Zum Sonderbeauftragten für Staatsschutzakten wählte der Bundesrat den Präsidenten der PUK, Nationalrat Leuenberger (sp, ZH). Nachdem ein vom Büro des Nationalrates angefordertes Gutachten rechtliche Bedenken gegen die Ausübung dieses Amtes durch einen Parlamentarier angemeldet hatte, gab Leuenberger sein Mandat zurück. An seiner Stelle übernahm der ehemalige Luzerner Regierungsrat Walter Gut (cvp) das Amt. Leiter der Ombudsstelle blieb der im Vorjahr ernannte alt Bundesrichter Arthur Haefliger.

Verordnung und Bundesbeschluss über die Regelung der Einsicht in Fichen
Dossier: Der Fichenskandal und seine Folgen

Die meisten Medien, aber auch eine weitere Öffentlichkeit reagierten mit Bestürzung und Empörung auf die von der PUK publik gemachten Zustände in der Bundesanwaltschaft. In der Fragestunde vom 4. Dezember verlangten 49 Nationalrätinnen und Nationalräte vom Vorsteher des EJPD Auskunft darüber, ob über sie eine Fiche geführt werde. Eine Woche nach der Publikation des Berichtes hatten zudem 800 Bürgerinnen und Bürger Einsicht in ihre Fiche gefordert, nach zwei Wochen war die Zahl der Auskunftsbegehren bereits auf 10'000 angestiegen. Bundesrat Koller sicherte zu, dass die Fichen – allerdings ohne Angaben über Quellen und laufende Verfahren – auf Verlangen eingesehen werden könnten; zur Lösung von Streitfällen setzte er Alt-Bundesrichter Häfliger als Ombudsmann ein.

Erste Reaktionen zum Fichenskandal nach Erscheinen des Kopp-PUK-Berichts
Dossier: Der Fichenskandal und seine Folgen

Im Zusammenhang mit dem Rücktritt von Bundesrätin Kopp wurden im Parlament und in einigen Medien auch gegen Bundesanwalt Rudolf Gerber massive Anschuldigungen erhoben. Er habe es nicht bloss versäumt, dem Verdacht auf Amtsgeheimnisverletzung durch alt-Bundesrätin Kopp nachzugehen, sondern sei auch mitverantwortlich für Ermittlungspannen bei der Bekämpfung des internationalen Drogenhandels. Die GP, die SP sowie die SVP, aber auch der freisinnige Nationalrat Cincera (ZH), forderten den Rücktritt von Gerber. Der vom Bundesrat mit der Untersuchung des Verhaltens des Bundesanwaltes betraute Alt-Bundesrichter Häfliger stellte in einem am 6. März veröffentlichten Zwischenbericht zwar Unterlassungen fest, die ein Disziplinarverfahren rechtfertigen würden, fand aber keine Anhaltspunkte für die behauptete Protektion von Drogenhändlern. Bundesanwalt Gerber wurde vom Bundesrat mit sofortiger Wirkung beurlaubt und erklärte seine Demission auf den 1. September.
Der vom Bundesrat mit der Durchführung der Disziplinaruntersuchung beauftragte Hans Dressler kam zum Schluss, dass Bundesanwalt Gerber zwar Fehler begangen habe und in einem Fall (unkorrektes Communiqué zur Wiederlegung der Vorwürfe gegen den ehemaligen Chef der Zentralstelle der Betäubungsmittelbekämpfung) der Tatbestand der Dienstpflichtverletzung erfüllt sei. Diese sei aber nicht derart gravierender Art gewesen, dass eine Disziplinarstrafe angebracht sei. Der Bundesrat schloss sich dieser Empfehlung an, rügte aber noch speziell die späte Eröffnung eines Ermittlungsverfahrens gegen alt-Bundesrätin Kopp.

PUK zur Untersuchung der Affäre Kopp (PUK-I; BRG 89.006)
Dossier: Affäre Kopp
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