Neben dem politischen gab es auch ein rechtliches Nachspiel in der Affäre zu der Schweizer Hochseeflotte. Bereits im Jahr 2016 hatte die EFK eine Strafanzeige wegen Unregelmässigkeiten bei den Bürgschaften eingereicht. Die Bundesanwaltschaft stellte das entsprechende Verfahren jedoch wegen fehlenden hinreichenden Anfangsverdachts und Verjährung vieler Vorwürfe ein. Dies kritisierten verschiedene Juristen später gegenüber den Medien, da eine Nichtanhandnahme-Verfügung nur in «sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen» möglich sei. Im August 2017 reichte auch Johann Schneider-Ammann Strafanzeige gegen die mutmasslichen Urheber des Millionenschadens ein, woraufhin die Bundesanwaltschaft das Verfahren mit neuem Beweismaterial und neuen Unterlagen wieder aufnahm. Die Bundesanwaltschaft konzentrierte ihre Untersuchungen gemäss Medien vor allem auf die Rolle von Michael Eichmann, dem ehemaligen BWL-Direktor, dem Amtsmissbrauch und ungetreue Geschäftsführung vorgeworfen wurden. Dabei war jedoch lange Zeit von Seiten der Bundesanwaltschaft kaum etwas zum Verfahren zu vernehmen – offenbar hatte sie Eichmann auf Anfrage der Medien bis Juni 2018 noch nicht befragt –, was zu Kritik von Seiten der Presse führte, insbesondere da im Laufe der Zeit immer mehr Informationen zu möglichen Ungereimtheiten im BWL ans Licht kamen. So berichteten die Medien von einem Vertrag zwischen der SCL-Reederei und einer kroatischen Werft für eine Rückzahlung von Projektkosten über CHF 12 Mio. für vier Schiffe sowie von zwei identischen Kaufverträgen für Schiffe, die sich lediglich im eingetragenen Kaufpreis unterschieden. Nach seiner zweiten Interpellation habe die Bundesanwaltschaft hingegen Ulrich Giezendanner (svp, AG; Ip. 18.3645) trotz seiner Immunität aufgeboten und aufgefordert, seine Informationen zu präzisieren und den Namen seines Informanten zu nennen, was dieser mit Verweis darauf, dass Bundesanwalt Michael Lauber «seine Arbeit gefälligst selber machen» solle, jedoch nicht tat.
Die Untersuchung zum Eigentümer der SCT-SCL-Gruppe, Hansjörg Grunder, übernahm die Abteilung Wirtschaftsdelikte der Berner Staatsanwaltschaft. Diese zeigte sich gemäss Medien deutlich aktiver als die Bundesanwaltschaft und gab Ende Juni 2018 bekannt, eine Person – die Medien vermuteten, es sei Grunder – verhaftet zu haben. Dabei habe sie auch Hausdurchsuchungen vorgenommen und dabei umfangreiche Akten und Vermögenswerte beschlagnahmt. Es bestehe der «Verdacht, dass die Täterschaft bei der Einreichung von Bürgschaftsgesuchen für die Finanzierung von Hochseeschiffen überhöhte Bau- und Erwerbspreise geltend gemacht hat, um widerrechtlich in den Genuss zu hoher Bürgschaften zu gelangen», wie die Staatsanwaltschaft verlauten liess. In der Folge erstellte sie Anzeige wegen Verdachts auf Leistungsbetrug und Beamtenbestechung. Mitte Dezember gab die «Nordwestschweiz» schliesslich bekannt, dass die Berner Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsdelikte Anklage gegen Grunder wegen Betrugs zum Nachteil des Bundes, Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsführung erhoben habe. Der Bund trete als Privatkläger auf, um seine finanziellen Interessen zu wahren. Konkret solle Grunder seit 2005 in fünf Fällen zu hohe Bau- und Erwerbspreise für Hochseeschiffe vorgetäuscht haben, um überhöhte Bürgschaften für die Schiffe zu erhalten – es gehe um eine Deliktsumme von CHF 130 Mio. Zusätzliche Fälle seien zudem verjährt. Grunder bestritt die Vorwürfe und die Medien betonten, dass für ihn und Michael Eichmann die Unschuldsvermutung gelte.

