Zwei Tage nach dem Ständerat verhandelte auch der Nationalrat erneut über die Verpflichtungskredite ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Nachdem der Ständerat an der Differenz festgehalten hatte, beantragte auch die Kommissionsmehrheit der KVF-NR Festhalten: Die umstrittene Umfahrung Oberburg war ursprünglich im Nationalrat auf Antrag der KVF-NR ins Programm aufgenommen worden und die Kommissionsmehrheit sah keinen Grund, von ihrer Haltung abzurücken. Ein Minderheitsantrag Hadorn (sp, SO) verlangte die Zustimmung zum Ständerat und damit das Fallenlassen der Umfahrung Oberburg. Gestritten wurde im Plenum hauptsächlich über den Baubeginn in Oberburg: Während Bundesrätin Sommaruga betonte, dass der Bau auch bei Aufnahme ins Programm nicht vor 2022/2023 beginne, vertrat Nationalrat Grunder (bdp, BE) die Ansicht, bei diesem Termin handle es sich um die sichtbaren Bauarbeiten, die Vorarbeiten inklusive dem Bau der Tunnelbohrmaschine würden sofort beginnen, weshalb eine Nicht-Aufnahme ins Agglomerationsprogramm eben doch zu Verzögerungen führen würde.
Obschon die Verkehrsministerin wie in bisher jeder Debatte zum Geschäft erneut die Wichtigkeit der Gleichbehandlung aller Regionen beschwor und bei der Umfahrung Oberburg eine Bevorzugung gegenüber Projekten in Schwyz, St. Gallen, Basel Stadt und Genf ausmachte, stimmte der Nationalrat mit 131 gegen 56 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auch dieses Mal für Festhalten.

Eine Woche, nachdem die Debatte zu den Nationalstrassen 2020-2023 unterbrochen worden war, nahm der Nationalrat das Geschäft wieder auf. Die grosse Kammer hatte den Bundesbeschluss zum Ausbauschritt 2019 in ihrer ersten Sitzung um drei Projekte ergänzt (Bodensee-Thurtal-Strasse, Zürcher-Oberland-Autobahn und Muggenbergtunnel), konnte jedoch den Betrag für den Verpflichtungskredit nicht festlegen, da die Kosten dieser Projekte noch nicht bekannt waren. Die Behandlung des Bundesbeschlusses zum Verpflichtungskredit wurde deshalb ausgesetzt, das Geschäft ging zurück an die Kommission. Die KVF-NR schlug vor, einen Verpflichtungskredit von CHF 5,651 Mrd. zu beschliessen – der Bundesrat hatte eine Milliarde weniger vorgesehen – und zudem einen Passus aufzunehmen, wonach dem Parlament ein weiterer Verpflichtungskredit vorgelegt werde, sobald die Kosten der zusätzlich aufgenommenen Projekte beziffert werden können.
Bei der Fortsetzung der Debatte in der grossen Kammer wurde der Kommissionsvorschlag unterschiedlich aufgenommen. Mitglieder der Grünen, der SP und der GLP kritisierten in erster Linie den Umstand, dass drei Projekte in den Ausbauschritt 2019 aufgenommen worden waren, deren Vorprüfung durch das ASTRA noch nicht erfolgt war und die damit quasi auf einer «Überholspur unseriöser Art» (Jürg Grossen) an anderen, von den Kantonen auf dem regulären Weg vorgebrachten Projekten vorbeigeschleust würden. Jürg Grossen (glp, BE) zeigte sich «fassungslos», Michael Töngi (gp, LU) sprach von einem «Schlamassel», Philipp Hadorn (sp, SO) von einem «Chaos» und von fehlendem finanzpolitischem Verantwortungsbewusstsein. Voten zur Verteidigung der aufgenommen Projekte gab es keine, dafür wurde Nationalrat Grossen mit kritischen Fragen zu seinem persönlichen Mobilitätsverhalten bedacht. Bundesrätin Sommaruga drückte ihre Hoffnung aus, dass der Ständerat den Ausbauschritt 2019 korrigieren werde, sie sei «zuversichtlich, dass wir zu unseren bewährten Prozessen zurückkehren können».
