Gemäss Finanzkontrollgesetz muss die Wahl des Direktors der Eidgenössischen Finanzkontrolle durch den Bundesrat von der Bundesversammlung genehmigt werden. Michel Huissoud hatte aus Altersgründen seinen Rücktritt per Ende August 2022 erklärt und die Regierung hatte Pascal Stirnimann zu seinem Nachfolger ernannt. Das Büro der Bundesversammlung hatte die GK beauftragt, diese Wahl zu begutachten. In ihrem Bericht führte die GK aus, dass sie aufgrund der engen Zusammenarbeit des Direktors des obersten Finanzaufsichtsorgan des Bundes mit der FinDel auch Letztere um ein Gutachten gebeten habe. Sowohl die FinDel als auch die GK beantragten die Bestätigung der Wahl.
Diesem Antrag folgte die Vereinigte Bundesversammlung in der Sommersession 2022. Von den ausgeteilten 227 Wahlzetteln blieben 4 leer und 3 enthielten keine Bestätigung. Damit war die Wahl Pascal Stirnimanns mit 220 Stimmen bestätigt. Ab 1. September 2022 wird er für eine Periode von sechs Jahren als Chef der EFK amten. Stirnimann hatte sich einen Namen gemacht, als er in seiner Funktion als Revisor im BAV den sogenannten Postauto-Skandal aufgedeckt hatte.

Im Geschäftsbericht des Bundesrates gibt die Regierung seit 1996 jährlich Auskunft über ihre Geschäftsführung, die zudem mit den Jahres- und Legislaturzielen abgeglichen wird, um einen Soll-Ist-Vergleich und ein Controlling der Exekutive und der Verwaltung zu ermöglichen. Der Bericht 2016 beschrieb das erste Jahr der 50. Legislatur (2015-2019), die entlang von drei Leitlinien geplant worden war: Die nachhaltige Sicherung des Wohlstandes in der Schweiz, die Förderung des nationalen Zusammenhaltes und die Stärkung der internationalen Zusammenarbeit sowie die Sorge um Sicherheit und das Handeln als verlässliche Partnerin in der Welt. Diese Leitlinien sollen mit unterschiedlichen Jahreszielen erreicht werden. Von den 16 für das Jahr 2016 geplanten Zielen waren lauf Bericht drei vollständig, vier überwiegend und neun teilweise erreicht worden. Zu den lediglich teilweise realisierten Zielen gehörten etwa die Erneuerung und Entwicklung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zur EU, die nachhaltige Energieversorgung oder die Reformen und nachhaltige Finanzierung der Sozialwerke.
In den Räten berichteten die verschiedenen Sprecher der Aufsichtskommissionen über ihre Eindrücke, die mehrheitlich positiv waren. Im Ständerat gab allerdings das Verhältnis zwischen der Verwaltung und der Finanzkommission zu reden. Ein Anlass für das laut Joachim Eder (fdp, ZG) „etwas gereizte" Verhältnis war wohl der Bericht der EFK kurz vor der Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, der gerügt hatte, dass die Folgen von Finanzerlassen nicht immer genügend abgeschätzt würden. Eder zitierte auch aus einer Rede von Bundeskanzler Thurnherr, die dieser unter dem Titel „Die Aufsicht aus der Sicht eines Beaufsichtigten, am Beispiel der Bundesverwaltung" vor der Schweizerischen Gesellschaft für Verwaltungswissenschaften gehalten und darin vor zu viel Aufsicht gewarnte hatte. Eder wies darauf hin, dass nach Nachfrage beim Direktor der Eidgenössischen Finanzkontrolle, Michel Huissoud, die Kommunikation gut sei und man eine Empfehlung der EFK nicht als Befehl auffassen solle. Auch Bundesrätin Doris Leuthard kritisierte die „intensive Kommunikationstätigkeit, welche die Eidgenössische Finanzkontrolle ab und zu entfaltet, [als] nicht hilfreich", hob aber auch die gute Zusammenarbeit zwischen allen Amtsstellen hervor. Sie dankte für die positiven Berichte und zeigte sich insbesondere auch mit Blick auf andere Länder erfreut darüber, dass die Schweiz auf einem soliden, stabilen und sicheren Niveau funktioniere und sich stetig optimiere. Im Nationalrat lobte Leuthard die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative als gangbaren Weg, der die Beziehungen zur EU wieder etwas einfacher machen werde. Zudem wünscht sie sich, dass grundlegende Reformen im Gesundheitswesen angegangen werden. Die grosse Kammer nahm den Bericht stillschweigend zur Kenntnis und beide Räte gaben in der Sommersession Zustimmung zum Bundesbeschluss über die Geschäftsführung.