Mit dem Jahreswechsel 2018/2019 änderte sich die Ausgangslage für das neue Mediengesetz grundlegend: Nach dem Rücktritt von Medienministerin Doris Leuthard, unter deren Aufsicht der Vorentwurf entstanden war, übernahm Simonetta Sommaruga Anfang 2019 das entsprechende Dossier. Im Mai 2019 lud die neue Medienministerin zu einem Austausch über die Zukunft der Medien ein, bei dem über den Service public in Radio und Fernsehen sowie über mögliche Massnahmen zur Unterstützung der elektronischen Medien und der Presse diskutiert wurde. Die Argumente der Teilnehmenden würden in die laufenden Arbeiten aufgenommen, erklärte das BAKOM. In den Medien wurden nach den negativen Rückmeldungen in der Vernehmlassung jedoch Stimmen laut, die davon ausgingen, dass Sommaruga das neue Gesetz verwerfen werde. Dieses würde von allen Seiten kritisiert und habe daher im Parlament keine Chance, zumal sogar CVP-Präsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) die Notwendigkeit des neuen Gesetzes in einer Rede im Januar 2019 in Frage gestellt habe. Stattdessen wurde vermutet, dass Sommaruga die Probleme einzeln angehen werde. Als dringlichste Massnahme identifizierten die Medien die Erhöhung der indirekten Presseförderung von CHF 30 Mio. auf CHF 120 Mio., wie sie der Präsident des VSM, Pietro Supino, aber auch zwei parlamentarische Vorstösse Savary (sp, VD; Pa.Iv. 18.480) und Engler (cvp, GR; Pa.Iv. 18.479) gefordert hatten. Als zentral erachteten die Medien aber auch eine Änderung des Medienartikels in der Verfassung, die ein vollständiges Mediengesetz, das neben Radio und Fernsehen sowie allenfalls dem Onlinebereich auch die Presse beinhaltet, ermöglichen sollte. Diesbezüglich hatten Matthias Aebischer (sp, BE; Pa.Iv. 18.470), Bernhard Guhl (bdp, AG; Pa.Iv. 18.471), Olivier Feller (fdp, VD; Pa.Iv. 18.472) und Filippo Lombardi (cvp, TI; Pa.Iv. 18.473) gleichlautende parlamentarische Initiativen eingereicht.
Ende August 2019 bestätigte der Bundesrat in einer Medienmitteilung die bisherigen Gerüchte und erklärte, dass er auf das neue Mediengesetz verzichten und stattdessen das RTVG punktuell mit einem Massnahmenpaket anpassen wolle. Demnach sollten neu auch Onlineportale einen Teil der Radio- und Fernsehabgabe (insgesamt CHF 50 Mio. pro Jahr) erhalten, sofern sie kostenpflichtig seien. Dies betreffe – im Unterschied zum vorherigen Gesetzesvorschlag – nicht nur audio- und audiovisuelle, sondern auch textlastige Beiträge. Zudem solle die indirekte Presseförderung, konkret also die finanzielle Unterstützung der Postzustellung, auf zusätzliche Titel ausgeweitet und erhöht werden – jedoch nur auf CHF 50 Mio. statt auf CHF 120 Mio., wie von den Verlagen gefordert worden war. Der VSM kritisierte die Unterstützung in der Folge auch als zu niedrig. Aus dem Bundesgesetz über elektronische Medien übernommen werden solle die Förderung von Presseagenturen, Weiterbildungen und IT-Projekten.
Auch dieses Projekt erntete jedoch Kritik: Christian Wasserfallen (fdp, BE) etwa befürchtete gegenüber den Medien, dass nun auch die Onlinemedien an den «Staatstropf» gehängt werden sollten, Gregor Rutz (svp, ZH) kritisierte, dass durch die Unterstützung der Onlinemedien die Konkurrenz für die Printmedien sogar noch künstlich verstärkt werde. Die NZZ fragte sich überdies auch bei diesen Massnahmen, ob der Bund wirklich über die Kompetenz zur Regulierung und Förderung der Onlinemedien verfüge. Diesbezüglich bestehe ein Dissens in der juristischen Lehre. Die Präsidentin der KVF-NR, Edith Graf-Litscher (sp, TG), begrüsste hingegen die kurzfristigen Massnahmen.