Eine Mehrheit folgte der Kommission und nahm den Verpflichtungskredit in der Höhe von CHF 5.651 Mrd. mit 131 gegen 48 Stimmen (10 Enthaltungen) an. Für den Passus eines weiteren Verpflichtungskredits betreffend die zusätzlichen Projekte stimmten 130, dagegen 55 Ratsmitglieder (4 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung wurde das Geschäft mit 131 gegen 57 Stimmen (1 Enthaltung) angenommen und an den Ständerat geschickt.

Mit seiner Botschaft zum Ausbauschritt 2019 STEP Nationalstrassen unterbreitete der Bundesrat im September 2018 dem Parlament drei Bundesbeschlüsse: Den Bundesbeschluss über den Zahlungsrahmen Nationalstrassen 2020–2023 für Betrieb, Unterhalt und Ausbau im Sinne von Anpassungen, den Bundesbeschluss über den Ausbauschritt 2019 für die Nationalstrassen sowie den Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für grössere Vorhaben im Nationalstrassennetz, für den Ausbauschritt 2019 und für die Planung von noch nicht beschlossenen Projekten.
Der Zahlungsrahmen für Betrieb und Unterhalt der Nationalstrassen für 2020-2023 beläuft sich in der Fassung des Bundesrates auf CHF 8.156 Mrd. Mit dem Ziel der Kapazitätserweiterung beantragte der Bundesrat dem Parlament den Beschluss des Ausbauschrittes 2019 aus dem Strategischen Entwicklungsprogramm (STEP) Nationalstrassen. Für grössere Vorhaben (insbesondere für den Bau der zweiten Röhre im Zuge der Sanierung des Gotthard-Strassentunnels), für die Finanzierung des Ausbauschrittes 2019 sowie für die Planung noch nicht beschlossener Projekte beantragt der Bundesrat einen Verpflichtungskredit von CHF 4.651 Mrd. Für den Ausbauschritt 2019 sah der Bundesrat die Projekte Kapazitätserweiterung Crissier, Bypass Luzern inkl. Ergänzung Süd (Kriens–Hergiswil) und Ausbau Nord (Kapazitätserweiterung Rotsee–Buchrain), sowie die Umfahrung Le Locle vor.
Die KVF-NR stimmte den vorgesehenen Projekten zu, beschloss aber, weitere Vorhaben in den Ausbauschritt 2019 aufzunehmen: Die Umfahrung La Chaux-de-Fonds und die Umfahrung Näfels seien baureife Projekte, die bereits mit der Annahme des NAF beschlossen worden seien und aus der Übernahme des sogenannten neuen Netzbeschlusses resultierten. Eine Minderheit Töngi (gp, LU) und eine Minderheit Grossen Jürg (glp, BE) wandten sich gegen die Projekte Crissier und den Bypass Luzern, fanden jedoch auch im Rat keine Mehrheit. Kritik erwuchs dem Geschäft in der Debatte im Nationalrat im März 2019 von linker und grüner Seite: «Ce dossier, c'est un peu l'heure de vérité» befand etwa Lisa Mazzone (gp, GE) und meinte damit, was auch ihr Vorredner Philipp Hadorn (sp, SO) schon ausgedrückt hatte – dass es angesichts des Klimawandels nicht die richtige Lösung sei, Milliarden in den Ausbau des Nationalstrassennetzes zu stecken. Mehrheiten der Fraktionen von SP, Grünen und Grünliberalen stimmten dem Rückweisungsantrag Töngi zu, welcher jedoch mit 133 zu 53 Stimmen (bei einer Enthaltung) abgelehnt wurde.
