Ende Februar bestimmten die Appenzell Ausserrhoder Stimmberechtigten im zweiten Wahlgang Regierungsrat Hans Altherr (fdp) zum Ständerat für den in den Bundesrat gewählten Hans-Rudolf Merz (fdp). Altherr setzte sich mit 52% der Stimmen gegen die parteilose, von SP, CVP und EVP unterstützte Oberrichterin Jessica Kehl (48%) durch. Die Beteiligung erreichte 45,7% – nur rund 9 Prozentpunkte weniger als im ersten Durchgang vom 8. Februar, als gleichzeitig umstrittene eidgenössische, teilweise auch kommunale Sachvorlagen zur Abstimmung gelangt waren und als zudem der nun nicht mehr antretende SVP-Kantonalpräsident Jakob Freund (Nationalrat 1995-2003) und der wild kandidierende ehemalige Landammann Hans Höhener (fdp) noch mit im Ständeratsrennen waren.

Ständerat Otto Schoch (fdp) kündigte seine Demission auf den Herbst 1997 an. Für seine Nachfolge brachte die FDP einen Zweiervorschlag, bestehend aus den amtierenden Regierungsmitgliedern Landammann Hans Höhener und Finanzdirektorin Marianne Kleiner. Drei Wochen später zog Kleiner ihre Kandidatur zurück. Dafür kandidierte neu der am Verkauf der tief verschuldeten Kantonalbank beteiligte Unternehmensberater Hans-Rudolf Merz, der als Überparteilicher von SVP, CVP und einzelnen FDP-Ortsparteien sowie dem Gewerbeverband unterstützt wurde. In einem für Ausserrhoden ungewöhnlich heftigen Wahlkampf wurde Merz als politischer Quereinsteiger präsentiert, während Höhener das Etikett des seit 25 Jahren amtierenden Berufspolitikers angehängt wurde. Zudem wurde erneut die Frage aufgeworfen, wie stark die Kantonsregierung, und damit auch Höhener, Mitschuld am Kantonalbank-Debakel trägt, während Merz als eigentlicher Retter von Kantonsvermögen dargestellt wurde. Bei der erstmals seit über 120 Jahren wieder "im Ring" durchgeführten Ständeratswahl - die zugleich die letzte war, da die Landsgemeinde kurz darauf abgeschafft wurde - erhielt Merz klar die meisten Stimmen. Er schloss sich im Ständerat der FDP-Fraktion an.

In Appenzell Ausserrhoden trat Hans Höhener (fdp) zurück, um für den freiwerdenden Ständeratssitz zu kandidieren. Die FDP, die nach den Wirren um die verschuldete Kantonalbank die Möglichkeit diskutiert hatte, auf eine Kandidatur zu verzichten und damit vermehrt andere Parteien in die Regierungsverantwortung einzubeziehen, nominierte als Nachfolger von Höhener schliesslich den Parteilosen Gebi Bischof. SP und SVP erhoben aber ebenfalls Anspruch auf den Regierungssitz. Während die SP Paul Vuilleumier portierte, der auch vom Bunten Ausserrhoden, dem Landesring sowie dem Gewerkschaftsbund unterstützt wurde, schickte die SVP Heinz Brunner ins Rennen. Gewählt wurde an der Landsgemeinde der Parteilose Bischof. Damit hält die FDP erstmals seit 1913 nicht mehr sechs der sieben Regierungsmandate.

Die Ausserrhoder Landsgemeinde in Trogen, erstmals mit Frauenbeteiligung, wählte in einem spannenden Ausscheidungskampf Ernst Graf (fdp) als Nachfolger für Hans Mettler (fdp) in die Regierung. Er hatte überraschend starke Konkurrenz von der parteilosen Elisabeth Eschler erhalten. Als neuer Landammann wurde Hans Höhener (fdp) gewählt.