Die Doppelvakanz bei den Bundesratsersatzwahlen 2018 liess auch Spekulationen um eine neue Verteilung der Departemente ins Kraut schiessen. «Bundesratskrimi, zweiter Teil», wurden die Diskussionen um eine mögliche sogenannte grosse Rochade etwa in der Aargauer Zeitung betitelt. «Der wirkliche Krimi folgt erst», stimmte auch die NZZ in die Spektakularisierung der Departementsverteilung ein. Vor acht Jahren kam es letztmals dazu, dass gleich vier Departemente nach einer Bundesratsersatzwahl die Chefinnen und Chefs wechselten. Aufgrund der Rücktritte von Doris Leuthard und Johann Schneider-Ammann wurden aktuell das UVEK und das WBF frei. Spekuliert wurde, ob Alain Berset das EDI abgeben wolle. Es wurde ihm in den Medien nachgesagt, dass er schon bei den Ersatzwahlen 2017 gerne ins EDA gewechselt wäre, ihm das damals, kurz vor der Abstimmung über die Reform der Altersvorsorge 2020, aber als Fahnenflucht ausgelegt worden wäre. Dieses Mal, und vor allem nach der Niederlage der Reform an der Urne, würde ein Wechsel mehr Sinn machen – so die Medien. Allerdings würde es dem amtierenden Aussenminister Ignazio Cassis, der als Bersets Nachfolger beim EDI gehandelt wurde, wohl als Schwäche ausgelegt, wenn er das EDA bereits nach einem Jahr und einem schwierigen Start vor allem im Europa-Dossier schon wieder abgeben würde. Alain Berset wurden in den Medien deshalb auch Präferenzen für das EFD nachgesagt. Dieses wurde allerdings seit den Gesamterneuerungswahlen 2015 von Ueli Maurer geführt, der damals vom VBS als erster SVP-Magistrat ins EFD gewechselt war und sich mit den Finanzen sehr wohl zu fühlen schien. Das EFD würde also wohl nur frei, wenn Ueli Maurer zurücktreten würde, war man sich in der Presse einig. Die Frage war, ob sich Alain Berset auch für das WBF oder das UVEK würde erwärmen können. Letzteres schien Simonetta Sommaruga zu reizen. Sie war bei der erwähnten letzten grossen Rochade und ihrer Wahl 2010 wohl eher gegen ihren Willen dem EJPD zugeteilt worden. Als ehemalige Konsumentenschützerin würde sie aber eher ins WBF passen, wobei die bürgerlichen Parteien aber wohl keine Genossin im Wirtschaftsdepartement wollten – so die Medien damals und heute. Sie habe wohl eher ein Auge auf das UVEK geworfen, was wohl auch ganz nach dem Geschmack der SP wäre, urteilte etwa die Aargauer Zeitung. Nach zwei Legislaturen sei der Zeitpunkt für einen Wechsel ideal, befand die Basler Zeitung. Ein offenes Geheimnis war, dass Guy Parmelin nach drei Jahren das VBS abgeben wollte, in dem er einige Male «kläglich aufgelaufen» sei (Aargauer Zeitung). Im WBF oder seinem erklärten Wunschdepartement, dem EDI, würde er sich wohler fühlen, so die Medien, obwohl ihm das «Verlassen einer Baustelle», wie sich Isidor Baumann (cvp, UR) zu Wort meldete, wohl übel genommen würde. Er solle zuerst Nägel mit Köpfen machen, wurde auch im St. Galler Tagblatt gefordert. Würde Parmelins Wechselgelüsten nachgegeben, würde dies wohl aber auch bedeuten, dass zum ersten Mal eine Frau – die neu gewählten Karin Keller-Sutter oder Viola Amherd – Chefin des VBS werden würde. Der «Blick» forderte, dass Karin Keller-Sutter im VBS aufräumen solle. Da es der Wirtschaft gut gehe, spiele es keine Rolle, wer gerade Wirtschaftsminister sei. Parmelin könne sich als Winzer im WBF mit den Bauern herumschlagen. Die Ausgangslage berge auf jeden Fall Konfliktpotenzial, prognostizierte die Aargauer Zeitung.

