Sur les sept membres sortants du gouvernement du canton de Bâle Ville, deux ne se représentaient pas pour un mandat supplémentaire: le libéral-démocrate Christoph Eymann, élu au Conseil national en octobre 2015, et Guy Morin (verts). Les socialistes Christoph Brutschin, Eva Herzog et Hans-Peter Wessels souhaitaient briguer un mandat supplémentaire, tout comme Baschi Dürr (plr) et Lukas Engelberger (pdc). A leurs côtés, sept candidats étaient en lice: Conradin Cramer (pld), Elisabeth Ackermann (bastA), Heidi Mück (bastA), Lorenz Nägelin (udc), Martina Bernasconi (pvl), Eric Weber (va) et Christian Mueller (fuk).
Pour la première fois, une collaboration entre le PDC, le PLR, l'UDC et le PLD a vu le jour, dans le but de retrouver une majorité bourgeoise au gouvernement, majorité perdue depuis douze ans. Quatre candidats profitaient donc de cette collaboration, à savoir Lukas Engelberger, Baschi Dürr, Conradin Cramer et Lorenz Nägelin. Lors des discussions, Michel Rusterholtz (BS, pbd) avait été proposé pour occuper la place de Lorenz Nägelin sur le ticket bourgeois, le candidat UDC ne représentant pas tous les électeurs bourgeois selon certains avis. Finalement, le PBD décida ne pas présenter son candidat, en tout cas pour le premier tour, afin de ne pas mettre en péril l'atteinte d'une majorité bourgeoise au gouvernement. La stratégie du PS était quant à elle défensive, à savoir assurer la réélection de ses trois membres sortants et, notamment avec la candidature d'Elisabeth Ackermann, défendre la majorité rouge-verte. La gauche visait également le siège vacant de Christoph Eymann, afin de renforcer sa présence au gouvernement. Lors de la campagne, l'UDC a mis en avant les thèmes de la sécurité, de la diminution d'impôts et de la lutte contre la criminalité étrangère. Le PS militait pour un contrôle accru des entreprises, pour une politique économique plus redistributive et une meilleure protection des travailleurs. Outre ces thématiques, le PS a choisi de jouer la carte de la transparence quant à son budget de campagne. Les autres partis en course n'ont pas suivi la même voie, estimant que l'électeur n'était pas intéressé par ce genre d'information. Autre fait ayant suscité la curiosité durant cette campagne, la candidate Martina Bernasconi a, dans une vidéo de campagne des jeunes Vert'libéraux, embrassé une fille afin de faire passer un message libéral et en faveur de la liberté. Finalement, une organisation de migrants appela au boycott de l'élection, déplorant l'absence d'une politique d'intégration véritablement constructive.
Lors du premier tour, avec une majorité absolue fixée à 23'422 voix, trois membres sortants du gouvernement sont arrivés en tête: les socialistes Eva Herzog, avec un score de 33'576 voix, et Christophe Brutschin, avec 29'448 voix, ainsi que Lukas Engelberger, qui totalisa 26'635 voix. Deux nouveaux membres accédèrent également au pouvoir exécutif: Conradin Cramer avec 24'078 voix et Elisabeth Ackermann avec 23'546 voix. Hans-Peter Wessels comptabilisa 22'550 voix, nombre insuffisant pour obtenir un siège au regard de la majorité absolue. Suivaient Baschi Dürr avec 21'090 voix, Heidi Mück avec 18'105 voix, Lorenz Nägelin avec 17'269 voix, Martina Bernasconi (14'115 voix), Christian Mueller (6'414 voix) et Eric Weber avec 3'247 voix. Le PLD a donc conservé son siège. Le siège de Guy Morin sera occupé par Elisabeth Ackermann. Les Verts et le Parti socialiste pouvaient d'ores et déjà se féliciter. A la suite de son élection dès le premier tour, il devenait fort probable qu'Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement, son principal concurrent, Baschi Dürr, n'ayant pas obtenu la majorité absolue.
Lors du deuxième tour, organisé le 27 novembre 2016, cinq candidats s'affrontaient pour les deux sièges encore disponibles: les sortants Hans-Peter Wessels et Baschi Dürr, ainsi que Heidi Mück, Lorenz Nägelin et Eric Weber. Hans-Peter Wessels totalisa 26'155 voix, suivi par Baschi Dürr avec 22'906 voix. Tous deux entameront donc un mandat supplémentaire au pouvoir exécutif. Heidi Mück arriva en troisième position avec un total de 21'072 voix, suivie par Lorenz Nägelin (19'084 voix) et Eric Weber (2'716 voix). Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement. C'est donc une majorité rouge-verte qui, une fois de plus, domine le gouvernement bâlois.