Bei der Debatte des Ausbauschrittes 2019 wurden weitere Anträge beraten, etwa der Antrag Ammann (cvp, SG) zur Aufnahme der Bodensee-Thurtal-Strasse in den Ausbauschritt 2019, der Antrag Walliser (svp, ZH) für die Lückenschliessung in der Zürcher-Oberland-Autobahn oder der Antrag Imark (svp, SO) für den Muggenbergtunnel. Obschon alle drei Projekte noch keine Vorprüfung durchlaufen haben, wie Bundesrätin Sommaruga betonte, nahm der Rat diese Anträge an und die Projekte in den Ausbauschritt 2019 auf. Die Tatsache, dass die Kosten der Lückenschliessung der Zürcher-Oberland-Autobahn (Antrag Walliser) noch unbestimmt waren, führten bei der Abstimmung zur Lösung der Kostenbremse zu Verwirrung und Heiterkeit: Es war nicht klar, wie hoch der Betrag nun eigentlich sein sollte, für den die Kostenbremse gelockert würde. Auf Ordnungsantrag Glättli (gp, ZH) wurde die Abstimmung zur Lockerung der Kostenbremse verschoben.

Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in der Wintersession 2018 als Erstrat. Die Mehrheit der FK-NR hatte entschieden, die Ausgaben im Voranschlag gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um 60 Mio. zu reduzieren. Den grössten Teil dieser Differenz wollte die Kommission durch Kürzungen in der Höhe von CHF 45 Mio. bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge erzielen; diese Einsparungen könnten erreicht werden, wenn die aktuelle, sinkende Zahl an Asylgesuchen berücksichtigt werde, erklärte die Kommission. Zusätzliche Finanzierung sah die Kommission für das Grenzwachtkorps vor, das mit CHF 2.8 Mio. 44 neue Stellen finanzieren sollte; dieser Betrag sollte jedoch departementsübergreifend beim Personal kompensiert werden.
Daneben lagen 54 Minderheitsanträge vor, von denen die meisten von der SVP- und der SP-Fraktion stammten und nur vereinzelte erfolgreich waren. Die Stossrichtung dieser Anträge widerspiegelt sich deutlich in den Voten der Fraktionssprechenden in der allgemeinen Debatte: Während Franz Grüter (svp, LU) für die SVP «zur Vorsicht im Umgang mit den Staatsfinanzen» mahnte und wie zahlreiche weitere Votantinnen und Votanten der bürgerlichen Parteien den begrenzten finanziellen Handlungsspielraum des Bundes hervorhob, erachtete Samuel Bendahan (sp, VD) als Vertreter der SP-Fraktion die aktuelle Situation als Chance für Investitionen in die Zukunft.
Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in sechs Blöcken. Die SVP bemühte sich mit ihren Minderheitsanträgen zum Beispiel um Kürzungen oder zumindest um einen Verzicht auf Erhöhungen bei den Personalkosten, bei Beratung und Auftragsforschung über alle Departemente hinweg, beim Bundesamt für Energie, beim Generalsekretariat des VBS, beim Bundesamt für Kultur oder beim BFS. Nach dem starken Anstieg in den letzten Jahren brauche es zudem eine «massvolle Dämpfung» durch eine Plafonierung der Ausgaben für die internationale Zusammenarbeit, beim EDA und bei der Entwicklungshilfe, erklärte Peter Keller (svp, NW). Zudem wurde eine vollständige Streichung des Aufwands des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann gefordert. Alle aufgezählten Anträge wurden abgelehnt.