In der Tat dauerte der «valse à plusieurs temps», wie der Quotidien Jurassien die Verhandlungen um die Besetzung der Departemente nannte, ungewöhnlich lange. Die Leitung der Diskussionen um die Departementsverteilung oblag dem amtierenden Bundespräsidenten Alain Berset. Er sprach nach der ersten Bundesratssitzung, nach der in der Regel die Verteilung bereits bekannt gegeben wird, von einer «ersten Diskussion», die in der darauffolgenden Woche weitergeführt werde. Berset wolle wohl den Fehler von 2010 nicht wiederholen, wo die Departementsverteilung zu einem grossen Krach auch zwischen den Parteien geführt hatte. Zwar kann das Bundesratskollegium per Mehrheitsentscheid beschliessen, wer welchem Departement vorstehen soll, dies wollte Berset aber augenscheinlich vermeiden. Der Noch-Nichtentscheid liess die Medien spekulieren, dass wohl mehrere Bundesratsmitglieder auf das gleiche Departement (WBF) schielten und «niemand scharf auf das VBS» sei, so die Aargauer Zeitung. Der Blick wusste von einem «überraschend heftigen Streit» in dieser ersten Sitzung zu berichten, weil die beiden Neuen selbstbewusst ihre Ansprüche angemeldet hätten. Übers Wochenende wurden die Spekulationen weiter angeheizt: Die SVP liess laut Tages-Anzeiger verlauten, dass nach 23 Jahren, in der das VBS ununterbrochen von der SVP geführt worden sei, eine andere Partei an der Reihe sei. Die FDP argumentierte, dass sie schon das wenig einflussreiche EDA habe und nicht auch noch das VBS haben wolle – so der Tages-Anzeiger weiter. Zudem prognostizierte er, dass das «SVP-/FDP-Powerplay» dazu führen dürfte, dass Viola Amherd wohl ins unbeliebte VBS versetzt würde.

Am Montag gab der Bundesrat dann eine grosse Rochade bekannt. Simonetta Sommaruga wechselte ins UVEK und Guy Parmelin ins WBF. Karin Keller-Sutter übernahm das EJPD und Viola Amherd wurde «erste Frau an der VBS-Spitze» (NZZ). Nach acht Jahren im EJPD sei der richtige Zeitpunkt gekommen, in einem anderen Bereich noch einmal etwas zu bewegen, begründete Simonetta Sommaruga ihren Wechsel. Das VBS gehöre nicht einer einzigen Partei, gab Guy Parmelin den Medien bekannt, er sei zudem nicht der erste Bundesrat, der vor Vollendung des vierten Amtsjahres sein Amt wechsle. Über die Verteilung des VBS und des EJPD wurde laut Bundesratssprecher im Gremium abgestimmt, da beide Neo-Bundesrätinnen das Justiz- und Polizeidepartement präferiert hätten.

In den Medien wurde die Rochade als «misslungener Neustart» (NZZ) beurteilt und als «schwarzer Tag für die Mitte». Die SP und die SVP verfügten nun über Schlüsseldepartemente, während FDP und CVP mit dem VBS und dem EJPD Vorlieb nehmen müssten – so etwa das St. Galler Tagblatt. Es sei ein «merkwürdiger Bundesrat» (Aargauer Zeitung) und eine Rochade, die nicht überzeuge (Tages-Anzeiger), da zwar Konkordanz gepredigt werde, aber schon beim ersten wichtigen Entscheid keine konsensuale Lösung gefunden worden sei. Kritisiert wurde insbesondere Guy Parmelin, der «einer der Hauptverursacher der Missstimmung» sei (Blick) und dem «Fahnenflucht» (Tages-Anzeiger) vorgeworfen wurde. Dass ein SVP-Mann mit den Gewerkschaften einen Kompromiss bei den flankierenden Massnahmen suche, werde wohl schwierig – so die Aargauer Zeitung. Auch der Konflikt zwischen Agrar- und Exportwirtschaft, zwischen Protektionismus und Freihandel, der das WBF präge, werde wohl kaum von einem «ehemaligen Weinbauern» (NZZ) gelöst werden können. In der FDP war der Unmut gross, dass man das wichtige Wirtschaftsdepartement an die SVP abgeben musste. Allerdings wurde auch die erste Verteidigungsministerin gefeiert. Es sei eine Chance dafür, dass das VBS nun im 21. Jahrhundert ankomme, gab etwa CVP-Parteipräsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) den Medien zu Protokoll. Überdies werde die Departementsverteilung wohl überschätzt: «Wer welches Departement führt, interessiert nebst den Politikern nur die Journalisten».