Ziemlich überraschend gab der Basler Gesundheitsdirektor Carlo Conti (cvp) Anfang Januar seinen Rücktritt bekannt. In Basel-Landschaft hatten nicht korrekt abgerechnete Honorare von Regierungsmitgliedern hohe Wellen geworfen: Entschädigungen für Mandate bei staatsnahen Betrieben wurden nicht wie eigentlich vorgesehen in die Staatskasse eingezahlt, sondern als persönliche Honorare verbucht. Conti, zur Zeit seines Rücktritts auch Präsident der Konferenz der Gesundheitsdirektoren, überprüfte in der Folge seine eigenen Einkünfte und stellte fehlerhafte Verbuchungen fest. Die nicht korrekt abgelieferten Beträge summierten sich nach Contis Angaben auf rund CHF 111'000. Der Gesundheitsdirektor sprach von Versäumnissen, die er in der Zwischenzeit zwar zurückbezahlt habe, die es ihm aber nicht zuliessen, weiter im Amt zu verbleiben. Der Rücktritt brachte Conti viel Respekt ein, versetzte aber sowohl die Regierung als auch die CVP in Zugzwang. Die Exekutive ordnete eine Überprüfung der Einkünfte durch die Finanzkontrolle an, die in einem Mitte Juli vorliegenden Bericht keine Verfehlungen ausmachen konnte. Die CVP kündigte trotz des seit den Gesamterneuerungswahlen 2012 auf 7,3% geschrumpften Wähleranteils an, den Sitz mit Lukas Engelberger, dem Kantonsparteipräsidenten, verteidigen zu wollen. Der in Basel-Stadt bekannte, wirtschaftsnahe und beim im Stadtkanton wichtigen Pharmakonzern Roche tätige Engelberger erhielt Konkurrenz von Martina Bernasconi (glp). Die ebenfalls seit einigen Jahren politisch tätige Bernasconi wollte mit ökologischen Themen die linke Wählerschaft abholen, was allerdings durch die Stimmfreigabe der SP und der GP erschwert wurde. Die SP liess verlauten, dass die SVP nicht regierungsfähig sei und die Kandidierenden von GLP und CVP zu bürgerlich seien. Engelberger wurde von der FDP und den Liberalen (LDP) unterstützt. Ein Trumpf für die GLP-Kandidatin war, dass mit ihrer Wahl der magere Frauenanteil in der Regierung hätte erhöht werden können. Die SVP, stärkste Partei im Stadtkanton, schaffte es nicht rechtzeitig, einen kompetitiven Kandidaten aufzustellen. Zwar war bereits im Februar mit Thomas Egloff ein möglicher SVP-Regierungsrat präsentiert worden, dieser zog sich aber – auch weil ihm als weitgehend unbekannten Chirurgen kaum Chancen eingeräumt wurden – Ende März bereits wieder zurück. Flugs stellte sich Vizepräsident Eduard Rutschmann zur Verfügung. Rutschmann sass zwar im Grossrat, hatte aber bei lokalen Wahlen in Riehen verloren und galt lediglich als Lückenbüsser. Der SVP wurde vorgeworfen, zwar gebetsmühlenartig einen ihr als stärkste Fraktion zustehenden Regierungssitz zu fordern, wenn es darauf ankäme aber keine valablen Kandidierenden aufstellen zu können. Als vierter Kandidierender meldete Eric Weber sein Interesse an der Regierung an. Weber sass als Vertreter der NA zwischen 1984 und 1992 im Grossen Rat von Basel-Stadt und war bei den Erneuerungswahlen 2013 für die „Volks-Aktion gegen zu viele Ausländer und Asylanten in unserer Heimat – Liste Ausländerstopp“ (VA) erneut ins Parlament gewählt worden. Der umstrittene und als Parlamentsschreck und Irrläufer bezeichnete Weber wurde von den Medien geschnitten und konnte sich im Wahlkampf kaum in Szene setzen.