Die Mitglieder der SP-Fraktion beantragten in ihren Minderheitsanträgen, auf die Querschnittskürzungen beim Sach- und Betriebsaufwand, welche die Mehrheit der FK-NR vorgeschlagen hatte, zu verzichten. Weitere Anträge auf zusätzliche Finanzierung oder auf einen Verzicht auf Reduktion wurden unter anderem im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit, beim Funktionsaufwand des Gleichstellungsbüros, beim BSV-Globalbudget oder beim Verteidigungsbudget gestellt. Philipp Hadorn (sp, SO) beantragte, die Zahlen für die Sozialhilfe für Asylsuchende und vorläufig Aufgenommene auf die neue Formel des SEM zu stützten, anstatt die aktuellen Zahlen des laufenden Jahres zu verwenden. Bereits in der Debatte zum Voranschlag 2017 hatte die FK-NR darauf verzichtet, die neu entwickelten Kennzahlen zu verwenden. Schliesslich beantragte eine Minderheit Meyer (sp, ZH), die zusätzlichen Stellen für das Grenzwachtkorps ohne Kürzungen bei anderen Departementen zu verwirklichen. Auch diese Anträge scheiterten allesamt. Erfolgreich waren die Anträge der SP hingegen bezüglich Bildung und Forschung. Hier reichte die SP-Fraktion acht Anträge ein, mit denen das Budget in Übereinstimmung mit dem Mitbericht der WBK-NR wieder dem Niveau der BFI-Botschaft 2017-2020 angepasst werden sollte. Umstritten war dabei vor allem die Frage, ob diese neuen Beträge in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) teuerungsbereinigt seien, wie Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) argumentierte, oder ob dadurch die Teuerungsbereinigung, die departementsübergreifend vorgenommen worden war, im Bildungsbereich wieder rückgängig gemacht werde, wie Finanzminister Maurer beteuerte. Bis auf einen wurden alle Anträge betreffend das WBF angenommen.
Anträge erfolgten auch durch Mitglieder der übrigen Fraktionen, auch sie waren jedoch grösstenteils erfolglos. Angenommen wurde jedoch ein Minderheitsantrag Bigler (fdp, ZH), der den Funktionsaufwand der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) verglichen mit dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 1.97 Mio. kürzen wollte. Der Bundesrat hatte den Funktionsaufwand um 10 Prozent aufgestockt, damit die EFK ihren Personalbestand um 10 Vollzeitstellen ausbauen kann. Die EFK ist laut Finanzkontrollgesetz das oberste Aufsichtsorgan des Bundes und überwacht unter anderem die finanzielle Führung der Bundesverwaltung. Sie sei mit den Untersuchungen und Prüfungen unter anderem bezüglich der Bürgschaften für Hochseeschiffe, der Ruag und dem Mandat der Finanzdelegation zur Governance der Arbeitslosenversicherung überlastet, hatte die EFK erklärt. Der Antragssteller warf diesbezüglich jedoch die Frage auf, ob man wirklich eine «eigentliche Überwachungsbehörde» wolle. Mit dem bisherigen Personalbestand sei ein «priorisiertes Controlling» durchaus möglich, zumal es der EFK – mit Verweis auf die Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III und zur Debatte zu den Waffenexporten – bereits jetzt möglich sei, «kaum gesetzeskonforme Stellungnahmen zu politischen Geschäften abzugeben». Albert Vitali (fdp, LU) betonte als Vizepräsident der Finanzdelegation (FinDel) die einstimmige Unterstützung Letzterer für den Antrag der Eidgenössischen Finanzkontrolle auf mehr Ressourcen für ihre Kontrolltätigkeit. Diskussionen zum Rollenverständnis und zur Kommunikation der EFK seien nicht im Rahmen der Budgetdebatte vorzunehmen; die FinDel werde dies mit der EFK in Kürze diskutieren. Mit 111 zu 77 Stimmen setzten sich die SVP-Fraktion, Mehrheiten der FDP- und der CVP-Fraktion sowie ein Mitglied der BDP-Fraktion durch und verwarfen die Erhöhung.
Erfolgreich war auch ein Antrag Gschwind (cvp, JU) für eine Erhöhung des Bundesbeitrags für das Alpine Museum Schweiz 2019 sowie in den Finanzplanjahren. In der Antwort auf die Interpellation Engler (cvp, GR; Ip. 18.3543) habe der Bundesrat die Bedeutung des Museums anerkannt, argumentierte Gschwind. Nun solle die Vernetzungsarbeit nicht nur mit CHF 250'000, sondern zusätzlich mit CHF 530'000 unterstützt werden.