Seit 1959 übernimmt der Bund Bürgschaften für Hochseeschiffe, die unter Schweizer Flagge verkehren. Diese erlauben es den Reedereien, günstige Kredite zum Kauf von Schiffen aufzunehmen, so dass diese die wirtschaftliche Landesversorgung der Schweiz mit wichtigen Gütern und Rohstoffen im Krisenfall sicherstellen können. Über die Jahre wurde diese Schweizer Handelsflotte aufgebaut und durch immer weitere Bürgschaften auf 49 Schiffe vergrössert – was die Schweiz zum Binnenland mit der grössten Hochseeflotte macht. 1997 wurde der Bürgschaftskredit von anfänglich CHF 350 Mio. auf 600 Mio., 2007 dann auf CHF 1.1 Mrd. erhöht, womit Bürgschaften in der Höhe von etwa CHF 800 Mio. vergeben wurden.
Noch 2007 sah der Bundesrat in seiner Botschaft ans Parlament eine eigene Handelsflotte als reales versorgungspolitisches Bedürfnis, wobei es nicht nur um die Sicherung des Nachschubs an Rohstoffen, sondern auch um die Sicherung des eigenen Wirtschaftsstandortes gehe. Da der Bund durch die Schifffahrtsförderung bis dahin nie Verluste erlitten hatte und gegenüber dem Eigner im Schadensfall unter anderem erstrangiges Schiffspfandrecht und Anrecht auf sämtliche Leistungen aus den Schiffsversicherungen habe, sei das Risiko des Bundes „als ausserordentlich gering einzustufen", erklärte der Bundesrat im Rahmen der Erneuerung des Bürgschafts-Rahmenkredits 2007. Durch die Verteuerung des Schiffsraums um 50 Prozent sei die Erneuerung der Flotte, wie sie 2002 beschlossen worden war, ohne die Aufstockung des Kredits und der Verlängerung von dessen Laufzeit nicht möglich. Das Parlament stimmte dieser Einschätzung damals grossmehrheitlich zu und erhöhte den Bürgschaftskredit (Ständerat: 28 zu 0 Stimmen, Nationalrat: 153 zu 2 Stimmen).
Im Jahr 2010 stellte die EFK gemäss einem Bericht in der NZZ keinerlei Probleme oder Mängel bei der Vergabe der Bürgschaften für Schweizer Hochseeschiffe fest. Sie attestierte dem zuständigen Bundesamt für wirtschaftliche Landesversorgung (BWL) eine professionelle und sachdienliche Betreuung des Dossiers. Anschliessend verschlechterte sich aber die Situation der Reedereien rasch. Seit 2008 führte die Finanzkrise durch das rückläufige Handelsvolumen zu Überkapazitäten bei der maritimen Transportbranche, wodurch die Preise dramatisch sanken: Gemäss Anita Fetz (sp, BS) als Sprecherin der FK-SR kollabierte der Frachtpreis von einst 200'000 US-Dollar pro Tag auf 10'000 US-Dollar.
Im Sommer 2015 meldete das BWL, dass eine der durch den Bund abgesicherten Reedereien, die SCL-Gruppe, in einer „ernsten Liquiditäts- und Solvenzkrise" sei. Zu diesem Zeitpunkt begannen sich Bundesrat und Verwaltung aktiv zu engagieren, unter anderem änderte der Bundesrat die Verordnung über die Verbürgung von Darlehen zur Finanzierung schweizerischer Hochseeschiffe (SR 531.44), indem er grosszügigere Bestimmungen zur ausserordentlichen Verlängerung der Laufzeit sowie zur Wiederbeanspruchung der Bürgschaftsmittel für das gleiche Schiff erliess, gleichzeitig aber auch die Einflussmöglichkeiten des Bundes auf den Darlehensnehmer verstärkte. Zudem beauftragte der Bund mehrere Wirtschaftsberatungsunternehmen damit, Strategien für die Schweizer Schifffahrtsunternehmen zu entwickeln. Dadurch konnte die Situation mehrerer Reedereien stabilisiert werden. Ab Mitte 2015 informierte das WBF überdies die Finanzdelegation regelmässig über die Entwicklungen der finanziellen Risiken sowie der getroffenen Massnahmen. Im Sommer 2016 eruierte die EFK schliesslich ein „erhebliches Risiko", dass ein grosser Teil der Bürgschaften geleistet werden müsse. Dabei kam auch der Verdacht auf, dass es bei den Bürgschaften zu Betrug gekommen sei. So reichte Michel Huissaud, der Direktor der EFK, Strafanzeige gegen verschiedene Personen, auch gegen einen Mitarbeiter des BWL, ein. Die Bundesanwaltschaft konnte aber gemäss einem Bericht der Nordwestschweiz keinen hinreichenden Tatverdacht feststellen.
