auf ihn folgten die Bisherigen Jacqueline Maurer (fdp), Jean-Claude Mermoud (svp) und Charles-Louis Rochat (lp), dann auf den Rängen fünf bis neun die Neuen Pascal Broulis (fdp), Pierre Chiffelle (sp), Claudine Amstein (lp), Anne-Catherine Lyon (sp) und Eric Golaz (fdp). Erst auf dem zehnten Rang landete Erziehungsdirektorin Francine Jeanprêtre (sp). Sie gab für den zweiten Wahlgang ihren Verzicht bekannt. Auch der Freisinnige Eric Golaz zog seine Kandidatur angesichts des schlechten Abschneidens der FDP in den Grossratswahlen zurück.

Für den zweiten Wahlgang präsentierten die Bürgerlichen eine Fünferliste, während sich die PdA der links-grünen Allianz anschloss. Das Resultat vom 17. März fiel bei einer Wahlbeteiligung von lediglich 28,1% überraschend aus: Zwar behielten die Bürgerlichen knapp die Mehrheit, doch mussten die Liberalen ihren zweiten Sitz, den sie in den vergangenen Wahlen auf Kosten der SP gewonnen hatten, wieder abtreten. Nach Ansicht von Kommentatoren war dies auch eine Quittung für das als unkollegial empfundene Verhalten der Liberalen, weil sie die am Runden Tisch zu den Finanzen ausgehandelten Vereinbarungen nicht eingehalten hatten. Das beste Ergebnis erzielte wiederum Philippe Biéler (gp), gefolgt von den Neuen Anne-Catherine Lyon und Pierre Chiffelle (beide sp) sowie dem Freisinnigen Pascal Broulis; erst auf dem fünften bis siebten Platz landeten die Bisherigen Jacqueline Maurer (fdp), Jean-Claude Mermoud (svp) und Charles-Louis Rochat (lp). Nationalrat Zisyadis (pda) verfehlte den Wiedereinstieg nach vier Jahren nur äusserst knapp.