«Mit dem Budget werden die Finanzen gesteuert», betonte Heinz Siegenthaler (bdp, BE) im Rahmen der Budgetdebatte. Dass dies nicht ausschliesslich der Fall ist, liegt am neuen Führungsmodell für die Bundesverwaltung (NFB), das die Steuerung der Verwaltungseinheiten durch eine Kombination aus Globalbudgets und Leistungsinformationen im Rahmen des Voranschlags und des Finanzplans erlaubt. So erfreuten sich die Sollwerte, die im Rahmen der Planungsgrössen im Voranschlag festgelegt werden können, in betreffendem Jahr grosser Beliebtheit. Die Mehrheit der Finanzkommission schlug vor, als neues Ziel für die Bundeskanzlei eine Überprüfung der ausserparlamentarischen Kommissionen festzulegen. Die Bundeskanzlei solle diese Kommissionen anhand der Kriterien «ausgewiesene Notwendigkeit» und «effektiv nachgewiesene Subsidiarität» beurteilen und ihre Anzahl im nächsten Jahr um mindestens 10 Prozent reduzieren. Allgemein kritisierte Heinz Siegenthaler dieses Vorgehen deutlich: Verwaltungsakte seien nicht Aufgabe der Finanzpolitik, erklärte er. In diesem Falle komme hinzu, dass die Bundeskanzlei – wie auch Finanzminister Maurer betonte – diesbezüglich gar keine Entscheidungskompetenz habe und dieses Ziel daher gar nicht erreichen könne. Dennoch folgte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag und stimmte der Sollgrösse mit 106 zu 88 Stimmen gegen den Widerstand von SP, Grünen, BDP und der Mehrheit der CVP zu.
Ebenso umstritten war die Frage, ob die durchgeführten Personalbeurteilungen in der Bundesverwaltung zukünftig als Sollwert einer Normalverteilung folgen müssen, wie es die FK-NR forderte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte das Anliegen zwar für unterstützungswürdig, kritisierte aber die «Hauruck-Übung» der Kommission. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte die «komische Forderung», gemäss der man gleich viele schlechte wie gute Mitarbeitende haben müsse. Auch hier waren die Proteste jedoch nicht von Erfolg gekrönt, mit 118 zu 76 Stimmen stimmte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag der Kommission zu.
Schliesslich schlug die Finanzkommission mit 16 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) vor, es dem SEM als Ziel aufzuerlegen, bis zum 31. Dezember 2020 ein Rückübernahmeabkommen mit Eritrea abzuschliessen. Während Kommissionssprecher Thomas Müller (svp, SG) die Meinung vertrat, man müsse – wie im Fussball – mit einer «klaren Zielsetzung in den Match gehen», um zu gewinnen, hielt Alois Gmür (cvp, SZ) im Namen der Minderheit fest, dass dieses Ziel «völlig aus der Luft gegriffen» sei. Eritrea habe noch mit keinem Land ein solches Abkommen abgeschlossen. Zudem sei nicht klar, welche Konsequenzen ein Nichterreichen des Ziels habe. Mit 99 zu 92 Stimmen setzten sich die geschlossen stimmenden SVP- und FDP-Fraktionen mit Unterstützung je eines Mitglieds der CVP und der BDP auch hier durch.
Doch nicht nur die bürgerliche Mehrheit der FK-NR, auch Mitglieder der SP-Fraktion beabsichtigten die Nutzung des Instruments der Sollwerte: Eine Minderheit Kiener Nellen (sp, BE) wollte die eidgenössische Steuerverwaltung über die Planungsgrössen in zwei Anträgen dazu verpflichten, sowohl für die Verrechnungssteuer als auch für die Mehrwertsteuer mehr Steuerinspektionen vor Ort vorzunehmen. Beide Anträge fanden jedoch nur bei den Mitgliedern der SP, der Grünen und der EVP Unterstützung.

