Im März wählten Zürcherinnen und Zürcher die 9-köpfige Regierung und das Parlament neu. Stadtpräsident Josef Estermann (sp) und die beiden Amtsältesten Willy Küng (csp, Stadtrat seit 1982) und Thomas Wagner (fdp, Stadtrat seit 1978) traten nicht mehr für eine weitere Amtsperiode an. Im ersten Wahlgang vom 3. März wurden alle sechs Bisherigen wieder gewählt: Elmar Ledergerber (sp) erzielte das beste Ergebnis, gefolgt von Monika Weber (parteilos), Esther Maurer (sp), Robert Neukomm (sp), Monika Stocker (gp) und Kathrin Martelli (fdp). Neu gewählt wurden Martin Waser (sp) und Martin Vollenwyder (fdp). Für den neunten Platz wurde ein zweiter Wahlgang nötig, was seit den dreissiger Jahren nicht mehr vorgekommen war; dieser fand am 5. Mai statt. Neben dem Freisinnigen Andres Türler, der im ersten Wahlgang den neunten Platz erreicht hatte, bewarben sich Rolf André Siegenthaler (svp), Thomas Kappeler (cvp) und Katharina Prelicz (gp). Prelicz, die zum ersten Wahlgang nicht angetreten war, verstand sich als linke und grüne Alternative zur bürgerlichen Männerauswahl und hoffte auf Stimmen aus der SP. Deren Delegiertenversammlung verweigerte ihr jedoch die Unterstützung und verzichtete auf eine Wahlempfehlung. SP-Exponenten wie der abtretende Stadtpräsident Josef Estermann, Parteipräsident Koni Loepfe oder der ehemalige Fraktionschef Werner Sieg empfahlen zudem ausdrücklich den Freisinnigen Andres Türler zur Wahl – zwecks Fortsetzung der so genannten, in einzelnen Sachfragen wirksamen "Koalition der Vernunft". Türler machte denn auch das Rennen, vor Siegenthaler (svp), Prelicz (gp) und Kappeler (cvp). Damit konnte die FDP einen Sitz (der bisher vom CSP-Vertreter Küng gehalten wurde) gewinnen, und die SVP ist seit nunmehr zwölf Jahren nicht mehr im nach wie vor mehrheitlich rot-grünen Stadtrat (4 SP, 3 FDP, 1 GP, 1 Parteilos) vertreten.

Den Wahlkampf für das Amt des Stadtpräsidenten eröffnete die SP-Leitung bereits im Februar, indem sie den krankheitsbedingten Verzicht Josef Estermanns auf eine vierte Amtsperiode als Stadtpräsident und gleichzeitig die Kandidatur Elmar Ledergerbers für seine Nachfolge bekannt gab. Neben Ledergerber bewarben sich Rolf André Siegenthaler (svp), Monika Stocker (gp) und Martin Vollenwyder (fdp). Ledergerber erhielt mit Abstand am meisten Stimmen, blieb aber wegen der Aufteilung der rot-grünen Wählerschaft rund 6000 Stimmen unter dem absoluten Mehr. Die Grüne Monika Stocker erzielte weniger als die Hälfte der Stimmen von Ledergerber, schnitt aber leicht besser ab als der SVP-Kandidat Siegenthaler, der vor dem Freisinnigen Vollenwyder lag. Für den zweiten Wahlgang zogen Stocker (gp) und Vollenwyder (fdp) ihre Kandidaturen zurück. Elmar Ledergerber gewann die Wahl; er erzielte dreimal mehr Stimmen als Rolf André Siegenthaler (svp).

Der Wahlkampf 1998 in der Stadt Zürich warf im Gegensatz zu 1994 keine grossen Wellen. Zu ersetzen waren die freigewordenen Plätze von Ursula Koch (sp) sowie Wolfgang Nigg (cvp). Eine Ausnahme bildeten die verbalen Schlagabtausche am Radio und Fernsehen um das Stadtpräsidium zwischen Stadtpräsident Josef Estermann (sp) und seiner Herausforderin, Ständerätin Monika Weber (ldu), die mit der Unterstützung eines bürgerlichen Komitees für die politische “Wende” in Zürich eintrat. Ansonsten wurden die fehlenden politischen Debatten über drängende Probleme, die kaum vorhandenen Visionen der Parteien und das mangelnde Interesse der Bevölkerung allgemein beklagt. Eine Ablösung der linksgrünen Mehrheit im Stadtrat war kaum erwartet worden, insbesondere deshalb, weil eine bürgerliche Koalition nicht einmal im eigenen Lager Begeisterung auszulösen vermochte. Die in der Exekutive nicht vertretene SVP betrieb weiterhin populistische Oppositionspolitik und liess zum Auftakt des Wahlkampfes eine Broschüre mit dem Titel “Die Katastrophe” in alle Haushalte verteilen, die Zürich in düsteren Farben darstellte.

