Sur les sept membres sortants du gouvernement du canton de Bâle Ville, deux ne se représentaient pas pour un mandat supplémentaire: le libéral-démocrate Christoph Eymann, élu au Conseil national en octobre 2015, et Guy Morin (verts). Les socialistes Christoph Brutschin, Eva Herzog et Hans-Peter Wessels souhaitaient briguer un mandat supplémentaire, tout comme Baschi Dürr (plr) et Lukas Engelberger (pdc). A leurs côtés, sept candidats étaient en lice: Conradin Cramer (pld), Elisabeth Ackermann (bastA), Heidi Mück (bastA), Lorenz Nägelin (udc), Martina Bernasconi (pvl), Eric Weber (va) et Christian Mueller (fuk).
Pour la première fois, une collaboration entre le PDC, le PLR, l'UDC et le PLD a vu le jour, dans le but de retrouver une majorité bourgeoise au gouvernement, majorité perdue depuis douze ans. Quatre candidats profitaient donc de cette collaboration, à savoir Lukas Engelberger, Baschi Dürr, Conradin Cramer et Lorenz Nägelin. Lors des discussions, Michel Rusterholtz (BS, pbd) avait été proposé pour occuper la place de Lorenz Nägelin sur le ticket bourgeois, le candidat UDC ne représentant pas tous les électeurs bourgeois selon certains avis. Finalement, le PBD décida ne pas présenter son candidat, en tout cas pour le premier tour, afin de ne pas mettre en péril l'atteinte d'une majorité bourgeoise au gouvernement. La stratégie du PS était quant à elle défensive, à savoir assurer la réélection de ses trois membres sortants et, notamment avec la candidature d'Elisabeth Ackermann, défendre la majorité rouge-verte. La gauche visait également le siège vacant de Christoph Eymann, afin de renforcer sa présence au gouvernement. Lors de la campagne, l'UDC a mis en avant les thèmes de la sécurité, de la diminution d'impôts et de la lutte contre la criminalité étrangère. Le PS militait pour un contrôle accru des entreprises, pour une politique économique plus redistributive et une meilleure protection des travailleurs. Outre ces thématiques, le PS a choisi de jouer la carte de la transparence quant à son budget de campagne. Les autres partis en course n'ont pas suivi la même voie, estimant que l'électeur n'était pas intéressé par ce genre d'information. Autre fait ayant suscité la curiosité durant cette campagne, la candidate Martina Bernasconi a, dans une vidéo de campagne des jeunes Vert'libéraux, embrassé une fille afin de faire passer un message libéral et en faveur de la liberté. Finalement, une organisation de migrants appela au boycott de l'élection, déplorant l'absence d'une politique d'intégration véritablement constructive.
Lors du premier tour, avec une majorité absolue fixée à 23'422 voix, trois membres sortants du gouvernement sont arrivés en tête: les socialistes Eva Herzog, avec un score de 33'576 voix, et Christophe Brutschin, avec 29'448 voix, ainsi que Lukas Engelberger, qui totalisa 26'635 voix. Deux nouveaux membres accédèrent également au pouvoir exécutif: Conradin Cramer avec 24'078 voix et Elisabeth Ackermann avec 23'546 voix. Hans-Peter Wessels comptabilisa 22'550 voix, nombre insuffisant pour obtenir un siège au regard de la majorité absolue. Suivaient Baschi Dürr avec 21'090 voix, Heidi Mück avec 18'105 voix, Lorenz Nägelin avec 17'269 voix, Martina Bernasconi (14'115 voix), Christian Mueller (6'414 voix) et Eric Weber avec 3'247 voix. Le PLD a donc conservé son siège. Le siège de Guy Morin sera occupé par Elisabeth Ackermann. Les Verts et le Parti socialiste pouvaient d'ores et déjà se féliciter. A la suite de son élection dès le premier tour, il devenait fort probable qu'Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement, son principal concurrent, Baschi Dürr, n'ayant pas obtenu la majorité absolue.