Nach dreitägiger Debatte verabschiedete die grosse Kammer den Voranschlag 2019 mit 126 zu 60 Stimmen (bei 7 Enthaltungen). Wie bereits im Jahr zuvor lehnte die Mehrheit der SVP-Fraktion das Budget ab. Der Voranschlag beinhaltete in dieser Version einen Überschuss von CHF 1.209 Mrd. und einen strukturellen Überschuss von 915 Mio., wies also um CHF 54 Mio. höhere Ausgaben auf als die Version des Bundesrates und um CHF 121 Mio. höhere als die Version der FK-NR.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.

In der Wintersession 2016 beriet der Nationalrat den Voranschlag 2017 als Erstrat. Dabei setzte er den Rotstift vor allem im Eigenbereich an. So beschloss er unter anderem Kürzungen beim Bundespersonal, bei externen Beratern und Dienstleistungen sowie bei der Informatik, sprach aber mehr Geld für die Landwirtschaft und die Bildung als es der Bundesrat vorgesehen hatte. Die Hauptdiskussion im Nationalrat drehte sich aber um die vom Bundesrat vorgesehene ausserordentliche Budgetierung von Asylausgaben in der Höhe von CHF 400 Mio. und die grundlegende Frage, ob ein solches Vorgehen eine Aufweichung der Schuldenbremse darstelle. Während die Mehrheit der FK-NR die Kriterien der Ausserordentlichkeit bei der Schuldenbremse, insbesondere die Einmaligkeit und Unvorhersehbarkeit, als nicht gegeben erachtete, wies Philipp Hadorn (sp, SO) im Namen der Kommissionsminderheit darauf hin, dass bei der Erarbeitung dieser Ausnahmeklausel das Asylwesen explizit als Anwendungsfall erwähnt worden war. Die Finanzkommission des Nationalrats beantragte diesbezüglich, die Asylausgaben aufgrund der neusten Schätzungen des SEM mithilfe von dessen ursprünglicher Schätzmethode zu kalkulieren und nicht – wie es der Bundesrat getan hatte – aufgrund der vom SEM neu entwickelten Schätzmethode vom Mai 2016. Dadurch konnte die Schätzung der Anzahl Asylgesuche von 45‘000, mit denen der Bundesrat im Sommer 2016 gerechnet hatte, auf etwa 30‘000 Asylgesuche reduziert werden. In Übereinstimmung mit diesen neuen Zahlen reduzierte die Finanzkommission die Betriebsausgaben bei den Empfangs- und Verfahrenszentren und die Ausgaben bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge um etwa CHF 340 Mio. Zusammen mit einer Kreditsperre im Umfang von 60 Mio., die auf alle Departemente verteilt werden sollte, würde dies einen Verzicht auf ausserordentliche Asylausgaben erlauben. Dieser Konzeptentscheid war in der Kommission mit 13 zu 12 Stimmen knapp angenommen worden, noch knapper fiel die Entscheidung im Nationalrat aus: Dieser stimmte dem Kommissionsvorschlag nur dank dem Stichentscheid von Ratspräsident Stahl (svp, ZH) mit 97 zu 96 Stimmen zu. Bundesrat Maurer kritisierte das Vorgehen, bei Bedarf plötzlich die Diskussionsgrundlage zu ändern und nicht wie üblich und bei allen anderen Budgetpositionen die Zahlen von Juni 2016 zu verwenden. Diese Praxis, „wenn es unangenehm wird, noch gewisse Änderungen [vorzunehmen]“, gefährde die Schuldenbremse stärker als die Ausserordentlichkeit gewisser Ausgaben.

