En dernière lecture, le Conseil national s'est une nouvelle fois écharpé sur les quatre divergences restantes. Après avoir siégé, la CEATE-CN a proposé à sa chambre de suivre le Conseil des Etats sur deux aspects, tandis que deux propositions de minorités allaient dans le sens de la chambre haute. Au final, la chambre du peuple a décidé de s'aligner sur deux points avec sa chambre sœur.
Tout d'abord, et à une voix près (92 contre 91 et 2 abstentions), l'autorisation de chasser le loup dans les districts francs – appelés dans la nouvelle loi «zones de protection de la faune sauvage» – lorsque diverses conditions sont remplies a été entérinée. Franz Ruppen (udc, VS) a défendu cette proposition de minorité, argumentant que les loups risquaient de se réfugier et de se multiplier dans ces zones s'il était décidé d'en faire des lieux intouchables. Le loup doit pouvoir être régulé et ceci sur tout le territoire, a-t-il avancé. Sans quoi, on ne pourrait pas atteindre les objectifs de régulation. Silva Semadeni (ps, GR) a défendu une position radicalement différente, dénonçant les partisans d'une éradication des loups. Pour elle, la solution est à chercher dans une protection accrue des troupeaux; mesures qui ont fait leurs preuves selon l'élue socialiste. Une majorité de la commission s'était pourtant prononcée pour le maintien de la divergence, principalement pour des raisons politiques, celle-ci redoutant le lancement d'un référendum. Mais également pour une raison d'ordre scientifique: ces zones de protection étant explicitement prévues pour la reproduction des proies et des prédateurs, un équilibre naturel peut se créer, comme expliqué par le député Müller-Altermatt (pdc, SO).
Ensuite, par 91 voix contre 86 et 1 abstention, les député.e.s ont suivi l'avis de la majorité qui proposait de s'aligner sur la décision du Conseil des Etats qui ne souhaitait pas imposer au Conseil fédéral l'obligation de consulter les milieux concernés en cas de dégâts provoqués par des espèces protégées. Celui-ci ne devra que consulter les cantons touchés, comme inscrit dans le droit en vigueur.
Le Conseil national a, au contraire, décidé de maintenir deux divergences qui devront donc être résolues dans le cadre d'une conférence de conciliation.
Il s'agit, premièrement, de l'article 4 de la LChP qui traite des conditions d'obtention du permis de chasse. La chambre basse continue de souhaiter une relative harmonisation de celles-ci entre les cantons, ce que la chambre des cantons n'a cessé de refuser. De plus, une proposition émanant de Lorenz Hess (pbd, BE) souhaitait abroger l'alinéa 3 du droit en vigueur qui prévoit l'octroi d'une autorisation de chasse de quelques jours. Ces deux points ont été acceptés tacitement par les élu.e.s. Pour Simonetta Sommaruga, conseillère fédérale en charge du dossier, cette décision est à voir comme une tentative de compromis à l'égard du Conseil des Etats. Et deuxièmement, les député.e.s ont décidé de soutenir, par 99 voix contre 74, la proposition de la minorité Ruppen de conserver la lettre c de l'article 7a, alinéa 2 qui précise que des animaux protégés peuvent être régulés à des fins de «préservation de populations sauvages adaptées au niveau régional».
Durant ce débat, Silva Semadeni ainsi que Bastien Girod (verts, ZH) ont annoncé que leurs groupes respectifs – le PS et les Verts – rejetteraient la présente révision.

Le Conseil national règle à son tour les divergences subsistantes quant à la modification de la loi sur la chasse. Sur les 5 points de désaccord entre les deux chambres, les députées et députés ne sont tombés qu'une seule fois d'accord avec les sénateurs et sénatrices. Ils suivent en effet la minorité Girod (verts, ZH) et Müller-Altermatt (pdc, CN) qui demandait la suppression du castor de la liste des animaux protégés pouvant être chassés durant une période déterminée. La chambre basse maintient toutes les autres divergences, que ce soit sa volonté d'en rester à la proposition du Conseil fédéral d'établir une reconnaissance mutuelle des permis de chasse entre cantons (93 voix contre 88 et 2 abstentions), la mention de la préservation de populations sauvages justifiant l'autorisation de régulation d'espèces protégées (loups, bouquetins, etc.), le refus – par 94 voix contre 89 et 2 abstentions – d'autoriser exceptionnellement la chasse du loup dans les districts francs si celui-ci est nuisible à ces lieux (biotopes, conservation de la diversité des espèces, etc.) ainsi que sa volonté que le Conseil fédéral consulte les milieux concernés, en plus des cantons, afin de déterminer la liste des espèces protégées qui, si elles provoquent des dégâts aux forêts, aux cultures, etc. donnent droit à des indemnités. Ces quatre divergences seront donc reprises pour une troisième lecture au Conseil des Etats.