Bei den Wahlen vom 18. Mai hatten dann weder Weber noch Rutschmann eine Chance. Mit seinen 8'111 Stimmen erzielte der SVP-Kandidat nur knapp die Hälfte der Stimmen von Bernasconi (16'018 Stimmen) und Engelberger (18'873 Stimmen). Weber erhielt lediglich 2'061 Stimmen. Das Resultat wurde als positive Überraschung für die GLP-Kandidatin gewertet, die mutmasste, dass viele linke Wählerinnen und Wähler leer eingelegt hatten und sich für den zweiten Wahlgang Unterstützung von dieser Seite versprach. Weil nämlich sowohl die GLP-Vertreterin als auch der CVP-Politiker das absolute Mehr (24'268) verpassten, musste am 22. Juni ein zweiter Wahlgang durchgeführt werden. Die SVP zog sich zurück und verzichtete auf eine Empfehlung. Eric Weber trat hingegen erneut an. Trotz einer markant geringeren Wahlbeteiligung von 32% – was wohl auch auf den sehr lauen Wahlkampf und den Umstand zurückzuführen ist, dass im ersten Wahlgang gleichzeitig über die Flugzeugbeschaffung (Gripen) und die Mindestlohn-Initiative abgestimmt worden war (46,2%) – konnte Engelberger seine Stimmenzahl im Vergleich zum ersten Urnengang halten. Von den 18'387 Stimmen waren ihm wohl auch einige aus dem SVP-Lager zuteil geworden. Bernasconi vermochte hingegen nicht mehr gleich zu mobilisieren und erhielt noch 11'692 Stimmen. Auch der erhoffte Frauenbonus oder die Unterstützung aus dem linken Lager hatte damit also nicht gespielt. Weber konnte leicht zulegen und erzielte 2'343 Stimmen. Die Zusammensetzung der Baselstädter Regierung blieb damit unverändert bei drei SP-, einem GP-, einem FDP-, einem LP- und einem CVP-Vertreter. Engelberger trat am 1. August die Nachfolge von Conti an. Für die Gesamterneuerungswahlen 2016 hatte das langjährige Regierungsmitglied Christoph Eymann (LDP) bereits 2013 angekündigt, nicht wieder anzutreten.

Von den sieben Regierungsratssitzen im Kanton Basel-Stadt war nach dem Rücktritt von Hanspeter Gass (fdp) einer vakant. Die vierköpfige links grüne Mehrheit mit Christoph Brutschin (sp), Eva Herzog (sp), Hans-Peter Wessels (sp) und der amtierende Regierungspräsident Guy Morin (gp) traten genauso wieder an wie Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp). Die FDP hatte bereits früh angekündigt, neben der Verteidigung des Sitzes von Gass mit einem zweiten Kandidierenden die links-grüne Mehrheit angreifen zu wollen. Nachdem der Kronfavorit, Nationalrat Peter Malama Anfang Jahr allerdings erklärte, dass er nicht zur Verfügung stehe und sich auf sein Nationalratsmandat konzentrieren wolle, bekundeten die Freisinnigen einige Mühe, valable Kandidaten zu finden. Fündig wurden sie im 35jährigen Grossrat Baschi Dürr, der bereits seit 10 Jahren für die FDP in der Baselstädtischen Legislative sitzt. Neben Dürr kündigten schliesslich auch Andreas Faller, Vizedirektor des Bundesamts für Gesundheit (BAG), sowie Grossrat Helmut Hersberger und Christoph Haller, Grossrat und TCS-Präsident, ihr Interesse am Regierungsrat an. In der FDP-internen Ausmarchung Ende März wurde neben dem unbestrittenen Dürr etwas überraschend Haller nominiert. Die Presse mutmasste, dass dem eigentlich favorisierten Faller sein Wohnsitz im Kanton Basel-Landschaft zum Verhängnis geworden sei. Zusammen mit den beiden FDP Kandidaten stellten sich die Bisherigen Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp) auf einer gemeinsamen Viererliste der Wahl. Die Bürgerlichen traten damit jedoch nicht geeint auf: sowohl die SVP als auch die Grünliberalen versuchten mit eigenen Kandidaten, die Parteizusammensetzung im Regierungsrat zu erneuern. Während die noch junge GLP auf Emmanuel Ullmann setzte, portierte die SVP gleich zwei Kandidaten: mit den Grossräten Lorenz Nägelin und Patrick Hafner wolle die zweitstärkste Partei des Kantons eine adäquate Regierungsvertretung gewinnen, so das Credo. Keine Chancen wurde den drei weiteren Kandidierenden gewährt: der parteilose Elia Rediger, Christian Mueller (Freistaat Unteres Kleinbasel) und Eric Weber von der rechtsextremen Volksaktion fanden in der Presse kaum Beachtung. Die bereits bei den letzten Gesamterneuerungswahlen bestehende Zersplitterung der bürgerlichen Parteien wurde als gute Voraussetzung für die Linke betrachtet, die ihrerseits mit einem Viererticket aus den Bisherigen antrat. Darüber hinaus sorgten interne Streitigkeiten bei den Bürgerlichen für Unmut: der langjährige LP-Grossrat Andreas Burckhardt sprach sich gegen eine Unterstützung von Baschi Dürr aus, da dieser die Unteroffiziersschule verweigert habe. Dürr verschaffte sich später Anerkennung mit seiner Ankündigung, zugunsten seines Ziels eines Regierungsratsmandates auf ein Nachrücken in den Nationalrat für den zwischenzeitlich verstorbenen Peter Malama zu verzichten. Die Handelskammer beider Basel gab zudem eine Wahlempfehlung für alle Bisherigen (mit Ausnahme von Morin) und die beiden FDP-Kandidaten nicht aber für die SVP-Kandidierenden ab. Tatsächlich war die Akzeptanz der bisherigen Regierung aber breit, was sich auch in einem relativ lauen Wahlkampf ausdrückte. Die Ankündigung der Bürgerlichen, die Mehrheit in der Exekutive zurückerobern zu wollen, war laut Presse eher ein frommer Wunsch als eine eigentliche Kampfansage. Kritik an der Regierung gab es kaum, ein eigentliches Wahlkampfthema fehlte gänzlich. Zusammen mit der Änderung der Wahlregeln für das Parlament (siehe oben) gab es auch eine Änderung bei den Regierungswahlen. Um zu verhindern, dass es wie vier Jahre zuvor zu einer stillen Wahl kommt, sollte der Regierungspräsident – seit 2008 in einer Direktwahl bestimmt – neu zusammen mit den anderen Regierungsmitgliedern gewählt werden. Für das Präsidialamt kandidierten neben Morin auch Dürr und Nägelin sowie Rediger und Weber.