Seit 1959 übernimmt der Bund Bürgschaften für Hochseeschiffe, die unter Schweizer Flagge verkehren. Diese erlauben es den Reedereien, günstige Kredite zum Kauf von Schiffen aufzunehmen, so dass diese die wirtschaftliche Landesversorgung der Schweiz mit wichtigen Gütern und Rohstoffen im Krisenfall sicherstellen können. Über die Jahre wurde diese Schweizer Handelsflotte aufgebaut und durch immer weitere Bürgschaften auf 49 Schiffe vergrössert – was die Schweiz zum Binnenland mit der grössten Hochseeflotte macht. 1997 wurde der Bürgschaftskredit von anfänglich CHF 350 Mio. auf 600 Mio., 2007 dann auf CHF 1.1 Mrd. erhöht, womit Bürgschaften in der Höhe von etwa CHF 800 Mio. vergeben wurden.
Noch 2007 sah der Bundesrat in seiner Botschaft ans Parlament eine eigene Handelsflotte als reales versorgungspolitisches Bedürfnis, wobei es nicht nur um die Sicherung des Nachschubs an Rohstoffen, sondern auch um die Sicherung des eigenen Wirtschaftsstandortes gehe. Da der Bund durch die Schifffahrtsförderung bis dahin nie Verluste erlitten hatte und gegenüber dem Eigner im Schadensfall unter anderem erstrangiges Schiffspfandrecht und Anrecht auf sämtliche Leistungen aus den Schiffsversicherungen habe, sei das Risiko des Bundes „als ausserordentlich gering einzustufen", erklärte der Bundesrat im Rahmen der Erneuerung des Bürgschafts-Rahmenkredits 2007. Durch die Verteuerung des Schiffsraums um 50 Prozent sei die Erneuerung der Flotte, wie sie 2002 beschlossen worden war, ohne die Aufstockung des Kredits und der Verlängerung von dessen Laufzeit nicht möglich. Das Parlament stimmte dieser Einschätzung damals grossmehrheitlich zu und erhöhte den Bürgschaftskredit (Ständerat: 28 zu 0 Stimmen, Nationalrat: 153 zu 2 Stimmen).
Im Jahr 2010 stellte die EFK gemäss einem Bericht in der NZZ keinerlei Probleme oder Mängel bei der Vergabe der Bürgschaften für Schweizer Hochseeschiffe fest. Sie attestierte dem zuständigen Bundesamt für wirtschaftliche Landesversorgung (BWL) eine professionelle und sachdienliche Betreuung des Dossiers. Anschliessend verschlechterte sich aber die Situation der Reedereien rasch. Seit 2008 führte die Finanzkrise durch das rückläufige Handelsvolumen zu Überkapazitäten bei der maritimen Transportbranche, wodurch die Preise dramatisch sanken: Gemäss Anita Fetz (sp, BS) als Sprecherin der FK-SR kollabierte der Frachtpreis von einst 200'000 US-Dollar pro Tag auf 10'000 US-Dollar.
Im Sommer 2015 meldete das BWL, dass eine der durch den Bund abgesicherten Reedereien, die SCL-Gruppe, in einer „ernsten Liquiditäts- und Solvenzkrise" sei. Zu diesem Zeitpunkt begannen sich Bundesrat und Verwaltung aktiv zu engagieren, unter anderem änderte der Bundesrat die Verordnung über die Verbürgung von Darlehen zur Finanzierung schweizerischer Hochseeschiffe (SR 531.44), indem er grosszügigere Bestimmungen zur ausserordentlichen Verlängerung der Laufzeit sowie zur Wiederbeanspruchung der Bürgschaftsmittel für das gleiche Schiff erliess, gleichzeitig aber auch die Einflussmöglichkeiten des Bundes auf den Darlehensnehmer verstärkte. Zudem beauftragte der Bund mehrere Wirtschaftsberatungsunternehmen damit, Strategien für die Schweizer Schifffahrtsunternehmen zu entwickeln. Dadurch konnte die Situation mehrerer Reedereien stabilisiert werden. Ab Mitte 2015 informierte das WBF überdies die Finanzdelegation regelmässig über die Entwicklungen der finanziellen Risiken sowie der getroffenen Massnahmen. Im Sommer 2016 eruierte die EFK schliesslich ein „erhebliches Risiko", dass ein grosser Teil der Bürgschaften geleistet werden müsse. Dabei kam auch der Verdacht auf, dass es bei den Bürgschaften zu Betrug gekommen sei. So reichte Michel Huissaud, der Direktor der EFK, Strafanzeige gegen verschiedene Personen, auch gegen einen Mitarbeiter des BWL, ein. Die Bundesanwaltschaft konnte aber gemäss einem Bericht der Nordwestschweiz keinen hinreichenden Tatverdacht feststellen.