Lors du deuxième tour, organisé le 27 novembre 2016, cinq candidats s'affrontaient pour les deux sièges encore disponibles: les sortants Hans-Peter Wessels et Baschi Dürr, ainsi que Heidi Mück, Lorenz Nägelin et Eric Weber. Hans-Peter Wessels totalisa 26'155 voix, suivi par Baschi Dürr avec 22'906 voix. Tous deux entameront donc un mandat supplémentaire au pouvoir exécutif. Heidi Mück arriva en troisième position avec un total de 21'072 voix, suivie par Lorenz Nägelin (19'084 voix) et Eric Weber (2'716 voix). Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement. C'est donc une majorité rouge-verte qui, une fois de plus, domine le gouvernement bâlois.

Von den sieben Regierungsratssitzen im Kanton Basel-Stadt war nach dem Rücktritt von Hanspeter Gass (fdp) einer vakant. Die vierköpfige links grüne Mehrheit mit Christoph Brutschin (sp), Eva Herzog (sp), Hans-Peter Wessels (sp) und der amtierende Regierungspräsident Guy Morin (gp) traten genauso wieder an wie Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp). Die FDP hatte bereits früh angekündigt, neben der Verteidigung des Sitzes von Gass mit einem zweiten Kandidierenden die links-grüne Mehrheit angreifen zu wollen. Nachdem der Kronfavorit, Nationalrat Peter Malama Anfang Jahr allerdings erklärte, dass er nicht zur Verfügung stehe und sich auf sein Nationalratsmandat konzentrieren wolle, bekundeten die Freisinnigen einige Mühe, valable Kandidaten zu finden. Fündig wurden sie im 35jährigen Grossrat Baschi Dürr, der bereits seit 10 Jahren für die FDP in der Baselstädtischen Legislative sitzt. Neben Dürr kündigten schliesslich auch Andreas Faller, Vizedirektor des Bundesamts für Gesundheit (BAG), sowie Grossrat Helmut Hersberger und Christoph Haller, Grossrat und TCS-Präsident, ihr Interesse am Regierungsrat an. In der FDP-internen Ausmarchung Ende März wurde neben dem unbestrittenen Dürr etwas überraschend Haller nominiert. Die Presse mutmasste, dass dem eigentlich favorisierten Faller sein Wohnsitz im Kanton Basel-Landschaft zum Verhängnis geworden sei. Zusammen mit den beiden FDP Kandidaten stellten sich die Bisherigen Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp) auf einer gemeinsamen Viererliste der Wahl. Die Bürgerlichen traten damit jedoch nicht geeint auf: sowohl die SVP als auch die Grünliberalen versuchten mit eigenen Kandidaten, die Parteizusammensetzung im Regierungsrat zu erneuern. Während die noch junge GLP auf Emmanuel Ullmann setzte, portierte die SVP gleich zwei Kandidaten: mit den Grossräten Lorenz Nägelin und Patrick Hafner wolle die zweitstärkste Partei des Kantons eine adäquate Regierungsvertretung gewinnen, so das Credo. Keine Chancen wurde den drei weiteren Kandidierenden gewährt: der parteilose Elia Rediger, Christian Mueller (Freistaat Unteres Kleinbasel) und Eric Weber von der rechtsextremen Volksaktion fanden in der Presse kaum Beachtung. Die bereits bei den letzten Gesamterneuerungswahlen bestehende Zersplitterung der bürgerlichen Parteien wurde als gute Voraussetzung für die Linke betrachtet, die ihrerseits mit einem Viererticket aus den Bisherigen antrat. Darüber hinaus sorgten interne Streitigkeiten bei den Bürgerlichen für Unmut: der langjährige LP-Grossrat Andreas Burckhardt sprach sich gegen eine Unterstützung von Baschi Dürr aus, da