Prenant acte de l'acceptation de deux motions identiques lancées par Sylvia Flückiger-Bäni (udc, AG) pour la chambre basse (17.3843) et Peter Föhn (udc, SZ) pour la chambre haute (17.3855), le Conseil fédéral propose de modifier la loi sur l'environnement afin d'interdire la mise sur le marché de bois récolté illégalement. Comme expliqué au plénum par le rapporteur francophone de la CEATE-CN, Jacques Bourgeois (plr, FR), les deux motions avaient pour visée de rendre le droit suisse en la matière compatible avec le droit européen. En effet, actuellement, les exportateurs de bois suisse sont pénalisés par des entraves au commerce. Une reprise de la législation européenne permettrait ainsi d'éviter de contrôler 96 pourcents des importations concernées. L'autre intérêt est d'ordre écologique, comme expliqué par le rapporteur germanophone de la commission, Bastien Girod (verts, ZH). Il énumère les problèmes liés à une déforestation non contrôlée des forêts tropicales, notamment la perte de biodiversité, le réchauffement climatique et la désertification des zones défrichées. L'écologiste précise que la commission a ajouté deux aspects au projet du Conseil fédéral. Premièrement, elle souhaite conserver l'actuelle obligation faite aux commerçant.e.s d'informer les consommateurs et consommatrices de l'origine et du type du bois utilisé. Et deuxièmement, elle propose d'habiliter le Conseil fédéral à définir des exigences pour la mise sur le marché d'autres produits et matières premières pouvant avoir un impact négatif sur l'environnement – l'huile de palme étant pris comme exemple. L'exécutif se verrait même le droit d'interdire l'importation de certains produits. Ceci fait écho aux nombreux débats sur l'huile de palme et les accords de libre-échange facilitant son importation.
Alors que le projet du Conseil fédéral ne trouve pas d'opposition au sein de la chambre du peuple, la deuxième proposition formulée par la majorité de la commission ne fait pas l'unanimité, le groupe de l'UDC estimant que cet ajout est de trop, comme expliqué par Hansjörg Knecht (udc, AG). Les deux motions, dont débouchait le projet initial de l'exécutif, ne mentionnent à aucun moment d'autres produits que le bois. Adèle Thorens (verts, VD), prenant la parole au nom du groupe des Verts, considère que cette disposition est cohérente avec le reste du projet, le bois n'étant pas la seule matière première importée pouvant avoir un impact environnemental néfaste à l'étranger. L'acceptation de cette disposition permettrait de plus au Conseil fédéral d'agir rapidement afin d'interdire ou de limiter l'importation d'autres produits qui se révéleraient problématiques.
L'exécutif se montre favorable à cet ajout. La conseillère fédérale en charge des questions environnementales, Simonetta Sommaruga, explique, en effet, que cette disposition est similaire aux propositions que le Conseil fédéral avait formulées dans le contre-projet à l'initiative «Pour une économie verte»; qui avait été finalement refusé par le parlement. Elle tient à souligner qu'avant d'interdire tout produit, l'exécutif va toujours chercher, en premier lieu, à résoudre les situations problématiques avec les acteurs économiques concernés par le biais de mesures volontaires et incitatives.
Lors du vote, une majorité du parlement (101 voix contre 76 et 2 abstentions) soutient l'ajout de cette disposition octroyant plus de compétences au Conseil fédéral, l'ensemble de la gauche et des partis du centre y étant favorable. Des voix éparses de soutien sont également à trouver dans les rangs de l'UDC et du PLR. Lors du vote sur l'ensemble, seuls trois députés (2 UDC et 1 PLR) s'opposent au projet, qui passe donc aux mains du Conseil des Etats.