Bei der Gesamtabstimmung sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen mehrheitlich gegen den Voranschlag aus, weil ihnen die Sparanstrengungen deutlich zu weit gingen. Gleichzeitig beschloss aber auch die SVP-Fraktion, den Voranschlag abzulehnen und begründete dieses Vorgehen damit, dass in Zeiten ohne Rezession ein ausgeglichenes Budget angestrebt werden sollte. Damit lehnte der Nationalrat den Voranschlag 2017 mit 77 zu 113 Stimmen bei 3 Enthaltungen ab. Der Ständerat wird somit bei seiner Beratung am 5. Dezember 2016 nur den Bericht des Bundesrates, nicht aber die Beschlüsse des Nationalrates diskutieren. Anschliessend wird sich der Nationalrat noch einmal mit dem Voranschlag beschäftigen müssen, wobei er theoretisch mit der Diskussion nochmals von vorne beginnen müsste. Zum ersten Mal stellte sich beim Bund damit auch die Frage, was wäre, wenn die Räte bis zum 1. Januar 2017 kein Budget verabschieden könnten. Denn obwohl die meisten Kantone solche Regelungen kennen, sieht der Bund für diesen Fall keinen rechtlich vorgeschriebenen Ablauf vor. Gemäss Philipp Rohr, dem Sprecher der Finanzverwaltung, dürfte der Bund dann theoretisch keine Zahlungen mehr tätigen. Um dies zu verhindern, müsste das Parlament eine Art Notbudget beschliessen, bevor in der Frühlingssession ein neuer ordentlicher Voranschlag erarbeitet werden könnte. Olivier Feller (fdp, VD) reichte in der Folge eine Motion ein, welche diese rechtliche Lücke schliessen soll.

In der Wintersession 2016 folgte die Beratung des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 durch den Zweitrat, den Nationalrat. Wie bereits im Ständerat beantragte auch in der grossen Kammer eine Minderheit Meyer (sp, ZH) eine Rückweisung an den Bundesrat, der ebenso abgelehnt wurde wie der Nichteintretensantrag Hadorn (sp, SO). Ebenfalls in Übereinstimmung mit dem Ständerat reduzierte der Nationalrat das Sparvolumen im Vergleich zum Bundesrat, sprach sich aber für deutlich grössere Sparanstrengungen von CHF 658 Mio. (2017), 773 Mio. (2018) und 914 Mio. (2019) aus als der Ständerat. Dabei schuf der Nationalrat mehrere inhaltliche Differenzen zum Ständerat: So befürwortete er die vom Bundesrat vorgeschlagene Kürzung des Bundesanteils an den Krankenkassen-Prämienverbilligungen, welche der Ständerat zuvor abgelehnt hatte. Als Begründung wurde angeführt, dass diese Kürzung erst nach der Änderung des Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) in Kraft treten und entsprechend erst 2019 wirksam werden solle. Die Änderung des ELG sollten bei Bund und Kantonen zu Entlastungen von rund CHF 150-170 Mio. führen, womit die in den Kantonen durch das Stabilisierungsprogramm anfallenden Mehrkosten kompensiert werden könnten. Erfolglos wies eine Minderheit um Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) darauf hin, dass bisher noch unklar sei, wie diese Reform genau aussehen werde und ob sie die Kantone wirklich entlasten könne. Ebenfalls restriktiver als der Ständerat zeigte sich der Nationalrat im Integrationsbereich, in dem er den Sparvorschlägen des Bundesrates folgte, sowie bei der Regionalförderung, bei der er die Einlagen an den Fonds für Regionalentwicklung für die Jahre 2018 und 2019 um zusätzliche CHF 10 Mio. reduzierte. Auch bei den Ausgaben im Eigenbereich, also beim Bundespersonal, sieht die grosse Kammer grösseres Sparpotential als der Bundesrat – hier erhöht sie den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um je CHF 100 Mio. für die Jahre 2018 und 2019. Der Ständerat hatte diesen Betrag im Herbst noch leicht reduziert. Bei den übrigen zentralen Diskussionspunkten wie der Landwirtschaft, der Bildung und der Entwicklungshilfe hingegen schloss sich der Nationalrat den Beschlüssen des Ständerates an.