dieser die Unteroffiziersschule verweigert habe. Dürr verschaffte sich später Anerkennung mit seiner Ankündigung, zugunsten seines Ziels eines Regierungsratsmandates auf ein Nachrücken in den Nationalrat für den zwischenzeitlich verstorbenen Peter Malama zu verzichten. Die Handelskammer beider Basel gab zudem eine Wahlempfehlung für alle Bisherigen (mit Ausnahme von Morin) und die beiden FDP-Kandidaten nicht aber für die SVP-Kandidierenden ab. Tatsächlich war die Akzeptanz der bisherigen Regierung aber breit, was sich auch in einem relativ lauen Wahlkampf ausdrückte. Die Ankündigung der Bürgerlichen, die Mehrheit in der Exekutive zurückerobern zu wollen, war laut Presse eher ein frommer Wunsch als eine eigentliche Kampfansage. Kritik an der Regierung gab es kaum, ein eigentliches Wahlkampfthema fehlte gänzlich. Zusammen mit der Änderung der Wahlregeln für das Parlament (siehe oben) gab es auch eine Änderung bei den Regierungswahlen. Um zu verhindern, dass es wie vier Jahre zuvor zu einer stillen Wahl kommt, sollte der Regierungspräsident – seit 2008 in einer Direktwahl bestimmt – neu zusammen mit den anderen Regierungsmitgliedern gewählt werden. Für das Präsidialamt kandidierten neben Morin auch Dürr und Nägelin sowie Rediger und Weber.

Wie allgemein erwartet schafften die sechs Bisherigen im ersten Wahlgang Ende Oktober auf Anhieb die Wiederwahl. Das Trio der SP erzielte die meisten Stimmen, allen voran Eva Herzog (30'182 Stimmen) gefolgt von Christoph Brutschin (26'618 Stimmen) und Hans-Peter Wessels (24'887 Stimmen). Auch Carlo'Conti (23 222), Guy Morin (22'902 Stimmen) und Christoph Eymann (22'312) übersprangen das absolute Mehr (21'983 Stimmen). Dies gelang hingegen weder Baschi Dürr (17'038 Stimmen) noch dem überraschend weit abgeschlagenen Christoph Haller (13'491), der für den zweiten Wahlgang nicht mehr nominiert wurde. Der FDP gelang es wohl auch deshalb nicht, ihren Sitz im ersten Wahlgang zu verteidigen, weil die Konkurrenz durch die SVP – Patrick Hafner erhielt 8'084 Stimmen und Lorenz Nägelin 7'852 Stimmen – und durch die GLP, bei der Emmanuel Ullmann allerdings lediglich 5'668 Stimmen erhielt, wohl zu gross war. Wermutstropfen im links-grünen Erfolg war der Umstand, dass Guy Morin die Wahl zum Regierungspräsidenten um 859 Stimmen verpasste. Mit 20'266 Stimmen lag er in der Ausmarchung um das Präsidialamt aber weit vor Dürr (11'851 Stimmen) und Nägelin (4'600 Stimmen). Die Wahlbeteiligung beim ersten Wahlgang lag bei 41,5%. Fast wäre es im zweiten Wahlgang zu einer stillen Wahl gekommen. Sowohl die SVP als auch die GLP beschlossen nämlich, nicht mehr anzutreten. Allerdings wollten Christian Mueller, der lediglich 1% aller Stimmen (2'129) erzielt hatte, und Damian Heizmann, ein neuer parteiloser Kandidat, der einige Sympathien im Grünen Lager hatte, im zweiten Umgang noch einmal gegen Baschi Dürr antreten. Mehr Spannung verhiess die Wahl für den Regierungspräsidenten, die nun zwischen Dürr und Morin ausgetragen wurde. Die SP unterstützte Morin, während sich die LP für Dürr aussprach. Weder die GLP noch die SVP gaben eine Empfehlung ab. Für Wirbel sorgte Mueller, der rund zwei Wochen vor dem zweiten Umgang seinen Rückzug zugunsten von Heizmann ankündigte, was aber rechtlich nicht möglich war. Auch die Ankündigung