Wegen Veröffentlichung amtlicher geheimer Verhandlungen holte die Bundesanwaltschaft erneut zum Schlag gegen Medienschaffende aus. Ein Strafverfahren lief gegen den “Sonntagszeitung”-Redaktor Martin Stoll aufgrund dessen im April erschienenen Artikels über die Mossad-Affäre in Bern-Liebefeld. Im weiteren sassen der Bundeshauskorrespondent vom "Tages Anzeiger", Bruno Vanoni, sowie Denis Barrelet, Bundeshaus-Korrespondent bei “24 Heures“, Medienrechtsprofessor an der Uni Fribourg und neuer Präsident der Unabhängigen Beschwerdeinstanz (UBI), auf der Anklagebank. Die Bundesanwaltschaft untersuchte im Auftrag des EDA, wie vertrauliche Diplomatenpapiere aus Washington im Juni 1997 den Weg auf die Schreibtische der Journalisten und von dort an die Öffentlichkeit gefunden hatten. In den Papieren hatte Botschafter Alfred Defago dem Bundesrat von allzu harschen Reaktionen auf den Bericht von US-Unterstaatssekretär Stuart Eizenstat über die Rolle der Schweiz im Zweiten Weltkrieg abgeraten.

Ende Mai veröffentlichte die Kommission Bergier einen Zwischenbericht zum Goldhandel der Schweiz während des Zweiten Weltkriegs. Er bestätigte die wichtige Rolle der Schweizerischen Nationalbank bei den Goldverkäufen Deutschlands, brachte aber keine aufsehenerregenden neuen Erkenntnisse. Eine Präzisierung brachte der Bericht in bezug auf den Umfang der von der Deutschen Reichsbank gekauften Goldbarren, die nachweislich, aber ohne dass die SNB dies damals erkennen konnte, von Opfern des Holocaust stammten. Deren Wert betrug gemäss den Erkenntnissen der Bergier-Kommission CHF 582'000. Dieser Zwischenbericht bestätigte allerdings die jüdischen Organisationen, aber auch US-Unterstaatssekretär Eizenstat in ihrer Haltung, dass sich die SNB an der Globallösung der Banken beteiligen müsse. Ende Juni reichten amerikanische Anwälte, welche bereits Sammelklagen gegen die Schweizer Grossbanken eingereicht hatten, beim Bundesbezirksgericht in Washington zudem auch eine solche gegen die Schweizerische Nationalbank ein. Die Nationalbank ihrerseits stritt die im Bericht erwähnten Handlungen nicht ab, kritisierte jedoch die Bergier-Kommission, weil sie es unterlassen habe, neben der historischen und politischen Analyse auch eine ökonomische vorzunehmen. Diese hätte unter anderem berücksichtigen müssen, dass der Spielraum der damaligen SNB-Leitung auch durch die Blockierung ihrer Guthaben in den USA eingeengt worden sei.

Im Juni veröffentlichten die amerikanischen Behörden einen zweiten, nach dem Unterstaatssekretär Eizenstat benannten Bericht über die Politik der Neutralen während des 2. Weltkriegs. Im Gegensatz zu dem 1997 veröffentlichten ersten Bericht, war nun nicht mehr die Schweiz alleinige Angeklagte. Auch den anderen Staaten (Schweden, Portugal, Spanien, Argentinien und Türkei) wurde eine wichtige Rolle als Handelspartner Deutschlands nachgewiesen. In seinem Vorwort gelangte Eizenstat zu wesentlich differenzierteren Schlüssen als im ersten Bericht. So anerkannte er, dass die Schweiz (zusammen mit Schweden) effektiv von Deutschland militärisch bedroht und deshalb auch zu einem gewissen Mass von Kollaboration gezwungen gewesen sei. Als Goldhandelsplatz sei sie zentral gewesen, in bezug auf die Lieferung von kriegswichtigen Rohstoffen und Produkten wären jedoch die Beiträge der anderen europäischen Neutralen viel gewichtiger gewesen.

