Die beiden Räte beugten sich in der Wintersession 2021 über das zweite Massnahmenpaket zur Unterstützung des öffentlichen Verkehrs in der Covid-19-Krise. Im Nationalrat lag ein Minderheitsantrag auf Nichteintreten vor. Benjamin Giezendanner (svp, AG) erläuterte für diese Minderheit, dass ihm vor allem die geplante weitere Unterstützung des Schienengüterverkehrs ein Dorn im Auge sei. Hier gehe es nicht mehr darum, Covid-19-bedingte Ausfälle auszugleichen, sondern darum, «strukturelle Defizite zu decken, sei es bei der Alptransit Gotthard AG oder bei SBB Cargo». Der Nationalrat lehnte den Nichteintretensantrag der Minderheit jedoch ab. Ebenso erging es weiteren Minderheitsanträgen von linker und rechter Seite, welche eine Fortführung der Unterstützungsmassnahmen bis mindestens Ende 2022 (Pult; sp, GR) respektive eine kürzere Dauer der Unterstützung des touristischen Verkehrs (Giezendanner) verlangt hatten. Angenommen wurde hingegen ein weiterer Antrag Giezendanner, wonach die Betreiber touristischer Angebote zuerst alle Reserven aufbrauchen müssen, bevor sie Unterstützungsleistungen erhalten. Einstimmig angenommen wurde auch ein Antrag Romano (mitte, TI), die Vorlage dem fakultativen Referendum zu unterstellen. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Vorlage mit 131 zu 47 Stimmen bei 7 Enthaltungen deutlich an. Lediglich in der SVP-Fraktion gab es eine Nein-Mehrheit.
Der Ständerat befasste sich rund eine Woche später mit der Vorlage und folgte dem Nationalrat in fast allen Punkten. Einzig zu den Reserven der Betreiber touristischer Angebote vertrat die kleine Kammer eine andere Meinung. Sie entschied, dass diese Anbieter bereits Unterstützung erhalten sollen, wenn die Ausfälle grösser sind als ein Drittel der zwischen 2017 und 2019 gebildeten Reserven.
Diese Differenz konnte bereits zwei Tage später behoben werden, als der Nationalrat der Version des Ständerates folgte. Die beiden Räte stimmten der Vorlage in den Schlussabstimmungen deutlich zu. Die grosse Kammer tat dies mit 145 zu 44 Stimmen bei 6 Enthaltungen, die kleine Kammer mit 40 zu 0 Stimmen bei 4 Enthaltungen.

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2021 als Zweitrat mit dem Bundesgesetz über den unterirdischen Gütertransport. Kommisssionssprecherin Katja Christ (glp, BS) stellte die Vorlage vor. Sie ging ebenfalls auf das Projekt Cargo sous terrain (CST) ein, betonte aber, dass es sich beim vorliegenden Gesetzesentwurf nicht um eine Spezialgesetzgebung für CST handle: «Die Vorlage ist ein Ermöglichungsgesetz und hat zum Ziel, die rechtlichen Rahmenbedingungen für die Errichtung und den Betrieb weitgehend unterirdischer, kantonsübergreifender Gütertransportanlagen und den Betrieb von Fahrzeugen auf diesen Anlagen zu regeln.» Die Nationalrätinnen und Nationalräte, die sich im Plenum äusserten, sprachen dennoch insbesondere über CST und deckten dabei ein breites Spektrum von Meinungen ab. Neben der Grünliberalen Barbara Schaffner (glp, ZH), die von einer Chance sprach, um die Warenströme zu überdenken und «schlussendlich die Belastungen durch den Warentransport zu minimieren», empfahl auch Michael Töngi (gp, LU) im Namen der Grünen Partei, die Vorlage anzunehmen. Er betonte aber auch, dass die schiere Menge an versendeten Gütern ein Problem darstelle. Diese Menge müsse kleiner werden, während die dennoch versendeten Güter von fossil angetriebenen auf fossilfrei angetriebene Fahrzeuge verlagert werden solle. Hingegen äusserten Christian Wasserfallen (fdp, BE) und Benjamin Giezendanner (svp, AG) Zweifel an der Wirtschaftlichkeit von CST. Wasserfallen kritisierte, dass bis heute nicht klar sei, wie die Bepreisung der Güter, die transportiert werden sollen, vorgenommen werden soll. Eintreten war indessen bei allen Fraktionen unbestritten.
In der Detailberatung wurden einige Minderheitsanträge behandelt, die aber allesamt abgelehnt wurden: Die Minderheitsanträge Pasquier-Eichenberger (gp, GE) und Pult (sp, GR) verlangten, dass der Strom für den unterirdischen Transport der Güter aus erneuerbaren Energiequellen stammen müsse. Des Weiteren lagen vier Minderheitsanträge Bregy (cvpo, VS) vor, welche die Grundeigentümerinnen und -eigentümer bei Enteignungen besserstellen wollten. Trotz Ablehnung der Minderheitsanträge schuf der Nationalrat durch die Annahme von einigen Mehrheitsanträgen Differenzen zum Ständerat; so etwa beim Enteignungsverfahren, wo die grosse Kammer beschloss, dass Enteignungen erst stattfinden können, wenn dadurch die Interessen des Bundes und der bundesnahen Betriebe nicht markant negativ tangiert werden. Eine andere Differenz schuf der Nationalrat auch bezüglich der Frage, ob die RailCom über Streitigkeiten zur Preisberechnung entscheiden soll oder nicht. In der an die Detailberatung anschliessenden Gesamtabstimmung sprach sich der Nationalrat mit 137 zu 34 Stimmen (bei 15 Enthaltungen) für Annahme des Entwurfes aus. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten überwiegend von Mitgliedern der SVP-Fraktion.

Die Botschaft über die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur, der Systemaufgaben in diesem Bereich und zu Investitionsbeiträgen an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2021–2024 stand in der Herbstsession 2020 auf dem Programm des Nationalrats. Dieses Geschäft war im Grossen und Ganzen unbestritten. Es gab lediglich einen Minderheitsantrag Giezendanner (svp, AG), welcher den Bundesbeschluss über den Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur und der Systemaufgaben in diesem Bereich um CHF 493 Mio. kürzen wollte. Dieser Antrag fand aber ausserhalb der Reihen der SVP keine weiteren Stimmen.
In den Gesamtabstimmungen wurde das Geschäft mit 184 zu 7 Stimmen (erster Bundesbeschluss über den Betrieb, den Substanzerhalt und die Systemaufgaben) respektive mit 189 zu 3 Stimmen bei einer Enthaltung (zweiter Bundesbeschluss über die Investitionsbeiträge) deutlich angenommen. Die ablehnenden Stimmen stammten von einzelnen SVP-Mitgliedern.