Dürrs, auch im Falle einer Wahl einen Morgen Hausarbeit verrichten zu wollen, sorgte für landesweite Schlagzeilen. Die geringe Spannung wirkte sich auf die Höhe der Beteiligung im zweiten Wahlgang aus, die bei lediglich 32,1% lag. Wie erwartet setzte sich Dürr deutlich mit 17'300 Stimmen vor Heizmann (3'049 Stimmen) und Mueller (1'418 Stimmen) durch. Die Wahl für das Präsidialamt gewann Morin (19'390 Stimmen) mit rund 6'000 Stimmen Vorsprung auf Dürr (13'638). Die Verteilung der Departemente änderte sich nicht; Dürr übernahm das Justiz- und Sicherheitsdepartement von seinem Vorgänger Gass. Die Baselstädtische Bevölkerung hatte sich damit also letztlich weiterhin für die Kohabitation entschieden: ein links-grün dominierter Regierungsrat steht einer etwas bürgerlicher gewordenen Legislative gegenüber. Deutlich wurde zudem, dass sich die links-grüne Mehrheit in der Regierung wohl nur mit einem grossen bürgerlichen Bündnis zwischen FDP, CVP, LP und SVP, das allerdings laut Pressekommentaren in weiter Ferne liege, knacken liesse.

Bei den Regierungsratswahlen in Basel-Stadt kandidierten die Bisherigen Guy Morin (gp), Christoph Eymann (lp), Hanspeter Gass (fdp), Carlo Conti (cvp) und Eva Herzog (sp) erneut. Ralph Lewin und Barbara Schneider (beide sp und seit 1997 in der Regierung) traten dagegen nicht mehr an. Die SP hatte damit zwei vakante Sitze zu verteidigen. Sie nominierte Christoph Brutschin und Hans-Peter Wessels, die beide als eher wirtschaftsfreundliche Sozialdemokraten gelten. Die Doppelvakanz der SP hätte eine Gelegenheit für die bürgerlichen Parteien geboten, die links-grüne Mehrheit im Regierungsrat anzugreifen. Die bürgerliche Allianz war jedoch zu brüchig, um eine gemeinsame Viererliste von FDP, CVP, LP und SVP zu ermöglichen. Die SVP, die aufgrund ihres Wähleranteils von 14% einen Anspruch auf Regierungsvertretung geltend machte, nominierte ohne Absprache mit CVP, LP und FDP den Grossrat Patrick Hafner für die Wahl. Die anderen bürgerlichen Parteien betrachteten diese Kandidatur als zu wenig chancenreich. Es wurde diskutiert, ob eine der drei traditionellen bürgerlichen Parteien mit Unterstützung der anderen beiden eine Doppelvertretung in der Regierung anstreben sollte. CVP, FDP und LP verwarfen aber letztlich diese Option. Überraschenderweise präsentierten auch EVP und DSP mit den Grossräten Stephan Maurer (dsp) und Heinrich Ueberwasser (evp) Kandidaten für die Regierung. Die SD nominierten Patrik Cattin. Die Zersplitterung der bürgerlichen Parteien und die hohe Akzeptanz der SP-Kandidaten selbst im bürgerlichen Lager sorgten dafür, dass die links-grüne Mehrheit in der Regierung ungefährdet blieb. Alle bisherigen Regierungsräte ausser Hanspeter Gass (fdp) wurden im ersten Wahlgang bestätigt und die neuen SP-Kandidaten Wessels und Brutschin erreichten das absolute Mehr auf Anhieb. Das beste Ergebnis erzielte Eva Herzog (sp). Polizeidirektor Gass (fdp), der das absolute Mehr verfehlte, war im Wahlkampf aufgrund von umstrittenen Polizeieinsätzen in der Kritik gestanden. Er wurde, da die verbleibenden Kandidierenden nicht zu einem zweiten Wahlgang antraten, schliesslich in stiller Wahl bestätigt. Für das neu geschaffene Amt des Regierungspräsidenten stellte sich nur Guy Morin (gp) zur Verfügung. Er wurde in stiller Wahl gewählt.