Ans Licht kamen die Probleme des Bundes mit der Hochseeflotte im Januar 2017 durch einen Zeitungsartikel der Nordwestschweiz. Diese berichtete, dass der Bund versuche, den unrentablen Teil seiner Hochseeflotte zu verkaufen. In einem an die Zeitung durchgesickerten geheimen Bericht erklärte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann dem Gesamtbundesrat, dass acht Frachter und vier Tanker der Reedereien SCL und SCT, für welche der Bund mit CHF 236 Mio. bürgt, dringend verkauft werden müssen, um den Konkurs der Unternehmen zu verhindern. Der Verkauf solle so schnell wie möglich geschehen, da der Bund für den Betrieb der Frachter Überbrückungskredite in der Höhe von bis zu CHF 33'000 pro Tag leisten müsse. Da dieser Notverkauf zu einem ungünstigen Zeitpunkt stattfinde, rechnete Bundesrat Schneider-Ammann mit einem Verlust von CHF 110 bis 125 Mio. Damit die Preise aufgrund des Verkaufsdrucks nicht noch weiter fallen würden, hatte der Bundesrat bis dahin bewusst auf eine Information der Öffentlichkeit verzichtet. Entsprechend erstattete Bundesrat Schneider-Ammann Anzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung.
In der Sommersession 2017 beantragte der Bundesrat einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio., worin der effektive Verlust von CHF 190 Mio. sowie CHF 25 Mio. als Reserve enthalten waren. In der Zwischenzeit hatten alle zwölf sowie ein weiteres unrentables Schiff verkauft werden können. Sowohl die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann, als auch Ständerätin Anita Fetz (sp, BS) betonten dabei die grossen Anstrengungen, welche das WBF und das EFD unternommen hätten, um einen noch grösseren Schaden durch den Konkurs der beiden Reedereien abzuwenden. Das Parlament interessierte in der Folge vor allem die Schuldfrage, betont wurde entsprechend die Wichtigkeit der bereits abgeschlossenen Administrativuntersuchung. Diese sollte klären, warum auf Seiten der Verwaltung erst so spät auf die Krise reagiert worden ist und wo allenfalls Fehler begangen worden sind. Bisher konnte der Bericht wegen Einsprachen betroffener Personen jedoch noch nicht veröffentlicht werden. Anita Fetz erklärte aber als Mitglied der Finanzdelegation, dass gemäss dem Bericht Aufsicht, Governance und Professionalität sehr schwach gewesen seien. Unter anderem sei die Bürgschaftsvergabe lange intransparent gewesen und nur durch eine Person beaufsichtigt worden. Zudem seien Reaktionen auf kritische Ereignisse lange ausgeblieben, obwohl spätestens 2011 klar gewesen sei, dass der Hochseeschiffhandel einbreche. Mehrere Parlamentarierinnen und Parlamentarier befürchteten nun, dass eine Annahme des Nachtragskredits vor Veröffentlichung des Berichts die gründliche Aufarbeitung des Falls verschleppen würde. Entsprechend hatte sich auch fast die Hälfte der Mitglieder der FK-NR bei der Vorbesprechung der Stimme enthalten. Die FK-NR empfahl die Annahme des Nachtragskredits entsprechend lediglich mit 13 zu 0 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Jedoch gaben sich National- und Ständerat In ihren Beratungen auch selbstkritisch: Mehrere Voten betonten, dass auch das Parlament durch seine unkritische Haltung im Jahr 2008 in der Verantwortung stehe und entsprechend jetzt die billigste Lösung – eine weitere Verzögerung würde pro Monat CHF 1 bis 2 Mio. kosten – akzeptieren solle. Entsprechend nahmen beide Räte den Nachtragskredit an. Der Ständerat sprach sich stillschweigend dafür aus, der Nationalrat hiess ihn mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Widerstand gegen den Nachtrag Ia stammte dabei vor allem von der SVP (Gegenstimmen) und der SP (Enthaltungen).