Die rot/grün/christlichsoziale Koalition konnte ihre Mehrheit im Stadtrat dank ihrer Geschlossenheit auf sechs Sitze ausbauen, während die bürgerliche Wahlallianz einen Sitz verlor. Damit rächte sich ihr Gezänk um die Kandidaten der SVP sowie ihre anfängliche Unfähigkeit, einen gemeinsamen Kandidaten für das Stadtpräsidium aufzustellen, bis Monika Weber schliesslich in die Lücke sprang. Josef Estermann als alter und neuer Stadtpräsident setzte sich deutlich gegen Weber durch und lag in allen zwölf Stadtkreisen vor seiner Herausforderin. Er wurde mit dem besten Resultat in den Stadtrat gewählt, vor den bisherigen Thomas Wagner (fdp), Monika Stocker (gp) und Kathrin Martelli-Kenner (fdp). Monika Weber (ldu) landete als beste Neue auf Platz fünf, vor den Bisherigen Willy Küng (csp) und Robert Neukomm (sp). Die beiden Sozialdemokraten Elmar Ledergerber und Esther Maurer schafften den Sprung in die Regierung auf den Plätzen acht und neun. Damit belegt die SP erstmals seit 1978 wieder vier Exekutivsitze. Prominentestes Opfer der Zürcher Stadtratswahlen war FDP-Schulvorstand Hans Wehrli (fdp), der seit jeher über das kleinste Wählerpotential verfügt hatte. Ebenfalls nicht gewählt auf der bürgerlichen Sechserliste wurden Adrian Hug (cvp), Vilmar Krähenbühl und Emil Grabherr (beide svp). Damit schied die CVP nach dem Rücktritt von Gesundheitsvorstand Wolfgang Nigg aus dem Stadtrat aus. Keine Rolle spielte Susi Gut von den Schweizer Demokraten. Die Frauen stellen erstmals vier von neun Mitglieder der stadtzürcher Exekutive (44,4%).

Dass die neuen Machtverhältnisse im Stadtrat stärker auf die Schwäche der bürgerlichen Kandidaten und ihrer Kampagne als auf die Stärke der Linken zurückzuführen war, zeigte sich bei den Gemeinderatswahlen. Weder das linke noch das rechte Lager erreichte die Mehrheit; die politische Mitte verschwand fast ganz von der Bildfläche. Die Linke eroberte 59 Sitze, die bürgerliche Rechte 61, die politische Mitte (LdU und EVP) zusammen fünf Sitze. Die SVP gewann sieben Sitze hinzu und schloss mit 26 Sitzen zur FDP auf. FDP (26) und CVP (8) mussten je zwei Sitzverluste hinnehmen. Die Schweizer Demokraten verloren gar drei von vier Mandaten. Auf der anderen Seite legte die SP um sechs Sitze zu und stellt weiterhin mit insgesamt 49 Mandaten die grösste Fraktion. Die Grünen gewannen zwei Sitze hinzu (7), während die FraP vier von fünf Sitzen verlor. Die Alternativen konnten ihre beiden Sitze behalten. In der politische Mitte gehörten der LdU mit drei Sitzverlusten (4) und die EVP mit einem (1) zu den Verlierern. Die Anzahl Frauen verringerte sich im 125-köpfigen Gemeinderat von 47 auf 46, was neu einem Frauenanteil von 36,8% (-0,8%) entspricht. Die Wahlbeteiligung lag bei 48,6%.

Die Wahlen des Stadtrates und des Gemeinderates waren in Zürich durch einen aussergewöhnlich harten Kampf geprägt. Zürcher Wahlkampfthemen wie das Wohlgroth-Areal und die SVP-Inseratekampagne über "die Linken und die Netten" (mit den Netten waren die anderen bürgerlichen Parteien gemeint) fanden in der ganzen Schweiz Beachtung, wobei vor allem der politische Stil umstritten war. Die SVP-Negativ-Kampagne, welche die Schuld an Kriminalität, Drogenelend und Arbeitslosigkeit in Zürich pauschal der linken Regierungsmehrheit in die Schuhe schob und nicht davor zurückschreckte, in ihren Inseraten eine falsche Graphik zur Kriminalität zu verwenden, fiel jedoch nicht nur durch ihre argumentatorische Härte auf. Sie wurde auch als der teuerste Wahlkampf eingeschätzt, den eine Lokalpartei in der Schweiz je geführt hat.