Nach dem Rücktritt von Sicherheitsdirektor Jörg Schild (fdp) aus dem Basler Regierungsrat schlugen die Freisinnigen Saskia Frei als Nachfolgerin für ihren einzigen Sitz in der kantonalen Regierung vor. Mit dieser Kandidatin stiess die FDP von Beginn an auf Widerstände, die sich zunächst auf die ausdrückliche Positionierung Freis am rechten Flügel der Partei bezogen. Mit ihren Standpunkten zur Sozial- und Verkehrspolitik begab sich Frei auf deutliche Distanz zum mehrheitlich rot-grünen Regierungsrat (3 SP, 1 CVP, 1 FDP, 1 GP, 1 LP). Demgegenüber bezog ihre Konkurrentin Agatha Wirth von der parteiungebundenen Liste gegen Armut und Ausgrenzung dezidiert für sozial Schwache Position. Die eigentlichen Schwierigkeiten für die freisinnige Kandidatin entstanden jedoch aus der Tätigkeit ihres Mannes als Verwaltungsrat zweier Nachtlokale. Verschiedene Parteien und Verbände monierten die Gefahr von Interessenkonflikten zwischen diesen Aktivitäten und dem von seiner Frau angestrebten Amt einer kantonalen Sicherheitsdirektorin. Die Sozialdemokraten enthielten sich aus diesem Grund einer Wahlempfehlung, die Grünen forderten die Wähler zum Einlegen leerer Wahlzettel auf. Die CVP und SVP unterstützten hingegen die freisinnige Kandidatin, die im ersten Wahlgang bei einer Beteiligung von 41,2% nur 18'568 Stimmen erreichte und damit das absolute Mehr deutlich verfehlte. Rund 11'500 Wählerinnen und Wähler gaben ihre Wahlzettel leer ab, während Agatha Wirth beachtliche 13'387 Stimmen für sich gewinnen konnte. Daraufhin zog Saskia Frei ihre Kandidatur zurück. Der nachnominierte Kandidat der Freisinnigen, Hanspeter Gass, hatte im zweiten Wahlgang keine Probleme, sich mit 22'920 Stimmen gegen Agatha Wirth (9076) sowie eine Kandidatin der Schweizerischen Bürgerpartei (sbp) und einen Kandidaten der rechtsextremen Volksaktion durchzusetzen. Die Stimmbeteiligung lag noch bei 37,8%. Somit blieb es bei der bisherigen Regierungszusammensetzung.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in 8 Kantonen (BE, FR, GL, GR, JU, NW, OW und ZG) kam es einzig in Bern und im Jura zu wesentlichen Verschiebungen der Machtverhältnisse zwischen den Parteien. In Bern fand ein Wechsel von der traditionellen bürgerlichen zu einer rotgrünen Mehrheit statt, im Jura gewannen die Bürgerlichen umgekehrt die in den letzten Wahlen verlorene Mehrzahl der Regierungssitze zurück. Wie im Vorjahr konnten die Grünen ihre Präsenz in den kantonalen Regierungen vermehren. In Bern gelang Bernhard Pulver (gp) als Teil der erfolgreichen grün-linken Liste der Wiedereinzug eines grünen Kandidaten in den Regierungsrat (bereits von 1986–90 hatten die Grünen zwei Vertreter in der damals 9-köpfigen Exekutive). In Zug gewann die grüne Alternative Liste (seit Anfang 2007 mit Beobachterstatus bei der GP) auf Kosten der SP einen zweiten Sitz in der Exekutive, und das 2005 in die GP eingetretene Demokratische Nidwalden konnte seinen Sitz in der Nidwaldner Regierung verteidigen. Die