Ans Licht kamen die Probleme des Bundes mit der Hochseeflotte im Januar 2017 durch einen Zeitungsartikel der Nordwestschweiz. Diese berichtete, dass der Bund versuche, den unrentablen Teil seiner Hochseeflotte zu verkaufen. In einem an die Zeitung durchgesickerten geheimen Bericht erklärte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann dem Gesamtbundesrat, dass acht Frachter und vier Tanker der Reedereien SCL und SCT, für welche der Bund mit CHF 236 Mio. bürgt, dringend verkauft werden müssen, um den Konkurs der Unternehmen zu verhindern. Der Verkauf solle so schnell wie möglich geschehen, da der Bund für den Betrieb der Frachter Überbrückungskredite in der Höhe von bis zu CHF 33'000 pro Tag leisten müsse. Da dieser Notverkauf zu einem ungünstigen Zeitpunkt stattfinde, rechnete Bundesrat Schneider-Ammann mit einem Verlust von CHF 110 bis 125 Mio. Damit die Preise aufgrund des Verkaufsdrucks nicht noch weiter fallen würden, hatte der Bundesrat bis dahin bewusst auf eine Information der Öffentlichkeit verzichtet. Entsprechend erstattete Bundesrat Schneider-Ammann Anzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung.
In der Sommersession 2017 beantragte der Bundesrat einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio., worin der effektive Verlust von CHF 190 Mio. sowie CHF 25 Mio. als Reserve enthalten waren. In der Zwischenzeit hatten alle zwölf sowie ein weiteres unrentables Schiff verkauft werden können. Sowohl die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann, als auch Ständerätin Anita Fetz (sp, BS) betonten dabei die grossen Anstrengungen, welche das WBF und das EFD unternommen hätten, um einen noch grösseren Schaden durch den Konkurs der beiden Reedereien abzuwenden. Das Parlament interessierte in der Folge vor allem die Schuldfrage, betont wurde entsprechend die Wichtigkeit der bereits abgeschlossenen Administrativuntersuchung. Diese sollte klären, warum auf Seiten der Verwaltung erst so spät auf die Krise reagiert worden ist und wo allenfalls Fehler begangen worden sind. Bisher konnte der Bericht wegen Einsprachen betroffener Personen jedoch noch nicht veröffentlicht werden. Anita Fetz erklärte aber als Mitglied der Finanzdelegation, dass gemäss dem Bericht Aufsicht, Governance und Professionalität sehr schwach gewesen seien. Unter anderem sei die Bürgschaftsvergabe lange intransparent gewesen und nur durch eine Person beaufsichtigt worden. Zudem seien Reaktionen auf kritische Ereignisse lange ausgeblieben, obwohl spätestens 2011 klar gewesen sei, dass der Hochseeschiffhandel einbreche. Mehrere Parlamentarierinnen und Parlamentarier befürchteten nun, dass eine Annahme des Nachtragskredits vor Veröffentlichung des Berichts die gründliche Aufarbeitung des Falls verschleppen würde. Entsprechend hatte sich auch fast die Hälfte der Mitglieder der FK-NR bei der Vorbesprechung der Stimme enthalten. Die FK-NR empfahl die Annahme des Nachtragskredits entsprechend lediglich mit 13 zu 0 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Jedoch gaben sich National- und Ständerat In ihren Beratungen auch selbstkritisch: Mehrere Voten betonten, dass auch das Parlament durch seine unkritische Haltung im Jahr 2008 in der Verantwortung stehe und entsprechend jetzt die billigste Lösung – eine weitere Verzögerung würde pro Monat CHF 1 bis 2 Mio. kosten – akzeptieren solle. Entsprechend nahmen beide Räte den Nachtragskredit an. Der Ständerat sprach sich stillschweigend dafür aus, der Nationalrat hiess ihn mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Widerstand gegen den Nachtrag Ia stammte dabei vor allem von der SVP (Gegenstimmen) und der SP (Enthaltungen).
Allgemein gab der Bundesrat bekannt, dass der Bund sein Engagement in der Hochseeschifffahrt mittelfristig reduzieren wird. So habe der im Dezember 2016 erschienene Bericht zur versorgungspolitischen Bedeutung der Hochseeschifffahrt ergeben, dass eine „eigene Flotte kaum einen entscheidenden Mehrwert zur Versorgung der Schweiz mit lebenswichtigen Gütern leistet". Entsprechend beantragte der Bundesrat die Verlängerung des Rahmenkredites nicht mehr, die letzten Bürgschaften laufen somit spätestens 2031 aus. Vorerst seien jedoch gemäss Bundesrat Maurer noch immer Bürgschaften für Hochseeschiffe in der Höhe von CHF 550 Mio. bei fünf Schweizer Reedereien offen und „die Krise in der Hochseeschifffahrt [ist] noch nicht vorbei".