Allgemein gab der Bundesrat bekannt, dass der Bund sein Engagement in der Hochseeschifffahrt mittelfristig reduzieren wird. So habe der im Dezember 2016 erschienene Bericht zur versorgungspolitischen Bedeutung der Hochseeschifffahrt ergeben, dass eine „eigene Flotte kaum einen entscheidenden Mehrwert zur Versorgung der Schweiz mit lebenswichtigen Gütern leistet". Entsprechend beantragte der Bundesrat die Verlängerung des Rahmenkredites nicht mehr, die letzten Bürgschaften laufen somit spätestens 2031 aus. Vorerst seien jedoch gemäss Bundesrat Maurer noch immer Bürgschaften für Hochseeschiffe in der Höhe von CHF 550 Mio. bei fünf Schweizer Reedereien offen und „die Krise in der Hochseeschifffahrt [ist] noch nicht vorbei".

Nachdem sie im Frühling in Lausanne getagt hatte, hielt die Regierung im Sommer 2016 eine weitere Bundesratssitzung ‚extra muros‘ in Glarus ab. Auf dem Plan stand erneut ein Apéro mit der Bevölkerung, wo vor allem die Glarner Käsespezialität „Schabziger“ gereicht wurde, und ein anschliessendes Mittagessen mit dem Glarner Regierungsrat. Er mache da gerne mit, antwortete Bundesrat Johann Schneider-Ammann auf die Frage, ob die vielen Anfragen für Fotos aus der Bevölkerung nicht mühsam seien. Er habe sich daran gewöhnt, dass heute nicht mehr Autogramme, sondern Selfies gefragt seien.

Neuer Generalsekretär im Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF) wurde Stefan Brupbacher. Der zurücktretende FDP-Generalsekretär wurde damit rechte Hand von Wirtschaftsminister Johann Schneider-Ammann und Nachfolger von Monika Rühl, die neu das Direktorium des Wirtschaftsdachverbandes Economiesuisse übernahm.

Im Mai gab die Regierung an ihrer Medienkonferenz zu „Personenfreizügigkeit und Wohnungsmarkt“ bekannt, dass sie ihren marktwirtschaftlichen Kurs in der Wohnungspolitik weiterverfolgen werde. Laut Bundesrat Schneider-Ammann (fdp) reagiere der Wohnungsmarkt mit dem Bau von zusätzlichen Wohneinheiten angemessen auf die bestehenden Engpässe. Sollte der Wohnungsbau dennoch ein Überangebot an Wohnfläche zur Folge haben, würden die Preise entsprechend fallen. In den anstehenden Volksabstimmungen zur Begrenzung der Zuwanderung sah der Wirtschaftsminister keinen Grund zur Korrektur seiner Politik, obwohl diese unter dem Schlagwort „Dichtestress“ ebendiese Problematik thematisieren würden. Gleichwohl anerkannte der Bundesrat den aktuellen Mangel an erschwinglichen Wohnungen in Städten und Agglomerationen. Die zusätzliche Förderung von preisgünstigem Wohnraum solle im Gespräch mit Kantonen, Gemeinden und Städten geprüft werden. Im Sinne einer Justierung seiner aktuellen Politik sollen durch mögliche Anpassungen des Raumplanungsgesetzes weitere Fördermassnahmen zum günstigen Wohnungsbau eruiert werden. Weiter soll zur Verhinderung einer Preisspirale mit einer Mietrechtsrevision unter anderem ein Obligatorium zur Mietzins-Bekanntgabe des Vormieters geschaffen werden. Während der Hauseigentümerverband (HEV) den Beschluss auf Verzicht eines Eingriffes in die Mietzinsgestaltung explizit begrüsste, kritisierten SP, Grüne und der Schweizerische Mieterinnen- und Mieterverband (SMV) die Massnahmen als zu wenig griffig und kaum förderlich zur Steigerung der Akzeptanz der Personenfreizügigkeit.

Für das ab 2013 operative neue Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation (SBFI), welches durch einen Zusammenschluss des bis anhin dem EDI angehörenden Bundesamts für Bildung und Forschung und dem Bereich ETH mit dem Bundesamt für Berufsbildung und Technologie gebildet und neu im EVD (WBF) angesiedelt wurde, war eine dreiköpfige Direktion und elf Abteilungen vorgesehen. Neuer Staatssekretär des Bildungsamtes wurde Mauro Dell’Ambrogio. Im Vorfeld der Wahl hatte ein Vorschlag von Bundesrat Schneider-Ammann, einen Freund aus der eigenen Firma zum Chef des Bildungsamtes zu ernennen, für einigen Presserummel gesorgt.