Wie allgemein erwartet schafften die sechs Bisherigen im ersten Wahlgang Ende Oktober auf Anhieb die Wiederwahl. Das Trio der SP erzielte die meisten Stimmen, allen voran Eva Herzog (30'182 Stimmen) gefolgt von Christoph Brutschin (26'618 Stimmen) und Hans-Peter Wessels (24'887 Stimmen). Auch Carlo'Conti (23 222), Guy Morin (22'902 Stimmen) und Christoph Eymann (22'312) übersprangen das absolute Mehr (21'983 Stimmen). Dies gelang hingegen weder Baschi Dürr (17'038 Stimmen) noch dem überraschend weit abgeschlagenen Christoph Haller (13'491), der für den zweiten Wahlgang nicht mehr nominiert wurde. Der FDP gelang es wohl auch deshalb nicht, ihren Sitz im ersten Wahlgang zu verteidigen, weil die Konkurrenz durch die SVP – Patrick Hafner erhielt 8'084 Stimmen und Lorenz Nägelin 7'852 Stimmen – und durch die GLP, bei der Emmanuel Ullmann allerdings lediglich 5'668 Stimmen erhielt, wohl zu gross war. Wermutstropfen im links-grünen Erfolg war der Umstand, dass Guy Morin die Wahl zum Regierungspräsidenten um 859 Stimmen verpasste. Mit 20'266 Stimmen lag er in der Ausmarchung um das Präsidialamt aber weit vor Dürr (11'851 Stimmen) und Nägelin (4'600 Stimmen). Die Wahlbeteiligung beim ersten Wahlgang lag bei 41,5%. Fast wäre es im zweiten Wahlgang zu einer stillen Wahl gekommen. Sowohl die SVP als auch die GLP beschlossen nämlich, nicht mehr anzutreten. Allerdings wollten Christian Mueller, der lediglich 1% aller Stimmen (2'129) erzielt hatte, und Damian Heizmann, ein neuer parteiloser Kandidat, der einige Sympathien im Grünen Lager hatte, im zweiten Umgang noch einmal gegen Baschi Dürr antreten. Mehr Spannung verhiess die Wahl für den Regierungspräsidenten, die nun zwischen Dürr und Morin ausgetragen wurde. Die SP unterstützte Morin, während sich die LP für Dürr aussprach. Weder die GLP noch die SVP gaben eine Empfehlung ab. Für Wirbel sorgte Mueller, der rund zwei Wochen vor dem zweiten Umgang seinen Rückzug zugunsten von Heizmann ankündigte, was aber rechtlich nicht möglich war. Auch die Ankündigung Dürrs, auch im Falle einer Wahl einen Morgen Hausarbeit verrichten zu wollen, sorgte für landesweite Schlagzeilen. Die geringe Spannung wirkte sich auf die Höhe der Beteiligung im zweiten Wahlgang aus, die bei lediglich 32,1% lag. Wie erwartet setzte sich Dürr deutlich mit 17'300 Stimmen vor Heizmann (3'049 Stimmen) und Mueller (1'418 Stimmen) durch. Die Wahl für das Präsidialamt gewann Morin (19'390 Stimmen) mit rund 6'000 Stimmen Vorsprung auf Dürr (13'638). Die Verteilung der Departemente änderte sich nicht; Dürr übernahm das Justiz- und Sicherheitsdepartement von seinem Vorgänger Gass. Die Baselstädtische Bevölkerung hatte sich damit also letztlich weiterhin für die Kohabitation entschieden: ein links-grün dominierter Regierungsrat steht einer etwas bürgerlicher gewordenen Legislative gegenüber. Deutlich wurde zudem, dass sich die links-grüne Mehrheit in der Regierung wohl nur mit einem grossen bürgerlichen Bündnis zwischen FDP, CVP, LP und SVP, das allerdings laut Pressekommentaren in weiter Ferne liege, knacken liesse.