In der Differenzbereinigung zur Energiestrategie 2050 lag der Ball in der Herbstsession 2016 wieder beim Nationalrat. Dieser entschied, das Richtziel von einem Zubau von 11 Terrawattstunden Strom aus erneuerbaren Quellen vom Ständerat zu übernehmen und damit eine Differenz beizulegen. Eine Minderheit Girod (grüne, ZH) hatte verlangt, am höheren Richtziel von 14,5 Terrawattstunden festzuhalten, unterlag im Plenum aber mit 132 zu 57 Stimmen. Mit 100 zu 88 Stimmen entschied der Rat, in Artikel 14 Abs. 3 entgegen dem Ansinnen von Bundesrat, Ständerat und einer Minderheit Fässler (cvp, AI) daran festzuhalten, das Wort "grundsätzlich" nicht aufzunehmen - es ging um die Frage, ob Nutzungs- und Schutzinteressen als "gleichrangig" oder "grundsätzlich gleichrangig" zu bezeichnen seien. Gestritten wurde im Rat darüber, ob diese Differenz nun ein semantisches Detail sei oder doch über grosse Tragweite verfüge - einer Mehrheit erschien das Wort zumindest bedeutsam genug, um eine Differenz zum Ständerat beizubehalten.
Eine gewichtige Differenz zum Ständerat blieb bei den Steuerabzügen für Gebäudesanierungen bestehen: Der Nationalrat entschied, dass Abzüge auf drei Steuerperioden verteilt werden können. Der Nationalrat erhielt drei weitere, geringfügige Differenzen aufrecht: Er strich die Möglichkeit von Auktionen aus Artikel 22 Absatz 2, entfernte Biogas aus dem Artikel 46 Absatz 3a und verzichtete auf die Zulassung von Sonderregelungen für Kleinproduzenten bei den Netznutzungstarifen in Artikel 14 Absatz 3c des Stromversorgungsgesetzes. Damit gab die grosse Kammer die Vorlage mit fünf Differenzen zurück an den Ständerat.
Noch bevor das Differenzbereinigungsverfahren beendet war und die Vorlage in die Schlussabstimmung kam, bekundete die SVP ihren Willen, das Referendum gegen die Energiestrategie 2050 zu ergreifen - allerdings nur, wenn sich die Wirtschaftsverbände am Referendum beteiligten. Von Medien danach gefragt, gaben sich Vertreter von Wirtschaftsverbänden zurückhaltend: Die bürgerliche Mehrheit im Parlament habe schon einiges an der Vorlage korrigiert und man könne mit dem Verbliebenen leben.

In der Sommersession gab der Ständerat zudem seine Empfehlung zur Offroader-Initiative ab. Eine links-grüne Kommissionsminderheit gab sich zwar zufrieden mit dem indirekten Gegenvorschlag, welcher mit dem festgehaltenen Zielwert von durchschnittlich 130 g CO2/km sogar weiter ging als die in der Initiative enthaltene Forderung. Dennoch beantragte sie die Annahme der Initiative, welche unter anderem zusätzliche Bestimmungen zur Erhöhung der Verkehrssicherheit enthalte. Der Antrag blieb jedoch chancenlos und so beschloss der Ständerat mit 32 zu 8 Voten, die Initiative dem Volk zur Ablehnung zu empfehlen. Im Nationalrat wurde die Empfehlung mit 124 zu 62 Stimmen unter vollständiger Opposition der SP und der Grünen verabschiedet. Drei Monate nach dem Parlamentsbeschluss gab das Initiativkomitee unter der Leitung von Bastien Girod (gp, ZH) den bedingten Rückzug der Initiative bekannt. Dieser erlangt seine Gültigkeit, wenn der Gegenvorschlag nach Verstreichen der Referendumsfrist in Kraft tritt. Nicht erfreut über diesen Entschluss zeigten sich die Jungsozialisten. Sie beschuldigten die Initianten, sich der Automobillobby zu fügen. Trotzdem ergriff der Verband Freier Autohandel Schweiz (VFAS) das Referendum, zog es jedoch im Oktober wieder zurück. Nach Ablauf der Anhörungsfrist zur CO2-Ausführungsverordnung hatten sich die Bedenken des Verbandes zerstreut. Der Bundesrat beschloss, den 1. Juli 2012 als Stichtag für die Autoimporteure festzulegen, womit die Änderung ein halbes Jahr später als angekündigt in Kraft treten wird. Dies wiederum erzürnte die Jungen Grünen, für welche die Aussicht auf rasche Umsetzung des Gegenvorschlages den Hauptgrund für den Rückzug der Initiative dargestellt hatte.