In der Zürcher Stadtregierung kam es dann nicht zur angestrebten bürgerlichen Wende: Die bürgerlichen Parteien konnten ihre Vertretung auf Kosten der EVP zwar von drei auf vier Mandate erhöhen, doch die rot/grün/christlich-soziale Mehrheit stellt mit der Wahl von Monika Stocker (gp) weiterhin fünf von neun Stadtratsmitgliedern. Mit Monika Stocker sind die Grünen erstmals in der Stadtzürcher Exekutive vertreten; sie übernahm den Sitz der zurücktretenden parteilosen Emilie Lieberherr (ex-sp). Die SP besetzt mit ihren Bisherigen Ursula Koch, Josef Estermann und Robert Neukomm unverändert drei Sitze. Die CVP konnte ihren Sitz mit Wolfgang Nigg halten, nachdem sie sich von Willy Küng getrennt hatte. Willy Küng erreichte als von der CSP portierter Parteiloser dann gerade noch den neunten Regierungssitz. Die beiden Freisinnigen Hans Wehrli und Thomas Wagner, dieser mit dem Spitzenresultat, wurden wiedergewählt; einen dritten FDP-Sitz gewann zudem Kathrin Martelli (fdp) mit dem viertbesten Resultat. (Wehrli (fdp) war 1992 in einer Ergänzungswahl für den zurücktretenden Kaufmann (ex-sp) gewählt worden.) Ruedi Aeschbacher (evp) wurde nach 16 Jahren Amsttätigkeit abgewählt. Als einziger amtierender Stadtrat war er weder auf der rot-grünen noch auf der bürgerlichen Sechserliste aufgeführt und wurde Opfer des stark polarisierten Wahlkampfes. Die Wahl verpasst hat auch Andreas Müller (svp), der zudem erfolglos als bürgerlicher Herausforderer gegen den sozialdemokratischen Stadtpräsidenten Estermann antrat.

Anders als in der Exekutive büsste die Linke im Gemeinderat mit neun Sitzverlusten ihre 1990 errungene absolute Mehrheit ein. Neu stehen 55 Sitze der rot-grünen Parteien 57 bürgerlichen Sitzen gegenüber. Die SVP verzeichnete einen Erdrutschsieg: ihre Fraktion im Zürcher Stadtparlament wuchs um zwölf auf 19 Sitze; die FDP legte drei Sitze zu. Die CVP büsste weitere zwei Sitze ein, die SD verlor einen Sitz, während die Auto-Partei ganz leer ausging. LdU und EVP verloren einen resp. zwei Sitze. Die SP behauptete sich trotz vier Sitzverlusten als stärkste Partei, verloren haben aber ihre Partner: Die Grünen büssten die Hälfte ihrer Sitze ein und kamen noch auf fünf Mandate. Die Alternative Liste gab zwei Sitze an die Frauenliste FraP ab, die neu auf fünf Sitze kommt. Die Vertretung der Frauen erhöhte sich um sieben auf 47 von insgesamt 125 Mandaten (37,6%).

Wie bereits im Vorjahr angekündigt, wurden im Verlauf des Winters 1991 und des Frühjahres 1992 die offenen Szenen in Zürich (Platzspitz) und Bern (Kocherpark) aufgelöst, doch gelang vor allem in Zürich die Dezentralisierung in die weitere Umgebung nicht. Stadtpräsident Estermann (ZH, sp) richtete im Sommer 1992 einen dringenden Appell an Bund, Kanton und Gemeinden, Zürich bei der Bewältigung des Drogenproblems nicht allein zu lassen. In erster Linie forderte er bessere Auffangstrukturen in den Wohngemeinden der Drogenabhängigen und eine Revision des Betäubungsmittelgesetzes in Richtung Entkriminalisierung sowie die breite Abgabe von Heroin an Schwersüchtige. Er bat aber auch um vermehrte Unterstützung bei der Repression des Drogenhandels, insbesondere um die Internierung von delinquierenden Asylbewerbern. Sowohl EDI wie EJPD lehnten dies ab.

Im Zürcher Stadtrat (Exekutive) gingen die links-grünen Kräfte siegreich aus den Wahlen hervor. Für die zwei freigewordenen Sitze der SVP und des LdU wurden zwei Sozialdemokraten, Josef Estermann und Robert Neukomm, gewählt, alle übrigen Stadträte wurden bestätigt. Damit hatte Zürich zum ersten mal seit 1949 wieder eine mehrheitlich nichtbürgerliche Regierung. Zum Stadtpräsidenten wurde in einem zweiten Wahlgang Josef Estermann gewählt; der bisherige Stadtpräsident, Thomas Wagner (fdp), wurde relativ knapp geschlagen, nachdem er bei der Wahl des Stadtrates an neunter und somit letzter Position in die Exekutive gewählt worden war.