Trotz der Gründung eines humanitären Fonds und den Bemühungen zur Auffindung von Erbberechtigten von Konten liessen sich einige amerikanische Behörden nicht von ihren Boykottplänen gegen schweizerische Banken abbringen. US–Unterstaatssekretär Stuart Eizenstat, die amerikanische Botschafterin in der Schweiz, Madeleine Kunin, und andere Vertreter des US–Aussenministeriums rieten mehrmals von derartigen Massnahmen ab. Namentlich Eizenstat betonte, dass diese angesichts der von den Schweizer Behörden und den Banken unternommenen Anstrengungen nicht nur überflüssig, sondern auch kontraproduktiv seien. Anfangs Februar beschloss der Bundesstaat New York, keine kurzfristigen Finanzanlagen mehr über Schweizer Banken abzuwickeln; dieser Beschluss wurde allerdings nach der Schaffung des humanitären Fonds wieder rückgängig gemacht. Im Herbst schloss der ranghöchste Finanzbeamte der Stadt New York, Alan Hevesi, die Schweizerische Bankgesellschaft (SBG) von einem Bankenkonsortium zur Zeichnung einer städtischen Anleihe aus. Hevesi begründete seinen Entscheid mit der unkooperativen Haltung der SBG bei der Suche nach nachrichtenlosen Vermögen, welche sich insbesondere bei der durch Meili aufgedeckten Aktenzerstörung manifestiert habe. Mit denselben Argumenten beschloss kurz darauf auch der Bundesstaat Massachusetts, die SGB zu boykottieren. Bereits zu Jahresbeginn hatte ein Parlamentarier der Stadt New York beantragt, die dort ansässigen Schweizer Banken bei der Vermögensverwaltung nicht mehr zu berücksichtigen, bis die Schweizer Regierung einen Fonds für Holocaust–Opfer gebildet habe. Im Oktober gab der höchste Finanzbeamte (Schatzmeister) des Bundesstaates Kalifornien, Matt Fong, bekannt, dass er die Geschäfte mit schweizerischen Banken seit dem Sommer schrittweise abgebaut habe und diese Banken solange boykottieren werde, bis sie vollständige Transparenz über die nachrichtenlosen Vermögen geschaffen hätten. Kurz nach dieser Bekanntgabe schlossen sich die Finanzchefs der Staaten New York und Illinois diesem Boykott an. Im Dezember suspendierte Fong diese Massnahme für drei Monate.

Wesentlich gemässigter und ausgewogener, aber in der Tendenz trotzdem ähnlich lautete das Urteil von US-Unterstaatssekretär Eizenstat in seinem Vorwort zu einem von Historikern der US-Verwaltung erstellten Bericht über die Finanzpolitik der neutralen Staaten während des 2. Weltkriegs. Die Schweiz habe sich durch ihr Verhalten nicht nur der Hehlerei schuldig gemacht und bereichert, sondern auch dazu beigetragen, diesen Krieg zu verlängern. Eizenstat lobte allerdings auch die Schweiz der Gegenwart für ihre Anstrengungen zur Aufklärung ihrer Geschichte und zur Entschädigung von Opfern. Diesem Lob schloss sich einige Tage nach der Publikation des Berichts auch US-Präsident Clinton an. Der wissenschaftliche Teil des Berichtes wurde in der Schweiz als weitgehend korrekt und fair beurteilt, auch wenn er einige nicht belegte Behauptungen enthielt (so etwa die Aussage, die Deutschen hätten schliesslich ("eventually"), d.h. nach den Bombardierungen, einige Waffenfabriken in die Schweiz verlegt). Er bestätigte namentlich die bereits bekannten Tatsachen über die wirtschaftliche Zusammenarbeit und insbesondere über den Goldhandel der Nationalbank. Auch in bezug auf den Umfang dieser Finanzgeschäfte stimmten die aus amerikanischen Akten gewonnenen Erkenntnisse mit den früher gemachten Angaben der Nationalbank überein. Neu war hingegen die Feststellung, dass sich unter dem von der Nationalbank von Deutschland gekauften Gold nicht nur sogenanntes Raubgold aus den Nationalbanken von besetzten Ländern befunden hatte, sondern auch in Barren umgeschmolzenes Gold, das den Opfern des Holocaust geraubt worden war. Obwohl es sich um relativ geringe Mengen gehandelt hatte und derartiges Gold auch in andere neutrale Länder und nach dem Krieg auch in einen Goldfonds der Alliierten gelangt war, wurde diese Erkenntnis als schockierend empfunden. In einer Erklärung zu diesem Bericht anerkannte der Bundesrat dessen Qualität, er wies aber die Anschuldigung, die Schweiz habe den Nazis als Bankier gedient, als "einseitiges Pauschalurteil" zurück. Die amerikanische Botschafterin in der Schweiz, Madeleine Kunin, stellte sich hingegen im Namen ihrer Regierung ohne Vorbehalte hinter den Bericht und sein Vorwort.

En proie à de vives critiques relayées par la presse américaine quant au rôle joué par la Suisse durant la Seconde Guerre mondiale, les autorités fédérales ont tenu à défendre l'image du pays par l'entremise du chef de la diplomatie helvétique. Le conseiller fédéral Flavio Cotti s'est ainsi rendu durant trois jours aux Etats-Unis pour exposer à une douzaine de journalistes américains le point de vue de la Confédération sur l'affaire des fonds en déshérence et de l'or nazi. Lors du même voyage, le chef du DFAE a également prononcé un discours devant les représentants des organisations israélites et des milieux politiques et économiques avant de s'entretenir personnellement avec le président du Congrès juif mondial, Edgar Bronfman. Officialisant au plus haut niveau la normalisation des relations entre la Suisse et l'organisation juive, cette rencontre a été suivie d'une réunion avec la secrétaire d'Etat Madeleine Albright ainsi qu'avec le sous-secrétaire d'Etat Stuart Eizenstat, coordinateur des enquêtes américaines sur le commerce de l'or avec l'Allemagne nazie et auteur d'un rapport qui fut publié quelques semaines plus tard.