Zuger Regierungsratswahlen zeigten, dass die Grünen in einzelnen Kantonen zu einer ernsthaften Konkurrenz für die SP geworden sind, für die 2006 ein sehr durchwachsenes Wahljahr war. Dem Erfolg in Bern, wo die SP einen Sitz gewinnen konnte und nun mit 3 Regierungsräten vertreten ist, stehen die Verluste von je einem Regierungssitz in Glarus, Jura und Zug gegenüber. Während in Zug und Glarus, wo der Regierungsrat auf 5 Mitglieder verkleinert wurde, das Verhältnis zwischen linker und bürgerlicher Seite unberührt blieb, bedeutete der Mandatsverlust im Jura den Verlust der erst 2002 errungenen linken Regierungsmehrheit. Den Christlichdemokraten gelang es im Jura wie auch in den übrigen 6 Kantonen, in denen sie an der Regierung beteiligt sind (alle ausser BE), ihre Sitze zu halten. Die Gewinner der Wahlen in die jurassische Exekutive waren die Freisinnigen, deren Kandidat den 2002 verlorenen Sitz mit der höchsten Stimmenzahl zurückerobern konnte. In Glarus (wo die Sitzzahl von 7 auf 5 reduziert wurde) und in Bern verlor die FDP hingegen je ein Regierungsmitglied. Der Sitzverlust in Bern war die einzige Änderung bei der SVP. Sie behielt ihre Mitglieder in den Glarner, Graubündner und Zuger Exekutiven, versuchte jedoch in Freiburg, Jura und Nidwalden vergeblich, eine Regierungsbeteiligung zu erkämpfen. Auch 2006 bestätigte sich damit die Tendenz der Wählerinnen und Wähler in den Kantonen, die SVP zwar in den Parlamenten zu stärken, ihr jedoch wenig Einfluss in den nach dem Majorzsystem gewählten Regierungsgremien zu überlassen.

Bei den Ersatzwahlen im Kanton Appenzell Ausserrhoden gelang es der SP, auf Kosten der FDP einen Sitz in der bis dahin vollständig aus FDP und SVP gebildeten Regierung zu gewinnen. In Basel-Stadt, Thurgau und Zürich hingegen vermochten die Bürgerlichen ihre Regierungssitze zu verteidigen. Im Thurgau setzte sich Jakob Stark (svp) klar gegen die Parteilose Gabi Coray durch, im Kampf um die Nachfolge der Zürcher Regierungsrätin Dorothee Fierz (fdp) war die Freisinnige Ursula Gut gegenüber der Grünen Ruth Genner erfolgreich. In Basel-Stadt verteidigte Hanspeter Gass den Regierungssitz der FDP nach dem Scheitern seiner freisinnigen Parteikollegin Saskia Frei im ersten Wahlgang.

Nach den acht Gesamterneuerungswahlen und den vier Ersatzwahlen waren Ende 2006 drei Frauen weniger an kantonalen Regierungen beteiligt als im Vorjahr. In Bern fanden die zurückgetretenen Dora Andres (fdp) und Elisabeth Zölch (svp) keine weiblichen Nachfolgerinnen, und mit Barbara Egger (sp) verblieb lediglich eine Frau im Regierungsrat. In den Ausserrhoder Ersatzwahlen musste es die Parteilose Edith Heuscher-Beeler ihrem Konkurrenten Matthias Weishaupt (sp) überlassen, in die Fussstapfen von Regierungsrätin Alice Scherrer (fdp) zu treten. In allen übrigen Kantonsregierungen blieb das Verhältnis zwischen Männern und Frauen unverändert. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2006 damit noch 33 von 156 Regierungssitzen.