In der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bestätigte der Ständerat auf Anraten seiner FK-SR alle im Herbst gefassten Beschlüsse, Differenzen konnten somit keine abgebaut werden. Diskussionen gab es stattdessen hauptsächlich bezüglich der Schliessung von zivilen Zollstellen. So hatte Finanzminister Maurer im Vorfeld dieser Sitzung auf Anfrage von Nationalrätin Munz (sp, SH) erklärt, dass einzelne Schliessungen von Zollstellen bereits vor der Beratung im Parlament – in der sich sowohl National- als auch Ständerat gegen solche Schliessungen ausgesprochen hatten – vorgenommen, respektive in die Wege geleitet worden seien. Dies hatte zu einem grossen Aufschrei in der Ostschweiz geführt, die besonders stark von diesen Schliessungen betroffen gewesen wäre, und gleich mehrere Ständeräte dazu veranlasst, Bundesrat Maurer zu einer Revision dieses Entscheides aufzufordern. Dieser versicherte in der Folge, auf den Abbau der betroffenen Zollstellen zu verzichten, bei den nächsten Sparforderungen des Parlaments beim Bundespersonal jedoch auf dieses Beispiel zurückkommen zu wollen.
Bezüglich des Stabilisierungsprogramms gibt es folglich in der Frühjahrssession 2017 noch einige Differenzen zu klären – vorgängig hat jedoch auch die FK-NR beantragt, bei allen offenen Positionen an den Beschlüssen des Nationalrats festzuhalten.

Anlässlich der Sondersession im Mai 2015 befasste sich der Nationalrat nach fast 18 Monaten Pause wieder mit dem Konsolidierungs- und Aufgabenüberprüfungspaket 2014 (KAP 2014), das er im Dezember 2013 an den Bundesrat zurückgewiesen hatte. Der Bundesrat hatte dazu unterdessen eine Zusatzbotschaft verabschiedet, dem Parlament aber gleichwohl beantragt, die Beratung des Ende Dezember 2012 vorgelegten KAP 2014 wieder aufzunehmen. Dieses sah eine Entlastung des Bundeshaushalts im Umfang von CHF 700 Mio. vor, wobei es die Verzögerung mit sich brachte, dass KAP-Sparmassnahmen in der Höhe von CHF 376 Mio. bereits in den Voranschlag 2015 eingebaut worden waren. Der Nationalrat sprach sich mit 131 zu 59 Stimmen gegen den Antrag einer Minderheit Hadorn (sp, SO) aus, die eine neuerliche Rückweisung des KAP 2014 gefordert hatte. Ausserhalb der SP und der Grünen fand der Antrag keine Unterstützung. In der Detailberatung schuf der Nationalrat sogleich zwei gewichtige Differenzen zum Bundesrat. Die Regierung hatte vorgeschlagen, die IV-Schuld bei der AHV statt zu 2% nur noch zu 1% zu verzinsen, was eine Ersparnis von CHF 132,5 Mio. bedeutet hätte. Eine Kommissionsminderheit Gysi (sp, SG) ging gegen diesen Vorschlag in Opposition und war dank der Zustimmung von SVP, SP und den Grünen mit 113 zu 74 Stimmen bei 2 Enthaltungen erfolgreich. Die "unheilige" Allianz war jedoch nur von kurzer Dauer: Während sich die Sozialdemokraten und die Grünen für die vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparmassnahmen im Umfang von CHF 56,7 Mio. im Bereich der Landwirtschaft stark machten und eine Kommissionsminderheit Fischer (glp, LU) unterstützten, stimmte die SVP geschlossen gegen die Kürzungen bei den Bauern. Unterstützt wurde die Volkspartei dabei von der BDP und von grossen Teilen der FDP und der CVP, wodurch sich der Nationalrat mit 109 zu 78 Stimmen bei 2 Enthaltungen gegen den Vorschlag des Bundesrates aussprach. Eine weitere Differenz betraf die Beiträge des Bundes an die Kantone für die Kulturgüterschutz-Dokumentation. Der Nationalrat votierte mit 128 zu 61 Stimmen gegen die geplante Einsparung von CHF 0,7 Mio. und die damit verbundene Streichung von Artikel 14 des Bundesgesetzes über den Schutz der Kulturgüter (KGSG).